부가가치세법의 안분계산 방법에 의하여 구분계산한 처분의 당부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

(1) ○○지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하여 청구법인이 2001. 1. 1. 이후 아파트형 공장을 신축 분양하면서 토지․건물의 일괄 공급시 토지 및 건물가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 신고한 것에 대하여 2001. 1. 1. 이후 공급분부터는 관련 부가가치세법 시행령의 개정으로 소득세법에 의한 기준시가로 안분계산하게 됨에 따라 토지 및 건물가액을 기준시가로 재계산하여 부가가치세 및 법인세 조사결과를 처분청에 통지하였다.

(2) 처분청은 위의 조사결과 통지에 의하여 2004.10. 2. 청구법인에게 부가가치세 1999년 제2기분 199,090,930원, 2000년 제1기분 12,182,480원, 2000년 제2기분 25,458,370원, 2001년 제1기분 78,599,030원, 2001년 제2기분 627,886,970원, 2002년 제1기분 1,029,651,790원, 2002년 제2기분 258,553,750원, 2003년 제1기분 1,494,891,270원, 2003년 제2기분 74,204,300원, 합계 3,800,518,890원을 경정 고지하자, 청구법인은 이 중 부가가치세 2001년 제1기분 37,134,530원, 2001년 제2기분 406,642,930원, 2002년 제1기분 1,021,925,700원, 2002년 제2기분 225,150,690원, 2003년 제1기분 1,493,633,290원, 2003년 제2기분 74,204,300원, 합계 3,258,691,440원에 대하여 불복하여 2004.12.29. 이 건 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인은 아파트형 공장을 신축 분양하면서 2001년도 이후에 분양된 부분에 대하여 청구법인과 분양자와의 계약관계에 있어 명백히 분양계약서에 건물과 토지가액을 구분 기재하였는 바, 구분 기재된 실거래가액을 인정하지 아니하고 부가가치세법에 의한 안분계산 방법에 의하여 과세표준을 안분계산하여 부가가치세를 부과처분한 것은 부당하다.

(2) 2000년도에 분양이 이미 개시된 ○○3차 현장의 경우, 2000년도 중에 분양이 완료되지 못하다가 미분양된 건이 2001년도 이후에 분양된 부분에 대하여 당시의 부가가치세법상의 안분계산 방법을 인정하지 아니하고 처분청은 분양계약일을 기준으로 판단하여 2000.12.29. 개정된 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 소득세법에 의한 기준시가를 적용하여 안분계산을 하여 소급과세 금지의 원칙을 위배하였으며, 청구법인과 같이 일괄하여 건물을 신축 분양하는 경우 관할관청에 분양과 관련된 승인을 득할 뿐만 아니라 분양가액을 공고하고 있는 이상 분양연도가 2개 연도에 걸쳐 있고 세법이 변경되었다 하여 분양가액을 달리 할 수는 없는 것인 바, 이는 이미 2000년도에 분양내역이 공고되었고 시행되었다면 이와 관련된 분양가액은 당초 공고된 대로 진행되어야 되기 때문이며, 만일 처분청의 부과처분처럼 분양계약일에 따라 공급계약을 달리한다면 분양계약자별로 공급가액이 차이가 발생하고 청구법인은 당초의 분양공고와는 상이한 분양계약을 체결하여야 하는 불합리한 결과가 초래되며, 미분양분에 대하여는 가격을 낮추어서 분양하는 것이 일반적인 상관행임에도 처분청의 부과처분대로라면 미분양분에 대하여는 오히려 분양가격을 높이는 결과를 초래하게 되는 현상이 나타나게 되어 일반적인 시장경제 상황과는 모순되는 비합리적인 결과가 되므로 부당한 처분이다.

(3) 청구법인이 계약한 건물 및 토지의 실거래가액을 처분청은 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 부가가치세법에 의한 방법에 따라 안분계산하였으므로, 분양계약서상의 금액대로 매매대금을 수령하였다면 공급대가에 건물가액의 부가가치세 상당액이 포함되어 있는 것으로 보아야 할 것이나, 처분청은 분양 당시의 계약서상 부가가치세를 별도로 하기로 하였다 하여 부가가치세 상당액을 공급가액에서 제외된 것으로 안분계산하여 부당한 처분이므로, 분양계약서상 청구법인의 실지거래가액을 인정하지 않고 건물 및 토지의 공급가액의 구분이 불분명하다고 한다면 최소한 청구법인이 거래징수한 부가가치세 상당액을 포함한 거래가액을 공급대가로 확정한 후 공급대가를 한도로 하여 거래가액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 안분계산하여야 하는 것이 타당하다.

(4) 예비적 청구로써 청구법인의 실거래가액이 인정받지 못하여 부과된 부가가치세액 중 거래 상대방인 계약자 등에게서 거래징수하지 못한 부가가치세 상당액은 법인세법 제19조 및 같은 법 시행령 제19조 제8호에서 부가가치세 매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 대손세액 공제를 받지 아니한 부분의 대손금에 대하여는 손금으로 산입할 수 있으므로 이를 법인세법상 손금산입하여 재계산하여야 한다.

(1) 분양계약서에 기재되어 있는 금액의 계산근거가 계약 당사자간에 별도로 합의된 금액이 아닌 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 이 2000.12.29. 개정되기 전의 규정인 지방세법에 의한 과세시가 표준액으로 안분한 가액으로써 청구법인은 분양계약서상에 구분 기재되어 있으므로 실지거래가액이라는 주장이나, 계약서상 토지․건물이 구분 기재되어 있더라도 구분된 토지와 건물의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 실지거래금액으로 인정되는 것인 바, 청구법인에서 안분계산한 방법은 건물의 공사원가에도 못 미치거나 공사원가를 간신히 넘어서는 안분계산 방법으로 토지․건물의 일괄 공급시 건물은 건설원가에도 못 미치거나 건축원가 수준으로 공급하고, 15%~19%에 불과한 건물의 대지권을 고가로 분양하는 당해 거래를 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정할 수 없는 것이므로 토지․건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법에 의한 안분계산을 한 정당한 처분이다.

(2) 관할 구청의 아파트형 공장 입주자 모집 공고 승인 내용은 용도별 공급면적․입주자의 자격․대상업종․층별 분양 평균단가(부가가치세 제외된 금액)․분양대금의 납부시기 및 방법 등이며, 당해 승인 내용을 일간지 등에 공고하는 것으로 이는 부가가치세와는 관련이 없는 내용이고, 아파트형 공장의 거래 단위는 회차별 단지 전체가 아닌 각 개별 호실로 거래가 이루어지는 것으로 이는 각각 별개의 재화로 취급하여야 하는 것이며, 또한 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 과 관련하여 부칙에서는 2001. 1. 1. 이후 최초 양도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 당초 부과처분은 정당하다.

(3) 청구법인의 부가가치세 계산방법 및 거래내용을 살펴보면 부가가치세와는 별도로 토지․건물가액의 안분이 이루어지며, 청구법인의 부가가치세 산정기준 기안서를 보면 {건물과표÷(건물과표＋토지과표)}에 따라 계산한 건물가액의 10%를 부가가치세로 결정한 것으로, 청구법인에서 산정한 건물분 과세시가 표준율을 적용하여 건물분의 공급가액을 결정하고 부가가치세는 당해 건물가액의 10%로 하여 별도로 정해진 것으로, 조사과정에서도 청구법인의 계산방법, 즉 부가가치세가 제외된 계산 방법을 적용하였으므로 적용상의 오류는 없으므로 당초 처분은 정당하다.

(4) 분양 공고 및 청약신청서 등이 부가가치세가 제외된 금액으로 이루어졌으며, 분양계약서 또한 이를 반영하여 작성되어 있으므로 토지․건물의 안분계산된 비율이 달라짐으로 인하여 추가되는 부가가치세는 거래 당사자간 서로 합의하여 처리하여야 할 사항으로 법인 소득금액 계산시 손금으로 산입할 사항은 아니며, 다만 관련 부가가치세 매출세액이 법인세법 시행령 제19조 제8호 에 의한 대손금으로 인정받기 위하여는 관련 규정에 의거 채권회수 절차를 진행한 후 대손요건을 구비하여 대손처리할 사항으로 이는 부과처분 시점 이후의 문제로 당초의 부과처분에 영향을 미치는 것은 아니므로 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 아파트형 공장을 신축 분양하면서 토지와 건물의 가액을 구분계산하여 분양계약서에 기재하였으나 이를 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 부가가치세법의 안분계산 방법에 의하여 구분계산한 처분의 당부

(2) 2000년도에 분양이 개시되었으나 미분양된 건이 2001년도 이후에 분양된 경우 개정된 부가가치세법 시행령에 의하여 기준시가에 따라 안분계산한 처분의 당부

(3) 거래가액에 부가가치세가 포함된 경우로 보아 토지 및 건물의 과세표준을 안분계산하여야 하는지 여부

(4) 부가가치세 처분과 관련하여 거래 상대방인 계약자로부터 거래징수하지 못한 부가가치세 상당액을 법인소득금액 계산시 대손금으로 손금산입할 수 있는지 여부

• 나. 쟁점 (1) 관련

(1) 관련법령

○ 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】(2000.12.29. 개정 후)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다. [개정 2000․12․29]

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

○ 구 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】(2000.12.29. 개정 전)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

○ 대법원 1999두7876판결 (2001.01.30. 선고) 감정평가법인의 공동주택에 대한 감정평가가 감정방법에 있어 그 시가를 적정하게 반영하였다고 보기 어렵고 그 감정결과 역시 분양가격과 큰 차이를 보이고 있다는 이유로 이를 구 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제3호 소정의 실지거래가액으로 볼 수 없다고 한 사례

○ 국심2003서395 (2003.05.13.) 토지와 건물을 함께 양도한 경우로서 매매계약서에 토지 및 건물의 매매가액이 구분 기재되었으나 실지거래가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산한 사례

○ 국심2004서3259 (2005.01.27.) 국민주택규모를 초과하는 일반분양아파트에 대하여 토지가액 및 건물가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분하여 2001년 1기~2003년 1기분 부가가치세를 신고하였으나, 2000.12.29. 개정된 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 기준시가에 의하여 안분하여 수정신고서를 제출하였다가 다시 당초 신고가 타당한 것으로 경정청구(수정신고 취소)를 한 경우, 개정된 부가가치세법 시행령의 기준시가를 기준으로 안분계산한 건물의 공급가액에 대하여 과세한 처분이 정당하다고 결정한 사례

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인이 2001년도 이후 공급한 아파트형 공장의 분양계약서에 구분 기재되어 있는 토지 및 건물가액의 계산 근거가 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 이 2000.12.29. 개정되기 전의 안분계산 방법인 지방세법에 의한 과세시가 표준액으로 안분한 가액이며, 이를 계산근거로 토지와 건물의 가액을 구분하여 분양하였음이 청구법인이 작성한 부가가치세 산정기준(과세시가 표준율) 산출의 건이라는 제목의 기안서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 아파트형 공장을 신축하여 분양한 사실과 관련하여 공사현장별로 토지․건물의 공사원가 및 안분계산 방법별 토지․건물의 구분가액을 살펴보면 다음의 표와 같다. (단위: 백만원) 공사현장별 총 분양가액 (VAT별도) 자산 구분 공사원가 청구법인 안분계산 (과세시가표준액) 처분청 안분계산 (소득세법의 기준시가) 토지․건물가액 이익배분액 토지․건물가액 이익배분액

○○동 현장 29,495 토지 5,291 18,042 12,751 12,521 7,230 건물 14,342 11,453 △2,889 16,974 2,632 합계 19,633 29,495 9,862 29,495 9,862

○○3차 36,591 토지 4,166 14,417 10,251 9,960 5,794 건물 19,863 22,174 2,311 26,631 6,768 합계 24,029 36,591 12,562 36,591 12,562

○○6차 45,734 토지 7,209 18,600 11,391 11,946 4,737 건물 22,575 27,134 4,559 33,788 11,213 합계 29,784 45,734 15,950 45,734 15,950

○○7차 44,853 토지 7,109 19,197 12,088 11,289 4,180 건물 20,793 25,656 4,863 33,564 12,771 합계 27,902 44,853 16,951 44,853 16,951 (다) 상기의 표와 같이 공사현장별로 청구법인의 토지․건물의 안분계산 가액과 원가를 대비해 보면, ○○동 현장의 경우 토지가액은 원가(토지 구입과 관련한 부대비용 등을 포함)의 341%, 건물가액은 공사원가의 80%, ○○3차 현장의 경우 토지가액은 원가의 346%, 건물가액은 공사원가의 112%, ○○6차 현장의 경우 토지가액은 원가의 258%, 건물가액은 공사원가의 120%, ○○7차 현장의 경우는 토지가액은 원가의 270%, 건물가액은 공사원가의 123%로 안분계산 하였음이 확인된다. (라) 분양계약서에 기재되어 있는 금액의 계산 근거가 계약당사자간에 별도로 합의된 금액이 아닌 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 이 개정되기 전의 규정인 지방세법에 의한 과세시가 표준액으로 안분한 가액으로써 청구법인은 분양계약서상에 구분 기재되어 있으므로 실지거래가액이라는 주장이나, 이 경우 실지거래가액은 분양계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 구분 표시된 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 적용되는 것인 바, 청구법인에서 안분계산한 방법은 건물의 구분가액은 공사원가에도 못 미치거나 공사원가와 비슷한 수준의 가액인 반면, 토지의 구분가액은 토지 취득가액의 약 3배 정도로 계산된 가액일 뿐만 아니라, 고층아파트형 공장의 특성상 건물 및 관련 대지권이 구분되어 거래될 수 없고 15%~19%에 불과한 건물의 대지권을 고가로 분양하는 당해 거래를 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정할 수 없다고 판단되며, (마) 특히, 청구법인이 안분계산한 방법은 아파트형 공장의 건축비에 해당하는 부가가치세 매입세액은 전액 공제를 받으면서 당해 건물의 신축․분양에 따른 부가가치는 면세재화인 토지로 거의 모두 배분시켜 창출된 부가가치에 해당하는 부가가치세가 발생하지 않는 방법으로 이는 전단계세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 체계 하에서 인정될 수 없는 방법일 뿐만 아니라, 청구법인 스스로도 지방세법에 의한 과세시가표준액이 불합리하다고 판단하여 2003년 3월부터 분양이 시작된 ○○8차 현장의 분양분부터는 2000.12.29. 개정된 부가가치세법의 규정에 따라 기준시가에 의하여 토지․건물가액을 안분계산하고 있는 사실을 볼 때, 청구법인이 계산한 토지․건물의 구분가액이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 규정에 의한 기준시가에 의하여 안분계산한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 다. 쟁점 (2) 관련

(1) 관련법령

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석․적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득․수익․재산․행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (이하 생략)

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (이하 생략)

○ 부가가치세법 기본통칙 9-5-15 【거래시기】 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 의 규정에 의한 재화의 이동이 필요하지 않는 부동산의 공급시기는 당해 건물이 이용가능하게 되는 때이며, 이 경우이용가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하나, 매매잔금․미지급금 등의 사유로 당사자간 특약에 의하여 당해 부동산에 대해 잔금지급 이전까지 사용․수익 등 이용을 제한하고 있는 경우에는 실제로 사용․수익이 가능한 날을 공급시기로 본다. (재소비 46015-259, 2000. 8.19.)

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인이 2000년도 중에 일간지에 분양 공고한 ○○3차 아파트형 공장의 공고 상세 내역을 살펴보면 다음과 같다. <○○3차 ○○아파트형 공장 분양공고 내역> o 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제26조(아파트형 공장의 분양 등) 규정에 의거 아래와 같이 입주자 모집에 관한 사항을 공고함.

1. 아파트형 공장의 소재지․건설규모 및 설립자의 명의

3. 입주자의 자격 및 입주대상 업종

4. 공급가격과 계약금, 중도금 등의 납부시기 및 방법 -층별 분양단가(평당, VAT별도) -납부시기 및 방법

6. 부대시설․복리시설 및 공동시설의 내용 및 규모

7. 입주자의 선정일시․방법 및 계약의 취소에 관한 사항

8. 층별․공장별 허용하중, 진동 및 소음기준 등 건축물의 구조와 입주대상 시설의 기준에 관한 사항

9. 기타 아파트형 공장의 입주에 관하여 필요한 사항 (나) 청구법인은 ○○3차 아파트형 공장의 경우 이미 관할관청에 분양과 관련된 승인을 득하여 2000년도에 분양내역이 공고되었다면 이와 관련된 분양가액은 당초 공고된 대로 진행되어야 하기 때문에, 만일 처분청의 부과처분처럼 분양계약일에 따라 공급계약을 달리한다면 분양계약자별로 공급가액의 차이가 발생하고 청구법인은 당초의 분양공고와는 상이한 분양계약을 체결하여야 하는 불합리한 결과가 초래된다는 주장이나, 상기의 당초 분양공고 내역을 보면 공급가격의 공고와 관련하여 층별로 평당 분양단가(부가가치세 제외된 금액)만이 공고되며 건물과 토지 지분의 구분가액 및 확정된 부가가치세 등이 공고되는 것은 아닌 것으로 확인된다. (다) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 청구법인이 신축 분양한 아파트형 공장의 거래 단위는 회차별 단지 전체가 아닌 개별 호별로 분양이 되는 것이므로 각각 별개의 재화이고, 개정된 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 은 부칙에서 2001. 1. 1. 이후 최초 양도분부터 적용하는 것으로 규정되어 있으므로 청구법인이 2001년 이후 공급한 아파트형 공장에 대하여 2000.12.29. 개정된 부가가치세법 시행령에 따라 소득세법에 의한 기준시가에 의하여 안분계산한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 라. 쟁점 (3) 관련

(1) 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가 (이하 생략)

○ 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】(2000.12.29. 개정 후)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. [개정 2000․12․29]

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (이하 생략)

○ 부가가치세 기본통칙 13-48-1 【세액이 별도 표시되지 아니한 경우의 과세표준 및 세액계산】 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다.

○ 국심2003부3264 (2004.03.12.) 부동산을 매매하면서 부가가치세에 대한 별도의 약정 없이 매매금액을 약정한 경우에는 총 매매금액에 건물에 대한 부가가치세가 포함된 것으로 보아 건물분 부가가치세 과세표준을 산출한다고 결정한 사례

(2) 사실관계 및 판단 (가) 토지․건물 일괄 공급시 안분계산 방법은 당해 거래가액에 부가가치세가 포함되어 있는 경우와 포함되지 않은 경우 다음과 같이 안분계산하는 바,

① 거래가액에 부가가치세가 포함되지 않은 경우 (부가가치세 별도 등 계약서에 명시된 경우 등) 건물기준시가 건물과세표준 = 총 거래가액 × 토지기준시가＋건물기준시가

② 거래가액에 부가가치세가 포함된 경우 건물기준시가 건물과세표준 = 총 거래가액 × 토지기준시가＋건물기준시가＋(건물기준시가×10%) 청구법인이 계약한 실거래가액을 처분청은 그 가액이 불분명하다고 보아 부가가치세법에 의한 방법에 따라 안분계산하였으므로, 거래징수한 부가가치세 상당액을 공급가액에 가산하여 공급대가를 확정한 후 상기의 ②의 산식에 의하여 안분계산하여야 한다는 주장이나, 분양계약서의 계약조건(분양대금)을 보면 과세분(건물)과 면세분(토지)의 공급금액을 표기하고 과세분(건물)에 해당하는 부가가치세를 별도로 표기하여 총 분양대금의 합계액을 기재한 것으로 확인된다. (나) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 불분명한 경우에는 그 거래금액 또는 영수할 금액이 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아 그 금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 과세표준으로 하는 것이나(부가가치세 기본통칙 13-48-1), 청구법인은 부가가치세를 별도로 표기하였음이 명확하므로 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것으로 보아 부가가치세 과세표준을 산출한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. (다) 또한 청구법인의 분양공고 등에 부가가치세는 별도로 한다고 표기되어 있으며, 아파트형 공장 분양계약서에는 분양대금과 관련하여 건물가액 및 토지가액을 구분 명시하여 과세분인 건물가액에 해당하는 부가가치세를 별도로 표기하고 있는 점, 공장분양에 따른 부가가치세는 입주업체가 부담한다고 공고한 점 등을 볼 때 청구법인으로서는 부가가치세 매출세액과 관련한 채권이 존재한다고 보아야 할 것이고, 청구법인의 부가가치세 계산방법 및 거래내용을 살펴보면 부가가치세와는 별도로 토지․건물가액의 안분이 이루어지며 청구법인의 부가가치세 산정기준 기안서를 보면 {건물과표÷(건물과표＋토지과표)}에 따라 계산한 건물가액의 10%를 부가가치세로 계산한 바, 청구법인에서 산정한 건물분 과세시가 표준율에 의하여 건물분의 공급가액을 결정하고 부가가치세는 당해 건물가액의 10%로 하여 별도로 정한 것으로, 처분청 역시 청구법인의 계산방법 그대로를 적용하였으므로 당초 처분은 타당하다고 판단된다.

• 마. 쟁점 (4) 관련

(1) 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (생략)

8. 대손금(부가가치세 매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 부가가치세법 제17조의2 의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 처분청의 부가가치세 경정시 안분계산의 차이에 따른 부가가치세가 부과된 것인 만큼 청구법인의 경우 부가가치세를 회수할 수도 없으며 분양계약자로부터 회수할 근거도 없기 때문에 이에 대한 예비적 청구로써 부가가치세와 관련한 이의신청이 받아들여지지 않아 청구법인이 부담하게 되는 부가가치세 상당액은 법인 소득금액 계산시 손금으로 산입하여야 한다는 주장이나, 분양공고 등에는 부가가치세 별도로 표기되어 있으며, 청구법인의 아파트형 공장 분양계약서에는 계약조건 중 분양대금과 관련하여 부가가치세 과세분(건물가액) 및 면세분(토지가액)으로 공급가액을 구분 명시하여 과세분에 해당하는 부가가치세를 별도 표기하여 부가가치세 포함된 합계금액을 분양대금으로 명시하고 있고, 공장분양에 따른 부가가치세는 입주업체가 부담한다고 공고하였으며, 분양공고 및 청약신청서 등이 부가가치세가 제외된 금액으로 이루어졌고 분양계약서 또한 이를 반영하여 작성되었으므로 토지․건물가액의 안분비율이 달라짐으로 인하여 추가된 부가가치세는 청구법인과 분양받은 자 당사자간 서로 합의하여 처리하여야 할 사항인 것으로 판단되며, (나) 동 부가가치세 매출세액과 관련하여 채권회수 절차를 진행한 후 대손요건을 구비하여 법인세법 시행령 제19조 제8호 에 의한 대손금으로 손금산입하는 것은 별론으로 하고, 당초 부과처분 시점에서 대손금으로 손금산입할 사항은 아닌 것으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.