자산유동화사업자가 매입한 부동산의 매입세액공제 가능 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 2000. 2기 과세기간 중에 자산유동화자산으로 청구 외 ○○(주)로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 함) 등을 매입하고 건물분에 해당하는 공급가액 160,478,763,014원, 매입세액 16,047,876,301원의 세금계산서를 교부받았으며, 동 건물을 부동산 양도자인 청구 외 ○○(주)에 임대하였으며, 2000. 2기 확정분 부가가치세 신고시 매출과세표준을 100,238,363원(매출세액 10,023,830원)으로 신고하고, 부동산매입에 따른 건물분 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 10,023,830원을 차가감 납부할 세액으로 기재하여 자진신고하였다. 청구법인은 위 건물분 매입세액 16,047,876,301원은 부가가치세 과세대상 용역인 임대용 부동산 취득에 따른 매입세액으로 매출세액에서 공제되어야 한다는 내용으로 2003. 1.24.자로 경정청구를 하였으나, 쟁점 건물분 매입세금계산서는 청구법인이 면세사업자로 등록되어 있을 당시에 교부받은 세금계산서로서 부가가치세법 제17조 제2항 의 규정에 의거 매입세액불공제 대상인 바 쟁점 매입세액 16,047,876,301원을 매입세액불공제 대상으로 신고한 당초 내용이 정당하다면서 2003. 7.17.자로 경정청구 기각 통보를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10. 7. 이 건 이의신청을 청구하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 쟁점부동산의 매입당시의 법률에는 자산유동화사업을 부가가치세가 면제되는 금융 ․ 보험용역으로 규정하였다가, 2000.12.29.자로 『부동산임대업은 금융 ․ 보험업으로 보지 아니한다』는 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제3호 규정이 신설되었는 바, 동 규정은 부동산 임대용역에 대하여 부가가치세가 과세되는 것임을 명확하게 하기 위한 확인규정일 뿐 창설적 규정은 아니므로, 신설된 규정의 시행일 이전에 실질적으로 부가가치세 과세사업인 임대사업에 공하는 부동산의 매입과 관련한 매입세액이므로 공제되어야 한다.

(2) 청구법인은 2000.11.16.자로 법인사업자등록을 함에 있어 구 부가가치세법 시행령 제33조 【금융 ․ 보험업의 범위】(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제1항 제15호에서 자산유동화사업을 부가가치세가 면제된다고 규정 되어 있었고, 『자산유동화에 관한 법률에 의한 자산유동화 전문회사가 보유부동산을 처분하는 경우에는 부가가치세가 면제된다』는 2000. 3.28.자 재경부소비46015-117호의 질의회신문을 믿고 신뢰한 나머지 부가가치세 면세법인으로 사업자등록을 하게 되었는 바, 처분청이 쟁점 매입세액 16,047,876,301원은 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하기 이전의 매입세액이므로 매입세액불공제 대상이라면서 경정청구를 기각한 것은 국세기본법 제15조 에서 규정한 신의성실의 원칙을 위배한 것이므로 동 매입세액은 공제되어야 한다.

위의 청구주장에 대하여 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 청구법인의 자산유동화사업은 부가가치세법 제12조 【면세】 제1항 제10호 및 같은 법 시행령 제33조 【금융 ․ 보험업의 범위】 제12의 3호(2000.12.29. 개정 전 법률)에서 규정한 『자산유동화에 관한 법률에 의한 자산유동화 전문회사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역』에 해당하므로 부가가치세가 면제되는 사업인 바 쟁점 매입세액은 면세 관련 매입세액으로 불공제 대상이다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시에는 부가가치 면제대상 사업에 해당하였으며, 청구법인은 2002. 5.15.에서야 부동산임대업을 추가하여 사업자등록 정정신고에 의하여 부가가치세 과세사업용 사업자등록을 한 것이므로, 쟁점 매입세액은 부가가치세 면제대상 사업자등록 당시의 건물분 매입에 따른 매입세액이므로 불공제 대상이다.

• 가. 쟁점 이 건 이의신청의 쟁점은 다음과 같다.

(1) 자산유동화사업자가 2000.12.31. 이전에 매입한 부동산의 매입세액이 부가가치세 과세대상 용역인 부동산임대 관련 매입세액으로 공제가 가능한지 여부와

(2) 부동산임대업을 겸업하고 있는 자산유동화전문회사가 재경부 예규를 믿고 면세사업자용 법인사업자등록증을 발급 받음으로써 부가가치세법상 미등록사업자가 되어 매입세액불공제 처분을 받게 된 경우 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타행위를 말한다.

○ 구 부가가치세법 시행령 제2조 【용역의 범위】(2000.12.29. 개정 전 법률)

① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 역무 및 기타 행위로 한다.

② 제1항의 사업구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국산업분류표에 의하되, 제1항에 규정하는 사업과 유사한 사업은 한국산업분류표에 불구하고 동항의 사업에 포함하는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

10. 금융 ․ 보험용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 구 부가가치세법 시행령 제33조 【금융 ․ 보험업의 범위】(2000.12.29. 대통령령 제7041호로 개정되기 전의 것)

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융 ․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업을 하는 자가 제공하는 것으로 한다. 12의3. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문화사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역

○ 구 부가가치세법 시행령 제33조 【금융 ․ 보험업의 범위】(2000.12.29. 대통령령 제7041호로 개정된 후의 것)

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융 ․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

15. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사 및 자산관리자가 행하는 자산유동화사업 및 자산관리사업

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니한다.

3. 부동산 임대용역 (2000.12.29. 신설)

○ 부가가치세법 시행령 부칙 제1조 【시행일】(2000.12.29. 대통령령 제7041호) 이 영은 2001년 1월1일부터 시행한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었다거나 사용될 재산 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 국세기본법 제15조 【신의 ․ 성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 선의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시 일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (이하 생략)

○ 법인세법 제111조 【사업자등록】

① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제7조 【등록신청과 등록증 교부】

① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (이하 생략)

⑧ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제11조 【등록정정】

① 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록 정정신고서에 사업자등록증을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 사업의 종류에 변경이 있는 때

○ 부가가치세법 제60조 【매입세액의 범위】

⑧ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청 일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.

○ 자산유동화에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어는 다음과 같다.

1. “자산유동화”라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.

• 가. 유동화전문회사(자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함한다)가 자산보유자로부터 유동화자산을 양도받아 이를 기초로 유동화증권을 발행하고, 당해 유동화자산의 관리 ․ 운용 ․ 처분에 의한 수익이나 차입금등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 일련의 행위 나.~라. (생략)

2. “자산보유자”라 함은 유동화자산을 보유하고 있는 다음 각목의 1에 해당하는 자를 말한다. 가.~거. (생략)

• 너. 신용도가 우량한 법인으로서 금융감독위원회가 미리 정하는 기준에 따라 당해 법인이 보유하는 자산에 대하여 자산유동화의 필요성이 있다고 금융감독위원회가 인정하는 법인

3. “유동화자산”이라 함은 자산유동화의 대상이 되는 채권 ․ 부동산 기타의 재산권을 말한다.

4. (생략)

5. “유동화전문회사”라 함은 제17조 및 제20조의 규정에 의하여 설립되어 자산유동화업무를 영위하는 회사를 말한다.

○ 자산유동화에 관한 법률 제10조 【자산관리의 위탁】

① 유동화전문회사 등(신탁회사를 제외한다)은 자산관리위탁계약서에 의하여 각호의 1에 해당하는 자(이하 “자산관리자”라 한다)에게 유동화자산의 관리를 위탁하여야 한다.

2.~3. (생략)

○ 자산유동화에 관한 법률 제20조 【겸업 등의 제한】

① 유동화전문회사는 제22조의 규정에 의한 업무 외의 업무를 영위할 수 없다.

○ 자산유동화에 관한 법률 제22조 【업무】

① 유동화전문회사는 자산유동화계획에 따라 다음 각호의 업무를 행한다.

1. 유동화자산의 양수 ․ 양도 또는 신탁회사에 위탁

2. 유동화자산의 관리 ․ 운용 및 처분 3.~7. (생략)

• 다. 사실관계 및 판단 【쟁점 (1)에 대한 사실관계 및 판단】

(1) 청구법인은 자산유동화에 관한 법률에 의하여 설립된 자산유동화 전문법인으로서, 2000.11.16. 부가가치세 면세법인으로 사업자등록을 하였으며, 2002. 3.15. 부동산임대업을 부 업종으로 업태종목을 추가하여 사업자등록 정정신고를 하였음이 사업자등록정정신고서에 의하여 확인되며, 정정신고 전의 당초 사업자등록증 상단에는 『면세법인사업자』라고 표시되어 있음이 확인된다.

(2) 청구법인은 2000.02기 부가가치세 확정신고시 쟁점 매입세액 16,047,876,301원을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다.

(3) 청구법인이 자산유동화자산으로 쟁점부동산을 매입할 당시의 구 부가가치세법 시행령 제33조 (2000.12.29. 개정 전) 제1항 제12의3호의 규정에 보면 『자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문화사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리 용역』에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 되어 있다.

(4) 청구법인은 자산보유자인 청구 외 ○○(주)에게 자산유동화에 관한 법률 제10조 【자산관리의 위탁】 제1항의 규정에 따라 쟁점부동산의 자산관리업무 위탁을 하였음이 자산관리위탁계약서에 의하여 확인되고, 동 자산관리위탁계약서 제2조 2항을 보면 쟁점부동산의 임대 등 유동화자산 및 기타자산의 운용에 관한 업무는 업무수탁자인 ○○은행에게 자산유동화에 관한 법률 제23조 의 규정에 따라 위탁한다고 되어 있음이 확인된다.

(5) 한편 자산유동화에 관한 법률 제22조 【업무】의 규정을 보면 『유동화자산의 양수 ․ 양도 또는 업무의 위탁』 및 『유동화자산의 관리 ․ 운용 및 처분』에 관한 업무로 규정하고 있어, 청구법인이 쟁점부동산을 청구 외 ○○(주)로부터 양수한 행위, 동 부동산의 관리업무를 청구 외 ○○(주)에 위탁한 행위, 동 유동화자산의 운용을 ○○은행에 위탁한 행위 등 일련의 업무는 자산유동화에 관한 법률에 규정된 자산유동화사업자의 고유업무에 포괄적으로 포함됨을 알 수 있다.

(6) 따라서, 쟁점부동산 매입당시 시행법률인 부가가치세법 시행령 제33조 (2000. 12.29. 개정 전) 제1항 제12의 3호에서 금융 ․ 보험업의 범위에 『자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문화사업과 동 법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역』이라고 규정하므로써 자산유동화에 관한 법률에서 정한 업무는 부가가치세가 면제되는 금융 ․ 보험업의 범위에 포함됨을 분명히 하고 있으며, 특별히 유동화자산이 부동산인 경우에 동 부동산의 양수행위, 관리 및 운영에 대하여는 부가가치세를 과세한다고 규정되어 있지 않음을 알 수 있다.

(7) 결국 청구법인은 자산유동화에 관한 법률에 의하여 그 목적사업인 자산관리용역을 수행하기 위하여 유동화자산을 양수하면서 쟁점 매입세금계산서를 교부받은 것이고, 부동산 임대용역도 부가가치세가 면제되는 자산유동화사업에 부수되는 용역으로서 부가가치세가 면제되는 용역이라 할 것인 바, 쟁점 매입세액은 면세 관련 매입세액으로 보는 것이 타당하다.

(8) 청구법인은 2001. 1. 1.부터 시행되는 부가가치세법 시행령 제33조 제1항 제15호 (2000.12.29. 대통령령 제17041호 개정)의 신설 규정이 창설적 규정이 아닌 확인규정이라고 주장하면서 동 법 개정 전에도 부가가치세가 과세된다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다고 할 것인 바, 청구인의 주장은 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 규정상 받아들일 수 없는 주장이다.

(9) 설령 청구법인의 주장처럼 유동화전문회사가 제공하는 모든 용역이 부가가치세의 면제대상이 된다고 할 수 없고, 유동화전문회사가 제공하는 용역 중 금융의 본질적 요소에 부합하는 용역만이 면제대상이 된다고 보아, 유동화전문회사가 제공하는 부동산 임대용역 부분에 대하여는 부가가치세가 과세되는 용역으로 볼 수 있다고 하더라도, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 및 시행령 제60조 제7, 8항에서 사업자등록 20일 이전의 매입세액을 불공제하도록 규정되어 있는 바, 청구법인은 2002. 3.15.자로 부가가치세 과세법인으로 사업자등록을 하였고, 쟁점 매입세금계산서는 2000. 2기 과세기간 중에 교부받은 것이므로, 이로써 등록 전 매입세액에 해당하여 매입세액불공제 대상에 해당함을 알 수 있다. 【쟁점 (2)에 대한 사실관계 및 판단】

(1) 청구법인은 자산유동화에 관한 법률에 의하여 설립된 자산유동화 전문법인으로서, 2000.11.16. 부가가치세 면세법인으로 사업자등록을 한 사실과, 2002. 3.15. 부동산임대업을 겸업하는 것으로 부가가치세 과세법인으로 사업자등록 정정신고를 함으로써 과 ․ 면세 겸업사업자가 되었음은 위에서 확인한 바와 같다.

(2) 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것인데, 이 건에 있어 처분청에서는 당초부터 자산유동화사업이 부가가치세가 면제되는 사업이라는 견해표명을 하였고, 경정청구 거부처분 또한 당초의 공적인 견해표명과 같이 부가가치세가 면제되는 사업이므로 매입세액공제를 할 수 없다는 이유로 경정청구 거부통지를 한 것임을 알 수 있는 바, 처분청에서 공적인 견해표명에 대한 반대의 처분을 한 사실이 없었으므로, 신의성실의 원칙을 위반하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다 하겠다.

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.