가산세 적용 여부

이 건 법인세 부과처분에 대한 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 ‘기각’합니다.

1.처분내용 처분청은 청구법인에 대하여 2005.11. 7.부터 2005.12. 9.까지 ‘2003 사업연도 법인세조사를 실시하여, 조사결과 2002. 2.18. K○○ 5호와 7호 기업구조조정 조합(이하 󰡐쟁점조합’이라 함)이 청구법인에 투자하여 청구법인의 현금증자로 290만주와 동일자에 청구법인의 자기주식 55만주를 양수하였고, 2003. 3.13. ’쟁점조합‘이 취득하고 있던 전환사채 20억원을 자본금으로 출자전환하여 발행주식 40만주를 추가로 증자받아 청구법인의 2002년도 및 2003년도의 주식과 자본금이 증가되었다. 이에 청구법인은, ‘쟁점조합’의 투자로 신주발행과 출자전환된 주식 등으로 자본금에 변동이 있었음에도 ’2002 사업연도와 ‘2003 사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고시 주식 등 변동상황명세서(갑)와 주식 등 변동상황명세서(을)에 자본금과 주식의 변동상황을 누락하여 기재된 주식 등변동상황명세서를 제출하여, 처분청은 법인세법 제76조 제6항 에의하여 액면가액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 주식변동상황명세서미제출가산세(이하 󰡐쟁점가산세’라 한다.)를 결정하고 2006. 2. 1. 법인세 770,000,000원을 2006. 2.28.납기로 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 4.17. 이 건 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인에 투자한 ‘쟁점조합’은 산업발전법 제14조 제1항 제6호 (1999. 2. 8. 법률 제5825호) 규정에 의하여 기업구조조정조합을 결성하고 업무집행을 위하여 산업자원부장권에 신청하여 등록된 기업구조조정 조합이고, 동시에 산업발전법 제15조 규정에 의하여 금융감독위원회에 등록된 기업구조조정 조합이므로 당시 조세특례제한법 제117조 제1항 2의 2와 동법 제55조 제1항에 규정에 의하여 기업구조조정 조합(전문회사)가 구조조정대상기업에 출자함으로서 취득한 주권을 양도하는 경우, 증권거래세와 양도소득세가 면제되고 있으므로 과세자료로서 실이익이 없어 주식 등 변동상황명세서 제출대상이 아니다. (2) 법인세법시행령 제161조 제5항 규정에 의하면, 동법 제119조의 규정에 의한 ‘주식 등 변동상황명세서’는 재정경제부령으로 정하며, 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다고 되어 있는데 이 규정에서, 주주는 자연인 개인이나 법인격 있는 독립된 법인만을 말한다고 보아야 하므로 ‘쟁점조합’은 별도의 자연인이나 법인이 아니며 주식투자자의 상품운용집합체이므로 별도의 주주역활을 하지 못하며 단순한 주식투자연합체에 불과하므로 당연히 주식 등 변동상황명세서의 기재 대상이 아니다.

(3) 2005. 2.19. 개정된 법인세법 시행령 제161조 제1항 제3호 에서 기업구조조정투자회사 등 간접투자를 행하는 『간접투자자산 운영업법 시행령』제2조 제2항 각호의 규정에 의한 법인을 주식 등 변동상황명세서 제출대상에서 제외한 것만 보아도 “쟁점조합”이 투자하여 취득한 주식 등은 주식 등 변동상황명세서 제출대상에서 제외되어야 하는 것을 입증하고 있으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

(4) 2005. 2.28. 개정된 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제52호 에서 ‘주식등 변동상황명세서’서식이 변경되어 2005년 신고분부터 제출대상을 축소하였으며, ‘양도소득세가 과세되는 주식양도의 경우에만 제출하도록 되어 있으므로 증권거래세와 양도소득세가 면제되는 ’쟁점조합‘은 주식변동내역을 기재하여 제출하는 대상이 아니므로 처분청의 가산세부과는 부당하다.

(1) 법인세법 제119조 에서 사업연도 중에 주식 및 출자지분의 변동상황이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등은 제외)은 주식 등 변동상황명세서를 동법 제60조의 규정에 의한 신고 기한 내에 제출하여야 한다고 규정하고 있어, 상법상의 모든 인적․물적회사 및 출자금에 의하여 설립된 조합까지도 주식 및 출자지분의 변동 상황이 있는 경우, 변동된 사업연도의 신고기한 내에 주식변동상황명세서를 제출하여야 한다.

(2) 청구법인이 주장하는 “쟁점조합”이 조세특례제한법 제117조 제1항 에 의하여 증권거래세 등이 면제되는 조합이라 하더라도 법인세법 제119조 규정과 관련이 없으므로 당초 가산세 결정처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 기업구조조정조합이 청구법인에 출자하여 청구법인의 주식수와 자본금에 변동이 있을 경우, 청구법인이 법인세 신고시 주식변동상황을 기재한 주식변동상황명세서를 제출할 의무가 있는지 여부
• 나. 관계법령

○ 법인세법 제76조 【가산세】

① ～ ⑤ (생략)

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식등변동상황명세서(이하 이 조에서 "변동상황명세서"라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출·누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법시행령 제120조 【가산세의 적용】

① ～ ④ (생략)

⑤ 법 제76조제6항에서 "대통령령이 정하는 불분명한 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조제5항제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

○ 법인세법 제119조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 사업연도중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식 등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 법인세법시행령 제161조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 법 제119조제1항에서 “대통령령이 정하는 조합법인 등”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 제1조 제1호 내지 제11호의 법인(그 중앙회 및 연합회를 제외한다)

2. 간접투자자산 운용업법에 의한 투자회사 및 투자전문회사

3. 기업구조조정투자회사 등 간접투자를 행하는 간접투자자산 운용업법 시 행령제2조제2항 각호의 규정에 의한 법인 4호 ～ 5호 생략

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다. (2001.12.31. 개정)

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호 (1998.12.31. 개정)

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황 (1998.12.31. 개정)

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항 (1998.12.31. 개정)

4. 삭 제 (2005. 2.19.)

○ (구) 법인세법시행령 제161조 【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 법 제119조제1항에서 “대통령령이 정하는 조합법인 등”이라 함은 제1조 제1호 내지 제10호의 법인(그 중앙회 및 연합회를 제외한다)을 말한다.(2005. 2.19. 개정전의 것)

② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식 2호 ～ 3호 (생략)

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액출자자”라 함은 출자총액이 500만원이하인 출자자를 말한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다. (2001.12.31. 개정)

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

4. 소득세법시행령 제165조 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의한 기준시가

○ 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

② 제1항 제2호에서 "소액주주 등"이라 함은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주 등과 특수관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다. (2002.12.30. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 법인조사결과 2002. 2.18. ‘쟁점조합’이 청구법인에 125억(K○○ 5호 기업구조조정 조합 7,250백만원, K○○ 7호 기업구조조정 조합 7,250백만원)투자하여 청구법인의 주식 290만주(액면가액 5,000원)을 취득하였고, 같은 일자에 청구법인의 자기주식 55만주를 양수(액면가액 5,000원)하였으며, 2003. 3.13. ’쟁점조합‘이 취득하고 있던 전환사채 20억원이 자본금으로 출자전환되면서 신주 40만주(액면가액 5,000원)가 발행되어 청구법인의 주식과 자본금이 변동되었음이 법인세조사복명서 및 이의신청서에 의해 확인된다.

(2) ‘2005. 2.28. 개정된 법인세법시행규칙 제82조 【서식】 제1항 제52호에 의하여 개정 전의 서식인 ‘주식 등 변동상황명세서(갑)’와 ‘주식 등 변동상황명세서(을)’서식이, ‘주식 등 변동상황명세서’와 부표인 ‘주식․출자지분 양도명세서’로 변경되었으며, 변경된 부분이 ‘주식 등 변동상황명세서(본표)’의 기재사항에는 변동이 없으나, ‘주식 등변동상황명세서’의 기재대상인 일반주주․출자자(소액주주제외)가 주식을 양도한 것 중 양도소득세 과세대상이 되는 주식의 양도 및 취득내용을 ‘주식 등 변동상황명세서’의 부표인 ‘주식․출자지분 양도명세서(종전 주식 등 변동상황명세서(을))’에 기재하는 것으로 변경되었으며, 부칙에서 이 규칙 시행 후 신고․신청 또는 제출하는 분부터 적용하는 것으로, 이 사건 청구법인의 주식 등 변동상황명세서는 시행일 전인 2003. 3월과 2004. 3월에 제출되었음이 청구법인의 주식 등 변동상황명세서에 의해 확인된다.

(3) ‘쟁점조합’이 청구법인의 주식을 양수 및 양도한 내역과 청구법인의 자본금변동내역이 아래와 같음이 처분청의 조사복명서 및 청구법인의 이의신청서에 의해 확인된다. (‘쟁점조합’의 주식 양도․양수 내역) (단위: 주) 거래일자 구 분 거래주식수 보유주식수 비 고

2002. 2.18. 유상증자 2,900,000 2,900,000 현금증자

2002. 2.18. 양수 500,000 3,450,000 청구법인의 자기주식양수

2002. 2.28. ～2002.12.31. 양도 2,300,000 1,450,000 주식처분

2003. 1. 1. ～2003.2.21. 양도 300,000 1,150,000 주식처분

2003. 3.13. 전환사채 400,000 1,550,000 ‘쟁점조합’소유 전환사채의 출자전환

2003. 3.14. 이후양도 양도 1,550,000 0 주식처분 (청구법인의 자본금 변동 내역) (단위: 주, 금액: 천원) 일 자 증자주식수 증자금액 증자후주식수 증자후자본금 비 고

1995. 6.25.

• - 2,073,600 10,368,000 증자전 자본금

2002. 2.18. 2,900,000 14,500,000 4,973,600 24,868,000 ‘쟁점조합’ 현금증자

2002. 2.18. 16,133 80,665 4,989,733 24,948,665 금융기관의 채무출자전환

2003. 3.13. 400,000 2,000,000 5,389,733 26,948,665 ‘쟁점조합’의 전환사채 출자전환

(4) ‘쟁점조합’이 2002. 2.18. 현금증자 등으로 취득한 청구법인의 주식 3,400,000주에 대하여 ‘2002사업연도 법인세신고시 제출한 주식 등 변동상황명세서(갑)에 ‘쟁점조합’의 조합명, 사업자등록번호, 주주별 주식 등의 보유현황, 사업연도 중의 주식 등의 변동사항이 기재 되어 있지 않고, ‘쟁점조합’이 취득한 주식수량이 단순히 ‘2002.12.31.현재 소액주주 기말주식란 기재되어 있을 뿐이며, 주식 등 변동상황명세서(을) - 상장주식 양도 상황에도 ’쟁점조합‘의 주식양도내역이 기재되지 않았음이 ‘2002사업연도 법인세 신고시 제출한 주식 등 변동상황명세서(갑) 및 주식 등 변동상황명세서(을) - 상장주식․출자지분양도상황에 의해 확인된다.

(5) ‘쟁점조합’이 ‘2003. 3.13. 전환사채의 출자전환으로 취득한 청구법인의 주식 400,000주에 대하여, ‘2003사업연도 법인세신고시 제출한 주식 등 변동상황명세서(갑)에 ‘쟁점조합’의 조합명, 사업자등록번호, 주주별 주식 등의 보유현황, 사업연도 중의 주식 등의 변동사항이 기재 되어 있지 않고, 단순히 ‘2003.12.31. 현재 소액주주 기초주식란 기재되어 있을 뿐이며, 주식 등 변동상황명세서(을) - 상장주식 양도 상황에도 󰡐쟁점조합󰡑의 주식양도내역이 기재되지 않았음이 ‘2003사업현도 법인세 신고시 제출한 주식 등 변동상황명세서(갑) 및 주식 등 변동상황명세서(을) - 상장주식․출자지분양도상황에 의해 확인된다.

(6) ‘2005. 2.19. 개정된 법인세법시행령 제161조 제1항 제3호 에 의하여 ‘주식 등 변동상황명세서’ 제출대상에서 제외되는 법인에 ‘쟁점조합(간접투자자산 운용업법 시행령 제2조 제2항 에서 정한 조합)’이 추가로 포함되었으나, 이 규정은 주식 등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서에 제출의무가 있는 법인에서 제외한다는 것으로, ‘쟁점조합’이 투자한 상장법인인 청구법인이 제출대상에서 제외된다는 뜻이 아니다.

(7) 이상의 사실관계를 종합한 바, 현행 법인세법에서는 주권상장법인의 ‘소액주주’가 소유한 주식에 변동이 있을 경우에만, 주식변동상황명세서제출을 면제하고 있고, ‘소액주주’라 함은 법인세법시행령 제87조 제2항 의 규정에 의하여 발행주식총수의 100분의 1에 미달하는 주식을 소유한 주주를 말하는 것으로, ‘쟁점조합’이 ‘2002. 2.18.에 청구법인의 자기주식 500,000주와, 현금유상증자 2,900,000주 합계 3,500,000주를 소유하게 되어 청구법인의 총발행주식 4,973,600주의 70.3%를 소유하게 되어 청구법인의 대주주로 주식변동상황명세서 제출이 면제되는 ‘소액주주’에 해당되지 않으므로, ‘쟁점조합’의 소유주식변동에 따른 증권거래세나 양도소득세가 면제된다하여 ‘쟁점조합’의 주식변동상황에 대하여도 제출의무가 면제되는 규정은 없고, ‘쟁점조합’의 주식변동이 증여(상속)세까지도 면제되는 것은 아니며, 또한, 청구법인은 ‘쟁점조합’이 소액주주에 해당되지 아니하는 대주주에 해당되어 ‘주식 등 변동상황명세서’에 주주별로 구분하여 기재하여야 함에도, ‘소액주주’란에 다른 ‘소액주주’와 일괄 기재하여 ‘대주주’의 주식변동상황을 알 수 없도록 하여 법인세법 제76조 제6항 에 규정된 “변동상황을 누락하여 제출한 경우”또는 “제출한 변동상황명세서가 불분명한 경우”에 해당하고, ‘2005. 2.28. 개정된 법인세법시행규칙 제82조 【서식】 제1항 제52호에 의하여 개정 전의 서식인 ‘주식 등 변동상황명세서(갑)’과 ‘주식 등 변동상황명세서(을)’ 서식이 ‘주식 등 변동상황명세서’와 부표인 ‘주식․출자지분 양도명세서’로 변경되었으나, 이 규정은 개정 후 신고․신청 또는 제출하는 분부터 적용하는 것으로, 이 사건 주식 등 변동상황명세서제출이 2003. 3월과 2004. 5월로 개정 전에 제출된 것이어서 변경 전 서식으로 제출하여야 하며, 설사, 개정 후라 하더라도 주식 등 변동상황명세서(본표)에 청구법인의 총발행주식의 70.3%를 소유한 ‘쟁점조합’의 조합명, 사업자등록번호, 주식보유현황, 사업연도 중의 주식변동상황을 다른 ‘소액주주’와 분리하여 기재하여야 하는 것이어서, 청구법인이 ‘쟁점조합’의 출자로 인한 주식변동상황을 기재하여 주식변동상황명세서를 제출할 의무를 위반하였으므로, 법인세법 제76조 제6항 에 의하여 주식변동상황명세서미제출가산세를 결정한 처분청의 부과처분은 적법하다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.