결손금소급공제신청의 기한 도과 및 일정기간이 지난 거부통지의 효력 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 1998.12. 5. 회사정리절차개시결정을 받았는데, 한편 2000.11. ○○세무서장이 청구법인의 1998년도 법인세신고분에 대하여 익금산입 및 손금불산입액이 18,173,566,574원 증액사유 서면분석결과 통보하였고, 이에 따라 청구법인은 2000.12.29. 18,173,566,574원을 익금산입하여 납부세액 2,696,566,252원(본세 1,985,536,467원, 가산세 711,029,785원)으로 수정신고한 후, 다시 2001. 1.16. 추가 가산세 9,530,575원을 포함하여 납부세액 2,706,096,827원으로 재수정신고하면서 720,000,000원 납부하였고 당시 미납세액 1,986,096,827원이었다. 그 후 청구법인은 2001. 3. 9. 미납세액 1,986,096,827원에 대하여 1999사업연도 결손금으로 소급공제환급신청을 한 후, 2001. 6.21. 1998사업연도 계산서미교부에 따른 가산세 8,999,989원을 가산하여 납부세액 2,715,096,816원으로 추가 수정신고하였다. 이에 대하여, 처분청은 2003. 1. 2. 청구인에게 수정신고미납부세액에 대하여 가산세 포함하여 2,436,420,188원을 결정 ․ 고지하였다. (이하 “쟁점처분”이라 한다) 청구인은 이에 불복하여 2003. 3. 7. 이의신청을 제기하였다.

① 처분청이 2001. 3. 9. 청구인의 경정청구에 대하여 2003. 1. 2.까지 아무런 조치를 취하지 않은 점, 청구법인의 회사정리절차종결일인 2001.10. 5.까지 회사정리절차에 처분청이 권리신고를 하지 않은 점에 비추어 처분청은 청구인의 결손금소급공제환급신청을 승인한 것으로 보아야 한다.

② 청구법인의 1998사업연도 법인세는 회사정리법 제208조 의 공익채권에 해당하지 아니하여, 제2회 관계인 집회 때까지 신고되지 않았으므로 같은 법 제102조, 제241조의 규정에 따라 실효된 조세채권이므로 처분청의 쟁점처분은 당연무효에 해당하여 취소되어야 한다.

① 법인세법 제72조 의 결손금소급공제에 의한 환급은 직전 사업연도의 법인세과세, 당해 사업연도의 결손금발생, 당해 사업연도의 법인세신고기한 내에 환급신청 등 실체적 요건 및 절차적 요건이 충족되어야 하며, 같은 법 시행령 제110조 제6항의 환급세액 재결정은 당초 결손금소급공제에 의한 환급세액의 결정이 있었던 경우에만 가능하므로 당초 1999사업연도 법인세 신고시 결손금소급공제환급신청을 하지 않은 청구인의 경정청구는 적법한 경정청구의 대상이 아니다.

② 회사정리법 제102조 에 의하여 회사정리절차개시결정시를 기준으로 그 전에 조세채권이 성립되어 있었느냐의 여부에 따라 정리채권과 공익채권으로 구분되는 것이며, 청구법인은 1998.12. 5. 회사정리절차개시결정을 받았고, 쟁점처분은 1998사업연도 법인세로 그 성립이 1998.12.31.이므로 청구법인에 대한 1998사업연도 법인세는 공액채권이며, 공액채권으로 수시 변제청구가 가능한 채권이다.

• 가. 쟁점 첫째, 청구법인이 1998. 1. 1.~1998.12.31.사업연도 법인세 수정신고납부세액에 대한 1999. 1. 1.~1999.12.31.사업연도 결손금소급공제신청을 2001. 3. 9.에 한 것이 적법한지 여부 및 이에 대한 2003. 1. 2. 거부처분의 당부를 가리는데 있다. 둘째, 청구법인에 1998. 1. 1.~1998.12.31.사업연도 법인세가 회사정리절차법상 정리채권에 해당되어 신고하지 않은 정리채권으로 실권하여 효력을 상실하는지를 가리는데 있다. 나 관련법령

○ 법인세법 제7조 【결손금 소급공제에 의한 환급】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 생략

⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제110조 의 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】

① ② 생략

③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 소급공제 법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ ⑤ 생략

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.

⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.

○ 감사원심사결정례 2002.11.19. 감심2002-184 청구인인 1998사업연도 및 1999사업연도에 각각 결손금이 발생한 것으로 신고하고, 세무조사시 1998사업연도의 과세소득이 경정되어 납부세액이 발생할 경우를 대비하여 2000. 3.30. 소급공제법인세환급신청서를 처분청에 제출한 후, 2002. 1. 2. 처분청이 1998사업연도의 법인세를 경정고지하자 2002. 1. 7. 청구인이 1998사업연도 고지세액 중 일부를 결손금소급공제신청에 의하여 환급하여 달라는 경정 청구에 대하여 “1999사업연도 결손금소급공제에 의한 환급신청기한인 2000. 3.31.까지 직전 연도인 1998사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액이 없어 납부세액이 없으므로 법인세법 제72조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급을 신청할 수 없는 것이고, 따라서 청구인은 법인세환급세액의 경정을 청구할 수도 없으며 처분청은 청구인의 1998사업연도 법인세환급세액을 결정한 사실이 없어 법인세법 시행령 110조 제6항 의 환급세액재결정도 할 수 없다 할 것이다”라고 결정한 바 있다.

○ 회사정리법 제102조 【정리채권】 회사에 대하여 정리절차개시 전의 원인으로 생긴 재산상의 청구권은 이를 정리채권으로 한다.

○ 회사정리법 제208조 【공익채권】

9. 정리채권 중 원천징수하는 조세 ․ 부가가치세 ․ 특별소비세 ․ 주세 ․ 교통세 및 본세의 부과 ․ 징수의 예에 따라 부과․ 징수하는 교육세 ․ 농어촌특별세와 특별징수의무자가 징수하여 납부하여야 할 지방세로서 정리절차개시 당시 아직 납부기한이 경과하지 아니하거나 도래하지 아니한 것.

○ 회사정리법 제241조 【정리채권등의 면책등】 정리계획인가의 결정이 있는 때에는 계획의 규정 또는 본법의 규정에 의하여 인정된 권리를 제외하고 회사는 모든 정리채권과 정리담보권에 관하여 그 책임을 면하며 주주의 권리와 회사의 재산상에 있던 모든 담보권은 소멸한다.

○ 대법원 판례 1982. 5.11. 선고 82누56, 1994. 3.25. 선고 93누 14417 정리회사에 대한 조세채권이 회사정리절차개시결정이 있기 전에 성립되어 있으면 (법률에 의한 과세요건 충족)그 부과처분이 정리절차개시결정 후에 있는 경우라도 조세채권은 정리채권이 된다.

○ 감사원심사결정례 2002. 7. 9. 감심2002-105 청구인에 대한 회사정리절차개시결정은 1997.12.10.에 있었고 ○○세무서장의 청구인에 대한 1997사업연도(1997. 1. 1.~1997.12.31.) 법인세 조세채권은 과세기간인 1997사업연도의 종료와 동시에 성립된 것이므로, 위 1997사업연도 법인세 조세채권은 위 회사정리절차개시결정 이후에 성립된 채권이므로 회사정리절차에서 신고하여야 할 정리채권에 해당되지 아니한다고 할 것이다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 1998.12. 5. 회사정리절차개시결정을 받은 사실, 청구인이 1998사업연도 및 1999사업연도의 결손신고 및 수정신고와 경정청구에 대한 위 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 12월 말 결산법인으로 1998사업연도는 1998. 1. 1.에서 1998.12. 31.까지의 기간임이 신고서상 확인된다. 위 관계법령 및 사실내용을 종합하여 볼 때,

2001. 3. 9. 청구인의 1999사업연도 결손금으로 소급공제환급신청은 법정요건에 맞지 않으므로 적법한 청구라 할 수 없고, 결손금소급공제신청에 대하여 1년 10월간 거부의 통지를 하지 아니하였다고 하더라도, 그 사실만으로 청구인의 신청을 승인한 것으로 볼 수는 없으며, 청구인에 대한 1998사업연도 법인세는 청구법인의 회사정리절차개시결정 후에 성립한 조세채권으로 정리채권이 아니며, 따라서 정리 절차의 종료로 면책되는 채권이 아니다. 가령 정리채권이라 하더라도 회사정리법 제241조 에 따라 실권되는 정리채권은 회사가 책임을 면할 뿐 채권 자체가 소멸되는 것은 아니므로 부과처분 자체를 취소할 사항은 아니다.

• 라. 결론 청구주장은 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 2호 및 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.