재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상이 될 수 없음이 명백하므로, 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시킨 종합부동산세 부과처분은 위법하며, 이 사건 각 부과처분에 중대․명백한 하자가 존재하므로 이 사건 각 부과처분은 무효임

사 건 2024가합65629 부당이득금 원 고 재단법인 ○○○ 피 고 대한민국 변 론 종 결

2025. 10. 2. 판 결 선 고

2025. 12. 11.

1. 피고는 원고에게 301,566,110원 및 그중 116,666,210원에 대하여는 2018. 12. 15.부터 2019. 3. 19.까지 연 1.8%의, 2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 2023. 10. 24.까지 연 2.9%의, 그 다음날부터 2025. 12.11.까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 183,333,790원에 대하여는 2019. 12. 14.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 2023. 10. 24.까지 연 2.9%의, 그 다음날부터 2025. 12. 11.까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 1,566,110원에 대하여는 2019. 12. 14.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 2024. 3. 21.까지 연 2.9%의, 2024. 3. 22.부터 2024. 4. 11.까지 연 3.5%의, 그 다음날부터 2025. 12. 11.까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 각 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 20%는 원고가, 나머지 80%는 피고가 각 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 301,566,110원 및 그중 116,666,210원에 대하여는 2018. 12. 14.부터 이 사건 소장 송달일까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하고, 나머지 184,899,900원에 대하여는 2019. 12. 13.부터 이 사건 소장 송달일까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고의 지위 등

1. 원고는 공익법인의 설립․운영에 관한 법률의 규정에 따라 장학금, 연구비 지급 및 교육기관 보조 등을 목적으로 설립된 장학법인으로, 장학금, 학자금의 지급, 연구비의 지급 등의 목적사업을 운영하고 있다.

2. 원고는 그 소유의 토지와 그 지상 건물을 호텔, 업무용 빌딩 등으로 임대하고 그 수익금으로 장학금 지급 등의 목적사업을 수행하고 있다. 2018년부터 2019년까지 사이에 원고가 소유하고 있던 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)와 그 임대 현황은 아래 표와 같다.

3. 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제2항은 “공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 80을, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법 제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항 에 따른 지역자원시설세의 100분의 80을 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.”(이하 ‘이 사건 경감 규정’이라 한다)고 규정하고 있었다.

4. 이 사건 각 토지는 이 사건 경감 규정에 의하여 재산세의 과세표준 가운데 일정 금액을 공제하는 방법으로 재산세가 경감되는 토지에 해당한다.

• 나. 피고의 종합부동산세 등 부과처분 및 납부 등

1. 구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서는 위 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있었다.

2. ○○세무서장은 2018년부터 2019년까지 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 규정에 따른 경감비율에 해당하는 부분(이하 ‘이 사건 경감 부분’이라 한다)을 별도합산과세대상에 포함시킨 후 이 사건 경감 규정에 따라 과세표준을 경감하는 방식(이 사건 경감 부분에 해당하는 부분을 비과세로 처리하는 방식)으로 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하였고, 이에 따라 원고에 대하여 아래 표와 같은 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 하고, 별도로 특정하지 않는 한 종합부동산세와 농어촌특별세를 포괄하여 ‘종합부동산세 등’이라고만 한다)을 하였으며, 원고는 ○○세무서장에게 위 부과처분에 따른 납부기한 내에 종합부동산세 및 농어촌특별세를 납부하였다.

• 다. 종합부동산세 등의 귀속 원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세는 국세기본법 제2조 제1호 (차), (카)목에 따라 피고에게 귀속되었다.
• 라. 관련 법령 별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제15호증, 을가 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부당이득반환채권의 성립 여부에 관한 판단

• 가. 당사자 주장의 요지

1. 원고 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서에 따라 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외됨이 명백하므로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 분리과세대상에 해당한다. 또한 종합부동산세법 제11조 는 구 지방세법 제106조 제1항 제1, 2호에 따른 종합합산과세대상토지와 별도합산과세대상 토지만을 종합부동산세의 과세대상으로 정하고 있는데, ○○세무서장은 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상으로 포함시킨 후 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하였다. 이와 같은 산정방식에 의하여 이루어진 이 사건 각 부과처분은 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효이므로, 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세등의 귀속주체인 피고는 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액과 이에 대한 국세환급가산금 및 지연손해금 등을 지급할 의무가 있다. 따라서 원고의 이 사건 각 토지에 대한 세금 과오납분의 부당이득반환으로 피고는 원고에게, 원고가 ○○세무서장에게 납부한 2018년부터 2019년까지의 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 초과납부한 금액에 해당하는 301,566,110원 및 그중 116,666,210원에 대하여는 2018. 12. 14.부터, 184,899,900원에 대하여는 2019. 12. 13.부터의 각 환금가산금 및 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2. 피고

• 가) 구 지방세법 제106조 제1항 은 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감 비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정할 뿐, 이를 분리 과세대상으로 간주한다는 규정을 두지 않고 있다. 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 는 예시적 규정이 아닌 한정적 규정이며, 재산세 경감비율에 해당하는 토지는 대상을 한정적으로 열거하고 있는 같은 항 제3호에 포함되어 있지 않다. 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언 해석에 의하면, 원고의 주장과 같이 이 사건 각 토지가 분리과세대상에 해당한다고 해석할 수 없다. 나) 구 지방세법 제106조 제1항 이 명시적으로 재산세 감면대상 토지를 분리과세대상으로 규정하지 않고 있어 원고의 주장과 달리 해석하는 것도 충분히 가능하고, 이 사건 각 부과처분 당시 해당 조항의 해석에 관하여 다툼의 여지가 있었을 뿐 아니라, ○○세무서장은 지방자치단체로부터 전달받은 재산세 과세자료를 토대로 이 사건 각 부과처분을 하였는데, 위 과세자료에 하자가 있었다는 사실은 사실관계를 정확히 조사하여야 밝혀질 수 있는 것이어서 ○○세무서장이 위 과세자료에 하자가 있었음을 알 수 없었다는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 부과처분의 하자가 중대․명백하여 당연무효라고 볼 수 없다.
• 나. 이 사건 각 부과처분의 위법성

1. 관련 법리 구 지방세법 제106조 제1항 은 ‘토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다’고 규정하고 있다. 그에 따라 같은 항 제1호는 종합합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’라고 규정하되, 다만 그 단서에서 ‘이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지[(가)목]와 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지[(나)목] 중 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 또한 같은 항 제2호는 별도합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 규정하되, 다만 그 단서에서 ‘제1호 (가)목 및 (나)목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 그리고 같은 항 제3호는 분리과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 규정하고 있다. 이와 같이 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상으로 구분하고 있으므로, 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분 역시 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 한다. 그런데 구 지방세법 제106조 제1항 은 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고[구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 (나)목], 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로[구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목], 위 토지가 명시적으로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 소정의 분리과세대상에 해당하지 않는다 하더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 (나)목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 참조).

2. 판단 위와 같은 법리와 종합부동산세법 제11조 의 규정을 종합하면, 이 사건 각 토지에 대한 재산세를 산정할 때에는 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 각 토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분은 과세대상에서 제외하여야 한다. 나아가, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 과세요건이거나 비과세요건을 가리지 아니하고 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003. 8. 19. 선고 2003두4331 판결 등 참조), 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언해석상 이 사건 경감 규정에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상이 될 수 없음이 명백하므로, 위 법률의 문언과 달리 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 별도합산과세대상으로 해석하는 것은 조세법률주의의 원칙에 반할 것으로 보인다(자세한 내용은 아래 다항에서 살펴보기로 한다). 그런데 ○○세무서장은 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시킨 후 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세를 산정하였으므로, 이에 따른 종합부동산세 부과처분은 위법하다. 나아가 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로(농어촌특별세법 제5조 제1항 제8호), 위와 같은 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산정된 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하다

• 다. 이 사건 각 부과처분의 당연무효 여부

1. 관련 법리 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로 는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률 관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건 사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다 242409 전원합의체 판결 참조). 한편 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 결과, 과세처분 요건이 충족되지 아니한 상태에서 해당 처분을 한 경우에는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있다고 볼 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두27094 판결 참조).

2. 판단 살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 각 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재하므로 이 사건 각 부과처분은 무효라고 봄이 타당하다.

• 가) 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서는 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 명확히 규정하고 있고, 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있다. 따라서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하다.
• 나) 지방세법은 ‘구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서의 입법취지는 종합토지세를 경감할 때 경감비율만큼 종합토지세 과세표준에서 차감하던 방식을 새로 개편된 재산세와 종합부동산세에도 동일하게 적용하기 위함이었으나, 그 의미가 명확히 표현되지 않았다’는 이유로, 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서를 삭제하고, 세율 적용에 관하여 규정하고 있는 제113조 제1항 단서로 ‘다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다’는 규정을 추가하는 내용으로 개정되었다(2019. 12. 3. 법률 제16663호). 그러나 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을 해석하더라도 이는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 이 사건 각 부과처분 당시 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서가 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하되 그 과세표준만을 경감비율만큼 감축하기 위한 규정으로 해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.
• 다) 과세관청이 그동안 대부분의 재산세 과세처분에서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 분류하지 아니하였고, 이 사건 각 부과처분 당시까지는 구 지방세법 제106조 제1항의 해석에 관한 법원의 판단을 받은 적이 없더라도, 이는 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 것에 불과하다. 또한 하자의 명백성은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분 당시 하자를 알았는지 또는 처분에 대하여 불복기간 내에 불복하였는지에 따라 판단하는 것이 아니므로, ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하는 실무례가 정립되어 있었다거나, 원고가 불복기간 내에 이 사건 각 부과처분에 대하여 다투지 않았다는 이유만으로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 및 제2호 단서에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다고 인정할 수도 없다. 라) 재산세 부과처분에 있어 과세대상을 잘못 판단한 중대ㆍ명백한 하자가 있어 해당 처분이 당연무효라면, 재산세 부과처분의 기초가 된 과세자료에 근거하여 이루어지는 종합부동산세 부과처분도 당연 무효라고 봄이 타당하다. 이와 달리 본다면, 재산세 부과처분이 당연무효인 경우 납세자는 이에 대해 구제받을 수 있는 반면, 동일한 사실관계와 자료를 기초로 한 종합부동산세 부과처분은 불복기간 도과 등과 같은 사유로 다투거나 구제받을 수 없게 되는 매우 불합리한 결과가 초래될 우려가 있다. 이는 잘못된 법령 해석으로 인해 발생한 불이익을 과세관청이 아닌 납세의무자에게 전가시키는 부당한 결과를 가져온다.
• 마) 위와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 경감 부분을 별도합산과세대상으로 분류하여 내려진, 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 부과처분은 그 위법이 중대ㆍ명백하다. 또한 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로, 위와 같이 종합부동산세 부과처분에 관한 위법이 중대ㆍ명백한 이상, 농어촌특별세 부과처분에 관한 위법도 중대ㆍ명백하다.
• 라. 소결 따라서 피고는 종합부동산세 및 농어촌특별세의 귀속 주체로서 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액을 부당이득으로 반환함과 아울러 국세환급가산금 및 지연손해금을 가산하여 지급할 의무가 있다.

3. 부당이득반환 범위에 관한 판단

• 가. 계산방식에 관한 판단

1. 논의의 전제 한국지방세연구원은 2022. 12. 31. 구 지방세법 제106조 를 통하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 관하여 연구논문 ‘재산세 경감토지 분리과세에 따른 세액 계산방식 검토’(을나 제1호증)를 발표하였는데, 위 연구논문에는 ① 과세대상을 구분하여 감면 전 세액을 산출 후 경감율을 적용하여 세액을 경감하는 방식(이하 ‘유형1 계산방식’이라 한다), ② 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 방식(이하 ‘유형2 계산방식’이라 한다), ③ 전체 토지에서 과표 구분 후 비감면분 토지를 분리과세로 분류하여 세액을 산정하는 방식(이하 ‘유형3 계산방식’이라 한다), ④ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서 분리과세대상으로의 구분전환만을 적용하여 세액산출하는 방식(이하 ‘유형4 계산방식’이라 한다), ⑤ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감율을 적용하여 과표에서 공제하는 방식(이하 ‘유형5 계산방식’이라 한다), ⑥ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감률을 적용하여 세액을 경감하는 방식(이하 ‘유형6 계산방식’이라 한다) 등 6가지의 세액계산방식이 기재되어 있다.

2. 판단

• 가) 어떤 계산방식을 택해야 하는지 여부(유형2 계산방식)

(1) 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 각 토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분은 과세대상에서 제외하여야 함은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 경감 부분은 분리과세대상으로, 이 사건 비경감 부분은 별도합산과세대상 으로 각 구분하여야 할 것이다. (2) 이 사건 경감 규정의 문언에 의할 때, 이 사건 경감 규정에 따른 경감은 이 사건 경감 부분에 한정되어 적용되는 것이 아니라 이 사건 비경감 부분에도 적용되는 것으로 해석되므로, 조세법률주의 원칙상 이 사건 경감 부분 및 비경감 부분에 각 이 사건 경감 규정에 따른 경감이 이루어져야 한다. (3) 지방세특례제한법 제179조 는 “토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다.”라고 규정하고 있고, 이 사건 경감 규정이 재산세의 경감 규정에 해당하는 것은 명백하므로, 먼저 세액을 산출할 것이 아니라 이 사건 경감 부분 및 비경감 부분의 감면 전 과세표준에 각각 감면규정을 적용하여 경감비율만큼 과세표준을 공제해야 하고, 이에 따라 산출된 과세표준에 지방세 등에 따른 세율을 적용하여 최종적인 세액을 결정하여야 한다. (4) 따라서 이 사건 경감 규정, 구 지방세법 및 지방세특례제한법에 따르면 특별한 사정이 없는 한 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 유형2 계산방식을 따라야 할 것으로 보인다.

• 나) 유형2 계산방식이 중복감면에 위반되는지 여부 지방세특례제한법 제180조 는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다. 또한 지방세법특례제한법 제2조 제1항 제6호는 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 제4조 제1항, 제182조는 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 모두 “지방세 감면”으로 통칭하고 있으므로, 과세대상 구분전환도 ‘지방세 감면’에 해당하여 지방세특례제한법 제180조 에 따른 중복 특례의 배제가 적용될 수 있다. 그러나 구 지방세법은 토지를 재산세 과세대상으로 보고(제105조), 이를 종합합산과세대상․별도 합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여(제106조 제1항), 이에 따른 과세표준과 세율을 결정하도록 하고 있다(제110조, 제111조). 결국 재산세 과세 대상인 토지는 구 지방세법 제106조 제1항 에 따른 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상 중 어느 하나에 포섭되어야 하는바(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 등 참조), 이러한 구 지방세법의 규정, 내용, 구조에 비추어 보면, 구 지방세법 제106조 제1항 에서 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 보는 것은 위 토지가 처음부터 분리과세대상으로 포섭되는 것일 뿐, 그 과세 대상 구분을 전환시키는 규정이라거나, 더 나아가 구 지방세특례제한법 제180조 에 의하여 중복 특례가 배제되는 ‘감면 규정’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 토지에 관한 감면 규정은 구 지 방세법 제106조 제1항을 제외한 이 사건 경감 규정뿐이므로, 유형2 계산방식이 중복감면에 위반될 여지는 없다.
• 다) 유형2 계산방식이 순환반복에 해당되는지 여부 토지에 대한 재산세의 정당세액 계산은 ① 대상토지를 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리 과세대상 중 하나로 과세대상을 구분한 뒤(과세대상 구분 단계), ② 대상토지에 대한 재산세 감면규정이 있는 경우 대상토지에 대한 과세표준액에서 경감비율을 곱한 금액을 경감하여 최종 과세표준을 산출하고 (과세표준 산출 단계), ③ 그에 따라 산출된 과세표준에 세율을 적용하는 방법(세액적용 단계)에 따라 이루어지게 된다. 경감비율 부분을 분리과세대상으로 보는 것은 과세대상의 구분 단계에서 이루어 지는 것이고, 이후 각 과세대상에 감면규정을 적용하여 경감비율만큼의 과표를 공제하는 것은 과세표준 산출 단계에서 이루어지는 것이다. 따라서 과세대상(이 사건 각 토지)에 감면규정을 적용한 뒤에는 세율을 적용하여 최종 세액이 산출되는 것이지 다시 과세대상의 구분이 문제될 여지가 없으므로, 유형2 계산방식이 순환반복에 해당되지도 않는다.
• 나. 부당이득반환의 구체적 범위

1. 이 사건 각 토지에 관하여 유형2 계산방식에 따라 계산한 세액이 정당한 세액에 해당한다. 원고와 피고는 유형2 계산방식에 따라 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 정당세액과 부당이득액을 각 제출하였고, 이에 따르면 원고가 초과납부한 금액은 301,566,110원이 된다. 원고가 계산한 금액과 피고가 계산한 금액 사이에 20원의 차이가 있으나, 이는 계산방식의 차이(십원 미만 금액 절사 여부)에서 비롯된 것으로 보이고, 피고는 2025. 9. 30.자 준비서면에서 원고가 계산한 금액과 일치한다는 취지로 주장하였으므로, 원고가 초과납부한 금액은 301,566,110원으로 봄이 타당하다. 따라서 피고는 원고에게 자신에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세 301,566,110원과 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2. 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 참조). 이때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조 에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의ㆍ악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음 날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조). 또한 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3, 동법 시행규칙 제19조의3에 의한 기산일, 기본이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다(국세기본법 제52조 제1항 참조). 위 기본이자율은 2018. 3. 19.부터 2019. 3. 19.까지는 연 1.8%, 2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지는 연 2.1%, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지는 연 1.8%, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지는 연 1.2%, 2023. 3. 20.부터 2024. 3. 21.까지는 연 2.9%, 2024. 3. 22.부터 2025. 3. 20.까지는 연 3.5%, 2025. 3. 21.부터 현재까지는 연 3.1%이다.

3. 따라서 피고는 원고에게 피고에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세 301,566,110원 및 그중 ① 116,666,210원에 대하여는 2018년 종합부동산세 및 농어촌특별세 납부일 다음날인 2018. 12. 15.부터 2019. 3. 19.까지 연 1.8%의, 2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 이 사건 소장 송달일인 2023. 10. 24.까지 연 2.9%의 각 비율로 계산한 환급가산금을, 그 다음날부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 12. 11.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법(이하 ‘소촉법’이라 한다)이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을, ② 183,333,790원에 대하여는 2019년 종합부동산세 및 농어촌특별세 납부일 다음날인 2019. 12. 14.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 이 사건 소장 송달일인 2023. 10. 24.까지 연 2.9%의 각 비율로 계산한 환급가산금을, 그 다음날부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 12. 11.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소촉법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을, ③ 1,566,110원에 대하여는 2019년 종합부동산세 및 농어촌특별세 납부일 다음날인 2019. 12. 14.부터 2020. 3. 12.까지 연 2.1%의, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지 연 1.8%의, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%의, 2023. 3. 20.부터 2024. 3. 21.까지 연 2.9%의, 2024. 3. 22.부터 2024. 4. 9.자 청구취지 변경신청서 송달일인 2024. 4. 11.까지 연 3.5%의 각 비율로 계산한 환급가산금을, 그 다음날부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 12. 11.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소촉법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.