원재료의 수입가격 차이에 대해 정상가격를 산출하여 과세한 처분의 당부

1. 피고가 원고에 대하여 별지 과세처분 목록(1)항 기재 각 일자에 한 같은 목록 (5)항 기재 각 법인세 부과처분 중 같은 목록 (6)항 기재 각 정당한 세액을 초과하는 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다. 2.소송비용은 피고가 부담한다.

1.과세처분의 경위

• 가. 원고는 주로 의약품의 주성분(active ingredient)을 미국, 아일랜드, 중국 등의 해외 특수관계법인으로부터 수입하여 완성된 의약품을 생산 ․ 판매하는 내국법인이다. 원고의 주식은 ○○○ Co가 50%, ○○○ Investment Capital Limited가 49.51%, 개인이 0.49%를 각 소유하고 있다.
• 나. 원고는 1996. 12. 1.부터 2001. 11. 30.까지의 각 사업연도(1997 내지 2001사업연도 매 사업연도는 그 전해의 12. 1.부터 그 해의 11. 30.까지이다) 기간 중 특허기간이 만료된 5개의 오리지널(Original) 주성분인 □□□, △△△, ○○○, ◎◎◎, ▽▽▽(이하 이 사건 오리지널 원재료라 한다)을 수입하여 (이하 이 사건 국제거래라 한다) 유나신 주사액, 미니프레스, 카두나, 바이브라마이신, 셀파라존 등의 의약품(이하 이 사건 오리지널 완제품이라 한다)을 생산 ․ 판매하였다.
• 다. 피고는 이 사건 오리지널 원재료의 수입가격이 국내 타 제약사들이 특수관계가 없는 자로부터 수입하는 제너릭(Generic) 원재료(특허기간이 만료된 약품과 화학적 구조식은 동일하나 다른 공법으로 합성한 원재료를 말한다. 이하 이 사건 제너릭 원재료라 한다)의 수입가격에 비하여 3배 내지 19배 비싼 사실을 확인하고 국제조세조정에 관한 법률 (2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제5조 제1항 제1호에 정한 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 국내 타 제약사들의 이사건 제너릭 원재료 수입가격의 중앙값에 이 사건 오리지널 완제품과 국내 타 제약사가 이 사건 제너릭 원재료에 의하여 생산한 의약품(이하 제너릭 완제품이라 한다)의 의료보험 약가 비율을 곱하는 방법으로 이 사건 오리지널 원재료의 정상가격을 산정한 다음, 이를 초과하여 지급한 금액을 각 사업연도의 익금에 산입하여 계산된 총부담세액에서 기납부세액을 차감한 각 사업연도 법인세(가산세 포함)를 2003. 2. 1.과 2003. 2. 3. 각 부과 ․ 고지하였다. 그 액수는 별지 과세처분 목록의 (4)항 고지세액 부분과 같다.
• 라. 원고는 다.항 기재 부과처분에 대하여 국세심판원에 심판청구를 하였고, 이에 대하여 국세심판원은 2004. 11. 30. 이 사건 오리지널 완제품과 제너릭 완제품의 소비자 가격을 기준으로 각각 그 차이를 발생시키는 요인을 분석하여 이를 반영하여 이 사건 오리지널 원재료의 정상가격 및 익금산입할 금액을 재조사할 것과 2000사업연도(1999. 12. 1. - 2000. 11. 30.)와 2001사업연도(2000. 12. 1. - 2001. 11. 30.)에 정상가격에 의한 과세조정으로 익금산입한 금액에 대하여는 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용할 것을 결정하였다.
• 마. 피고는 국세심판원의 결정에 따라 이 사건 오리지널 완제품과 제너릭 완제품의 의료보험약가 차이를 발생시키는 요인 중 원재료 이외의 제조원가 부분을 차감하는 방식으로 이 사건 오리지널 원재료의 정상가격 및 익금산입할 금액을 재산정하고 일반과소신고가산세를 적용하여 각 사업연도 법인세 중 감액된 부분을 2005. 3. 4. 원고에게 고지하였다(특히 오리지널 원재료 중 □□□과 ▽▽▽의 수입가격은 정상가격 범위 내에 있는 것으로 계산됨에 따라 위 원재료와 관련된 부분은 전액 감액되었다)
• 바. 한편, 피고는 위 2005. 3. 4.자 감액처분 외에 1999 내지 2001사업연도 법인세에 대하여 2005. 4. 11.자로 감면세액과 관련하여 추가 감액처분을 하였고, 2000사업연도 법인세에 대하여는 2005. 7. 1.자로 대우정보 관련 매입과다를 원인으로 추가 증액경정처분을 하였다. 그 내역은 별지 과세처분 목록 기재와 같다.
• 사. 증액경정처분이 있게 되면, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하므로 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 된다. 한편, 감액경정처분은 당초 처분과 별개의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세의무자에게 유리한 효과가 있는 처분이므로, 당초 처분 중 취소되지 않고 남은 부분만이 쟁송의 대상이 된다. 따라서 이 사건의 쟁송의 대상은 결국 1997사업연도는 2003. 2. 1.자 부과처분 중 감액되고 남은 법인세 3,200,539,711원이고. 1998사업연도는 2003. 2. 3.자 부과처분 중 감액되고 남은 법인세 563,858,722원이며, 1999사업연도는 2003. 2. 3.자 부과처분 중 감액되고 남은 법인세 2,043,107,737원이고, 2000사업연도는 2005. 7. 1.자 부과처분 법인세 5,435,747,780원이며, 2001사업연도는 2003. 2. 3.자 부과처분 중 감액되고 남은 법인세 7,595,435,811원이므로, 이하에서는 이들을 이 사건 부과처분이라 한다. 이는 별지 과세처분 목록의(5)항 총부담세액 기재와 같다. 〔인정 근거〕갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제2호증의 2, 4, 갑 제3호증, 갑 제4호증의1 내지 4,갑 제9호증 내지 갑 제11호증, 갑 제12, 13호증의 각 1, 2, 갑 제17호증, 갑 제18호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 3, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4호증의 1내지 4, 을 제5호증의 1내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 시장에서 고객의 최초 개발회사 상표가 부착된 제품에 대한 충성도는 특허기간 만료 후에도 쉽게 변하지 않고 지속되는 점, 이 사건 오리지널 완제품은 제품 그 자체뿐만 아니라 다양한 서비스를 포함한 하나의 패키지로 판매되는 점, 원고는 제너릭 의약품 제조회사와는 달이 지속적인 막대한 연구개발 프로그램, 품질관리절차 등을 통하여 적절한 의학정보 및 관련 서비스를 제공하고 있으며, 그 공급에 있어서도 막대한 연구 개발비가 투자 되는 등 비용구조가 상이한 점, 제너릭 원재료와 오리지널 원재료를 동일시 할 경우 오리지널 원재료에 대한 연구개발이 사실상 불가능해 질 수 있는 등 사회적 의미가 상이한 점 등에서 이 사건 오리지널 원재료와 제너릭 원재료 사이의 차이는 중대하므로 이 사건 제너릭 원재료의 수입가격은 이 사건 오리지널 원재료 수입가격의 비교가능 제3자 가격이 될 수 없다, 또한, 의료보험약가는 품질차이를 반영한 시장가격이 아니고 정부규제가격일 뿐만 아니라 완제품에 대한 지표이어서 원재료의 수입가격과는 상관관계가 없으므로 위와 같은 중대한 차이를 조정할 수 있는 지표로 부적당하다. 따라서 피고가 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 산출한 정상가격은 합리적인 정상가격이라 할 수 없므므로, 이 사건 부과처분은 위법하다. 가사 그렇지 않다 하더라도 이 사건 오리지널 원재료의 수입가격은 일반적인 오리지널 원재료와 제너릭 원재료의 수입가격 차이 범위 내에 있어 정상가격 범위 내에 있다 할 수 있으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관련법령 별지 관련 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 정상가격에 대한 입증책임 소재 일반적으로 조세부과처분 취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이므로, 과세당국이 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과한다는 이유로 정상가격을 기준으로 거주자에게 법 제4조에 의하여 과세표준 및 세액을 결정하기 위해서는, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 법 제11조 제2항, 법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17832호로 개정되기 전의 것) 제19조에 의하여 납세의무자인 거주자에게 요구하여 얻은 자료 및 증빙서류 등 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 산정된 것임을 입증하여야 하되, 그 거래가격이 정상가격의 범위를 벗어나는 것까지 입증할 필요는 없다, 한편, 납세의무자인 거주자는 비교가능성 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있고, 당해 국외특수관계자와의 거래가격이 그 정상가격의 범위 내에 들어 있어 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우가 아님을 입증할 필요가 있다 할 것이다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두 3423 판결 참조) 따라서 피고는 이 사건 부과처분을 함에 있어 기초가 된 정상가격이 법 시행령 제19조 소정의 자료 및 증빙서류의 제출을 요구하는 등의 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 산정한 정상가격인지 여부에 대한 입증책임이 있다.

(2) 합리적인 정상가격인지 여부 피고가 비교가능 제3자 가격방법에 의하여 산정한 의료보험약가에 의하여 조정된 이 사건 제너릭 원재료 수입가격이 합리적인 정상가격인지 여부에 관하여 살펴보기로 한다. 정상가격에 대하여 법 제2조 제1항 제10호는 “거주자 ․ 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”으로 정의하고 있고, 법 제5조 제1항 제1호는 이러한 정상가격의 산출방법 중 하나로 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 ‘비교가능 제3자 가격방법’을 규정하고 있다. 나아가 비교가능 제3자 가격방법에 의한 정상가격이 합리적인 정상가격이 되기 위해서는 법 시행령 제5조 제1항에서 규정하고 있는 ①비교가능성이 높을 것. ②사용되는 자료의 확보 ․ 이용 가능성이 높을 것, ③비교하기 위하여 설정한 경제여건 ․ 경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것, ④사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 작을 것이라는 기준을 충족하여야 하는데, 그 중 비교가능성이 높기 위해서는 ㉠비교가능 제3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우가 원칙이겠으나 ㉡중대한 영향을 주는 경우에도 그러한 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우라면 비교가능성이 높다고 할 수 있다. 한편, 비교가능 제3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이를 평가하는 방법으로 법 시행령 제5조 제2항은 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등에 대한 분석을 요구하고 있다. 이 사건의 경우, 을 제6호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 이 사건 국제거래와 유사한 거래상황에서 이 사건 오리지널 원재료를 수입하는 국내의 제약회사는 존재하지 아니한 사실, 피고가 원고와 같이 이 사건 오리지널 원재료를 미국등의 국외특수관계법인으로부터 수입하는 다른 나라 제약회사의 수입가격 자료를 원고에게 요청하였으나 원고가 기밀자료라는 이유로 거부한 사실, 이 사건 오리지널 원재료와 제너릭 원재료는 그 성분 및 분자구조식에 있어서 동일한 사실, 이 사건 제너릭 원재료에 대한 생물학적 유효성검사에서 부적격 판정을 받은 사실이 없는 사실이 인정되는 한편, 이 사건 오리지널 완제품과 제너릭 완제품 사이에 소비자들의 제품 및 상호에 대한 신뢰 등 충성도, 공급비용의 구조, 사회적 기능 등에 상당한 차이가 있는 사실, 이러한 차이는 일반적으로 오리지널 원재료의 수입가격이 제너릭 원재료의 수입가격보다 그 종류에 따라 1,4배 내지 28배 정도 비쌀 정도로 가격에 중대한 영향을 미치는 사실 또한 인정된다. 위 인정사실에서 나타난 바와 같이 이 사건 국제거래와 유사한 거래상황에서 이 사건 오리지널 원재료를 수입하는 국내의 제약회사는 존재하지 아니하고, 원고와 같이 이 사건 오리지널 원재료를 미국 등의 국외특수관계법인으로부터 수입하는 다른 나라 제약회사의 수입가격 자료 또한 원고의 자료 제출 거부로 피고가 획득할 수 없는 상황이었던 만큼, 이 사건 제너릭 원재료는 그 성분 및 분자구조식에 있어서 이 사건 오리지널 원재료와 동일하고 그 효능 즉 생물학적 유효성에 있어서도 큰 차이가 없어 보이므로, 나머지 이 사건 제너릭 원재료 수입가격에 중대한 영향을 미치는 소비자들의 충성도 등에 있어서의 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능하다면 이 사건 제너릭 원재료 수입가격에 그러한 조정을 거쳐 합리적인 정상가격을 도출해 낼 수 있을 것이다. 다음으로 이 사건 제너릭 원재료 수입가격에 중대한 영향을 미치는 소비자들의 충성도 등에 있어서의 차이를 제거하는 방법으로 의료보험약가에 나타난 이 사건 오리지널 완제품의 약가와 이 사건 제너릭 완제품의 약가 사이에 존재하는 차이를 활용하는 것이 합리적 조정방법이 될 수 있는지 여부에 관하연 살펴본다. 국민건강보험법 제39조 제2항 은 요양급여의 방법 ․ 절차 ․범위 ․ 상한 등 요양급여의 기준 등을 보건복지부령으로 정하도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙 제5조 제2항은 요양급여의 적용기준 및 방법에 관한 세부사항은 의약계 ․ 공단 및 건강보험심사평가원의 의견을 들어 보건복지부장관이 정하여 고시하도록 규정하고 있다. 보건복지부 고시에 규정된 의료보험약가 결정 절차를 보면, 제약회사가 보건복지부에 의약품 판매 예정가 신청을 하게 되면 건강보험실사평가원은 가격을 결정하여 통보하고, 제약회사가 이에 이의가 있는 경우에는 근거자료를 첨부하여 재신청을 하게 되는데, 일반적인 의료보험약가의 상한은, 신청된 품목과 함량이 같은 동일성분 제제가 약제급여목록 및 상한금액표에 1개 품목이 등재되어 있는 경우에는 기등재된 성분 상한금액의 90% 이하, 2개 품목 이상 등재된 경우에는 기등재된 성분 상한금액 중 최저가 이하로 하되, 최고가의 90% 이하로 하도록 제한하고 있을 뿐 보건복지부 고시 어디에도 의료보험약가를 결정함에 있어 오리지널 원재료를 사용한 의약품인지 제너릭 원재료를 사용한 의약품인지는 고려 요소로 규정되어 있지 아니하고, 오리지널 원재료의 시장가치 또한 고려 요소로 규정되어 있지 않다. 의료보험약가의 산정에 관한 위 관련 규정에서 보는 바와 같이 의료보험약가는 그 결정 과정에 의약품 및 그 원재료의 시장가치를 고려하는 장치가 없고, 나아가 의약 품의 원재료가 오리지널인지 제너릭인지 여부 또한 고려되지 아니한 채 제약회사의 신청 가격과 건강보험심사평가원의 결정에 의하여 정하여지고, 그 상한 역시 동일성분제제로 등재된 품목의 수와 기등재된 성분의 상한금액에 따라 결정되는 것인 만큼, 의료보험약가에 나타난 이 사건 오리지널 완제품의 약가와 이 사건 제너릭 완제품의 약가 사이에 존재하는 차이를 활용한 조정방법은 이 사건 제너릭 원재료 수입가격에 중대한 영향을 미치는 소비자들의 충성도 등에 있어서의 차이를 합리적으로 제거할 수 있는 조정방법이라 보기 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 정상가격으로 산출한 의료보험약가에 의하여 조정된 이 사건 제너릭 원재료 수입가격은 이 사건 오리지널 원재료와 제너릭 원재료 사이에 존재하는 소비자의 충성도 등 수입가격에 중대한 영향을 미치는 차이가 합리적으로 제거되었다고 보기 어려워 합리적인 정상가격이라 할 수 없다.

(3) 정당한 세액 피고가 각 사업연도 법인세 과세표준을 계산함에 있어 의료보험약가에 의하여 조정된 이 사건 제너릭 원재료 수입가격을 정상가격으로 산정하여 이를 초과하는 이 사건 국제거래의 수입가격을 익금에 산입한 부분은 위법하므로, 이 부분을 제외하고 각 사업연도 법인세 과세표준을 계산하여 정당한 세액을 계산하면 별지 과세처분 목록(6)항 기재 금액이 된다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 과세처분 목록

(1) 처분일

(2) 사업연도 (3)부과처분세액 (원,가산세포함) (6)정당한 세액 (원, 가산세 포함)

(4) 고지세액

(5) 총부담세액

2003. 2. 1.

1996. 12. 1 -1997. 11 30.

① 536,699,417 3,200,539,711 3,191,318,378

2003. 2. 3.

1997. 12.1 -1998. 11. 30.

② 443,287,962 563,858,722 438,788,158

2003. 2. 3.

1998. 12. 1. -1999. 11. 30.

③ 459,967,825 2,043,107,737 1,988,524,891

2005. 7. 1.

1999. 12 1. -2000. 11. 30.

④ 1,549,081,854 5,435,747,780 5,339,690,643

2003. 2. 3.

2000. 12. 1. -2001. 11. 30.

⑤ 1,711,698,166 7,595,435,811 6,169,121,618

① 254,353,740원(2002. 9. 5.자 증액) +1,256,145,211원(2003. 2. 1.자 증액) -564,846,066원 (2003. 12. 18.자 감액) -408,953,468원(2005. 3. 4.자 감액) =536,699,417원

② 312,473,412원(2002. 9. 5.자 증액) +1,061,442,632원(2003. 2. 3.자 증액) -16,821,240원 (2003. 2. 26.자 감액) -913,806,842원(2005. 3. 4.자 감액) =443,287,962원

③ 2,116,531원(200. 7. 5.자 가산세 증액) +910,907원(2001. 9. 21. 가산세 증액) +402,187,516 원(2002. 9. 5.자 증액) +659,432,864원(2003. 2. 3.자 증액) -102,419,405원(2003. 2. 26.자 감액) -502,260,588원(2005. 3. 4.자 감액) =459,967,825원

④ 689,438원(2001. 9. 21.자 가산세 증액) +1,449,559,235원(2002. 9. 5. 증액) +761,304,287 원(2003. 2. 3.자 증액) -159,783,121원(2003. 2. 26.자 감액) -483,522,452원(2005. 3. 4. 자 감 액) -21,941,568원(2005. 4. 11.자 감액) +2,776,044원(2005. 7. 1.자 증액) =1,549,081,863원

⑤ 285,383,971원(2002. 9. 5. 증액) +2,367,871,484원(2003. 2.3.자 증액) -87,006,992원(2003. 2. 26.자 감액) -532,793,275원(2005. 3. 4.자 감액) -321,757,022원(2005. 4. 11.자 감액) =1,711,698,166원