자산유동화전문회사가 2000.12.31. 이전에 취득한 임대용 부동산의 매입세액 공제 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 자산유동화전문회사로서, ○○(주)의 연구소, 공장, 구축물 및 기계장치 매입에 따라 2000. 7.31. 발급받은 매입세금계산서 4매 매입액 18,655,307,273원 매입세액 1,865,530,727원(이하 쟁점매입세액이라 한다)을 2000년 2기 부가가치세 예정신고시 매입세액공제신청을 하지 아니하였다가, 2002. 7. 9. 쟁점매입세액은 과세사업인 부동산임대사업과 관련한 매입이므로 세액공제를 요구하는 부가가치세 경정청구를 하였고, 처분청은 2002. 9.11. 위 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다. 이에 청구인은 2002.12.12. 이 건 이의신청을 청구하였다.

청구법인이 자산유동화과정에서 취득한 부동산을 부가가치세가 과세되는 부동산임대업에 사용하는 것은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이 아니며, 유동화자산으로 취득시 부담한 매입세액은 자기의 과세사업인 부동산임대업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 공급에 대한 매입세액으로 부가가치세법 제17조 제1항에 해당하므로 쟁점 매입세액은 공제 가능한 매입세액이며, 2000.12.29. 개정된 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제3호 에 부동산임대용역을 금융 ․ 보험용역에서 제외하도록 규정한 것은 추가로 과세대상을 확장한 것이 아니고, 이미 1977년 시행시부터 부가가치세를 과세하고 있는 금융기관의 부동산임대용역에 대하여 부가가치세가 과세됨을 확인하는 규정으로 보아야 하고, 은행 등 다른 금융기관이 임대용 부동산을 취득하면 취득시의 매입세액을 공제하고 있는데 유독 자산유동화전문회사가 2000.12.31. 이전에 임대목적으로 취득한 부동산의 매입세액에 대해서만 매입세액 공제하지 아니하는 것은 다른 금융기관과의 과세형평에도 맞지 아니하다.

자산유동화전문회사인 청구법인의 업무내용은 채권 및 부동산을 취득하여 그것을 기초로 유동화증권을 발행하고 운용 등에 따른 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 것으로 2000.12.31. 이전에는 이의 일련으로 행위를 부가가치세법시행령 제33조 에서 금융 ․ 보험용역으로 규정하고 있으므로 쟁점 매입세액은 면세사업과 관련한 매입세액으로 공제대상이 아니며, 자산유동화전문회사의 업무내용은 채권 및 부동산을 취득하여 그 운용에 따른 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 것으로 은행의 부동산임대용역과 동일하다고 할 수 없다.

• 가. 쟁점 자산유동화전문회사가 임대용 부동산을 2000.12.31. 이전에 취득한 경우 당해 부동산의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 내지 9. 생략

10. 금융 ․ 보험용역으로 대통령령이 정하는 것

○ 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제33조 【금융 ․ 보험용역의 범위】

① 법 제12조 제1항 제19호에 규정하는 금융․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

1. 내지 12의 2. 생략 12의 3. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역

○ 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정 및 신설된 것) 제33조 【금융 ․ 보험용역의 범위】

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융 ․ 보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

1. 내지 14. 생략

15. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사 및 자산관리자가 행하는 자산유동화사업 및 자산관리사업

②, ③ 생략

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니한다.

1. 2. 생략

○ 같은법시행령 부칙 (2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정 및 신설된 것) 제1조 【시행일】 이 영은 2001. 1. 1.부터 시행한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액 (이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 내지 3. 생략

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 국세심판례【국심2001서1298, 1299. 2001.11. 2.】 자산유동화전문회사가 임대용 부동산을 2001. 1. 1. 이전에 취득한 경우에는 당해 부동산의 매입세액은 면세사업 관련으로 공제대상이 아니다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 자산유동화전문회사인 점 및 2000년 2기 부가가치세 예정신고시 쟁점매입세액에 대하여 매입세액공제신고 하지 아니한 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 청구법인은 쟁점매입세액이 과세사업용 부동산 매입에 따른 매입세액임에도 처분청이 이를 면세사업용으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하였음은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다. 청구법인이 쟁점매입세액과 관련한 부동산을 취득할 당시의 부가가치세법 제12조 제1항 및 같은법시행령 제33조 제1항 제12의 3호에서 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문화사업을 부가가치세 면세사업인 금융 ․ 보험용역으로 규정하고 있다가 2000.12.29. 같은령 제33조 【금융 ․ 보험용역의 범위】제4항의 신설(대통령령 제17041호)되어 부동산의 임대용역은 이를 금융 ․ 보험용역으로 보지 아니하는 것으로 개정되면서 그 부칙 제1조에서 이영은 2001. 1. 1.부터 시행한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 부동산의 취득일이 위 개정된 시행령의 시행일 이전인 2000. 7.31. 이전이었다고 보여지므로 위 개정 전의 규정을 적용하여 면세사업용(재정경제부 소비 46015-143, 2001. 6.13. 같은 뜻임)으로 보아 이 건 쟁점매입세액을 불공제함이 타당한 것으로 판단된다. 또한 청구법인은 은행이 영위하고 있는 부동산임대업에 대해서는 부가가치세법시행령 제33조 제4항 이 신설되어 시행(2001. 1. 1.)되기 이전부터 금융업과는 별개로 부가가치세 과세사업으로 처분청이 보고 있다 하여 금융․ 보험업으로 업종이 동일한 청구법인의 이 건 부동산에 대하여도 과세사업용으로 보아 그 취득에 따른 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 자산유동화전문회사인 청구법인의 업무내용은 채권 및 부동산을 취득하여 그것을 기초로 유동화증권을 발행하고 동 운용 등에 따른 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 것으로 임대용부동산에 관한 은행의 업무내용이 위와 동일하다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라 은행의 경우는 이 건과 별개의 사안이며 이 건 처분은 위에서 본 바와 같이 적법하므로 이 부분 청구법인의 주장 역시 타당성이 없는 것으로 인정된다.
• 라. 결론 위 관계법령 및 사실내용을 종합하여 볼 때, 청구주장은 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 및 제66조의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.