토지초과이득세의 세액공제 가능 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고는 원고가 기납부한 토지초과이득세 27,522,790원 중 양도소득세 산출세액을 초과하는 세액 17,054,664원을 원고에게 환급한다.

• 가. 원고는 2002. 10. 8. 원고 소유의 인천 ○구 ○○동 000-0번지 전 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 양도하고, 피고에게 양도소득세를 자진신고하면서 토지초과이득세로 기납부한 27,522,790원을 필요경비로 공제하여 양도소득세를 산출하여 5,049,760원을 자진납부하였다.
• 나. 그 후 원고는 2003. 6. 26. 기납부한 토지초과이득세를 필요경비가 아닌 전액 기납부세액으로 공제하여 양도소득세 산출세액을 초과하는 부분을 환급하여 달라는 취지의 경정을 청구하였고, 이에 대하여 피고는 2003. 8. 28. 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 토초세법’이라 한다) 제26조 제1항 단서 및 토지초과이득세법폐지법률(1998. 12. 28. 법률 제5586호, 이하 ‘폐지법률’이라 한다) 부칙 제2조의 규정에 의하여 양도소득세 산출세액을 한도로 기납부한 토지초과이득세를 공제하여 원고에 대한 2002년도 귀속 양도소득세를 감액경정(이하 ‘최초 경정처분’이라 한다)하고, 기납부한 5,049,760원을 환급하였다.
• 다. 그 후 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2004. 3. 22. 원고의 소장 기재 주장 중 가, 나, 다, 마항의 주장을 받아들여 제1차 경정처분을 재검토하여 산출세액을 당초 12,776,365원에서 10,468,126원으로 경정처분(이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다)하였으나, 양도소득세 산출세액을 한도로 하는 토지초과이득세 세액공제는 변함이 없어 그계산 결과는 최초 경정처분과 동일하였다. 【인정근거: 다툼 없는 사실, 갑3호증의 1, 2, 을1호증의 1 내지 10, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지】

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 토지에 관하여 납부한 토지초과이득세 27,522,790원 전액을 양도소득세액에서 공제하여야 함에도 그 중 10,468,126원만 공제한 것은 헌법재판소의 토지 초과이득세법에 대한 위헌결정의 취지에 반하는 등 근거규정의 위헌성에 기인한 것으로서 위법하므로, 피고는 원고에게 양도소득세 산출세액을 초과하는 세액 17,054,664원을 환급하여야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 헌법재판소는 2006. 3. 30. 2003헌가11 사건에서 토지초과이득세 결정일로부터 3년 이내 유휴토지를 양도하는 경우에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 100%를 전액 세액공제하여 주면서도, 3년 후 6년 이내에 당해 토지를 양도하는 경우(이 사건의 경우이다)에는 양도소득세에서 토지초과이득세액 60%만 공제해 주고, 그 이후에는 전혀 세액공제는 해 주지 아니하고, 다만 이미 납부한 토지초과이득세액을 비용만으로 공제해 주도록 한 구 토초세법 제26조 제1항 제1호 중 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지등을 양도하는 경우”부분과 같은 항 제2호 및 제4항 중 양도소득세에 대한 부분에 대하여, 실질과세의 원칙 및 조세평등원칙에 위배되지 아니하고 납세자들의 재산권을 침해하는 조항으로 볼 수 없다는 이유로 합헌결정을 하였다.

(2) 돌이켜 이 사건의 경우를 보건대, 구 토초세법 제26조 제1항 본문 단서의 규정을 보면 양도소득세 과세시 기납부 토지초과이득세에 대한 세액공제의 경우 그 공제새액이 양도소득세의 납부세액을 초과하지 않도록 규정하고 있고, 폐지법률 부칙 제2조에서는 ‘이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다’라고 규정하고 있으며, 앞서 본 바와 같이 폐지법률은 합헌이라고 판단하였고 구 토초세법 제26조 제1항본문 단서도 위 헌법재판소의 결정취지에 비추어 위헌이라고 보기는 어려우므로, 원고가 1998.경 납부한 이 사건 토지에 대한 토지초과이득세 27,522,790원 중 양도소득세 산출세액(최초 경정처분시에는 12,776,365원, 이 사건 경정처분시에는 10,468,126원)을 세액공제금액으로 하여 양도소득세를 경정한 처분은 적법하다 할 것이다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관 계 법 령 ■ 구 토지초과이득세법 (1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 (양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세)

① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득 세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토 지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 1년이내에 유휴토지등을 양도하는 경우:100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴토지등을 양도하는 경우:100 분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토 지등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105 조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경 비에 산입하거나, 법인세법 제59조의5 내지 제59조의7의 규정에 의한 과세표준신고 를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별 부가세의 양도차익에서 공제한다. ■ 토지초과이득세법 폐지법률 (1998. 12. 28 법률 제5586호) 토지초과이득세법은 이를 폐지한다. 부칙 제2조 (일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과 하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한 다. 끝.