법인세법 제72조에 의한 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하는지 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○세무서장은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 (주)○○개발(이하 ‘청구법인’이라 한다)이 2003사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 신청한 결손금 소급공제에 의한 환급세액 202,107,109원을 2004. 4.23일자로 환급결정하였고, ○○지방국세청 감사관은 처분청에 대한 정기감사시 청구법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 의 중소기업요건에 해당하지 아니하므로 환급세액을 징수토록 처분지시하였다. 처분청은 2004.11.02. 청구법인에게 환급세액에 이자상당액을 가산한 법인세 213,263,411원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.12.27. 이 건 이의신청을 제기하였다.

조세특례제한법 제2조 제1항 에서 조세특례에 적용할 용어를 정의하였고 제2항에서는 제1항에 규정된 용어 외에는 조세특례제한법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 소득세법 등 타 법률에서 사용하는 용어의 예에 의하도록 규정하였으며, 소득세법 제19조 제1항 제6호 에서는 건설업의 범위와 관련하여 대통령령이 정하는 주택신축판매업을 포함하도록 규정하고 있는 바, 주택신축판매업은 조세특례제한법 제2조 제3항 에 의한 분류를 받기 이전에 이미 조세특례제한법 제2조 제2항 및 소득세법 제19조 제1항 제6호 에 의한 건설업에 해당하므로 처분청이 청구법인은 법인세법 제72조 에 의한 중소기업에 해당하지 않는다고 판단하여 결손금 소급공제에 의한 환급세액에 대해 법인세를 결정․고지한 이 건 처분은 취소되어야 한다. 설사 청구법인이 중소기업에 속하지 아니하여 결손금 소급공제 대상에 해당하지 않는다 하더라도 이 건의 경우 법인세법 제72조 제5항 및 동 법 시행령 제110조 제6항에 의한 과세표준과 세액의 변동이 없고, 법인세법에 의한 결손금 소급공제 환급은 납세자의 신고확정 사항이 아니라 정부의 결정사항임에도 불구하고 처분청이 환급결정을 취소하면서 아무런 세법상 의무를 위반한 사실이 없는 납세자에게 환급세액에 추가하여 이자상당액을 결정한 처분은 부당하다.

청구법인이 법인세법 제72조 에 의한 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당한다는 주장에 대하여, 조세특례제한법 제2조 제3항 에 의하여 중소기업 해당사업은 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 실지내용에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류를 기준으로 하여 판정하도록 규정하고 있으므로 청구주장은 이유 없다. 결손금 소급공제에 의한 환급결정을 취소할 경우 당초 환급한 세액에 대한 이자상당액 징수는 부당하다는 주장에 대하여, 당해 이자상당액은 응징성 보다는 미납기간에 대한 이자성격이 강하다고 보아야 할 것이므로 조세평등의 원칙에 따라 법인세법 제72조 제5항 규정에 의하여 환급세액에 이자상당액을 추가하여 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1: 청구법인이 법인세법 제72조 에 의한 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하는지 여부 쟁점2: 결손금 소급공제에 의한 환급결정을 취소할 경우 당초 환급한 세액에 대한 이자상당액 징수의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제72조 【缺損金 遡及控除에 의한 還給】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다. (98.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다. (98.12.28. 개정)

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다. (98.12.28. 개정)

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제110조 【缺損金 遡及控除에 의한 還給稅額의 計算】

⑤ 법 제72조 제5항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액 (98.12.31. 개정)

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (2002.12.30. 개정)

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법 제25조 【接待費의 損金不算入】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액을 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (98.12.28. 개정)

1. 1천200만원(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 1천800만원)에 당해 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액 (98.12.28. 개정)

○ 법인세법시행령 제39조 (2005. 2.18. 개정 전의 법) 【中小企業의 範圍】

① 법 제25조 제1항 제1호 및 법 제28조 제2항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 조세특례제한법시행령 제2조 의 규정에 의한 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. (2000.12.29. 개정)

○ 조세특례제한법 제2조 【定義】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (98.12.28. 개정)

1. “내국인”이라 함은 소득세법에 의한 거주자 및 법인세법에 의한 내국법인을 말한다. (98.12.28. 개정) 이하 생략

② 제1항에 규정된 용어외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호 내지 제19호에 규정된 법률에서 사용하는 용어에 의한다. (98.12.28. 개정)

③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다. (2001.12.29. 신설)

○ 조세특례제한법 제3조 【租稅特例의 制限】

① 이 법, 국세기본법 및 조약과 다음 각 호의 법률에 의하지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.(98.12.28. 개정)

1. 소득세법~23. 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률

○ 조세특례제한법시행령 제2조 (2005. 2.18. 개정 전의 것) 【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 해운법에 의한 선박관리업, 운수업 중 여객운송업, 어업，도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업 <중략>. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 증권거래법에 의한 주권상장법인․협회등록법인법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2002.12.30. 개정)

1. 상시 사용하는 종업원 수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 (2002.12.30. 개정)

중소기업기본법시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것 (2000.12.29. 개정)

○ 소득세법 제19조 【事業所得】

① 사업소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

6. 건설업(대통령령이 정하는 주택신축판매업을 포함한다. 이하 같다)에서 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 2003사업연도에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 신청한 결손금 소급공제에 의한 환급세액 202,107,109원을 2004. 4.23일자로 환급결정하였고, ○○지방국세청 감사관실의 처분지시에 따라 2004.11.15. 납기로 당초 환급세액 202,107,109원에 이자상당액 11,156,302원을 가산한 법인세 213,263,411원을 결정․고지하였음이 확인된다.

(2) 청구법인은 1999. 7. 1. 사업개시 이후 2004. 4.13. 폐업시까지 사업자등록상 업종변경 없이 건설업․주택신축판매업(소득표준율코드: 451102)으로 사업을 계속 영위한 사실 확인된다.

(3) 청구법인은 건설업체에 도급 주어 주택을 건축한 후, 이를 분양․판매하는 사업을 영위한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(4) 통계청장이 고시하는 한국산업분류상 건설업 및 부동산업의 정의는 다음과 같다. 《건설업》 계약 또는 자기계정에 의하여 지반조성을 위한 발파․시굴․굴착․정지 등의 지반공사, 건설용지에 각종 건물 및 구축물을 신축 및 설치, 증축․재축․개축․수리 및 보수․해체 등을 수행하는 산업활동으로서 임시건물, 조립식 건물 및 구축물을 설치하는 활동이 포함된다. 이러한 건설활동은 도급․자영건설업자, 종합 또는 전문건설업자에 의하여 수행된다. 건물 건설업(452): 도급 또는 자영 종합건설업자에 의하여 건물을 신축․증축․재축․개축하는 산업활동 <제외> 다른 건설업체에 위탁하여 건설한 후 직접 분양하는 경우(7012) 주거용 건물 건설업(4521): 단독 및 다세대 주택, 아파트 등의 주거용 건물을 직접 건설하는 산업활동을 말한다. 《부동산업》 자기소유 또는 임차한 건물, 토지 및 기타 부동산(묘지 제외)의 운영 및 임대, 구매, 판매 등에 관련되는 산업활동을 말한다. 주거용 건물 공급업(70121): 직접 건설활동을 수행하지 않고 건설업체에 의뢰하여 주거용 건물을 건설하고 이를 분양․판매하는 산업활동을 말한다. 구입한 주거용 건물을 임대 또는 운영하지 않고 재판매하는 경우도 포함된다.

(5) 위와 같은 내용을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제2조 제2항 은 용어에 관한 규정이며 동 법 제2조 제3항은 업종에 관한 규정으로 처분청이 조세특례제한법 제2조 제3항 의 규정에 의한 한국표준산업분류에 의하여 청구법인의 중소기업 여부를 판단한 것은 정당하며, 법인세법 시행령 제110조 제5항 에 의하면 경정으로 인하여 징수하는 법인세가 없는 경우 이자상당액도 징수하지 아니한다는 점을 볼 때 당해 이자상당액은 응징성보다는 기간에 대한 이자성격으로 보아야 할 것이므로 환급결정을 취소하면서 환급한 세액에 대한 이자상당액을 징수한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.