지방세경감토지의 과세대상 분류

사 건 2025나5543 부당이득금 원 고 의료법인 AA병원 피 고 대한민국 변 론 종 결

2025. 8. 22. 판 결 선 고

2025. 9. 19.

1. 피고들의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고들이 부담한다. 청구취지와 항소취지 원고에게, ③ 피고 대한민국은 xx,xxxx,xxx 원 및 그중 ㉮ xx,xxxx,xxx 원에 대하여 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그 다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%,그 다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%, ㉯ xx,xxxx,xxx 원에 대하여 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%, ㉰ xx,xxxx,xxx 원에 대하여 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%, ㉱ xx,xxxx,xxx 원에 대하여 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%, 각 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라. [피고들의 각 항소취지] 제1심판결을 취소한다. 원고의 피고들에 대한 각 청구를 기각한다.

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 제1심판결의 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 중 해당 부분 기재와 같으므로, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제4면 제10행의 “서울 xx구 xx동 소재 토지(이하, ‘이 사건 토지’라 한다)”를 “서울 xx구 xx동 xxx-x, xxx-xx, xxx-x, xxx-x, xxx-x, xxx-x, xxx-x 각 토지(이하 위 토지들을 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 제17행의 ”개정되기 전의 것“을 ”개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5면 제3행의 ”이 사건 토지 중 일부“를 ”이 사건 각 토지 중 서울 xx구 xx동 xxx-x 토지를 제외한 나머지 토지들의 전부 또는 일부“로, 제5면 제12행, 제6면 제3행의 각 ‘이 사건 토지’를 모두 ‘이 사건 각 토지’로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5면 제14행의 ”종합합산과세대상 또는“을 삭제한다.

1. 원고 주장의 요지 이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서에 따라 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상이 아니므로 분리과세대상에 해당함이 명백한데, 서울특별시 xx구청장은 이 사건 경감 부분을 별도합산과세대상으로 분류하고, 이를 전제로 이 사건 각 토지에 대한 재산세 및 지방교육세를 산정하여 부과하였다. 또한 종합부동산세법 제11조 는 종합합산과세대상 토지와 별도합산과세대상 토지만을 종합부동산세의 과세대상으로 규정하고 있으므로 분리과세대상인 이 사건 경감부분은 종합부동산세의 과세대상에 해당하지 않는다. 그럼에도 xx세무서장은 이를 과세대상으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여 부과하였다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 위법하고, 그 하자가 중대하고 명백하여 무효이므로, 원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 이 사건 재산세 등의 귀속주체인 피고들은 원고에게, 원고가 정당하게 산정된 세액을 초과하여 납부한 금액 및 이에 대한 지방세 및 국세 환급가산금 또는 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2. 피고들 주장의 요지

• 가) 구 지방세법 제106조 제1항 은 이 법 또는 관계법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정할 뿐, 이를 분리과세대상으로 간주한다는 규정을 두지 않고 있다. 구 지방세법 제106조 제1항 각 호는 예시적 규정이 아닌 열거적․한정적 규정이고, 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 과세표준에서 차감하고자 하는 목적에서 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서를 규정한 입법자의 의도를 고려하면, 재산세 경감비율 해당토지가 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상에 해당하지 않는다고 하여 분리과세대상으로 보아야 한다고 할 수는 없다. 만약 재산세 경감비율 해당 토지를 분리과세대상으로 본다면 이는 별도합산과세대상 토지를 분리과세대상으로 전환하여 더 낮은 재산세율을 적용하거나 종합부동산세를 면제해 주는 특례를 제공해주는 것이므로, 이미 지방세특례제한법, 종합부동산세법 등에 의하여 세제를 감면받는 이 사건 경감 부분에 직접 사용하는 토지는 이중의 감면 혜택을 받게 되어 지방세특례제한법 제180조 및 종합부동산세법의 도입 취지에 반하는 결과를 초래한다. 이처럼 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언 해석 및 입법취지, 이중감면의 문제 등을 고려하면, 원고의 주장과 같이 이 사건 경감 부분이 분리과세대상에 해당한다고 해석할 수 없고, 따라서 지방세제한특례법 제179조에 따라 이 사건 각 토지의 과세표준액에서 동법 제54조 제2항에 따른 경감비율을 곱한 금액을 경감하여 재산세 및 지방교육세를 산정하고, 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 이 사건 각 부과처분은 적법하다.
• 나) 설령 이 사건 각 부과처분이 위법하다고 하더라도, ① 이 사건 각 부과처분은, 이 사건 경감 부분과 같은 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 간주하여야 한다는 취지의 대법원 판결(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결) 선고 전에 이루어졌고, 위 판결 선고 전까지 재산세 감면 대상 토지가 분리과세대상인지 여부에 관한 법리적 다툼이 계속되어 왔던 점, ② 분리과세대상 토지를 규정한 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 는 열거적․한정적 규정이므로 위 규정에서 의과대학의 부속병원이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 토지를 분리과세대상으로 명시하지 아니한 이상, 과세처분을 하면서 위 토지를 분리과세대상으로 분류하지 아니한 것을 명백한 하자로 볼 수 없는 점, ③ 재산세 감면 대상 토지를 분리과세대상으로 보지 않은 기존의 실무례가 구 지방세법에 관한 입법자의 의사와 일치하는 점, ④ 재산세 감면 대상 토지를 분리과세대상으로 볼 경우 위 가)항과 같은 여러 문제들이 발생하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 토지 전체를 별도합산과세대상으로 분류하여서 한 이 사건 각 부과처분은 그 하자가 중대․명백하여 당연무효라고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 각 부과처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 불복절차를 밟지 않아 이 사건 각 부과처분이 확정된 이상, 원고는 피고들에게 이 사건 각 부과처분과 관련하여 원고가 과오납한 조세의 반환을 구할 수 없다.

• 가. 이 사건 각 부과처분의 위법성

1. 관련 법리 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상으로 분류하고 있으므로 관련 법령에 따른 재산세 경감 대상 토지 중 그 경감비율에 해당하는 해당하는 부분 역시 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 한다. 그런데 구 지방세법 제106조 제1항 은 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고(같은 항 제2호 단서, 제1호 단서 나목), 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로(같은 항 제1호 단서 나목), 위 토지가 명시적으로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 소정의 분리과세대상에 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 나목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다. 따라서 과세대상 토지 중 경감비율에 해당하는 토지는 재산세 분리과세대상으로 간주됨으로써 분리과세대상의 예에 따른 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 위와 같은 법리와 종합부동산세법 제11조 의 규정을 종합하면, 이 사건 각 토지에 대한 재산세를 산정할 때에는 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 각 토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분은 과세대상에서 제외하여야 한다. 피고들은 구 지방세법 제106조 제1항 의 입법취지, 이중감면의 문제 등을 이유로 이 사건 경감 부분을 분리과세대상이 아니라 별도합산과세대상으로 처리해야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 과세요건이거나 비과세요건을 가리지 아니하고 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003. 8. 19. 선고 2003두4331 판결 등 참조), 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언해석상 이 사건 경감규정에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상이 될 수 없음이 명백하므로, 위와 같은 해석이 입법 취지에 맞지 않는다거나 원고가 사실상 이중감면의 혜택을 입게 된다는 사유만으로 위 법률의 문언과 달리 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 별도합산과세대상으로 해석할 수는 없다.
• 나) 그런데 서울특별시 xx구청장은 각 이 사건 경감 부분을 분리과세대상이 아닌 별도합산과세대상으로 분류하여 이 사건 각 토지에 관한 재산세를 산정하였고, xx세무서장은 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시킨 후 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세를 산정하였으므로, 이에 따른 재산세 및 종합부동산세 부과처분은 위법하다.
• 다) 또한, 지방교육세는 재산세를 과세표준으로 하여 산출되므로(지방세법 제151조 제1항 제6호 참조) 재산세가 잘못 산정되면 지방교육세도 잘못 산정되고, 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로(농어촌특별세법 제5조 제1항 제8호 참조) 종합부동산세가 잘못 산정되면 농어촌특별세도 잘못 산정되는바, 앞서 본 바와 같이 잘못 산정된 재산세와 종합부동산세를 과세표준으로 산정된 지방교육세와 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다.
• 라) 따라서 이 사건 경감 부분을 별도합산과세대상으로 분류하여 이루어진 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하다.
• 나. 이 사건 각 부과처분의 효력

1. 관련 법리 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 참조). 한편 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 결과, 과세 처분 요건이 충족되지 아니한 상태에서 해당 처분을 한 경우에는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있다고 볼 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두27094 판결 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거들과 을가 3, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 경감 부분이 별도합산과세대상에 해당함을 전제로 이루어진 이 사건 각 부과처분은 그 하자가 중대ㆍ명백하여 무효라고 판단된다.

① 앞서 본 바와 같이 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서는 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.‘고 명확히 규정하고 있고, 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있다. 따라서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하고, 이는 사실관계를 정확히 조사하여야만 과세대상이 되는지 밝혀질 수 있는 경우에 해당하지 아니한다.

② 구 지방세법[2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법(2005년)’이라 한다] 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서는 제2항 제1호 및 제2호에 열거된 토지의 가액을 종합합산과세표준 또는 별도합산과세표준에 합산하지 아니한다고 규정하고 있기는 하다. 그러나 구 지방세법(2005년) 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서가 ‘과세표준’에 관하여 규정하고 있는 것과 달리, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목, 제2호 단서는 ‘과세대상’에 관한 규정임이 분명하고, 과세요건을 충족시키기 위한 물적 요소인 ‘과세대상’과 과세대상에 대한 구체적인 세액을 산정하기 위한 기초인 ‘과세표준’은 명백히 구분되므로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목, 제2호 단서를 ‘과세표준’에 관한 규정으로 해석하는 것은 문언의 객관적인 범위를 넘어서는 확장해석으로서 허용되지 않고, 이는 이 사건 각 부과처분을 할 당시라고 하여 달라지지 않는다.

③ 지방세법은 ‘구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서의 입법취지는 종합토지세를 경감할 때 경감비율만큼 종합토지세 과세표준에서 차감하던 방식을 새로 개편된 재산세와 종합부동산세에도 동일하게 적용하기 위함이었으나, 그 의미가 명확히 표현되지 않았다’는 이유로, 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서를 삭제하고, 세율 적용에 관하여 규정하고 있는 제113조 제1항 단서로 ‘다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다.’는 규정을 추가하는 내용으로 개정되었다(2019. 12. 3. 법률 제16663호). 그러나 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을 해석하더라도 이는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 이 사건 각 부과처분 당시 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서가 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하되 그 과세표준만을 경감비율만큼 감축하기 위한 규정으로 해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.

④ 과세관청이 그동안 대부분의 재산세 과세처분에서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 분류하지 아니하였고, 이 사건 각 부과처분 당시까지는 구 지방세법 제106조 제1항 의 해석에 관한 법원의 판단을 받은 적이 없더라도, 이는 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 것에 불과하다. 또한 하자의 명백성은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분 당시 하자를 알았는지 또는 처분에 대하여 불복기간 내에 불복하였는지에 따라 판단하는 것이 아니므로, ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하는 실무례가 정립되어 있었다거나, 원고가 불복기간 내에 이 사건 각 부과처분에 대하여 다투지 않았다는 이유만으로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 및 제2호 단서에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다고 인정할 수도 없다.

⑤ 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 보고 표준세액을 구체적으로 산정함에 있어서 그 순서와 방식 등에 관하여 확고히 정립된 실무례가 없다고 하더라도, 이 사건 각 부과처분의 위법성은 이 사건 경감 부분을 분리과세대상이 아니라 별도합산과세대상으로 분류한 점에 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 경감 부분이 법률 문언상 분리과세대상에 해당함은 달리 해석할 여지가 없이 분명하므로, 위와 같은 사정을 들어 이 사건 각 부과처분의 하자가 중대․명백하지 않다고 볼 수는 없다.

⑥ 한편 피고 대한민국은, 종합부동산세 및 농어촌특별세의 과세대상에 해당하는지 여부는 해당 부동산이 재산세 부과대상에 해당하는지에 따라 자동으로 결정되며 이에 대하여 관할세무서장이 실질적 심사를 할 권한이나 의무가 없으므로, 재산세 부과처분이 당연무효라고 하더라도 종합부동산세 부과처분이 곧바로 당연무효가 된다고는 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 피고 대한민국의 주장에 의하더라도 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 선행처분인 재산세 부과처분에 터 잡아 이루어지는 후행처분의 성격을 가지므로, 선행처분인 재산세 부과처분이 당연무효인 이상 이에 기초한 후행처분인 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분 또한 당연무효가 된다고 보아야 하므로, 피고 대한민국의 위 주장은 받아들일 수 없다.

• 다. 소결론 따라서 당연무효인 이 사건 각 부과처분에 따라 원고가 납부한 이 사건 재산세 등의 귀속주체인 피고들은 원고에게, 원고가 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액을 부당이득으로 반환함과 아울러 지방세 및 국세 환급가산금 또는 지연손해금 등을 가산하여 지급할 의무가 있다.

• 가. 논의의 전제 한국지방세연구원은 2022. 12. 31. 구 지방세법 제106조 를 통하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 관하여 ‘재산세 경감토지 분리과세에 따른 세액 계산방식 검토’라는 제목의 보고서(을가 제4호증)를 발표하였는데, 위 보고서는 그 세액 계산방식으로 ① 과세대상을 구분하여 감면 전 세액을 산출 후 경감율을 적용하여 세액을 경감하는 방식, ② 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 방식(이하 ‘유형2 계산방식’이라 한다), ③ 전체 토지에서 과표 구분 후 비감면분 토지를 분리과세로 분류하여 세액을 산정하는 방식, ④ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서 분리과세대상으로의 구분전환만을 적용하여 세액을 산출하는 방식(이하 ‘유형4 계산방식’이라 한다), ⑤ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감률을 적용하여 과표에서 공제하는 방식, ⑥ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감률을 적용하여 세액을 경감하는 방식을 제시하였다.
• 나. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장: 유형2 계산방식 이 사건 각 토지에 부과되어야 할 정당한 세액은 유형2 계산방식으로 계산되어야 한다. 즉 구 지방세법 제106조 제1항 및 이 사건 경감규정에 따라 먼저, 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 부분은 분리과세대상으로, 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감부분을 제외한 나머지 부분(이하 ‘이 사건 비경감 부분’이라 한다)은 별도합산과세대상으로 분류하여 감면 전 과세표준을 산출하고, 지방세특례제한법 제179조 에 따라 위 감면 전 과세표준액에 각 이 사건 경감규정을 적용하여 경감비율만큼 과세표준을 공제한 후, 이에 따라 산출된 각 과세표준에 이 사건 경감 부분에 대해서는 분리과세 세율을, 이 사건 비경감 부분에 대해서는 별도합산과세 세율을 각각 적용하여 세액을 산출해야 한다.

2. 피고들의 주장: 유형4 계산방식 유형2 계산방식과 같이 이 사건 경감 부분을 ‘분리과세대상’으로 보는 것은 ‘과세대상 구분전환’으로서 ‘지방세 감면’에 해당한다. 이와 같이 ① 이 사건 경감규정에 따라 지방세를 감면하면서, 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로도 보는 것은 지방세특례제한법 제180조 (중복 특례의 배제)의 취지에 반하는 것이고, ② 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로, 이 사건 비경감 부분을 종합․별도합산과세대상으로 구분한 후, 위 나머지 토지에도 재산세 경감규정을 적용하게 되면, 종합․별도합산과세대상 토지에 경감 대상 토지가 끊임없이 발생하는 순환반복의 문제점이 발생한다. 따라서 중복감면 및 순환반복의 우려가 없는 유형4 계산방식으로 이 사건 각 토지에 부과되어야할 정당한 세액을 산정하여야 하고, 이 사건 각 부과처분에 따른 세액은 이러한 방식 으로 산정된 것이다.

• 다. 정당한 세액 산정 방식 앞서 든 증거들과 갑 5, 7호증, 을가 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 각 토지의 정당한 세액을 산정하기 위하여 적용되어야 할 계산방식은 유형2 계산방식이라고 판단된다.

① 유형2 계산방식은 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감부분과 비경감 부분을 별개의 과세대상으로 구분하여 각각의 과세표준을 산출한 후 여기에 경감율을 다시 적용하여 세액을 산정하는 방식인 반면, 유형4 계산방식은 이 사건 경감부분은 분리과세대상으로, 나머지 부분은 종합․별도합산과세대상으로 구분하되 이 사건 경감 부분에 대해서는 구 지방세특례제한법 제180조 의 규정에 따라 분리과세대상 전환에 따른 감면율과 이 사건 경감규정에 따른 감면율 중 더 높은 감면율만을 적용하고, 나머지 부분에 대하여는 이 사건 경감규정에 따른 감면율을 별도로 적용하지 아니하는 방식이다. ② 그런데 이 사건 경감규정의 문언에 의할 때, 이 사건 경감규정에 따른 경감은 이 사건 경감 부분에 한정되어 적용되는 것이 아니라 이 사건 비경감 부분에도 적용되는 것으로 해석되므로, 조세법률주의 원칙상 이 사건 경감 부분 및 비경감 부분에 각 이 사건 경감규정에 따른 경감이 이루어져야 한다. ③ 지방세특례제한법 제179조 는 ‘토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다’고 규정하고 있는바, 이 사건 경감규정이 재산세의 경감 규정에 해당하는 것은 명백하므로, 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 부분과 이 사건 비경감 부분의 각 감면 전 과세표준에 각각 감면규정을 적용하여 경감비율만큼 과세표준을 공제해야 하고, 이에 따라 산출된 과세표준에 지방세 등에 따른 세율을 적용하여 최종적인 세액을 결정하여야 한다. 따라서 이 사건 각 토지 중 이 사건 비경감 부분에 대하여도 이 사건 경감규정에 따른 감면율을 적용하는 유형2 계산방식이 이를 적용하지 아니하는 유형4 계산방식보다 위 규정의 문언에 충실한 방식이다. ④ 지방세특례제한법 제180조 는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있고, 지방세법특례제한법 제2조 제1항 제6호에 따르면 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있으며, 제4조 제1항, 제182조는 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 모두 “지방세 감면”으로 통칭하고 있으므로, 과세대상 구분전환도 ‘지방세 감면’에 해당하여 지방세특례제한법 제180조 에 따른 중복 특례의 배제가 적용될 수 있는 것은 사실이다. 그러나 구 지방세법은 토지를 재산세 과세대상으로 보고(제105조), 이를 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여(제106조 제1항), 이에 따른 과세표준과 세율을 결정하도록 하고 있다(제110조, 제111조). 결국 재산세 과세 대상인 토지는 구 지방세법 제106조 제1항 에 따른 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상 중 어느 하나에 포섭되어야 하는바(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 등 참조), 이러한 구 지방세법의 규정, 내용, 구조에 비추어 보면, 구 지방세법 제106조 제1항 에서 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 보는 것은 위 토지가 처음부터 분리과세대상으로 포섭되는 것일 뿐, 그 과세대상 구분을 전환시키는 규정이라거나, 더 나아가 구 지방세특례제한법 제180조 에 의하여 중복 특례가 배제되는 ‘감면 규정’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 유형2 계산방식에 중복감면의 문제가 있다는 피고들의 주장은 받아들일 수 없다. ⑤ 나아가, 피고들의 주장과 같이 구 지방세법 제106조 제1항 을 감면 규정으로 보는 전제하에 유형4 계산방식으로 세액을 계산하면, 이 사건 각 토지에 대하여 구 지방세법 제106조 제1항 의 규정과 지방세특례제한법 제38조 제1항 의 규정 중 더 감면율이 높은 후자만이 적용되어, 결과적으로 당연무효인 이 사건 각 부과처분에서 산정한 세액과 동일한 세액이 산정되는 결과가 초래되므로, 이 사건 경감 부분을 분리과세대 상으로 구분하는 실익을 찾을 수 없다. ⑥ 또한 토지에 대한 재산세의 정당세액 계산은 ⓐ 대상토지를 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상 중 하나로 과세대상을 구분한 뒤(과세대상 구분단계), ⓑ 대상토지에 대한 재산세 감면규정이 있는 경우 대상 토지에 대한 과세표준액에서 경감비율을 곱한 금액을 경감하여 최종 과세표준을 산출하고(과세표준 산출 단계), ⓒ 그에 따라 산출된 과세표준에 세율을 적용하는 방법(세율 적용 단계)에 따라 이루어지게 된다. 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 보는 것은 과세대상의 구분단계에서 이루어지는 것이고, 이후 각 과세대상에 감면규정을 적용하여 경감비율만큼의 과표를 공제하는 것은 과세표준 산출 단계에서 이루어지는 것이므로, 과세대상의 구분이 다시 문제가 되는, 이른바 ‘순환반복’의 문제도 발생할 여지가 없으므로, 유형2계산방식으로 계산하면 순환반복의 문제가 발생한다는 피고들의 주장 역시 받아들일수 없다.

• 라. 소결론

1. 이 사건 각 토지에 관하여 부과할 재산세 등 세액은 유형2 계산방식으로 산출되어야 할 것인바, 유형2 계산방식으로 계산할 경우, 원고가 납부하여야 할 정당한 세액이 별지 2 세액계산표 중 ‘정당세액’란 기재 금액과 같다는 점에 관하여는 당사자들 사이에 다툼이 없고, 원고가 피고들에게 이미 납부한 세액이 같은 표 ‘납부세액’란 기재와 같음은 앞서 인정한 바와 같다. 양자를 비교하면 원고가 이 사건 각 토지에 관하여 정당한 세액을 초과하여 같은 표 ‘초과납부’란 기재 세액을 납부한 사실을 인정할 수 있다.

2. 따라서 원고에게, ③ 피고 대한민국은 자신에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원(= 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원 + 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxxx,xxx 원 + 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxxx,xxx 원 + 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxxx,xxx 원)을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

3. 한편, 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3, 동법 시행규칙 제19조의3에 의한 기산일․기본이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 하고(국세기본법 제52조 제1항 참조), 지방자치단체의 장이 지방세환급금을 지급하여야 하는 경우에도 마찬가지이며(지방세기본법 제60조, 제62조 제1항, 지방세기본법 시행령 제43조 참조), 기본이자율은 20xx. x. x.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 20xx. x. xx.부터 20xx. x1. xx.까지는 연 1.8%, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.2%이다. 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 참조). 이때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조 에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의․악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음 날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조). 원고는 이 사건 소를 제기하면서 과오납한 국세 및 지방세 환급금에 대하여 소장 송달일까지는 국세기본법 및 지방세기본법과 그 시행령․시행규칙에 따른 환급가산금을, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 따른 지연손해금의 지급을 구하였다. 원고의 의사는 이 사건 소 제기일까지는 환급가산금청구권을, 그 이후로는 이행지체로 인한 지연손해금청구권을 행사하는 것으로 해석된다.

4. 결국 원고에게,다) 피고 대한민국은 자신에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원과 국세기본법․ 국세기본법 시행령․ 국세기본법 시행규칙이 정하는 바에 따라 위 과오납 금액 중 ① 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원에 대하여는 납부일 다음 날인 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그 다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일인 20xx. x. xx.까지는 연 1.2%, ② 2017년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxxx,xxx 원에 대하여는 납부일 다음 날인 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일인 20xx. x. xx.까지는 연 1.2%, ③ 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 납부일 다음 날인 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%, 그 다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일인 20xx. x. xx.까지는 연 1.2%, ④ 20xx년도 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 납부일 다음 날인 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연2.1%, 그다음 날부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%, 그다음 날부터 이 사건 소장 부본 송달일인 20xx. x. xx.까지는 연 1.2%의 각 비율로 계산한 환급가산금을, 각 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 각 청구는 이유 있어 인용하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고들의 항소는 모두 이유 없어 기각한다.