매출처별계산서합계표 미제출가산세 적용 여부

○○세무서장이 2001. 7. 3. 청구법인에게 경정·고지한 1999년 귀속 법인세 261,373,500원에 대한 처분은, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○산업(00-0-000)과의 거래분 2,103,151,879원에 대하여 법인세법 제76조 제9항 의 가산세 적용을 배제하여 세액을 경정한다.

○○지방국세청은 청구법인에 대하여 기업구조조정 관련 토지양도에 대한 계산서 교부 및 계산서합계표 제출 실태를 점검한 결과, 청구법인이 1998년도분 7,159,071,500원, 1999년도분 26,137,350,721원의 매출처별계산서합계표(이하 “계산서합계표”라 함)를 미제출한 사실을 확인하고, 2001. 7. 3. 처분청에 통보하였으며, 처분청은 청구법인이 미제출한 쟁점합계표에 대하여 100분의 1의 가산세를 적용하여 1998년 귀속분 71,590,715원, 1999년 귀속분 261,373,507원을 경정·고지하였던 바, 청구법인은 1999년 귀속분 261,373,507원 부분에 대해서 불복하여 2001. 8.30. 이의신청을 제기하였다.

과세관청은 청구법인의 재무구조관련 토지 매각자료와 국세청 통합전산망(이하 “TIS”라 한다)에 입력된 매출처별계산서합계표 자료를 상호 대사하여 매출처별계산서합계표의 제출누락금액이 26,137,350,721원이라고 확인하였으나, 이 금액에는 청구법인의 지점명의로 제출된 부분과, 청구법인은 제출하였으나 처분청이 전산입력을 누락한 금액이 포함되어 있는 것으로 판단되므로, 청구법인이 미제출한 사실을 시인하는 금액 4,349,170,754원을 제외한 나머지 부분에 대하여는 가산세 적용을 배제함이 타당하다.

청구법인은 ○○지방국세청의 계산서 제출 실태 점검과 관련하여 국세청 전산망에 청구법인의 1999년도분 매출처별계산서합계표의 입력이 누락되었다고 주장하면서 2001. 5.10. 청구법인에 보관 중이라는 매출처별계산서합계표를 제출하였으나, 이 내용은 TIS에 입력된 내용과 다를 뿐 아니라 2001. 8.30 이의신청시 청구법인이 제출한 계산서합계표와도 서로 상이함을 알 수 있는 바, 청구법인이 보관용이라고 주장하면서 제시하는 1999년 귀속분 매출처별계산서합계표는 가산세를 회피하기 위하여 사후에 추가로 작성한 것으로 판단된다. 다만, ○○산업과의 거래분은 지점인 (주)○○건설 PU 명의로 제출된 사실이 TIS에 의하여 확인되므로 청구 주장을 받아들여 일부 경정 감함이 타당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 매출처별계산서합계표 미제출가산세 적용의 적정 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 법인세법 76조 【가산세】

① ~ ⑧ 생략

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제121조 제3항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한 내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성·교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급 받는 자에게 교부하여야 한다.

② 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서 등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령ㅇ령이 정하는 바에 따라 계산서 등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니한다.

③ 법인은 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 “매출·매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(이하 생략)

○ 국세청 예규 (제도46012-11928, 2001. 7. 5.) 법인이 발행한 계산서에 대한 계산서제출합계표를 법인세법 제121조 제3항 의 기한 내에 제출하지 아니한 경우에 같은 법 제76조 제9항의 가산세가 징수되는 것이며, 조세특례제한법 제66조 제1항 의 영농조합법인에 대한 법인세의 면제는 같은 조 제7항의 면제 신청을 하지 아니한 경우에도 면제대상인 것임.

○ 심사례(심사법인98-364, 1999.01.08.)

1997. 1. 1. 이후 토지를 양도하고 매년 1.31. 내에 매출처별계산서합계표를 미제출한 경우이므로 관련 가산세를 적용함은 정당함.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 재무구조개선을 위하여 매각한 토지 내역과 국세통합전산망에 수록된 계산서합계표 내용을 비교 검토한 결과, 청구법인이 1999년 귀속분 26,137,350,721원의 계산서합계표를 미제출한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인은 ○○지방국세청의 계산서 제출 실태 점검과 관련하여 2001. 5.10.(○○ 제2001-000호) ○○지방국세청에 계산서합계표를 제출하였으나, 이는 국세통합전산망에 수록된 내용과 상이할 뿐만 아니라, 이 건 이의신청시 제출한 계산서합계표의 내용과도 서로 상이함을 알 수 있다.

(3) 청구법인의 지점법인인 (주)○○건설 PU 명의로 거래처인 ○○산업과의 1999년 귀속 거래분에 대하여는 계산서합계표를 제출한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인되며, 점검 당사자인 ○○지방국세청도 이에 대한 사실을 인정하고 있다. 위와 같은 사실을 종합하여 볼 때 청구법인이 재무구조개선을 위하여 매각한 토지에 대한 1999년도분 계산서합계표 제출내역이 국세청통합전산망에 입력되어 있는 내용과 차이가 나는 바, 이 차이금액을 미제출한 것으로 판단하여 법인세법 제76조 제9항 의 가산세 적용은 정당한 것으로 보여지며, 또한, 청구법인이 보관하고 있는 것이라며 제시하는 계산서합계표는 제출시마다 그 내용이 상이할 뿐만 아니라, 국세통합전산망에 입력된 내용과도 일치하지 아니하여 그 내용에 신빙성이 없다고 판단된다. 다만, 당초 미제출된 것으로 판단하여 과세한 ○○산업과의 거래분 2,103,151,879원은 청구법인의 지점인 (주)○○건설 PU 명의로 제출된 사실이 확인되므로 이 부분에 대한 가산세 적용은 배제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 청구인의 주장은 일부 이유 있으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.