적법 요건을 구비하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 적법 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2004.7.6.자 원고에게 한 2001년 귀속 양도소득세 48,278,450원에 대한 감액 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1987. 12. 18. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 663.4㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)를 취득하여 보유하고 있다가 2001. 1. 21. 위 대지상에 건물(지하 2층, 지상 5층) 2,066.44㎡를 공동 소유한 원고의 아들인 이○○, 이△△와 공동임대사업을 위한 동업계약을 체결하였는데, 원고는 위와 같은 동업계약을 체결한 것을 이 사건 대지를 현물 출자한 것으로 보아 2002. 5. 30. 2001년 귀속 양도소득세 698,357,688원을 확정 신고하여 납부하였다.
• 나. 그 후 원고는 2003. 5. 30. 이 사건 대지를 소외 김○○, 최○○에게 양도하고 2003. 7. 30. 기준시가에 의거 양도가액을 4,099,812,000원, 양도소득금액을 6,833,020원, 양도차익을 4,333,020원 양도소득세 납부세액을 350,974원(산출세액 389,971원)으로 하는 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였고, 그 후 같은 해 양도한 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 토지 외 3필지(이하 ○○ 토지라 한다)에 대하여 2003.9. 3. 양도소득세 납부세액을 49,825,754원(산출세액 55,361,949원)으로 하는 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.
• 다. 그 후 원고는 이 사건 대지와 같이 공동임대사업을 하기 위하여 현물 출자한 것으로 된 부동산에 대하여는 양도소득세를 과세할 수 없다는 국세심판원 선결정례를 첨부하여 2004. 5. 29. 이 사건 대지와 ○○ 토지에 대한 합산 양도소득금액을 2,017,891,794원, 양도소득과세표준을 2,015,391,794원 산출세액을 713,841,045원, 기 신고 ․ 결정․ 경정세액을 762,119,497원 1), 환급세액 48,278,451원(762,119,497원-713,841,045원)으로 된 2003년 귀속 양도소득과세표준 확정신고서 및 자진납부계산서(이하 ‘이 사건 신고서’라 한다)를 피고에게 제출하였다.
• 라. 이에 대하여 피고는 2004.6.12. 원고가 제출한 이 사건 신고서는 2001년 귀속 양도소득세분과 2003년 귀속 양도소득세분을 분리 신고하지 아니하였다는 사유로 반송 하였고, 이에 대하여 원고는 이 사건 신고서가 2003년 귀속 양도소득세 확정신고 및 2001년 귀속 양도소득세 경정 청구에 해당하므로 반송한 것은 부당하다는 요지로 2004.7.1.‘경정청구서 재접수’라는 문서를 피고에게 제출하면서 이 사건 신고서에 기재된 환급세액을 돌려달라는 청구를 하였으나, 피고는 2004. 7. 6. 이 사건 신고서는 2003년 귀속 양도소득과세표준 확정신고서일 뿐이지, 2001년 귀속 양도소득세 경정청구서로 볼 수 없으며, 이미 납부한 2001년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구는 2001년 귀속 양도소득과세표준 확정신고 법정기한인 2002. 5. 31.로부터 국세기본법(2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의 2에 규정한 2년이 경과 하였다는 이유로 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 【인정근거: 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1,2, 갑호증의 1 내지 20, 을1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지】

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 신고서를 제출 할 때 공동임대사업을 하기 위하여 현물 출자한 이 사건 대지와 같은 부동산에 대하여 양도소득세를 과세할 수 없다는 위 국세심판원 선결정례를 첨부하여 제출하면서 그 내용 중 기 신고․결정․경정세액 762,119,497원에는 납부하지 않아도 될 2001년 귀속 양도소득세 698,357,688원을 포함하여 기재하였고, 위 금액에서 적법하게 산출된 세액과의 차액으로 환급세액 48,278,450원을 기재하였는 바, 국세기본법시행령(2004.3. 17.대통령령 제18312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의 3에 규정한 경정 청구시 갖추어야 할 방식은 관할 세무서의 행정업무 편의를 위한 것일 뿐 경정 청구의 적법요건을 규정한 것이 아니므로 이러한 서식을 갖추지 아니 하였다고 하더라도 다른 사유로 감액경정청구 의사가 분명하면 감액경정청구로 보아야 할 것이므로, 결국 이 사건 신고서는 2003년 귀속 양도소득 과세표준 확정신고 이외에도 이미 납부한 2001년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구로도 보아야 하고 따라서 국세기본법에 규정된 기간 내에 경정청구를 하였음에도 이와 달리 피고가 이 사건 신고서를 2003년 귀속 양도소득과세표준 확정신고서로 만보고 2001년 귀속 양도소득세 경정청구로는 보지 않고 2001년 귀속 양도소득세 감액경정청구는 이미 경정청구 기간이 도과하였다는 이유로 한 이사건 처분은 위법하다는 취지의 주장을 한다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고 기한 경과 후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 국세기본법시행령 제25조의 3 【경정등의 청구】 법 제45조의 2 제4항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 결정 또는 경정청구서를 제출하여야 한다.

1. 청구인의 성명과 주소 또는 거소

2. 결정 또는 경정전의 과세표준 및 세액

3. 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액

4. 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유

소득세법 【2004.12.31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것】 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정 신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정 신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 납세지 관할세무서장은 제5항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 그 보정을 요구할 수 있다. 소득세법시행령 【2005. 2. 19. 대통령령 법률 제18705호로 개정되기 전의 것】 제173조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 법 제110조 제1항의 규정에 의하여 확정신고를 하는 때에는 재정경제부령이 정하는 양도소득과세표준 확정신고 및 자진납부계산서에 제2항 각호의 서류를 첨부하여야 한다

② 법 제110조 제5항에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 서류를 말한다.

1. 제169조 제1항 및 제2항 각 호의 서류

2. 제177조 제1항의 규정에 의한 통지서 사본(법 제105조의 규정에 의한 예정신고를 하지 아니한 자는 재정경제부령이 정하는 양도소득금액계산명세서를 첨부하여야 한다)

3. 법 제101조의 규정에 의하여 소득금액을 계산한 경우에는 필요경비 불산입 명세서

• 다. 판단 그러면, 이 사건 신고서가 2003년 귀속 양도소득과세표준 확정신고 이외에 2001년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구로도 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 국세기본법 제45조 의 2 및 같은 법 시행령 제25조의 3의 각 규정을 보면 경정청구를 하고자 하는 자는 과세표준 및 세액결정(경정) 청구서에 결정 또는 경정 전의 과세표준 및 세액, 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액, 결정 또는 경정청구를 하는 이유와 기타사항을 반드시 기재하여 제출하도록 규정되어 있는 바, 위 인정사실에 의하면 원고가 제출한 이 사건 신고서의 제목이 양도소득세 과세표준 확정신고 및 자진납부계산서로만 되어 있을 뿐이며, 위 국세기본법 제45조 의 2 및 같은 법 시행령 제25조의 2 및 같은 법 시행령 제25조의 3의 규정에 의한 앞서 본 바와 같은 경정 청구의 방식에 따른 양식에 의한 것이 아닌 이상 이 사건 신고서의 내용 및 신고일자(2004. 5. 29) 등에 비추어 이사건 신고서는 2003. 각 양도한 이 사건 대지와 ○○ 토지에 대한 2003년 귀속 양도소득 과세표준 확정 신고서라고 봄이 상당하고, 위 두 부동산에 대한 합산 산출세액과 기 신고 ․ 결정 ․ 경정 세액과의 차액인 환급세액이 기재되어 있고, 이 사건 신고서 제출 시 앞서 본 바와 같은 국세심판원 선결정례를 함께 제출하였다고 하여 이를 과세표준 및 세액의 경정청구서로 볼 수 없다고 봄이 상당하다 할 것이다. 나아가 이와 같은 경정청구 양식을 규정한 위 국세기본법 시행령 제25조 의 3의 규정을 단순한 행정편의를 위한 규정이라고 할 수도 없다. 따라서 피고가 이 사건 신고서를 2003년 귀속 양도소득 과세표준 확정신고로 만 보고 2001년 귀속 양도소득세에 대한 감액 경정처분으로는 보지 않고 경정청구 기간도과를 이유로 한 이 사건 처분은 결국 유효하다고 할 것이다.

그렇다면, 원고의 이사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 한다. 1) 원고는 이 사건 신고서(갑2호증의 1)에 기재한 산출세액 713,841,045원 및 기신고 ․결정․ 경정세액 762,119,497원을 신고하였으나 위 각 금원은 이미 납부한 이 사건 대지에 대한 2001년 귀속 양도소득세 698,357,688원을 각 포함하여 신고한 것이다.