국조보조금이 간접적으로 교부된 경우 부가가치세 과세표준에 포함 여부

국고보조금이 국가 또는 그 지급사무를 위탁받은 지방자치단체로부터 사업자에게 직접 지급되지 않고 그 보조금의 혜택을 받을 자를 통하여 간접적으로 교부된 경우에도 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는지 여부(적극) 홍수피해주민을 위한 피해복구비가 주민들을 대표한 복구추진위원회를 통하여 피해복구를 위한 공사대금으로 사업자에게 교부된 경우, 여전히 국고보조금의 성질을 지니고 있다는 이유로 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 한 사례 【판결요지】 부가가치세법 제13조 제1항 제1호, 제2항 제4호, 같은법시행령 제48조 제1항에 의하면, 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 국고보조금으로 지급된 경우에는 이를 과세표준에 포함시키지 않는다고 규정하고 있는바, 그 입법 취지는 국고보조금의 교부대상이 되는 사업에 대하여 부가가치세를 면제함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하기 위한 데에 있으므로 그 지급이 국가(또는 그 지급사무를 위탁받은 지방자치단체)로부터 사업시행자에게 직접 지급되는 경로를 취하지 아니하고 그 보조금의 혜택을 받을 자를 통하여 간접적으로 사업시행자에게 교부되었다고 하더라도 그것이 국고보조금으로서의 성질을 그대로 지니고 있는 한 여전히 부가가치세 면제대상이 된다고 할 것이다(위 법령 및 보조금의예산및관리에관한법률 어디에도 국고보조금의 지급절차나 방식을 제한 한 규정을 찾아볼 수 없다). 홍수피해주민을 위한 피해복구비가 주민들을 대표한 복구추진위원회를 통하여 피해복구를 위한 공사대금으로 사업자에게 교부된 경우, 여전히 국고보조금의 성질을 지니고 있다는 이유로 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 한 사례. 【참조조문】 [1] 부가가치세법 제13조 제1항 제1호, 제2항 제4호, 부가가치세법시행령 제48조 제1항 [2] 부가가치세법 제13조 제1항 제1호, 제2항 제4호, 부가가치세법시행령 제48조 제1항 【주 문】

1. 피고가 1998. 1. 16. 원고에게 한 부가가치세 금 187,864,300원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【이 유】

갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 갑 제11호증의 1, 2, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4, 5호증의 각 기재에 의하면 다음 각 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

• 가. 원고는 1996. 11. 하순경 홍수피해를 입은 ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 등에 거주하는 주민대표들로 구성된 피해복구추진위원장들과 위 피해복구를 위한 공사도급계약을 공사대금을 금 1,589,621,000원으로 정하여 체결하고 1997. 5. 20.까지 모든 공사를 완료한 다음 위 위원장들로부터 위 대금을 교부받았다.
• 나. 원고는 1997년 제1기 부가가치세 과세표준과 세액을 신고·납부함에 있어, 위 대금은 ㅇㅇ군청으로부터 위원장들에게 국고보조금으로 지급된 것이어서 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 판단하고 이를 제외한 채 신고·납부하였다.
• 다. 피고는 1998. 1. 16. 부가가치세 과세대상에서 제외되는 국고보조금이란 국가로부터 직접 교부받은 보조금만을 의미하므로 원고가 위 대금을 국가로부터 그 지급사무를 위탁받은 ㅇㅇ군청으로부터 직접 교부받지 아니하고 위 위원장들로부터 교부받은 이상 위 대금은 국고보조금에 해당되지 않는다는 이유로 위 대금을 부가가치세가 포함된 공급 대가로 보고 이를 1.1로 나누어 과세표준을 산출한 후 가산세를 포함하여 이 사건 부가가치세 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

부가가치세법 제13조 제1항 제1호, 제2항 제4호, 같은법시행령 제48조 제1항에 의하면, 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 국고보조금으로 지급된 경우에는 이를 과세표준에 포함시키지 않는다고 규정하고 있는바, 그 입법 취지는 국고보조금의 교부대상이 되는 사업에 대하여 부가가치세를 면제함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하기 위한 데에 있으므로 그 지급이 국가(또는 그 지급사무를 위탁받은 지방자치단체)로부터 사업시행자에게 직접 지급되는 경로를 취하지 아니하고 그 보조금의 혜택을 받을 자를 통하여 간접적으로 사업시행자에게 교부되었다고 하더라도 그것이 국고보조금으로서의 성질을 그대로 지니고 있는 한 여전히 부가가치세 면제대상이 된다고 할 것이다(위 법령 및 보조금의예산및관리에관한법률 어디에도 국고보조금의 지급절차나 방식을 제한한 규정을 찾아볼 수 없다). 따라서 위 인정과 같이 홍수피해주민을 위한 피해복구비가 그 주민들을 대표한 복구추진위원회를 통하여 공사업자에게 그대로 전달되었다면 그 피해복구비는 여전히 부가가치세 면제대상인 국고보조금의 성질을 지니고 있다고 보아야 할 것이므로 이를 과세대상으로 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

그렇다면 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.