조기환급 대상인지 여부

○○세무서장이 2005.12.29. 청구인에게 한 2005. 2기 부가가치세 과세처분은,

1. 쟁점1(쟁점1공사)에 대한 청구의 주장은 이유 없으므로 기각하고,

2. 쟁점2(쟁점2공사)에 대한 청구의 주장은 받아들여 불공제한 부가가치세매입세액을 당해기간(2005. 2기)의 부가가치세매입세액으로 추가 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 경정하고,

3. 쟁점3(조기환급)에 대한 청구의 주장이 이유 없으므로 기각한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 소재의 ○○타운(이하 ‘○○타운’이라 한다)에 대해 부동산개발 및 시행을 담당한 법인으로,

2005. 2기 예정신고기간 중에 ‘○○타운’ 리모델링공사(이하 ‘쟁점1공사’이라 한다)와 관련하여 청구 외 (주)○○종합건설로부터 매입세금계산서 12,343백만원(이하 공급가액), 냉난방설치공사(이하 ‘쟁점2공사’이라 한다)와 관련하여 청구 외 ○○코리아(주)로부터 매입세금계산서 3,448백만원, 기타의 부동산개발․시행과 관련하여 51백만원, 총 15,942백만원의 매입세금계산서를 교부받고, 총 세액 1,584백만원으로 하여 처분청에 2005.10.25. 부가가치세세 조기환급 신고하였다. 이에 대해 처분청은 2005.11. 3. - 11. 9. 기간 동안 세무조사를 실시하여 총 매입금액 15,942백만원 중 쟁점1공사 매입금액 3,927백만원, 쟁점2공사 매입금액 1,203백만원의 세금계산서는 건설용역의 공급시기 보다 과세기간을 달리하여 지연 교부되어 사실과다른세금계산서로 보아 매입세액 512백만원은 불공제하였고, 또 나머지 환급세액 1,072백만원은 청구법인 소유의 사업용고정자산에 대한 시설투자 매입이 아니어서 일반환급 대상으로 결정하였다. 이에 불복하여 청구인은 처분청의 2005.12.29. 과세전적부심사 결정을 거쳐 200 6. 3. 9. 이 건 이의신청을 청구하였다.

(1) ○○타운의 리모델링공사(‘쟁점1공사’)를 위하여 청구 외 (주)○○종합건설과 2004.12.15. 체결한 ‘민간건설공사 표준도급계약서’에 의하면 모든 공사대금은 ‘을’((주)○○종합건설)이 ‘갑’(청구법인)에게 요청하면 ‘갑’은 지체 없이 ‘을’에게 지급하여야 하며, 그 지급시기와 기성금 지급액은 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 현금으로 지급한다고 되어 있으나, 동 계약서 제39조 특약사항 제11호에 의하면 2005. 7. 1. 1차 기성금으로 35억원을 지급한 후 추후 기성금은 상호 협의한다고 되어 있어 특약사항대로 세금계산서를 정상적으로 교부받아 매입세액을 공제하한 것이므로 이를 부인한 처분청의 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 ○○타운의 냉난방설치공사(‘쟁점2공사’)를 위하여 청구 외 ○○코리아(주)와 2004. 4.21. 체결한 ‘냉난방설치공사계약서’에 의하면 1차공사대금은 공사계약금 10%는 계약 후 20일 이내 현금으로 지급하고 이후 기성부분금은 공정율에 의거 월1회 계산서 발행 후 10일 이내 현금으로 지급한다고 되어 있으므로, 반드시 기성고 검사 후 기성부분금을 청구하여야 함에도 이 건은 그러하지 하니 하였다. 이에 청구법인은 거래상대방이 발행하여 오는 세금계산서대로 부가가치세를 신고하여 공제한 것은 정당하다. 통상적으로 기성고 지급조건의 거래인 경우에는 계약 당사자간에 공사진척도를 확인하고 공사대금을 청구하여야 하나, 쟁점1, 2공사의 경우 청구외법인들은 공사기성고에 대한 확인신청 및 확인절차 없이 일방적으로 기성고를 신청한 것이므로 처분청이 기성부분금을 청구한 날을 용역의 공급시기로 본 처분은 부당하며, 이 건 공급시기는 객관적으로 확인이 가능한 세금계산서 발행한 날로 봄이 타당하다.

(3) ○○타운 부동산의 등기상 소유는 청구 외 ○○(주)이나 동 부동산을 임차인연합위원회로부터 청구법인이 가등기 권리를 양수받은 사실이 있으므로 사실상 실질소유자이며, 이 건은 청구법인의 사업용고정자산에 대한 시설투자이므로 부가가치세 조기환급 대상이다.

(1) ○○타운의 리모델링공사(쟁점1공사)를 위하여 청구 외 (주)○○종합건설과 20 04.12.15. 체결한 ‘민간건설공사 표준도급계약서’ 제38조(공사대금 지급시기 및 지급액)에 의하면, 계약금은 계약체결 시 공사금액의 10%를 지급하고, 기성금은 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 현금으로 지급하며, 동 계약서 제20조(기성부분금)에 의하면, 청구 외 (주)○○종합건설은 ‘기성부분금에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 청구법인은 지체 없이 검사하고 그 결과를 통지해야 하나 7일 이내 통지가 없는 경우에는 합격한 것으로 본다’라고 규정하고 있다. 동 규정에 따라 2005. 2기 중에 기성 청구하여 공급시가가 도래한 8,421백만원이나 세금계산서는 12,343백만원을 교부받아 공제받은 사실로, 그 차이 3,922백만원(세액 392백만원)은 과다 공제로 매입세액을 불공제한 것이므로 당초의 처분은 정당하다. 청구법인이 주장하는 도급계약서상 제39조(특약사항) 제11호는 ‘2005. 7. 1. 1차 기성금으로 35억원을 지급한 후 추후 기성금은 상호 협의한다’ 내용은 기 공급시기가 확정된 금액을 세금계산서를 발행하기 위하여 2005. 7. 1. 수기로 추가 삽입한 것으로 판단되며, 또 동 특약사항이 있다하더라도 이 건 공급시기 판단에는 영향을 미치지 아니하다.

(2) ○○타운의 냉난방설치공사(쟁점1공사)를 위하여 청구 외 ○○코리아(주)와 20 04. 4.21. 체결한 ‘냉난방설치공사계약서’ 제6조에 의하면 ‘계약금 10% 696백만원은 계약 후 20일 이내 현금으로 지급하고, 기성금액은 공정율에 의해 월1회 계산서 발행 후 10일 이내 현금 지급한다고’ 규정하고 있으며, 동 규정에 따라 2005. 2기 중에 기성 청구하여 공급시가가 도래한 것은 2,245백만원이나 세금계산서는 3,488백만원을 교부받아 공제한 사실로, 그 차이 1,203백만원(세액 120백만원)은 과다 공제로 매입세액을 불공제한 것이므로 당초의 처분은 정당하다.

(3) ○○타운의 등기부상 소유는 (주)○○ 및 (주)○○부동산신탁으로 확인되며, 1998. 9.23. ○○임차인연합회의 ‘소유권이전청구권가등기’, 2005. 3.17. ○○유동화전문회사의 ‘가등기소유권이전청구권 가처분 금지’가 되어 있는 부동산으로서, 부동산 소유는 부동산개발 및 시행업을 영위하는 청구법인과는 무관하며 실질소유자라는 청구주장은 입증되지 아니하여 일반환급의 결정은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구법인이 쟁점1공사와 관련하여 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받았는지 여부

2. 청구법인이 쟁점2공사와 관련하여 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받았는지 여부

3. 부동산개발 및 시행업자인 청구법인이 건설용역의 대가를 지급하고 교부받은 부가가치세 매입세액이 조기환급 대상인지의 여부

• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

○ 부가가치세법 시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】

① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (2004. 3. 30. 개정)

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

② 사업자가 다음 각호의 규정에 의한 공급시기가 도래하기 전에 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 법 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2004. 3.30. 신설)

1. 영 제21조 제1항 제2호의 규정에 의한 장기할부판매의 공급시기 (2004. 3.30. 신설)

2. 영 제21조 제1항 제4호의 규정에 의한 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기 (2004. 3.30. 신설)

3. 영 제22조 제2호의 규정에 의한 장기할부 또는 통신 등 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기 (2004. 3.30. 신설)

○ 부가가치세법 기본통칙 9-22…4 【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】 사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서 상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

○ 대법2002두3089, 2003.11.28. 중간지급조건부는 계약이 취소ㆍ해제되는 등으로 그 효력을 중도에 상실하는 사정이 없는 한 그 대가의 수수여부와는 관계없이 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 부가가치세 납부의무의 성립함.

○ 국심2004중1835, 2004.09.08. 중간지급조건부 거래로 대가의 각 부분을 받기로 한때 세금계산서를 수취하여야 하나, 과세기간을 달리하여 세금계산서를 수취하였으므로 사실과 다른 세금계산서에 해당함

○ 국심2001전3249, 2002.02.23. 건설용역의 공급시기인 공사완공 전에 공사대금 전액에 대해 세금계산서를 교부한 경우 그 교부시기가 공급시기로서 매입세액 공제 대상임

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제24조 【환 급】

① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다. (1995.12.29. 개정)

② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

1. 제11조의 규정이 적용되는 때

2. 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때

○ 부가가치세법시행령 제73조 【조기환급】

① 법 제24조 제2항에서 규정하는 환급세액은 각 예정신고기간별로 그 예정신고기한 경과 후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제22조 의 2 【조기환급신고】

② 영 제73조 제2항에 규정하는 건물등감가상각자산취득명세서는 별지 제17호의 2 서식에 의한다.

③ 법 제24조 제2항에서 “사업설비”라 함은 소득세법 시행령 제62조 및 법인세법 시행령 제24조 에 규정하는 감가상각자산을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

• 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 “건축물”이라 한다)
• 다. 사실관계

(1) 청구법인은 ‘○○타운’에 대해 부동산개발․시행을 담당한 법인으로, 동 부동산의 리모델링공사(쟁점1공사) 및 냉난방설치공사(쟁점2공사)와 관련하여 총 15,942백만원의 매입세금계산서를 교부받아 세액 1,584백만원으로 하여 부가가치세 조기환급 신고하였다. 이에 대해 처분청은 세무조사를 실시하여 쟁점1공사 관련 매입금액 3,927백만원과 쟁점2공사 관련 매입금액 1,203백만원은 용역의 공급시기 보다 세금계산서가 과세기간을 달리하여 지연 교부되어 사실과다른세금계산서로 보아 매입세액 512백만원은 불공제 하였으며, 나머지 세액 1,072백만원은 청구법인 소유의 사업용고정자산에 대한 투자가 아니므로 일반환급으로 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.29. 처분청의 과세전적부심사 결정을 거쳐 이 건 이의신청을 청구하였다. 위 사실은 처분청이 제시하는 부가가치세결정결의서, 조사종결복명서, 과세전적부심사결정서 등에서 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점1공사 및 쟁점2공사에 대해 청구외법인들로부터 관련 공사계약서 규정에 따라 건설용역의 공급시기에 맞게 세금계산서를 정당하게 교부받아 환급신청 것이므로 매입세액을 불공제한 처분은 부당하며, ‘○○타운’은 청구법인이 등기상 소유는 아니나 사실상 소유자이므로 이 건 리모델링공사에 대한 매입세액은 부가가치세 조기환급 대상에 해당된다는 주장이다. 이하에서는 쟁점1(쟁점1공사), 쟁점2(쟁점1공사), 쟁점3(조기환급 여부)으로 구분하여 살펴본다.

○ 쟁점1: 청구법인이 쟁점1공사와 관련하여 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받았는지 여부

① 청구법인은 쟁점1공사를 위하여 청구 외 (주)○○종합건설과 2004.12.15. ‘민간건설공사 표준도급계약서’를 체결한 바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

• 공사명: ○○타운 리모델링공사(계약일: 2004.12.15.)

• 공사기간: 2005. 1.16. - 2005. 9.30.

• 공사금액: 25,969백만원(부가가치세 제외된 공급가액임)

• 계약금: 공급가액의 10%(부가가치세 별도)

• 대금지급방법 및 시기: 제38조(공사대금의 지급시기 및 지급액)에 따른다.

• 대가지급 지연이자율: 은행이자율

• 도급인(갑): (주)○○코리아(청구법인), ○○타운 임차인연합위원회, (주)○○월드. (주)○○타운

• 수급인(을): (주)○○종합건설

• 붙임: 민간건설공사 표준도급계약 일반조건 [민간건설공사 표준도급계약 일반조건] - 관련 사항 요약 제9조(계약금)

• 갑은 공사착공에 필요하다고 하여 을이 청구하는 경우 공사금액의 10%를 을에게 계약금을 지급하며, 제38조의 규정을 준용한다. 제21조(기성부분금)

• 을은 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 갑은 지체 없이 검사를 하고 그 결과를 을에게 통지하여야 하며 7일 이내 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다 제24조(대금지금)

• 갑은 을의 대금지금 청구에 의거 즉시 을에게 공사 대금을 지급하여야 한다.

• 갑은 공사대금을 지급기한내 지급하지 못하는 경우 지급기한 다음날부터 지급하는 날까지 지연이자를 가산하여 지급하여야 한다. 제38조(공사대금의 지급시기 및 지급액)

• 계약금: 계약체결 시 공사금액의 10%를 지급한다.

• 기성금: 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 지급한다.

• 잔금: 감리보고서 및 감독관의 확인에 의해 준공검사 합격 후 30일 이내 정산 지급한다. 제39조(특약사항) 10호: 을의 현장소장은 공사 진행에 있어 갑으로부터 임명된 감독관 및 감리자를 통해서만 업무를 협의하고 지시를 받는다. 11호: 2005년 7월 1일 1차기성금으로 약 35억원을 을에게 지급하고 추후 정산금은 상호협의 후 처리하도록 한다.(수기 작성)

② 쟁점1공사의 수급인 청구 외 (주)○○종합건설(‘을’ 이하 ‘수급인’이라 한다)은 계약금은 지급받지 못하였으나, 2004.12.14. 공사도급계약을 체결한 후 청구법인의 쟁점1공사 추진 테스크포스팀(TF팀)의 적극적인 지원에 힘입어 공정계획에 따라 적법하고 안전하게 공사가 진행되고 있으며, 그 결과 각 공정마다 설계 감리자의 지도와 감독관의 확인 및 승인과정을 거쳐 공정 진척률에 따라 매월 기성금을 청구한 것으로 확인되며(‘○○타운 리모델링공사 기성신청’ 제목의 서류) 그 대금을 지급해 줄 것을 2005. 3월부터 매월 요청하였다.

③ 수급인이 기성금에 대해 대금지급을 요청하였으나, 청구법인이 공사대금을 제때 지급하지 아니하자 수급인은 100억 이상의 공사비 투입으로 자금압박이 극에 달해 공사 추진이 힘들다 하여 기성금 지급을 수회 독촉한 바 있으며, 청구법인은 2005. 6.15.까지 기성금 일체를 지급한다는 ‘공사비지급 보장 각서’를 작성하여 교부하였다. 그러나 수급인은 공사에 투입된 체불노임 지급을 위하여 약 30억원을 2005. 5.31. 긴급 요청하였으며, 동 요청에 따라 2005. 6. 3. - 6.24.까지 2,979백만원(부가가치세 별도)을 지급하였다. 동 사실은 처분청이 제시한 다음의 심리자료에서 확인된다.

• 수급인의 문서: ○○0503-01, 2005. 3.31, ○○0505-01, 2005. 5. 2, ○○05 05-01, 2005.05.31., ○○050630-02, 2005. 6.30, ○○050801-01, 2005.08.01. 외

④ 수급인은 공정계획에 따라 공사를 진행하고 ‘자금소요계획서 및 공사원가 내역별 투입 내역’을 붙여 기성을 청구하였으며 그 내역은 다음과 같다. 부가가치세가 제외된 공급가액 기준 (표1) 기성 청구금액 (수급인) 백만원 기성금 지급 (청구법인) 백만원 세금계산서 발행 백만원 기별 1차 2005-03-31 4,100 2차 2005-05-02 5,650 3차 2005-05-31 5,395 소계 (15,145) 2005-06-03 961 2005-06-15 273 05.1기 2005-06-16 573 2005-06-17 127 2005-06-21 136 2005-06-24 636 4차 2005-06-30 1,231 2005-06-30 455 소계 (3,162) 2005-07-01 3,162 2005-07-07 727 2005-07-07 2,727 5차 2005-08-01 1,815 2005-08-01 3,636 05.2기 2005-08-02 636 6차 2005-08-31 5,375 소계 (7,190) 2005-09-16 2,818 2005-09-16 2,818 계 23,565 12,343 12,343

• 부가가치세법시행령 제22조 의 용역의 공급시기의 규정은 다음과 같다. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

• 이 건 공사계약서상 대금지급 시기는 다음과 같다. 제21조(기성부분금): 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 7일 이내 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다. 제38조(공사대금의 지급시기 및 지급액): 기성금은 매월 30일 기준으로 기성청구서에 의거 익월 5일 이내 지급한다. 처분청은 공사계약서의 규정에 따라 기성청구일 익월 5일을 공급시기로 보아 수급인이 청구한 4, 5, 6차 기성금 8,421백만원은 2005. 2기에 공급시기가 확정하고, 동 기간에 청구법인이 교부받은 세금계산서 12,343백만원의 차이 3,922백만원은 과다공제 받은 사실과다른세금계산서로 세액 392백만원을 매입세액을 불공제하였다.

⑤ 이에 대해 청구법인은 동 계약서 제39조 특약사항 제11호에 의하면 2005. 7. 1. 1차 기성금으로 약 35억원(부가가치세포함, 공급가액기준 31.8억이 됨)을 지급한 후 추후 기성금은 상호 협의한다고 되어 있어 특약사항대로 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제한 것은 정당하다고 주장하며, 또, 기성고 지급조건의 거래인 경우에는 거래당사자간에 공사진척도를 확인하고 이에 따라 공사대금을 청구하여야 하나 청구법인의 기성고 확인절차 없이 기성을 청구한 것이므로 중간지급조건부에 해당하지 아니하며 객관적으로 확인이 가능한 세금계산서를 발행한 날이 공급시기가 되어야 한다는 주장이다.

⑥ 처분청은 청구법인이 주장하는 도급계약서상 제39조(특약사항) 제11호의 규정은 2005. 6월 중에 지급한 금액 31.6억원은 2005. 7. 1일자로 발행한 세금계산서 31.6억원이 서로 일치하고 계약의 흐름상 계약초기부터 존재하였다고 볼 수 없어 세금계산서 발행을 위하여 추가로 수기로 작성되었으며, 또 비록 특약사항이 존재한다 하더라도 부가가치세법상 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 이므로 이미 확정된 금액을 특향사항에 의하여 지급한 것에 불과하여 용역의 공급시기 판단에는 전혀 영향을 미치지 아니하다는 주장이다.

⑦ 위 사실관계를 종합하여 볼 때 쟁점1공사의 계약금 및 기성부분금의 지급에 대해서는 공사계약서에서 명확하게 규정되어 있다 할 것이며, 공사는 청구법인의 공사추진 테스크포스팀(TF팀)의 적극적인 지원으로 공정계획에 따라 진행되었음이 확인되며, 수급인은 공사진척률에 따라 청구법인으로부터 임명된 감독관 및 감리자의 지도 및 감독관의 확인․승인과정을 거쳐 공정 진척률에 따라 표1의 기성부분금은 청구한 것으로 확인된다. 또 수급인은 청구한 기성금이 제때 지급하지 아니하자 자금압박이 극에 달해 기성금 지급을 수회 독촉한 바 있으며, 그에 따라 기성청구한 공사대금 중 약 30억 원을 2005. 6. 3. - 6.24.까지 6회에 걸쳐 지급한 사실이 확인된다. 따라서, 쟁점1공사는 계약이 취소ㆍ해제되는 등으로 그 효력을 중도에 상실하는 사정이 없는 한 그 대가의 수수여부와는 관계없이 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 되어야함이 타당하므로(같은 뜻: 대법2002두3089, 2003.11.28.) 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 한편, 청구인은 계약 당시부터 특약사항으로 2005. 7. 1. 1차 기성금으로 약 35억원(부가가치세 제외 금액은 31.8억원)을 수급인에게 지급하기로 약정하였다고 주장하나, 동 주장은 수급인이 청구법인에게 기성금을 청구하였으나 공사대금을 제때 지급하지 아니하여 수회 독촉한 사실과 체불 노임의 지급을 위해 긴급히 요청한 금액을 지급한 사실 등으로 특약사항 11호는 계약서 전체 내용․공사 진행 상황․기성금 청구 및 대금지급 과정 등으로 보아 원시 계약서에 당초부터 존재한 것이라고는 볼 수 없으므로, 이 건 공급시기 판단에는 영향을 미치지 아니하여 이에 대한 청구주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

○ 쟁점2: 청구법인이 쟁점2공사와 관련하여 부가가치세 매입세액을 과다 공제 받았는지 여부

① 청구법인은 쟁점2공사를 위하여 청구 외 ○○코리아(주)와과 2005. 4.21. ○○타운 ‘냉난방설치공사계약서’를 체결한 바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

• 발주자: ○○코리아(갑)

• 공사기간: 1, 2차 공사 2005. 4. 21.(계약일) - 2005. 9. 2.까지

• 계약금액: 6,966백만원(부가가치세 제외된 공급가액임)

• 대금지급방법

1. 1차 공사대금: 계약금액의 10%를 계약 후 20일 이내 지급한다.

2. 기성부분금: 공정률에 의거 월1회 계산서 발행 후 10일 이내 현금지급 ※ 기성부분금은 에너지합리화자금 융자대출로 지급

• 갑 지급보증인: (주)○○타운, ○○(주), (주)○○월드 [계약조건] 제4조(기성관리) 4.1 매월 기준일에 기성청구원과 첨부자료를 제출한다. 4.2 을의 기성청구원에 따라 갑은 계약내용에 따라 지급한다.

② 쟁점1공사의 수급인(을)인 청구 외 ○○코리아(주)(이하 ‘수급인’이라 한다)은 공정 진척률에 따라 기성금을 청구한 내역은 다음과 같다. 부가가치세가 제외된 공급가액 기준(표2) 기성 청구금액 (수급인) 백만원 기성금 지급 (청구법인) 백만원 세금계산서 발행 백만원 기별 1차 2005-5-15 633 2005-5-31 570 05.1기 소계 (1,203) 2005-6-24 545 2005-7-11 586 2005-7-28 697 05.2기 2005-7-29 700 2005-8-2 455 2005-8-17 493 2005-8-25 686 2005-8-31 1,184 2005-9-22 480 소계 (2,245) 2005-9-30 867 3,448 1,000 3,448

③ 위 공사계약서 규정을 보면, 기성청구 및 검사에 관한 명확한 규정은 없으며, 기성부분금에 대한 공사대금지급기일이 사실상 명시되어 있지 않다. 또 공사기성금은 공정률에 의거 월1회 세금계산서 발행 후 10일 이내 지급한다고 규정하고 있으나, 기성부분금은 에너지합리화자금 융자대출로 지급한다고 규정하고 있어 이 건 공급시기를 판단할 수 있는 계약서상 요건은 명료하지 아니하다. 이에 수급인은 위 표2와 같이 기성청구와 세금계산서 발행은 각각 달리 한 것으로 확인되며, 또 계약금은 공정 0% 상태에서 기성청구 형식으로 2005. 5.15. 청구한 것으로 확인된다. 이에 처분청은 기성청구한 때를 공급시기로 보아 상기 표2와 같이 2005. 1기에 기성청구한 금액 2,245백만원이나 3,448백만원의 세금계산서가 교부되어 1,203백만원은 과다공제 받은 사실과다른세금계산서로 보아 세액 120백만원을 불공제하였다.

④ 통상 기성고 지급조건이 되기 위하여는 계약서상 기성고검사 및 그 확인절차가 규정되고 그 규정에 따라 이행된 경우를 말하는 것이나(같은 뜻: 국심99구1388, 2000.01.19. 외) 쟁점2공사는 기성고에 따라 그 대가를 지급 받기로 하였으나, 기성고 신청 및 검사에 관한 규정과 대금지급 일자 등이 구체적으로 명시되어 있지 아니한 이 건에 대해 처분청은 단순히 기성청구일을 용역의 공급시기로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 따라서, 기성고 검사확인신청 및 그 확인절차 없이 지급한 금액은 정해진 공사기간 내에 원활한 공사의 완공을 추진하기 위한 착수금 내지 자금지원 목적으로 지급된 선급금으로 보아야 할 것(같은 뜻: 국심2001전3249, 2002.02.23, 국심99구1388, 2000.01.19, 국심2003중1431, 2003.07.01. 외)이며, 이 건 쟁점2공사는 공사계약서상 기성부분금은 세금계산서 발행 후 10일 이내 현금을 지급한다는 규정이 있는 점 등으로 보아 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때의 공급시기는 계약 당사자 간에 객관적으로 확인이 가능한 세금계산서를 발행한 날로 보는 것이 타당하다 하겠다(같은 뜻: 국심2001전3249, 2002.02.23.)

○ 쟁점3: 부동산개발 및 시행업자인 청구법인이 건설용역의 대가를 지급하고 교부 받은 부가가치세 매입세액이 조기환급 대상인지의 여부

① 청구법인은 ○○타운의 등기상 소유는 청구 외 ○○(주)이나 동 부동산에 대한 임차인연합위원회로부터 청구법인이 가등기 권리를 양수받은 사실이 있으므로 사실상 실질소유자이므로 사업용고정자산에 대한 매입세액이므로 부가가치세 조기 환급 대상이다 주장하나, 등기부상 소유권 내역에는 ○○(주) (주)○○월드 및 (주)○○부동산신탁의 공유로 확인되며,1998. 9.23. ○○임차인연합회의 ‘소유권이전청구권가등기’, 2005. 3.17. ○○유동화전문회사의 ‘가등기소유권이전청구권 가처분 금지’가 되어 있으며, ○○렌탈(주), ○○시, ○○리스(주), (주)○○, ○○.○○세무서, ○○종금 등이 압류 및 가압류가 되어 있으며, 소유권이외의 권리내역에는 ○○은행의 160억, ○○건설(주)의 420억원 외 수십 건의 근저당내용이 확인되나 청구법인의 소유권 내용은 확인되지 않는 바, 부동산개발 및 시행업을 영위하는 청구법인과는 무관하여 사실상 실질소유자라는 청구주장은 입증되지 아니하다.

② 청구법인은 2004.11.18. 신규로 사업자등록한 법인인으로 ○○타운 리모델링공사의 시행자로 선정되어 전술의 쟁점1, 2공사를 수행하고 있으며, 공사완료 후 현재의 부동산가액과 리모델링 공사 후 가치상승 상당액을 임차인들로부터 일정금액을 지급받는 사실상 부동산 개발 및 시행자로 판단되며, 사업자등록상에도 업종은 ‘부동산개발 및 시행, 컨설팅업’으로 확인된다.

③ 이상의 사실관계 종합한 바, 사업자가 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때는 부가가치세법 제24조 제2항에 의해 조기환급 대상이나, 투자자들이 상가조합을 결성하여 상가를 신축하여 매매하는 사업자로서 부동산매매목적의 건물신축 등에 매입세액은 조기환급대상이 되지 않는 바(같은 뜻: 국세청 부가 46015-1732, 1998.07.28., 부가46014-1152, 1997.05.23.), 청구법인은 부동산의 사실상 소유자라는 사실이 입증되지 아니하고, 부동산매매목적 건물의 매입세액으로 조기환급 대상이 아니므로 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다.

이 건 이의신청은 청구주장이 일부 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 일부인용 결정한다.