매매대금으로 수령한 건물매매대금을 부동산을 취득할 수 있는 권리로 볼 수 있는지와 그 양도시기 여부

○○세무서장이 2002. 5. 8. 청구인에게 한 1996년 귀속 양도소득세 570,927,960원의 부과처분은, 청구인에 대한 이 건 양도소득세의 적법한 과세대상자산은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 양도가 아닌 ‘건물’의 양도이므로, 당해 건물의 소유권보존등기가 경료 된 1996. 8.12.을 양도시기로 보아 세법에서 규정하고 있는 양도차익의 산정방법에 따라 양도소득세를 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 711㎡에 대하여 1/5지분을 소유하고 있던 중, 동소 ○○번지, 동소 ○○번지, 동소 ○○번지 토지를 포함하여 (주)○○(이하 “○○”이라 한다) 등과 함께 상가건물을 재건축하면서 당초 설계시에는 지상 10층 건물을 신축하여 대지지분 비율로 보존등기하기로 약정하였으나, 약정 후 설계변경으로 인하여 1996. 6.12. 지상 15층 건물로 증축 완공되었고, 청구 외 (주)○○이 증축건물분에 대한 청구인 등의 지분을 소유권보존등기한 사실에 대하여 청구인은 소유권보존등기말소 소송을 제기하였으나,

2001. 5. 8. ○○고등법원은 이 건 건물의 공유자의 지위에 있는 청구 외 (주)○○ 등을 상대로 건물의 층별 구분등기절차의 이행을 구할 아무런 소의 이익이 없어 부적법하므로 관련 청구구분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 청구인의 소를 모두 각하 하였고, 또한, 당해 신축건물 11층 내지 15층 중 청구인의 소유지분과 각 약정에 따라 청구 외 이○○, 배○○, 이○○, ○○신용금고부터 양도받은 소유지분이 모두 1994. 7.22. 매수약정에 의해 (주)○○의 공유지분에 포함되어 소유권 보존등기가 경료된 사실에 대하여 (주)○○은 청구인으로부터 매수한 건물 11층 내지 15층 부분의 소유지분에 대한 매매대금을 지급할 의무가 있다고 판시한 다음, 청구인의 (주)○○으로부터 받아야 할 건물의 매매대금은 954,046.603원으로서 2001.10.30 대법원의 청구인 승소 확정판결에 따라 금액을 청구인이 수령하였는 바, 처분청은 청구인이 (주)○○으로부터 받은 건물 매매대금 954,046,603원을 건물의 양도대가가 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도대가로 보아 2002. 5. 8. 양도소득세 570,927,960원을 결정․ 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 7.25. 이의신청을 제기하였다.

구 소득세법시행령 제157조 제3항 에서 부동산을 취득할 수 있는 권리라 함은 소득세법 제98조 에서 규정하는 취득시기가 도래하기 전에 당해 부동산을 취득할 수 있는 권리를 말하는 것으로서 그 예시에는 ① 건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리(당첨권) ② 지방 자치단체, ○○공사가 발행하는 토지상환채권 ③ ○○공사가 발행하는 주택상환채권 ④ 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리라고 규정하고 있는 바, 이 건 양도는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도에 해당되지 아니하며, 한편, 건물이라 함은 지방세법시행령 제75조의 2(1)의 규정에 의한 주택, 점포, 사무실, 공장, 창고, 수상건물 등 지붕과 벽, 또는 기둥이 있는 것을 말하므로 이 건의 경우 상가를 재건축하여 양도한 것이므로 건물의 양도에 해당되어 처분청이 이 건 양도소득세 과세대상자산을 구분함에 있어 건물로 구분하여야 하며, 청구 외 (주)○○이 대금을 전혀 지급하지 아니하고 청구인의 의사에 반하여 임의로 소유권보존등기를 한 것이므로 대법원의 확정판결일인 2001.10.30.을 잔금청산일로 보아야 함에도 불구하고, 이 건 소유권보존등기일에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

이 건 신축건물 11층 내지 15층 중 청구인의 소유지분과 각 약정에 따라 청구 외 이○○, 배○○, 이○○, ○○신용금고로부터 양도받은 소유지분이 1994. 7.22. 매수약정에 의해 (주)○○의 공유에 포함되어 소유권보존등기가 경료된 것은 구 소득세법 제94조 2항 에 규정하고 있는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도에 해당되며, 또한, 청구인이 청구 외 (주)○○에 대하여 가지는 매매대금 채권은 (주)○○이 청구인으로부터 1994. 7.22. 약정에 의해 매수한 소유지분에 대하여 소유권보존등기를 경료한 1996. 8.12.에 그 이행기가 도래하였다고 보았는 바, 이 건 2001.10.30. 대법원의 확정판결일은 당해 건물의 양도 및 취득시기에 대하여 아무런 영향을 미치지 아니하는 것이므로, 구 소득세법시행령 제162조 제1항 2호의 규정에 의해 (주)○

○의 소유권보존등기일인 1996. 8.12.을 청구인의 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도시기로 보아 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부동산의 소유지분에 대한 승소결과 건물 매매대금으로 수령한 금액을 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도대가로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 구 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 양도소득은 당해 연도의 발행한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

3. 삭제(95.12.29.)

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 자산(이하 “기타자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 구 소득세법 제96조 【양도가액】 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호 ․ 제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류 ․ 보유기간 ․ 거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다 (95.12.29. 단서개정)

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다 (95.12.29. 단서개정)

○ 구 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 ․ 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부 ․ 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일.

3. 총리령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기등을 한 경우에는 등기부 ․ 등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여을 받은 날

② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다.

○ 구 소득세법시행령 제157조 【토지등의 범위】

① 법 제94조 제1호에서 “토지”라 함은 지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다.

② 법 제94조 제1호의 규정에 의한 건물에는 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하는 것으로 한다.

③ 법 제94조 제2호에서 “대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리 라 함은 다음 각호의 곳을 말한다.

1. 지상권 ․ 전세권과 등기된 부동산 임차권

2. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (이하생략)

○ 소득세법기본통칙 94-1 【부동산을 취득할 수 있는 권리의 예시】 소득세법시행령 제157조 제3항 에서 “부동산을 취득할 수 있는 권리”라 함은 법 제98조에서 규정하는 취득시기가 도래하기 전에 당해 부동산을 취득할 수 있는 권리를 말하는 것으로 그 예시는 다음과 같다.

1. 건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리)아파트당첨권 등)

2. 지방자치단체 ․ 한국토지공사가 발행하는 토지상환채권

3. 대한주택공사가 발행하는 주택상환채권

4. 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리

○ 재산 46014-1069, 2000.09.05. 신축 중인 아파트가 가사용 승인일 이후에 양도된 경우는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’ 아닌 ‘부동산’의 양도에 해당함.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 상가재건축 전 토지 등 소유관계 청구인과 청구 외 이○○, ○○신용금고, 배○○, 이○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 711㎡를 각 5분지 1 (142.2/711)지분으로 공유하고 있었음이 토지대장 및 등기부등본에 의해 확인된다.

(2) 재건축에 대한 약정내용

1994. 7.22. 청구 외 (주)○○과 청구인은 위 지상의 기존건물을 멸실하고 재건축 하기로 합의하여 다음 요약내용의 약정서를 작성하였다.

① 청구인은 재건축물의 공사, 공사비 또는 분양, 분양금 및 재건축물 사업전부를 위임하되 문제가 발생할 시에는 (주)○○이 책임진다.

② 청구 외 (주)○○은 청구인이 지불하여야 할 재건축물의 공사비와 사업비를 책임진다.

③ 재건축물의 소유지분은 기계실 및 주차장은 등기상의 대지 면적을 근거로 하여 구분등기하고, 지하1층 상가, 지상1층 상가, 지상2층 상가는 현재의 건축물을 재건축 하였을 시 ○○동 ○○지번의 대지 평수를 신축시 적용되는 건폐율로 계산된 면적으로 구분등기하기로 하고 업무시설 면적은 각 지분 소유자의 대지면적을 근거로 공정히 구분등기 한다. 각층 지분들이 건축물 관리대장에 구분등재 되어야 함을 (주)○○이 책임진다.

④ 약정 후 신축건물의 연면적 증가 등으로 인하여 발생하게 되는 공사비 및 사업비는 각자의 책임으로 하되, 청구인 등과 (주)○○이 상의하여 추가로 늘어나는 청구인 등의 업무시설 부분의 건축비를 (주)○○이 부담하고 평당 300만원씩에 인수한다.

(3) 건물신축완료 및 소유권 보존등기

① 설계변경으로 인한 연면적 증가 위 약정당시 이 사건 재건축물의 건축계획은 지상 10층에 연면적 2,340평이었으나, 약정 후 지상 15층에 연면적 약 3,000평 규모로 증축설계 변경되었다.

② 설계변경에 따른 지분변동

• 건물의 설계변동으로 인하여 지하 주차장의 면적이 확대됨에 따라 지하 1층에 대한 청구인, 이○○, 배○○의 소유지분 면적이 줄어들게 되자, 이에 대한보상차원에서 이 사건 건물의 설계변경으로 늘어나는 소유지분 중 이○○이 40평을, ○○신용금고가 30평을 청구인, 이○○, 배○○에게 양도하였다.

• 청구인은 지하 1층에 대한 소유지분 중 점포 3.84개씩의 소유지분을 이○○와 배○○에게 양도하는 대신, 이○○와 배○○으로부터 그들의 11층 내지 15층 부분에 대하여 가지는 각 소유지분 및 ○○신용금고와 이○○으로부터 양도받기로 한 위 합계70평의 소유지분을 모두 청구인이 단독으로 양도받기로 하였다.

③ 소유권 보존등기 연면적증가 및 지분이동으로 인하여 소유권보존 등기된 각자의 지분은 청구인 9.84%, 이○○ 7.27%, 배○○ 10.14%, 이○○ 10.26%, ○○신용금고 15.846%, (주)○○ 46.64%이고, 청구인이 지하1층에 대한 소유지분 중 점포 3.84개씩의 소유지분을 이○○와 배○○에게 양도하는 대신 이○○와 배○○으로부터 양도받은 그들의 11층 내지 15층 부분에 대하여 가지는 각 소유지분 및 ○○신용금고와 이○○으로부터 양도받은 합계70평의 소유지분은 모두 (주)○○의 공유지분에 포함되어 1996. 8.12. 소유권보존등기가 경료되었음이 등기부등본 및 ○○고등법원 판결문(사건번호 2000나47141 소유권보존등기말소 등)에 의하여 확인된다.

(4) 청구인의 소유지분 매매대금 청구부분에 대한 판결문 내용 (○○고법 2000나47141, 2001. 5. 8.)

① 매매대금 지급의무의 발생 『원고(청구인)들과 피고 ○○, 피고 배○○이 1994. 7.22. 신축건물의 연면적 증가 등으로 인하여 발생하게 되는 공사비 및 사업비는 각자 부담으로 하되, 피고 (주)○○은 추가로 늘어나는 원고(청구인)들 및 피고 배○○의 소유지분을 평당 금 3,000,000원 씩에 인수한다고 약정한 사실, 이 사건 건물의 설계변경으로 인하여 지하 주차장의 확대됨에 따라 지하1층에 대한 원고 (청구인)들과 배○○의 소유지분 면적이 줄어들게 되자, 이에 대한 보상차원에서 이 사건 건물의 설계변경으로 인하여 늘어나는 소유지분 증 피고 이○○이 40평을, 피고 (주)○○가 30평을 각 원고 (청구인)들과 피고 배○○에게 양도한 사실, 원고 김○○(청구인)가 원고 이○○, 피고 배○○과 사이에 원고 김○○(청구인)가 이 사건 건물 지하1층에 대한 소유지분 중 점포 3.84개씩의 소유지분을 원고 이○○와 피고 배○○에게 각 양도하는 대신, 원고 이○○와 피고 배○○으로부터 동인들이 이 사건 건물 중 11층 내지 15층 부분에 대하여 가지는 각 소유지분을 모두 양도받음과 아울러, 위와 같이 보상차원에서 피고 ○○와 피고 이○○으로부터 양도받기로 약정한 위 합계 70평의 소유지분은 모두 원고 김○○(청구인)가 단독으로 양도받기로 약정한 사실, 이 사건 건물 11층 내지 15층 중 원고 김○○(청구인)의 소유지분 및 원고 김○○(청구인)가 위와 같이 원고 이○○와 피고 배○○으로부터 양도받은 소유지분, 그리고 원고 김○○(청구인)가 피고 (주)○○와 피고 이○○으로부터 양도받은 위 합계70평의 소유지분이 모두 위 1994. 7.22. 매수약정에 따라 피고 (주)○○의 공유지분에 포함되어 이 사건 건물에 관한 소유권 보존등기가 경료된 사실은 앞서 본바와 같으므로 피고 (주)○○은 원고 김○○(청구인)로부터 매수한 이 사건 건물 11층 내지 15층 부분의 소유지분에대한 매매대금을 지급할 의무가 있다』고 판시하였다.

(5) 이 건 매매대금은 청구인의 소유지분과 청구 외 이○○, 배○○으로부터 양도받은 소유지분 합계면적 829.0947㎡(250.8평)과 청구 외 ○○신용금고 및 이○○으로부터 양도받은 소유지분 합계면적 70평을 1994. 7.22. 신축건물의 연면적 증가 등으로 인하여 발생하게 되는 공사비 및 사업비는 각자 부담으로 하되, 청구 외 (주)○○은 추가로 늘어나는 청구인 등의 소유지분을 평당 금 3,000,000원씩에 인수한다고 약정한 사실에 근거하여 총매매대금을 962,381,269원(752,381,269 +210,000,000원)으로 계산하고 동 약정에 따라 (주)○○의 단축공사기간 동안의 임료수입 반환채권액 8,334,666원을 제외한 954,046,603원을 청구인이 (주)○○으로부터 받아야 할 건물 소유지분의 매매대금으로 확정하였음을 알 수 있고 2001. 10.30. 대법원은 이를 확정판결 하였다.

(6) 소유권보존등기말소 소송

① 청구인과 청구 외 이○○는 1997. 3월 신축건물의 보존등기 (1996. 8.12, ○○지방법원 ○○등기소)사실에 대하여 (주)○○ 외 3인 공유지분 소유권보존등기 중 각 0.256/100지분의 말소등기절차의 소장을 접수하였다.

② 2001. 5. 8. ○○고등법원은 청구인의 소유권보존등기말소(사건번호 2000나 47141호)에 관하여 구분등기청구부분은 수인의 공유로 등기되어 있는 1동의 건물을 층별로 구분하여 수인간의 실제 소유관계대로 단독소유 또는 공유로 등기하기 위해서는 그 소유자 또는 공유자들이 먼저 일반건축물대장을 구분건물의 건축물대장으로 변경등록한 후 그 대장을 첨부하여 구분등기를 신청하여야 하고, 만일 건축물대장의 소관청이 변경을 거부한 때에는 그 서면을 첨부하여 관할 등기소에 곧바로 등기의 신청을 할 수 있다 할 것인 바(집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제61조, 1999. 6.23. 등기선례 199905-12 참조), 어느 경우에 있어서도 구분등기신청은 구분건물의 소유자 또는 공유자들의 단독신청으로 가능한 것으로서(부동산등기법 제131조, 제131조의 2조 참조) 등기신청의 협력을 구하여야 할 등기의무자가 존재할 수 없는 것이므로 애당초 이에 관한 등기청구권 자체가 있을 수 없는 것으로서 청구인은 이 건 건물의 공유자의 지위에 있는 청구 외 (주)○○ 등을 상대로 건물의 층별 구분등기절차의 이해를 구할 아무런 소의 이익이 없어 부적법하므로 관련 청구부분을 취소하고 그 부분에 해당하는 청구인의 소를 모두 각하 하였다

(7) 소유권 보존등기 연면적증가 및 지분이동으로 인하여 소유권보존 등기된 각자의 지분은 청구인 9.84%, 이○○ 7.27%, 배○○ 10.14%, 이○○ 10.264%, ○○신용금고 15.846%, (주)○○ 46.64%이고 청구인이 지하1층에 대한 소유지분 중 점포 3.84개씩의 소유지분을 이○○와 배○○에게 양도하는 대신 이○○와 배○○으로부터 양도받은 그들이 11층 내지 15층 부분에 대하여 가지는 각 소유지분 및 ○○신용금고와 이○○으로부터 양도받은 합계 70평의 소유지분은 모두 (주)○○의 공유지분에 포함되어 1996. 8.12. 소유권보존등기가 경료되었음이 등기부등본 및 ○○고등법원 판결문 (사건 법호 2000나47141 소유권보존등기말소 등)에 의하여 확인된다.

(8) 2001. 5. 8. ○○고등법원 2000나47141호 및 2001.10.30. 대법원 2001다33451호 소유권보존등기말소 등 판결문에서 청구인이 청구 외 (주)○○으로부터 가지는 금 962,381,269원의 매매대금 채권은 청구 외 (주)○○이 청구인으로부터 매수한 소유지분에 대하여 소유권보존등기를 경료한 1996. 8.12.에 그 이행기가 도래하였다고 판시하였으며 여기에 청구 외 (주)○○이 청구인에게 가지는 금 8,334,666원의 임료수입 반환채권을 상계하여 이 건 양도소득세의 과세표준이 된 금 954,046,603원을 청구인의 소유지분 매매대금으로 지급 받았다. 상기 사실관계 및 관련 판결문 내용을 종합해 볼 때, 구 소득세법시행령 제157조 제3항 에서 “부동산을 취득할 수 있은 권리” 라 함은 법 제98조에서 규정하는 취득시기가 도래하기 전에 당해 부동산을 취득할 수 있는 권리를 말하는 것으로서, 청구인의 과세대상 건물은 1996. 6.12. 준공되어 1996. 8.12. 청구 외 (주)○○에게 소유권보존등기 된 사실이 건축물관리대장 및 등기부등본에 의해 확인되고, 이건 자체탈세정보자료의 근원인 법원의 판결문내용을 보더라도 청구인의 완성된 부동산이 청구 외 (주)○○에게 소유권보존기가 경료 1996. 8.12.을 당해 매매대금 채권의 이행기가 도래하였다고 보아 청구인의 소유권이전으로 인하여 청구 외 (주)○○에게 지급해야 할 매매대금과 지급의무발생의 근거로 삼고 있는 바, 청구인이 청구 외 (주)○○으로부터 지급받은 매매대금 954,046,603원은 청구인의 완성된 부동산의 소유지분이 청구 외 (주)○○ 이전 되었음을 전제로 한 것이므로, 이 건 양도소득세의 과세대상자산을 구분함에 있어 청구인이 지급받은 매매대금은 동산을 취득할 수 있는 권리의 양도대가가 아닌 건물의 양도대가로 보아야 한다는 청구주장은 그 이유가 있는 반면, 처분청은 이건 자체탈세정보자료 내용에 따라 세무조사에 착수하였으나, 청구인이 청구 외 (주)○○으로부터 지급받은 매매대금이 건물의 매매대금이 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도대가임을 구체적으로 밝히지 못한 채, 법원의 확정판결에 따라 청구인이 수령한 건물매매대금 전액을 청구인이 설계변경으로 인하여 늘어난 증축건물의 소유지분을 건물이 완공되기 전에 포기한 대가로 판단하여 양도소득세를 부과한 이건 부과처분은 조사미흡에 따른 결정처분이므로, 이 건 청구인에 대한 양도소득세의 적법한 과세대상자산은 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도가 아닌 소유권보존등기를 경료한 1996. 8.12.에 “건물”을 양도한 것으로 보아 세법에서 규정하고 있는 양도차익의 산정방법에 따라 경정함이 적법하다고 판단된다.

청구주장은 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.