실물거래 없는 가공세금계산서인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2004. 2. 1. 원고에 대하여 한 2001년 1기 부가가치세 38,884,720원, 2001년 2기 부가가치세 163,738,260원, 2002년 1기 부가가치세 88,320,000원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. (1) 원고는 소프트웨어 개발 및 판매, 하드웨어 도매, 통신망 구축 등 정보통신관련 사업을 영위하는 회사이다.

(2) 원고는 2001 사업연도에 ○○○○관리공단 인프라구축사업과 관련하여 ①주식회사 ○○○○○(이하 ‘○○○○○’이라 한다)으로부터 전산장비를 구입한 것으로 하여 공급가액 합계 4,161,142,000원(2001. 5. 28. 1,083,846,000원, 2001. 9. 4. 1,260,585,000원, 2001. 9. 29. 591,785,000원, 2004. 12. 24. 1,224,926,000원)의 세금계산서를 교부받고, ○○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○○’이라 한다)로부터 시스템 공급계약을 체결한 것으로 하여 공급가액 합계 839,002,000원(2001. 9. 29. 503,401,000원, 2001. 11. 1. 335,601,000원)의 세금계산서를 교부받았으며, ② ○○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○○’라 한다)와 ○○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○○’이라 한다, 그 후 ○○○○○○○주식회사로 상호가 변경되었다)에 전산장비를 매출한 것으로 하여 각각 공급가액 합계 4,119,463,000원(2001. 6. 1. 2회 합계1,139,710,000원, 2001. 8. 14. 191,563,000원, 2001. 9. 29. 2회 합계1,152,733,000원, 2001. 12. 24. 2회 합계 1,635,457,000원) 및 1,075,000,000원(2001. 7. 31.)의 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고를 하였다.

(3) 원고는 2002 사업연도에 ○○○○납품과 관련하여 ○○○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○○○’이라 한다)로부터 2002. 3. 23. PC 등을 공급가액 2,300,000,000원에 납품받은 것으로 하여 세금계산서를 교부받고, 당해 장비를 2002. 3. 30. 주식회사 ○○○○○○(이하 ‘○○○○○○’라 한다)에 공급가액 2,346,000,000원에 매출한 것으로 하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고를 하였다.

• 나. 피고는 원고의 위 매입매출거래를 실물거래 없이 세금계산서만 수수한 가공거래로 보아 세금계산서 합계표 불성실가산세 등을 적용하여 2004. 2. 1. 원고에게 2001년 1기 부가가치세 38,884,720원, 2001년 2기 부가가치세 163,738,260원, 2002년 1기 부가가치세 88,320,000원을 경정 ‧ 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1-1~4, 갑2-1(=갑19-1), 갑2-2(=갑19-2), 갑2-3(=갑20-1), 갑2-4(=갑21-1), 갑2-5(=갑21-2), 갑2-6(=갑22-1), 갑2-7(갑22-2), 갑3,4,6,을1-1~3, 을3, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고가 가공세금계산서라고 본 이 사건 각 세금계산서들은 원고가 ○○○○관리공단의 정보인프라 구축사업과 관련하여 ○○○○○○, ○○○○○으로부터 전산장비를 납품받아 ○○○○○○, ○○○○○○에 납품하고, ○○○○에 최종적으로 납품되는 PC 등에 대하여 ○○○○○○와 공급계약을 체결하고 ○○○○○○에서 당해 장비를 납품받아 ○○○○○○에 이를 납품하면서 각 수수한 것으로 원고와 거래한 회사들은 모두 대기업의 계열사들이어서 원고 회사의 외형 부풀리기에 동조하여 허위의 가공세금계산서들을 발행하거나 수수한다는 것은 상상할 수 없는 일이다. 이는 관련 매매계약서, 거래품목내역서, 견적서, 하자보수보증서, 검수확인서, 대금결제예금통장, 무통장입금증 및 관련자들의 사실확인서에 의하여도 뒷받침되고 그리하여 원고는 조세범처벌법위반 사건에서 2004. 6. 21. ○○○○지방검찰청으로부터 혐의없음 결정을 받기까지 하였다. 그러므로 원고의 대표이사 권○○이 하루빨리 세무조사를 끝내고 정상적인 업무로 복귀하기 위해 자세히 검토하지도 않고 서명날인한 ‘원고가 외형을 부풀리기 위하여 허위 세금계산서를 수수하였다’는 내용의 문답서 등을 근거로 하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령

○ 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.<개정 1994.12.22, 1995.12.29>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.<개정 1980.12.13, 1993.12.31, 1994.12.22, 1998.12.28, 1999.12.28>

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장 ‧ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.<개정 1977.12.19, 1994.12.22, 1995.12.29>

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 제22조 【가산세】

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 1천분의 5, 법인에 있어서는 1천분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.<신설 1993.12.31, 1994.12.22, 1995.12.29>

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.<신설 1994.12.22, 1995.12.29, 1999.12.28>

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 끝.

• 다. 인정사실

(1) ○○○○관리공단의 정보인프라구축사업 관련 (가) 원고 회사에 대하여 실시한 세무조사와 관련하여 원고의 대표이사 권○○은 2003. 12. 17.자 문답서에서, ○○○○관리공단의 정보인프라구축사업(계약금액 14,890,000,000원)은 발주자가 ○○○○관리공단이고 수주자는 ○○○○○주식회사(이하 ‘○○○○○’라 한다), ○○○○○○, ○○○○○○ 주신회사(이하 ‘○○○○○○’이라 한다)로서 원고도 제안서 제출시에는 참여하였으나 컨소시엄 참여업체 숫자의 제한으로 직접 계약이 배제되어, 원고는 당초 계약자가 아닌 ○○○○○○과 21,600,000원의 소프트웨어 개발용역 계약을 체결하였고, 하드웨어 부문의 거래에는 전혀 참여하지 않았다고 진술하였고, 또한 하드웨어는 ○○○○○○을 통하여 조달하기로 하였으므로 원고는 실물거래에 관여하지 않았음에도 ○○○○○으로부터 4,161,142,000원, ○○○○○○로부터 839,002,000원의 세금계산서를 수취하여 ○○○○○○에 4,119,463,000원, ○○○○○○에 1,075,000,000원의 각 세금계산서를 교부하였다고 진술하였다. (나) ○○지방국세청장은 2004. 3.경 ○○○○○○에 대한 법인세 정기조사를 실시한 결과, ○○○○○○가 2001 사업연도 중 ○○○○○으로부터 2001. 9. 29.과 2001. 12. 24. 공급가액 합계 1,058,360,000원, 원고로부터 2001. 6. 1.부터 2001. 12. 24.까지 8회에 걸쳐 공급가액 합계 4,174,463,000원{위 1. 가. (2) ②의 4,119,463,000원에 2001. 10. 31.자 공급가액 55,000,000원의 세금계산서의 금액이 더해진 것이다}의 컴퓨터 관련 하드웨어를 매입하였다고 신고하였으나, 실질적으로는 ○○○○○○으로부터 매입하고 위장으로 ○○○○○과 원고가 발행한 매입세금계산서를 수취한 것으로 확인되었다. 이에 대하여 ○○○○○○의 사업장을 관할하는 ○○세무서장이 ○○○○○○에 대하여 2001년 1기 부가가치세 204,919,858원, 2001년 2기 부가가치세 705,719,344원을 경정고지하였으나 ○○○○○○는 아무런 불복을 하지 않았다. (다) ○○지방국세청장은 2004. 4.경 ○○○○○○에 대한 법인세 정기조사를 실시한 결과, ○○○○○○이 2001 사업연도 중 ○○○○관리공단에서 발주한 전국망 SISCO 구축 프로젝트 사업을 공동수주하기 위하여 ○○○○○등과 공동으로 영업하였고, 위 프로젝트에 사용되는 네트워크 장비를 2001. 7. 31. ○○○○○에 공급하고 1,088,000,000원의 매출세금계산서를 교부하였으며, 본 매출과 관련하여 네트워크 장비를 매입함에 있어 공동사업자를 대표하여 일괄매입한 ○○○○○○으로부터 매입세금계산서를 교부받아야 했으나 ○○○○○의 요청으로 ○○○○○○에 장비를 공급하지 않은 원고로부터 2001. 7. 31. 1,075,000,000원의 사실과 다른 세금계산서를 교부받았음이 확인되었다. 이에 대하여 ○○○○○○의 사업장을 관할하는 ○○세무서장은 2001년 2기 부가가치세 190,812,496원을 경정고지하였으나 ○○○○○○은 아무런 불복을 하지 않았다. (라) ① ○○세무서장은 2003. 11.경 ○○○○○에 대한 자료상 조사 결과, 2001년 1기부터 2002년 2기까지의 과세기간 중 재화 또는 용역의 공급 없이 허위로 매입세금계산서 3,216,200,000원을 교부받고, 허위로 매출세금계산서 4,088,086,000원을 교부하여 거래상대방으로 하여금 부당하게 부가가치세 408,808,000원을 공제받게 한 사실을 확인하고 ○○○○○등을 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하였다.

② ○○○○관리공단의 정보인프라구축사업과 관련하여 ○○○○○으로부터 2001년 2기 중 2회에 걸쳐 합계 1,058,360,000원의 세금계산서를 수취한 ○○○○○○는 ○○○○○과 실거래가 없었음이 확인되었고, ○○○○○이 2001. 6. 2. ○○○○○○에게 발행한 공급가액 839,002,000원의 세금계산서는 ○○○○○○이 제기한 서울행정법원 2003구합15973 부가가치세부과처분취소 사건에서 실물거래없이 발행한 허위의 세금계산서인 것으로 인정되었고, 그 항소심에서도 그대로 인정되어 확정되었다.

③ ○○○○○에 6,287,106,364원의 세금계산서를 발행한 ○○○○○○에 대한 조사에서도 실제로는 ○○○○○○와 ○○○○○○에 매출하고서도 ○○○○○에 세금계산서를 발행한 사실이 확인되었다.

④ 원고는 ○○○○○으로부터 2001. 5. 28. 1,083,846,000원, 2001. 9. 4. 1,260,585,000원, 2001. 9. 29. 591,785,000원, 2001. 12. 24. 1,224,926,000원으로 각 공급가액이 기재된 매입세금계산서를 수취하였다. (마) ○○○○○○은 원고에게 2001. 9. 29. 공급가액 503,401,000원, 2001. 11. 1. 공급가액 335,601,000원 등 2회에 걸쳐 공급가액 합계 839,002,000의 세금계산서를 발행하였는데, 위 합계 금액은 ○○○○○○이 ○○○○○으로부터 수취한 허위로 확정된 세금계산서상의 금액인 839,002,000원과 그 금액이 동일하다. (바) ○○세무서장은 2005. 6.경 ○○○○○○에 대한 자료상 조사를 실시한 결과, ○○○○○○이 실제로는 ○○○○○○와 ○○○○○○에 매출하고서도 ○○○○○에게 세금계산서를 발행한 사실을 확인하였다. 이에 대하여 ○○세무서장이 세금계산서합계표불성실가산세를 적용하여 2001년 1기 부가가치세 41,751,473원, 2001년 2기 부가가치세 83,990,687원을 경정고지하였으나 ○○○○○○은 아무런 불복을 하지 않았다.

(2) ○○○○납품 관련 (가) 원고 회사에 대하여 실시한 세무조사와 관련하여 원고의 대표이사 권○○은 2003. 12. 17.자 문답서에서, ○○○○○○에서 ○○○○에 노트북과 PC를 납품한다고 하면서 마진 2%를 주겠다고 하여 2002. 3. 30. 공급가액 2,346,000,000원의 세금계산서를 교부하였으나 실제로는 납품을 하지 못하였고, 대금결제는 ○○○○○○로부터 어음을 받아 일부에 배서하여 ○○○○○○에 매입대금 결제용으로 지급하였으며, 그 대금으로 지급하지 아니한 액면금 50,600,000원의 어음 1장은 ○○○○○○에 세금계산서를 교부한 마진(2%)으로 받았다고 진술하였다. (나) ① ○○○○○○, 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’이라 한다)등의 실질적 사주인 이○○은 2002. 5. 21.경 ○○○○○○으로부터 물품을 공급받은 사실이 없음에도 불구하고 ○○○○○○으로부터 3,036,000,000원 상당의 컴퓨터 서버 등의 물품을 공급받은 것처럼 ○○○○○○의 대표이사 조○ 명의의 허위매출세금계산서 1장을 교부받은 것을 비롯하여 2002. 10. 7.까지 32회에 걸쳐 공급가액 합계 54,198,520,475원 상당의 허위매출세금계산서 32장을 ○○○을 매입처로 하여 교부받았다는 등의 범죄사실로 2003. 1. 30. 공소가 제기되어 서울지방법원 2003고합83, 93, 224, 273, 444(각 병합)사건에서 조세범처벌법위반죄 등으로 유죄판결을 선고받았고, 그 후 항소심 및 상고심에서도 그대로 유죄로 인정되어 확정되었다.

② ○○세무서장은 검찰로부터 위 조세범처벌법위반 사건을 통보받고 ○○○○○○에 대한 자료상 조사를 한 결과, ○○○○○○의 실질적 사주인 이○○이 2002. 3. 23. 원고에게 발행한 공급가액 2,300,000,000원의 매출세금계산서 1장은 가공세금계산서임을 확인하여 추가로 조세범처벌법위반 혐의로 2003. 10. 10. ○○경찰서장에게 고발하였다. (다) ① ○○○○검찰청○○○○○은 ○○○세무서장이 조세범처벌법위반 혐의로 고발한 주식회사 ○○○○에 대한 수사과정에서 압수수색 등을 통하여 ○○○○○○가 허위세금계산서를 발행 및 수취한 사실을 확인하여 ○○○○○○와 그 대표이사 이○○을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하도록 하였다.

② 이에 ○○○세무서장은 ○○○○○○가 2002. 3. 30. 원고로부터 수취한 공급가액 2,346,000,000원의 세금계산서 등이 허위의 매입세금계산서라는 이유로 ○○○○○○ 및 그 대표이사 이○○을 조세범처벌법위반 혐의로 2003. 12. 20.○○○○검찰청○○○○○에게 고발하였다.

(3) (가) 피고가 2003. 12.경 원고에 대하여 자료상 조사를 실시하여 ○○○○관리공단 프로젝트 관련 거래 및 ○○○○납품 관련 거래가 가공거래임을 확인하여 2004. 2. 26. 원고 대표이사 권○○을 조세범처벌법위반 혐의로 ○○○○경찰서장에게 고발하자, ○○○○경찰서장은 권○○에 대하여 불기소(혐의없음) 의견으로 ○○○○지방검철청장에게 사건송치를 하였고, ○○○○지방검찰청에서는 2004. 6. 21. 권○○에 대하여 혐의없음 결정을 하였다. (나) 그러나 피고가 권○○을 고발한 이후에 ○○○○○○, ○○○○○○, ○○○○○○ 등에 대한 조사가 종결됨으로써 ○○○○○○의 대표이사 구○○, ○○○○○○의 대표이사 ○○○○등이 작성한 가공거래 확인서가 위 사건에 제출되지는 못하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑5, 을2-1, 2, 을3, 4, 을5-1, 2, 을6-1~4, 을7-1, 2, 을8-1, 2, 을9-1~3, 을10-1~5, 을11-1~3, 을12-6, 을13-1~3, 변론 전체의 취지 [배척증거] 갑7-1, 2, 갑8, 9, 갑10-1~8, 갑11-1~10, 갑12, 13, 갑14-1~24, 갑15, 16, 갑17-1, 2, 갑18-1~4, 갑19-3, 갑20-2, 갑21-3, 갑22-3, 갑23~33, 갑34-1~3, 갑35~37-각 1, 2, 갑38-1~3, 갑39

• 라. 판단 위 인정사실에 의하면, ○○○○관리공단의 정보인프라구축사업과 관련한 거래처 조사에서 ○○○○○은 실물거래 없이 가공세금계산서를 교부한 자료상으로 밝혀졌고, ○○○○○○이 원고에게 교부한 매출세금계산서와 동일한 금액인 ○○○○○으로부터의 매입세금계산서에 대하여 ○○○○○○이 제기한 행정소송에서 위 매입세금계산서가 허위의 세금계산서로 확정되었으며, ○○○○○○, ○○○○○○, ○○○○○○은 원고와 실제 거래를 하지 않은 것으로 밝혀졌으므로 원고가 ○○○○○으로부터 수취한 공급가액 4,119,463,000원, ○○○○○○로부터 수취한 공급가액 839,002,000원의 각 매입세금계산서와 ○○○○○○에 발행한 공급가액 4,119,463,000원, ○○○○○○에 발행한 공급가액 1,075,000,000원의 각 매출세금계산서는 모두 실물거래 없이 발행 수취된 가공세금계산서라 할 것이고, 또한 ○○○○납품 관련 조사에서 ○○○○○○은 자료상 행위를 하다가 유죄로 인정된 업체로서 ○○○○○○이 원고에게 발행한 공급가액 2,300,000,000원의 세금계산서도 가공세금계산서로 확인되어 추가로 조세범처벌법위반 혐의로 고발되었고, ○○○○○○도 원고로부터 위와 같이 세금계산서를 수취하여 마찬가지로 고발된 점에 비추어 원고가 ○○○○○○으로부터 수취한 공급가액 2,300,000,000원, ○○○○○○에게 발행한 공급가액 2,346,000,000원의 각 세금계산서도 모두 실물거래 없이 발행 수취된 가공세금계산서라 할 것이므로 이와 다른 전제에서 하는 원고의 주장은 모두 이유 없고(원고 대표이사 권○○이 ○○○○지방검찰청에서 혐의없음 결정을 받은 것은 가공 거래처에 대한 조사결과가 자료로 모두 제출되지 않은 때문인 것으로 보인다), 결국 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.