세무조사가 위법한 조사인지 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○지방국세청장은 ㈜○○기계(이하 ‘청구법인’이라 함)에 대하여 2005. 4.12.부터 2005. 5.10.까지 법인세 조사를 실시한 바, 청구법인은 중국 요령성 소재 ○○제지회사와 합작투자하여 ○○제지(유)를 설립하고 투자지분비율 69%에 해당하는 미화 10,000,000달러(원화 12,098,386,117원)에 상당하는 제지제조기계류를 현물 출자함에 따라 2002. 7. 1.～2003. 6.30. 사업연도분 법인세 신고시 9,222,619, 382원의 이익이 발생하자, 법인세 신고납부를 회피하는 방법으로 2003. 6.15. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ㈜○○스포츠에 동 출자지분을 15억원에 매각한 것처럼 허위로 지분양도양수계약서를 작성하여 가공으로 미수금 15억원 및 투자자산처분손실 10,598,386,117원을 계상하여 법인세 신고하였음을 확인하였다. 이에 현물출자에 의해 취득한 지분(투자유가증권) 12,098,386,117원은 익금산입하고 가공으로 계상한 미수금 1,500,000,000원은 손금산입하여 2003사업연도 법인세를 결정하였으며, ○○세무서장(이하 ‘처분청’이라 함)은 ○○지방국세청장의 세무조사결과통지에 의하여 2005. 5.19. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 4,231, 429,700원을 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 6.21. 이 건 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인이 법인세신고불성실혐의가 있다는 이유로 세무조사를 실시한 바, 국세기본법 제81조 의 5 제2항에서제1항의 규정은 세무공무원이 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 질문을 하거나 무작위 추출방식에 의한 표본세무조사 등 대통령령이 정하는 세무조사를 하는 것을 제한하지 아니한다.라고 규정하면서, 동법 시행령 제63조의4 제2항대통령령이 정하는 세무조사라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 조사를 말한다라고 한 뒤, 제1호 무작위 추출방식에 의한 표본세무조사, 제2호 최근 3개 과세기간(또는 3사업연도) 이상 동일 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 신고내용의 적정성 여부를 검증하기 위하여 행하는 세무조사, 제3호 정부의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목에 있어서 과세표준과 세목을 결정하기 위하여 행하는 세무조사라고 규정하고 있으므로 불성실신고혐의가 있을 경우에 세무조사를 하기 위해 적용되는 규정이 아니므로 청구법인에 대한 세무조사는 위법하다.

(2) 청구법인은 중국 요령성 소재 ○○제지(유)를 설립하고 투자지분비율 69%에 해당하는 제지제조기계류(원화 12,098,386천원)를 현물출자함으로써 발생한 이익을 출자지분을 허위로 양도한 것처럼 하여 투자자산처분손실 10,598,386천원을 계상하였으나, 이 건 법인세 부과처분 이후 2005년 6월 조세특례제한법 제38조의3 조항에 의하여 분할익금산입하는 것으로 법인세를 수정신고하였으므로 당초 처분은 부당하다.

(1) 청구법인에 대한 법인세 조사는 자본의 해외유출혐의가 있는 업체들에 대한 기획조사로 실시된 바, 국세기본법 제81조의5 제2항 에서세무공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 우선적으로 세무조사대상으로 선정하여 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 세무조사를 할 수 있다라고 규정하면서, 제2호무자료거래, 위장․가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우세무조사를 할 수 있는 것이며, 실제 세무조사결과 해외직접투자(현물출자)에 의해 취득한 지분을 양도한 것처럼 허위로 지분양도양수계약서를 작성하여 투자자산처분손실 10,598,386천원을 가공 계상한 사실이 확인되었으며 이에 대하여는 청구법인도 인정하고 있는 바, 청구주장 이유 없다.

(2) 청구법인은 당초 법인세 신고시 조세특례제한법 제38조의3 조항을 알지 못하였다가 경정결정 이후인 2005년 6월 위 조항을 적용하여 법인세 수정신고하였으므로 당초 처분은 부당하다는 주장이나, 위 조항은 내국법인이 외국자회사 주식 등을 현물출자하여 새로운 외국법인을 설립하거나 이미 설립된 외국법인에 현물출자하는 경우에 그 현물출자로 인하여 발생한 외국자회사의 주식 등의 양도차익인 경우에 적용되는 것으로, 청구법인의 경우에는 해외직접투자(현물출자)에 의해 발생한 이익으로서 위 조항에 의해 법인세 수정신고하였다는 청구주장은 관련 법령을 오해한 것으로 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인에 대한 세무조사가 위법한 조사인지 여부

(2) 해외직접투자(현물출자)에 의해 발생한 이익을 조특법 제38조의3 규정에 의하여 분할익금산입할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 쟁점1 관련

○ 국세기본법 제81조의5 【납세자의 성실성 추정 및 세무조사】(2002.12.18. 개정)

② 세무공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 우선적으로 세무조사대상으로 선정하여 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법이 정하는 신고, 세금계산서 또는 계산서의 작성․교부․제출, 지급조서의 작성․제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우

4. 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 국세청장이 납세자의 신고내용에 대한 성실도 분석결과 불성실혐의가 있다고 인정하는 경우

○ 舊 국세기본법 제81조의5 【납세자의 성실성 추정등】(2002.12.18. 개정되기 전)

① 세무공무원은 납세자가 세법이 정하는 신고등의 납세협력의무를 이행하지 아니하였거나 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

② 제1항의 규정은 세무공무원이 납세자가 제출한 신고서등의 내용에 관하여 질문을 하거나 무작위추출방식에 의한 표본세무조사등 대통령령이 정하는 세무조사를 하는 것을 제한하지 아니한다.

○ 舊 국세기본법시행령 제63조의4 【납세자의 성실성 추정등의 배제사유】(2002.12.18. 개정되기 전)

② 법 제81조의5 제2항에서 “대통령령이 정하는 세무조사”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 조사를 말한다.

1. 무작위추출방식에 의한 표본세무조사

2. 최근 3과세기간(또는 3사업연도)이상 동일세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 신고내용의 적정성여부를 검증하기 위하여 행하는 세무조사

3. 정부의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목에 있어서 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 행하는 세무조사

(2) 쟁점2 관련

○ 조세특례제한법 제38조의3 【내국법인의 외국자회사 주식등의 현물출자에 대한 과세특례】(2001.12.29. 신설)

① 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 외국자회사(내국법인이 현물출자일 현재 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 20 이상을 출자하고 있는 외국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다)을 현물출자하여 새로운 외국법인을 설립하거나 이미 설립된 외국법인에 현물출자하는 경우에는 그 현물출자로 인하여 발생한 외국자회사의 주식등의 양도차익에 상당하는 금액은 그 양도일부터 4년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 금액을 36으로 나눈 금액에 당해 사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

② 제1항의 규정에 의하여 외국자회사의 주식을 현물 출자한 내국법인이 당해 주식등의 양도차익 전액을 익금에 산입하기 전에 현물출자로 취득한 주식등을 양도하는 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액중 양도한 주식등의 비율에 상당하는 금액으로서 대통령령이 정하는 방법에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하며, 내국법인 또는 내국법인으로부터 외국자회사의 주식등을 현물출자 받은 외국법인이 사업을 폐지하거나 해산하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 내국법인의 합병 또는 분할로 인하여 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방법인이 당해 내국법인의 현물출자로 인하여 취득한 주식 등을 승계하는 경우

2. 내국법인이 외국자회사의 주식등을 현물출자함으로써 취득한 외국법인의 주식 등을 1월 이내에 다른 외국법인에 다시 현물 출자하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등 현물출자 양도차익명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제35조의4 【내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례】(2001.12.29. 신설)

① 법 제38조의3 제2항에서 “대통령령이 정하는 방법에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 현물출자로 인하여 취득한 주식등외에 다른 방법으로 취득한 주식등이 있는 때에는 현물출자로 인하여 취득한 주식등을 먼저 양도하는 것으로 본다. 현물출자로 인하여 취득한 외국법인의 현물출자로 인하여 발생한 주식 등 중 당해 사업연도에 양도한 외국자회사의 주식 등의 양도 주식 등의 수 차익에 상당하는 금액 중 × 직전 사업연도 종료일 현재까지 현물출자로 인하여 취득한 외국법인의 주식 등 중 익금에 산입하지 아니한 금액 직전 사업연도 종료일 현재 보유중인 주식 등의 수

② 법 제38조의3 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 현물출자일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 주식등 현물출자양도차익명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점1 관련 (가) 청구법인은 국세기본법 제81조의5 제2항 (2002.12.18. 개정되기 전)을 보면 제1항의 규정은 세무공무원이 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 질문을 하거나 무작위 추출방식에 의한 표본세무조사 등 대통령령이 정하는 세무조사를 하는 것을 제한하지 아니한다.라고 규정하면서, 동법 시행령 제63조의4 제2항(2002.12.18. 개정되기 전)에서 대통령령이 정하는 세무조사라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 조사를 말한다라고 한 뒤, 제1호 무작위 추출방식에 의한 표본세무조사, 제2호 최근 3개 과세기간(또는 3사업연도) 이상 동일 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 신고내용의 적정성 여부를 검증하기 위하여 행하는 세무조사, 제3호 정부의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목에 있어서 과세표준과 세목을 결정하기 위하여 행하는 세무조사라고 규정하였으므로 청구법인이 불성실신고혐의가 있다하여 실시한 세무조사는 위법하다는 주장이다. (나) 청구법인이 인용한 국세기본법 제81조의5 및 동법 시행령 제63조의4 규정은 2002.12.18. 개정되기 전의 규정으로, 2002.12.18. 개정된 규정을 보면 국세기본법 제81조의5 제2항 세무공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 우선적으로 세무조사대상으로 선정하여 납세자가 제출한 신고서 등의 내용에 관하여 세무조사를 할 수 있으며, 제2호에서 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우라고 규정하고 있다. (다) ○○지방국세청장은 자본의 해외유출 등의 혐의가 있는 업체들에 대하여 기획조사를 실시하면서, 청구법인이 해외직접투자(현물출자)에 의해 취득한 지분과 관련하여 2003사업연도 법인세 신고시 계상한 투자자산처분손실 10,598,386천원이 적정한지 여부 등에 대하여 조사한 결과, 청구법인이 중국 요령성 소재 ○○제지회사와 합작투자하여 ○○제지(유)를 설립하고 합작투자조건에 따라 투자지분비율 69%에 해당하는 미화 10,000,000달러(원화 12,098,386,117원)에 상당하는 제지제조기계류를 현물출자함에 따른 출자지분을 ○○시 ○○구 ○○동 소재 ㈜○○스포츠에 15억원에 매각한 것처럼 허위로 지분양도양수계약서를 작성하여 가공으로 투자자산처분손실 10,598,386,117원을 계상하여 2003사업연도 법인세를 신고하였음이 확인되었으며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간 다툼이 없다. (라) 위와 같이 관련법령 및 사실관계 등을 검토해 볼 때, ○○지방국세청장은 국세기본법 제81조의5 규정에 의하여 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 투자자산처분손실 10,598,386,117원을 가공으로 계상한 혐의가 있어 이에 대하여 신고내용이 적법한지 여부를 조사한 바, 허위로 지분양도양수계약서를 작성하여 가공의 투자자산처분손실을 계상하였음이 확인되어 부과 처분한 것으로 청구법인에 대한 세무조사는 적법하므로 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

○ 쟁점2 관련 (가) 청구법인은 2002. 3.21. ○○국 ○○○○에 소재하는 ○○제지회사와 총 미화 2,920만달러(1차 출자금액은 1,450만달러)를 합작투자하여 “○○제지유(유)”를 설립하기로 하고, 청구법인이 총 투자액의 69%에 해당하는 미화 2,014만달러 상당의 제지제조기계류를 제작하여 ○○제지(유)에 현물출자하고 ○○제지회사는 31%에 해당하는 미화 9,052,000달러를 출자하는 조건으로 합작투자계약을 체결하였으며, 청구법인은 합작투자조건에 따라 2002. 7.20.부터 2003. 3.21.까지 12회에 걸쳐 1차 출자금액 1,450만달러 중 69%에 상당하는 1,000만달러(원화 12,098,386,117원)를 제지제조기계류로 현물출자하였다. (나) 청구법인은 투자지분비율 69%에 해당하는 12,098,386,117원에 상당하는 제지제조기계류를 현물출자함으로써 9,222,619,382원의 이익(‘수출매출’로 처리)이 발생하자 법인세 신고납부를 회피하는 방법으로 2003. 6.15. ○○시 ○○구 ○○동 소재 ㈜○○스포츠에 동 출자지분을 15억원에 매각한 것처럼 허위로 지분양도양수계약서를 작성하여 가공으로 미수금 15억원 및 투자자산처분손실 10,598, 386,117원을 계상하여 2002. 7. 1.～2003. 6.30. 사업연도 법인세를 신고하였음이 당초 조사시 확인되어 현물출자에 의해 취득한 지분(투자유가증권) 12,098,386, 117원은 익금산입하고 가공 계상한 미수금 1,500,000,000원은 손금산입하여 20 05. 5.19. 청구법인에게 2003사업연도 법인세를 경정․고지하였으며, 이와 같은 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간 다툼이 없다. (다) 청구법인의 대표이사 윤○○이 청구법인에 대한 법인세 조사시 ○○지방국세청 조사반에 출석하여 답변한 문답서를 보면 다음과 같이 진술하였음이 확인된다.

① 우리나라 제지업계현황은 공급과잉상태로 운영하지 않는 기계가 많으며, 특히 IMF이후 업체들의 부도 등으로 중고기계들이 매물로 많이 나와 있는 반면, 동남아․아랍권․중국 등은 아직까지 제지사업에 대한 수요가 많이 발생하고 있어 국내의 유휴설비를 수출하게 되었으며, 이러한 플랜트수출영업을 하는 과정에서 중국시장을 검토한 바, 기계설비를 수출하기보다 직접 투자하는 것이 유리하다는 판단 하에 중국에 투자하게 되었음.

② 2002년 3월경 중국 요령성 ○○시와 합작회사설립계약을 맺은 뒤, 사업장은 “○○국 ○○○○”, 합작회사명은 “○○제지유한책임공사”로 하고 총 투자금액 2, 920만불로 하여 청구법인이 출자지분 69%, ○○시(중국○○조지창)이 나머지 31%의 출자지분으로 하여, 생산능력 기준으로 투자1기와 투자2기로 등록자본을 투자하기로 하여 투자1기에 청구법인은 계약조건에 따라 제지제조기계를 현물출자(1,000만불)하여 청구법인 직원이 현지출장하여 기계설치 등을 완료하였고, 중국 측도 계약대로 450만불을 출자완료하여 공장을 준공하고 6개월에 걸친 시운전으로 일부 제품을 생산하게 되었으나 이후 중국 ○○시(중국○○조지창)측에서 이행하기로 한 운영자금을 제대로 조달하지 못하여 지금 현재는 조업이 중단된 상태임.

③ 제지기계는 반영구적인 것으로 국내의 중고기계를 구매하거나 청구법인이 설비를 수리․소모품 대체 등 보수를 하여 중국에 반출한 것으로 약 20～30억원 정도의 원가가 소요되었지만, 중국 등 현지에서는 새로운 기계와 마찬가지로 성능을 포함하여 모든 기계운영 등은 그 이상의 가치가 있는 것임. 청구법인이 반출한 기계장치에 대해 우리나라의 감정평가원과 같은 중국정부의 감정평가기관이 기계장치에 대해서 1,000만불로 감정평가를 하게 된 것임.

④ 기계시설에 대해 현물출자시 20～30억 상당의 원가대비 출자가액이 약 121억원(1,000만불)에 평가되어 1차 투자가 완료됨에 따라, 이익이 전혀 창출되지 않은 상황에서 거액의 세금을 내야 되는 상황이다 보니 생각다 못해 위의 중국투자 지분을 ㈜○○스포츠(대표이사의 2男 윤○○의 친구가 대표자인 법인)에 15억원에 양도하는 것처럼 허위 계약서를 소급하여 만들어 투자자산처분손실을 계상, 법인세를 신고하게 됨. (라) 처분청이 2005. 5.19. 청구법인에게 이 사건 법인세를 경정․고지하자 청구법인은 현물출자로 인해 발생한 양도차익 9,222,619,382원(현물출자 12,098,386,117원 - 현물출자한 제지제조기계류의 제조원가 2,875,766,735원)에 대해 조세특례제한법 제38조의3 제1항 의 규정에 의하여 현물출자일로부터 4년이 되는 날이 속하는 2006. 7. 1.～2007. 6.30. 사업연도부터 3개 사업연도에 걸쳐 양도차익 금액의 12/36인 3,074,206,460원을 익금에 산입하여 부과처분하여야 한다는 주장이며, 이 사건 법인세 부과처분 이후 2005. 6.18. 처분청에 2002. 7. 1.～2003. 6.30. 사업연도 법인세를 수정 신고하였으므로 당초 처분은 부당하다는 주장이다. (마) 조세특례제한법 제38조의3 은 법률 제6538호로 2001.12.29. 신설된 바, 조세특례제한법 중 개정법률안의 심사보고서에 나타난 동 규정의 신설 취지를 살펴보면 다음과 같다.

• 개정안은 내국법인이 외국자회사의 주식을 현물 출자함으로 인하여 발생하는 양도차익을 3년이 지난 후부터 3년간 분할익금산입할 수 있도록 하려는 것임.

• 내국법인이 해외투자사업부문을 구조조정하는 과정에서 현금유입없이 세금을 납부하는 문제가 생길 수 있으므로, 이를 일정기간 유예할 수 있도록 하여 해외투자사업의 구조조정을 지원하고자 함. (바) 조세특례제한법 제38조의3 은 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 외국자회사의 주식 또는 출자지분을 현물출자하여 새로운 외국법인을 설립하거나 이미 설립된 외국법인에 현물출자하는 경우에 발생하게 되는 주식처분익을 분할 익금하는 것으로 이는 내국법인의 해외투자사업부문의 구조조정을 지원하는 규정인 바, 다만 내국기업의 구조조정에 비해 국내경제에 미치는 긍정적인 효과가 낮으므로 과세이연 대신에 분할익금산입제도를 도입한 것으로 봄이 상당하다 할 것이다. (사) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 검토해 볼 때, 청구법인이 해외직접투자(현물출자)함으로써 발생한 이익을 조세특례제한법 제38조의3 규정에 의하여 분할익금 산입하여야 한다고 주장하나, 동 규정은 외국자회사의 주식을 외국법인에 현물출자하는 경우 발생하는 주식처분이익을 분할익금산입할 수 있도록 한 규정으로써 해외투자사업부문의 구조조정 등과는 전혀 상관없는 청구법인의 경우 적용되는 규정이 아니므로 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.