공통매입세액 안분계산의 적정여부

○○세무서장이 2001.12.26. 청구법인의 2001년 1기분 부가가치세 경정청구에 대하여 현지확인 조사 후 492,083,111원을 환급조치한 처분은 287,912백만원(면세공급가액) 2,504,219,776 × = 2,241,209,715원 (공통매입세액) 321,699백만원 (※) (불공제매입세액)

1. 전력부문 공통매입세액의 안분계산과 관련하여 아래 산식에 의거 면세관련 불공제 매입세액을 재계산하여 환급세액을 경정합니다. ※ 321,699백만원 = 287,912백만원(면세공급가액) +〔34,799백만원(과세분공급가액) - 1,012백만원(전기료 직접사용분 매출액)〕

2. 나머지 청구는 기각합니다.

o 청구법인은 지하철 ○호선~○호선 사업장으로 하여 면세사업(여객운송)과 과세사업(광고수입, 부동산임대업 등)을 겸영하고 있는 업체로서 2001년 1기분 부가가치세 신고시 공통부분매입세액이 복잡하고 불확실하여 정확한 분류가 이루어지지 않은 상태에서 신고를 하였으나, 그 후 동 공통매입세액에 대한 면밀한 검토 및 분류를 거쳐 공통매입세액 안분계산분에 대하여 2001. 8.23. 부가가치세 경정청구를 하게 되었다. o 동 경정청구 환급세액은 1,420,967,712원이나 처분청은 부가가치세 현지확인 조사 후 아래 표의 내용과 같이 492,083,111원만 환급하여 주었다. 구분 매출 매출 세액 매입 과세표준 매입세액 불공제 매입세액 납부 세액 환급신청 (결정)세액 소계 과세분 면세분 2001년 1기 당초신고 325,075 34,799 290,276 3,479 108,657 8,376 8,274 3,377

• 경정청구 322,711 34,799 287,912 3,479 108,657 8,376 6,853 1,956 1,421 경정결정 322,711 34,799 287,912 3,479 108,657 8,376 7,782 2,885 492 (단위: 백만원) ※ 청구법인에 대한 처분청의 부가가치세 경정결정 내역은 다음과 같다. o 청구법인 2001년 1기분 부가가치세 매출현황 (단위: 백만원) 매출 과세분 내역 합계 면세분 과세분 322,711 287,912 (여객운송) 34,799 o광고(서비스/광고): 10,885 o상가임대(부동산임대): 642 o편의시설물(부동산/임대): 4,634 o연결통로(부동산/임대): 512 o전시장(부동산/임대): 10 o물류포스트(부동산/임대): 553 o통신시설물(부동산/임대): 10,382 o위수탁장비(서비스/용역): 7,181 구분

2001. 1기 예정

2001. 1기 확정 계 비고 과세분 부동산 임대매출 7,757,592,175 12,796,712,264 20,554,304,439 기타과세분 매출 9,970,339,384 4,275,310,680 14,245,650,064 소계 17,727,931,559 17,072022,944 34,799,954,503 과세매출액 면세분 운송사업수익 135,153,999,242 146,253,373,520 281,407,372,762 승무원인건비 2,538,067,490 3,966,903,230 6,504,970,720 소계 137,692,066,732 150,220,276,750 287,912,343,482 면세매출액 합계 155,419,998,291 167,292,299,694 322,712,297,985 총매출액 o 2001년 1기분 부가가치세 총매출액 명세 o 2001년 1기분 부가가치세 공통매입세액의 산출 구분

2001. 1기 예정

2001. 1기 확정 계 비고 매입세액 계 3,971,362,748 4,404,585,061 8,375,947,809 총매입세액 공제받은 매입세액 43,194,953 57,989,192 10,184,145 과세분 불공제 매입세액 98,300 577,732 676,032 승용차 유지관련 공통매입세액 해당분 3,928,069,492 4,346018,137 8,274,087,632 공통매입세액 o 공통매입세액의 내용 공통매입세액 계 전동차 매입부분 전력 매입부분 기타 공통매입부분 8,274,087,632 1,202,846,131 2,504,219,776 4,567,021,725 ※ 전력부문 총매입세액 2,605,403,921원 - 상가 등 직접사용분(직접매입세액공제분) 101,184,145 = 전력부문 공통매입세액 2,504,219,776원 ※ 기타부문 총매입세액 4,567,697,757원 - 승용차 유지관련 매입분 676,032원 = 4,567,021,725원 o 안분계산 내역 당해과세기간 면세공급가액 o 면세사업관련(불공제)매입세액= 공통매입세액 × 당해과세기간 총공급가액

• 공통매입세액: 8,274,087,632원

• 면세공급가액: 287,912,343,482원

• 과세공급가액: 24,417,191,989원(=34,799,954,503원-10,382,762,514원) ※ 과세분 매출액 중 통신시설물 사용료 10,382,762,514원은 그 시설물 자체를 이동통신사업자에게 임대하여 주고 그 시설물 유지 ․ 보수 등 관련 매입세액이 전혀 발생하지 아니하므로 안분계산의 편의를 위하여 총공급가액 및 과세공급가액에서 제외하였다.

• 총공급가액: 312,329,535,471원

① 전동차 매입부분(전동차 관련 매출: 여객운송 287,912백만원, 전동차 내 및 행선지 표시기 광고수입 10,885백만원) 1,202,846,131원 (공통매입세액) 287,912백만원 1,159,027,149원 (불공제 매입세액) × = 298,797백만원(287,912+10,885)

② 전력 매입부분(전력은 전동차 및 행선지 표시기의 광고수입에 사용) 2,504,219,776원 (공통매입세액) 287,912백만원 2,412,992,513원 (불공제 매입세액) × = 298,797백만원(287,912+10,885)

③ 기타 공통매입부분(총공급가액에서 통신시설물 수입 10,382백만원 제외) 4,567,021,725원 (공통매입세액) 287,912백만원 4,209,984,852원 (불공제 매입세액) × = 312,329백만원(322,711-10,382)

④ 불공제 매입세액 합계(①+②+③): 1,782,004,514원 o 처분청은 청구법인의 2001. 1기분 부가가치세 경정청구에 대한 현지확인 조사 후, 위와 같이 불공제 매입세액을 산출하여, 2001.12.26. 부가가치세 492,083,111원을 환급 조치하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 3.27. 부가가치세 314,251,343원을 더 환급해 주어야 한다는 내용의 이 건 이의신청을 제기하였다.

(1) 청구법인의 영업은 성질상 주 사업인 운수사업(여객운송)과 기타 부대사업(상가임대 및 광고 등) 등으로 구분되나, 기타 부대사업은 실제로 운수사업에 의하여 부수적으로 발생되고 있으므로 운수사업의 규모에 따라 직접적으로 영향을 받고 있기 때문에 완전히 독립된 별개사업으로 볼 수 없다. 1,202,846,131원 (공통매입세액) 287,912백만원(면세공급가액) 1,073,139,233원 (불공제매입세액) × = 312,329백만원(총공급가액) 과세수입인 상가임대료, 광고료, 통신시설물 부지임대료 등 산정을 위한 원가조사 용역시에도 승하차인구, 통행인구패턴, 편의시설 입지조건 등을 반영하여 임대 및 수수료율을 산정하고 있는 바 전동차 운행(운행횟수, 운행시간 등)이 승하차인구 및 통행인 등에 결정적인 영향을 미치게 되므로 광고 및 임대수입과도 밀접한 관련성이 있다. 따라서 전동차 부분 공통매입세액에 관련된 공급가액에 여객운송 및 광고수입만의 “사업부문”으로 세분하여서는 안 되고 “사업장 단위”로 검토하여 지하철 전사업장의 총공급가액으로 산출하여야 한다.

(2) 청구법인의 전력요금은 역사마다 개별로 부과되는 것이 아니고 호선별로 동일한 사업장으로 보아 호선별로 1매의 고지서가 통합하여 부과되며, 단 임대상가 등의 직접 내부사용분(전등, 선풍기, 전열기 등)은 계량기를 부착하여 청구법인이 별도로 징수하며, 통신시설물사업자가 직접 사용하는 전력요금은 약정에 의하여 별도로 징수하고 있다. 공통매입세액의 안분계산은 “사업장 단위”로 하되, 세분화가 가능한 경우 “사업부문”별로 하도록 되어 있으나, 청구법인 전력비의 경우 한 개의 노선 및 관련 지하철역 전체를 한 사업장 단위로 보아 그 요금이 부과되므로 “사업장 단위” 전체를 한 범위로 하여 청구법인의 전체 운영과 관련된 공통매입세액으로 보아야 한다. 따라서 임대상가나 통신시설물사업자가 내부에서 직접 사용하는 전력 이외에 역사조명, 냉난방, 급수 ․ 폐수처리, 위생, 소방, 환기, 승강시설 등에 사용되는 전력비용은 “전동차 관련 매입세액”과 달라서 실지 귀속이 분명한 어느 사업분야와 직결되는 것이 아니고, 청구법인의 모든 수입금액과 관련된 공통매입세액이므로 이에 따라 계산한 부가가치세 불공제 매입세액은 아래와 같다. 2,504,219,776원 (공통매입세액) 287,912백만원(면세공급가액) 2,234,181,432원 (불공제매입세액) × = 322,711백만원(총공급가액)

(3) 기타 공통매입세액은 전동차 관련 부분 및 전력 부분을 제외한 각종 공사용역비용으로서 당 지하철공사 전 사업에 관련있는 부분에 해당되는 바, 예컨대 각종 시설보수공사, 균열누수보강공사, 구조물지반보수공사 등이 이에 해당한다. 처분청은 통신시설물에 대한 시설물 자체를 이동통신사업자가 설치하였기 때문에 그 사용료 수입에 대한 공통매입세액은 발생할 수 없다고 하나, 해당 사용료는 ○○지하철공사라는 사업장이 존재하기 때문에 발생하는 것으로 만약 지하철이라는 사업장이 없다면 굳이 거액의 사용료를 지불할 이유가 없을 것이며, 이와 같이 청구법인 사업장에서 매입되는 각종 공통비용은 통신시설물사용료 수입과 관련이 있으므로, 공통매입세액 안분 계산시 통신시설물 임대 수입 또한 포함되어 계산되어야 하며 이에 따라 계산한 부가가치세 불공제매입세액의 계산은 아래와 같다. 4,561,021,725원 (공통매입세액) 287,912백만원(면세공급가액) 4,074,544,579원 (불공제매입세액) × = 322,711백만원(총공급가액)

(1) 전력 부문 관련 매입세액 중 과세사업에 관련한 임대상가, 일산선전기, 시설물사용전력료 등에 재하여 101백만원을 매입세액으로 직접 공제받았으므로, 직접 공제받은 매입세액을 제외한 매입세액 2,504백만을 공통매입세액으로 보아 매입세액 안분 계산하였으며, 이는 전동차 및 행선지표시기의 광고관련에 사용되었으므로 광고수입 10,885백만원과 여객운송 수입금액 287,912백만원을 기준으로 공통매입세액 안분 계산한 당초 처분은 정당하다.

(2) 통신시설물 사용료수입은 그 시설물 자체를 이동통신사업자에게 임대하여 주고 그 시설물 유지보수 등 관련 매입 등이 전혀 발생하지 않으므로 부가가치세법 시행령 제61조 및 동법 시행규칙 제18조의 2 제1항의 규정에 의거 공통매입세액에 관련된 금액이 아니므로 총공급가액 및 과세공급가액에 통신시설물 사용료 10,382백만원을 제외하여 안분 계산한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 전동차 관련 매입부분의 공통매입세액 안분계산 적정 여부 및

② 전력 매입부분의 공통매입세액 안분계산 적정 여부와

③ 전동차 및 전력 매입부분을 제외한 기타 매입부분의 공통매입세액 안분계산이 적정하게 되었는지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 면세사업에 관련된 매입세액 287,912백만원(면세공급가액) = 공통매입세액 × 322,711백만원(총공급가액

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제18조 의 2 【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

○ 부가46015-4064(2000.12.18.) 수종의 과세 및 면세사업 겸업시 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 매입세액으로 구분되는 경우, 그 공통매입세액에 관련 사업단위별로 구분하여 안분 계산함.(부가46015-2543, 1999. 8.23, 부가46015-1099, 1999. 5.26. 같은 뜻임)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점①에 대하여

(1) 청구법인은 이의신청에 따른 보정서류 제출시 전체 매입세액에 대한 명세를 청구법인 스스로 구분하여 아래와 같이 제출하였다. 총매입세액 자동차관련 매입세액 전력관련 매입세액 공사관련 매입세액 용역관련 매입세액 기타분 매입세액 8,375,947,809 1,202,846,131 2,605,403,921 1,832,805,124 968,175,842 1,766,716,791

(2) 매입세액의 공제는 해당 매입세액의 발생 원인에 따라 공제여부를 판단해야 할 것이므로서, 사업자(과세주체)별로 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체 사업의 당해 과세기간의 총 공급가액에 대한 총면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의할 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업 간에 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부분만의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 실지귀속에 가까운 안분계산방법이 되는 것이다.(대법80누170,1982. 9.28.)

(3) 청구법인의 전동차 관련 매입명세를 보면, 거의 대부분이 전동차 및 노선의 부품, 냉방기, 윤활유 등 전동차 운행에 직접적으로 관련된 매입세액으로 이는 여객운송 및 차량광고로 인한 전동차의 면세 및 과세사업의 공통매입세액은 될 수 있으나, 상가 및 편의시설물 등 임대료 수입에 대해서까지 공통매입세액을 적용할 수는 없다고 판단된다.

(4) 이는 전동차 관련매입세액의 발생 원인을 볼 때 이를 부동산 및 편의시설물 임대 수입 등에 직접적으로 대입하였을 경우 업무와 전혀 관련 없는 매입세액으로 전액 매입세액 불공제될 것이며, 비록 부동산 및 편의시설 등의 임대수수료율이 전동차 이용인원 등을 감안하여 결정된다 하더라도 이는 임대수수료율을 결정하는데 참고는 될 수 있으나, 전동차 고객의 전부가 부동산 및 편의시설의 매출을 구성하는 것은 아니므로, 전동차 관련 공통매입세액을 총공급가액을 기준으로 하여 안분 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 지나친 확대해석이라고 보여진다.

(5) 따라서, 처분청이 전동차 관련 매입세액에 대하여 전동차 부분의 여객운송 수입 및 전동차 관련 광고수입을 기준으로 공통매입세액을 안분하여 과세한 당초 결정은 정당하다고 판단된다.

○ 쟁점②에 대하여

(1) 청구법인의 전기요금 고지서 영수증을 확인한 바, 사업장별(호선별)로 전력요금 고지서가 발부됨이 확인된다.(호선별 1매씩 매월 4장의 고지서 수령)

(2) 전력부문 공통매입세액을 총전력비 매입세액 2,605,403,921원에서 상가 등 직접사용분 101,184,145원을 차감한 2,504,219,776원으로 산출한 것에 대해서는 청구법인도 다툼이 없다.

(3) 임대 등과 관련한 전력비는 상가 임차인 및 통신시설물사업자의 직접 사용분(청원전력공급규정에 의거 계량기를 부착하여 청구법인이 별도 징수하는 전력비)과 청구법인이 부담할 점포외부의 통로 및 광장 등의 조명, 상가 전체의 냉난방, 급수 ․ 폐수처리, 환풍 등에 사용되는 전력비로 구분할 수 있다.

(4) 처분청은 전력부문 관련 매입세액 중 과세사업에 관련한 임대상가, 일산선전기, 시설물사용 전력료 등은 이미 매입세액 101,184,145원을 직접 공제 받았으므로 공통매입세액의 안분계산을 전동차 및 행선지표시기의 광고수입으로 국한하여 계산하였으나, 기 공제받은 매입세액 101,184,145원은 상가 임차인 및 통신시설물 사업자 등이 직접 사용한 실제 전기 사용분 금액만이며, 청구법인의 임대 등의 매출에 대응한 전력료 매입세액 전체가 포함된 것은 아니다.

(5) 임대매출 등의 경우 직접 사용분은 물론, 직접사용분을 제외한 청구법인 부담 전력비도 청구법인의 임대매출 등에 대한 대응원가를 구성할 것이며, 별도 징수하는 직접 사용분은 직접 공제분에 상당하는 대응 매출이 발생될 것인 바, 과세분 매출에서 직접사용분 전기료 매출을 차감한 과세분 순매출 내역은 아래와 같다. 과세분 순매출 내역 (단위: 백만원) 구분 당초매출액(A) 매입공제분(B) 과세분순매출(C=A-B) 비고 광고 10,885 372 10,513 상가임대 642 46 596 편의시설무물 4,634 25 4,609 연결통로 512 0 512 일반시설(전시장) 10 0 10 물류포스트 553 0 553 통신시설물 10,382 189 10,193 위수탁정비 7,181 380 6,801 계 34,799 1,012 33,787

(6) 따라서, 직접사용분을 차감한 공통매입세액의 안분계산은 총공급가액에서 전기료 매출분을 차감한 금액 대비 면세분 공급가액의 비율로 계산되어야 할 것이다. 2,504,219,776원 (공통매입세액) 287,912백만원(면세공급가액) 2,241,209,715원 (불공제매입세액) × = 322,699백만원(287,912+33,787)

(7) 이와 같이 전력 관련 매입세액은 별도 징수하는 직접 사용분은 물론, 그 외의 전력비 또한 청구법인의 매출 전체에 대한 대응원가를 구성한다고 보아야 하므로, 전력부문 공통매입세액은 아래 산식에 의거 산출해야 할 것으로 판단된다.

○ 쟁점③에 대하여

(1) 통신시설물이란 이동통신사업자가 통화서비스의 개선을 위하여 지하철 전 구간에 걸쳐 광케이블, 이동전화설비, 무선호출 중계설비 및 그에 따른 부대시설을 말하는 것으로, 청구법인과 이동통신사업자 중의 하나인 ○○텔레콤(주)간에 작성한 지하철 시설물 사용에 관한 계약서 제14조는 이러한 시설에 대한 일체의 유지관리 및 보수책임은 이동통신사업자가 지는 것으로 되어 있다.

(2) 따라서 청구법인의 매입세액 중 통신시설물 관련 매입세액은 전혀 발생하지 않고 있으며 전동차 및 전력부문 매입세액을 제외한 매입세액은 각종 공사부문과 청소 및 관리, 보수 등의 용역부문, 일반관리비에 준하는 기타부문으로 대별되며, 공사부문의 경우 역무자동화설비공사, 호선별 균열 누수 보강공사, 역사 냉난방 설치공사, 선로 보수공사 등 지하철의 안전운행과 승객 및 직원들의 편의시설, 환경개선 등과 관련된 매입세액임이 확인된다.

(3) 통신시설물과 관련하여 그 유지 및 보수비용 등을 청구법인이 직접 부담하였다면 당연히 그 비용을 공통매입세액으로 보아 안분 계산하여야 하나, 그 유지 및 보수에 대한 관련 매입세액이 전혀 발생하지 않았음에도 통신시설물 수입과는 거의 관련이 없는 공사부문, 용역부문, 기타부문의 매입세액을 통신시설물 수입과 관련된 공통매입세액으로 보아 안분 계산해야 한다는 청구법인의 주장은 쟁점①의 경우와 같이 지나친 확대해석이라고 보여진다.

(4) 따라서, 통신시설물 사용료 수입은 대응되는 매입세액이 전혀 발생하지 아니하므로 처분청이 전동차 및 전력 매입부문을 제외한 기타 공통매입세액의 안분계산 시 총공급가액에서 통신시설물 사용료 수입을 제외하여 불공제매입세액을 산출한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 결론 위의 내용을 종합해 볼 때, 전동차 관련 매입부분 및 기타 매입부분에 대한 청구인의 주장은 이유 없다고 판단되나, 전력 매입부분에 대한 청구인의 주장은 일부 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.