재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있고 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상이 될 수 없는 것이 법규정상 명백한 바 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가 분리과세대상이 되는 것은 법규정의 문언상 명백하며 이를 고려하지 않은 종합부동산세 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재하므로 당연무효임

사 건 2022가합552488 부당이득금반환 청구의 소 원 고 aaaaa 주식회사 피 고 대한민국 변 론 종 결

2025. 3. 6. 판 결 선 고

2025. 3. 27.

1. 피고는 원고에게 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여는 2022. 10. 1. 부터 2022. 12. 2.까지 연 1.2%의, 2022. 12. 3.부터 2025. 3. 27.까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 2024. 10. 3.부터 2024. 10. 11.까지 연 3.5%의, 2024. 10. 12.부터 2025.

3. 27.까지 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈 을 각 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여는 2022. 10. 1.부 터 2022. 12. 2.까지 연 1.2%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 2024. 10. 3.부터 2024. 10. 7.자 청구취지 변경신청서 부본 송달일까지 연 3.5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고의 지위 등

1. 원고는 자동차 및 그 부품의 제조ㆍ판매를 주된 목적으로 하는 회사로 2016년 부터 2018년 사이에 AA시, BB시, CC시에 다음과 같은 토지(아래 표와 같이 과세 대상 토지가 조금씩 달라지고 있기는 하나, 편의상 포괄하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다) 를 소유하고 있었다.

2. ① 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항은 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사 용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한 다.”라고 규정되어 있었고, 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되 기 전의 것) 제46조 제1항은 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 " 기업부설연구소"라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.”라고 규정되어 있었으 며, 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제46조 제1항은 “기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 "기업부설연구소" 라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통 령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이 하 이 조에서 "신성장동력·원천기술 관련 기업부설연구소"라 한다)의 경우에는 100분 의 45]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산 세의 100분의 35(신성장동력·원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 45)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.”라고 규정되어 있었다.

② 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제84 조 제2항은 “ ｢ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 ｣ 제2조 제13호 에 따른 공공시설을 위 한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시관리 계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집 행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2018년 12월 31일까 지 경감한다.”라고 규정되어 있었고, 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656 호로 개정되기 전의 것) 제84조 제2항은 “ ｢ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 ｣ 제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30 조 및 제32조에 따라 도시·군관리계획의 결정 및 도시·군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다.”고 규정되어 있었다(이하 위 ①, ② 각 규정을 통틀어 ‘이 사건 경감규정’이라 한다).

3. 이 사건 각 토지는 이 사건 경감규정에 의하여 재산세의 과세표준 가운데 일정 금액을 공제하는 방법으로 재산세가 경감되는 토지에 해당한다.

• 나. 피고의 종합부동산세 등 부과처분 및 납부 등

1. 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하에서도 구 지방세법 제106조 제1항 을 지칭할 때는 위 개정에 따른 법률을 모두 포함하는 의미로 기재한다) 제106조 제1항 제1호 단 서 (나)목 및 제2호 단서는 위 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 않는다 고 규정하고 있었다.

2. OO세무서장은 2017년부터 2019년까지 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감규정 에 따른 경감비율에 해당하는 부분(이하 ‘이 사건 경감 부분’이라 한다)을 종합합산과 세대상 또는 별도합산과세대상에 포함시킨 후 이 사건 경감규정에 따라 과세표준을 경 감하는 방식(이 사건 경감 부분에 해당하는 부분을 비과세로 처리하는 방식)으로 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하였고, 이에 따라 원고에 대하여 아래 표와 같은 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 하고, 별도로 특정하 지 않는 한 종합부동산세와 농어촌특별세를 포괄하여 ‘종합부동산세 등’이라고만 한다) 을 하였고, 원고는 OO세무서장에게 위 부과처분에 따른 납부기한 내에 종합부동산세 및 농어촌특별세를 납부하였다.

• 다. 종합부동산세 등의 귀속 원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세는 국세 기본법 제2조 제1호 (차), (카)목에 따라 피고에게 귀속되었다.
• 라. 관련 법령 별지 ‘관련 법령’ 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을사 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 부당이득반환채권의 성립 여부에 관한 판단

• 가. 당사자 주장의 요지

1. 원고 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단 서 (나)목 및 제2호 단서에 따라 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외됨이 명백하므로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 분리과세대상에 해당한다. 또한 종합 부동산세법 제11조는 구 지방세법 제106조 제1항 제1, 2호에 따른 종합합산과세대상 토지와 별도합산과세대상 토지만을 종합부동산세의 과세대상으로 정하고 있는데, OO 세무서장은 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상으 로 포함시킨 후 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하였다. 이와 같은 산정방식에 의하여 이루어진 이 사건 각 부과처분은 그 하자가 중대 하고도 명백하여 당연무효이므로, 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세 등의 귀속주체인 피고는 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정 당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액 및 이에 대한 국세 환급가산금 또는 지연손 해금 등을 지급할 의무가 있다. 따라서 원고의 이 사건 각 토지에 대한 세금 과오납분의 부당이득반환으로 피고 는 원고에게, 원고가 OO세무서장에게 납부한 2017년부터 2019년까지의 종합부동산세 및 농어촌특별세 중 초과 납부한 돈과 그 환급가산금의 합계에 해당하는 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여는 2022. 10. 1.부터, 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 2024. 10. 3.부터의 각 환금가산금 및 지연손해금을 각 지급 할 의무가 있다.

2. 피고

• 가) 구 지방세법 제106조 제1항 은 이 법 또는 관계법령에 따라 재산세가 경감되 는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 보 지 않는다고 규정할 뿐, 이를 분리과세대상으로 간주한다는 규정을 두지 않고 있다. 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 는 예시적 규정이 아닌 한정적 규정이며, 재산세 경감비 율에 해당하는 토지는 대상을 한정적으로 열거하고 있는 같은 항 제3호에 포함되어 있 지 않다. 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언 해석에 의하면, 원고의 주장과 같이 이 사건 각 토지가 분리과세대상에 해당한다고 해석할 수 없다.
• 나) 구 지방세법 제106조 제1항 이 명시적으로 재산세 감면대상 토지를 분리과세 대상으로 규정하지 않고 있어 원고의 주장과 달리 해석하는 것도 충분히 가능하고, 해 당 조항의 해석 여부가 여러 사건에서 문제되고 있어 통일된 해석이 존재한다고 보기 어려울 뿐 아니라, OO세무서장은 지방자치단체로부터 전달받은 재산세 과세자료를 토대로 이 사건 각 처분을 하였는데, 위 과세자료에 하자가 있었다는 사실은 사실관계 를 정확히 조사하여야 밝혀질 수 있는 것이어서 OO세무서장이 위 과세자료에 하자가 있었음을 알 수 없었다는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 토지 전체를 별도합산과세 대상으로 분류하여 한 이 사건 각 부과처분의 하자가 중대․명백하여 당연무효라고 볼 수 없다.
• 나. 이 사건 각 부과처분의 위법성

1. 관련 법리 구 지방세법 제106조 제1항 은 ‘토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대 상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다’고 규정하고 있다. 그에 따라 같 은 항 제1호는 종합합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있 는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’라고 규 정하되, 다만 그 단서에서 ‘이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제 되는 토지[(가)목]와 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 에 해당하는 토지[(나)목] 중 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 또한 같은 항 제2호는 별도합산과세대상 토지를 ‘과세기준 일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토 지’로 규정하되, 다만 그 단서에서 ‘제1호 (가)목 및 (나)목에 따른 토지는 별도합산과 세대상으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. 그리고 같은 항 제3호는 분리과세대상 토 지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 규정하고 있다. 이와 같이 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대 상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상으로 구분하고 있으므로, 법령에 따라 재산세 가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분 역시 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합산과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 한다. 그런데 구 지방세법 제106 조 제1항은 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 에 해당하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고[구 지방세법 제106조 제1항 제2 호 단서, 제1호 단서 (나)목], 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로[구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목], 위 토지가 명시적으로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 소정의 분리과세대상에 해당하지 않는다 하더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 (나)목의 규정으로 인하여 별도합 산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다(대법원

2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 참조).

2. 판단 위와 같은 법리와 종합부동산세법 제11조 의 규정을 종합하면, 이 사건 각 토지 에 대한 재산세를 산정할 때에는 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 각 토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하 는 이 사건 경감 부분은 과세대상에서 제외하여야 한다. 나아가, 조세법률주의의 원칙 상 조세법규는 과세요건이거나 비과세요건을 가리지 아니하고 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것 은 허용되지 아니하는바(대법원 2003. 8. 19. 선고 2003두4331 판결 등 참조), 구 지방 세법 제106조 제1항의 문언해석상 지방세특례제한법 제38조 제1호 에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상이 될 수 없음이 명백하므로, 위 법률의 문언과 달리 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 에 해당하는 토지를 별도합산과세대상으로 해석하는 것은 조세법률주의의 원칙에 반할 것으로 보인다(자세한 내용은 아래 다항에서 살펴보기로 한다). 그런데 OO세무서장은 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시 킨 후 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세를 산정하였으므로, 이에 따른 종합부동산 세 부과처분은 위법하다. 나아가 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로(농어촌특 별세법 제5조 제1항 제8호), 위와 같은 종합부동산세를 과세표준으로 산정된 농어촌특 별세 부과처분 역시 위법하다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하다.

• 다. 이 사건 각 부과처분의 당연무효 여부

1. 관련 법리 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로 는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명 백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체 의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계 에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관 계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다 툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령 의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사 실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선 고 2017다242409 전원합의체 판결 참조). 한편 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처 분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 결과, 과세 처분 요건이 충족되지 아니한 상태에서 해당 처분을 한 경우에는 법리가 명백히 밝혀 지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있다고 볼 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두27094 판결 참조).

2. 판단 살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 각 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재하므 로 이 사건 각 부과처분은 무효라고 봄이 타당하다.

• 가) 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서는 ‘구 지방세 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종 합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 명확히 규정하고 있고, 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세 대상, 분리과세대상으로 구분하고 있다. 따라서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하다.
• 나) 구 지방세법[2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방 세법(2005년)’이라 한다] 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서는 제2항 제1호 및 제2호 에 열거된 토지의 가액을 종합합산과세표준 또는 별도합산과세표준에 합산하지 아니한 다고 규정하고 있기는 하다. 그러나 구 지방세법(2005년) 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서가 ‘과세표준’에 관하여 규정하고 있는 것과 달리, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목, 제2호 단서는 ‘과세대상’에 관한 규정임이 분명하고, 과세요건을 충 족시키기 위한 물적 요소인 ‘과세대상’과 ‘과세대상’에 대한 구체적인 세액을 산정하기 위한 기초인 ‘과세표준’은 명백히 구분되므로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목, 제2호 단서를 ‘과세표준’에 관한 규정으로 해석하는 것은 문언의 객관적인 범위를 넘어서는 확장해석으로서 허용되지 않고, 이는 이 사건 각 부과처분을 할 당시라고 하여 달라지지 않는다.
• 다) 지방세법은 ‘구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서의 입법취지는 종합토지세를 경감할 때 경감비율만큼 종합토지세 과세표준에서 차감하던 방식을 새로 개편된 재산세와 종합부동산세에도 동일하게 적용하기 위함이었으나, 그 의미가 명확히 표현되지 않았다’는 이유로, 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서를 삭제하고, 세율 적용에 관하여 규정하고 있는 제113조 제1항 단서로 ‘다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대 상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다’는 규정을 추가하는 내용으로 개정되었 다(2019. 12. 3. 법률 제16663호). 그러나 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을 해석하더라도 이는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 이 사건 각 부과처 분 당시 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서가 ‘재산세가 경 감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하되 그 과세표준 만을 경감비율만큼 감축하기 위한 규정으로 해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.
• 라) 과세관청이 그동안 대부분의 재산세 과세처분에서 ‘재산세가 경감되는 토지 의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 분류하지 아니하였고, 이 사건 각 부과처분 당시까지는 구 지방세법 제106조 제1항 의 해석에 관한 법원의 판단을 받은 적이 없더라도, 이는 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함 에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 것에 불과하다. 또한 하자의 명백성 은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분 당시 하자를 알았는지 또는 처분에 대하여 불복기간 내에 불복하였는지에 따라 판단하 는 것이 아니므로, ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세 대상으로 포함하는 실무례가 정립되어 있었다거나, 원고가 불복기간 내에 이 사건 각 부과처분에 대하여 다투지 않았다는 이유만으로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단 서 및 제2호 단서에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다고 인정할 수도 없다.
• 마) 재산세 부과처분에 있어 과세대상을 잘못 판단한 중대ㆍ명백한 하자가 있어 해당 처분이 당연무효라면, 재산세 부과처분의 기초가 된 과세자료에 근거하여 이루어 지는 종합부동산세 부과처분도 당연무효라고 봄이 타당하다. 이와 달리 본다면, 재산세 부과처분이 당연무효인 경우 납세자는 이에 대해 구제받을 수 있는 반면, 동일한 사실 관계와 자료를 기초로 한 종합부동산세 부과처분은 불복기간 도과 등과 같은 사유로 다투거나 구제받을 수 없게 되는 매우 불합리한 결과가 초래될 우려가 있다. 이는 잘 못된 법령 해석으로 인해 발생한 불이익을 과세관청이 아닌 납세의무자에게 전가시키 는 부당한 결과를 가져온다.
• 바) 위와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 분류하여 내려진, 이 사건 각 토지에 관한 종합부동산세 부과처 분은 그 위법이 중대ㆍ명백하다. 또한 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로, 위와 같이 종합부동산세 부과처분에 관한 위법이 중대ㆍ명백한 이상, 농어촌특별세 부과처분에 관한 위법도 중대ㆍ명백하다.
• 라. 소결 따라서 피고는 종합부동산세 및 농어촌특별세의 귀속 주체로서 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액 을 부당이득으로 반환함과 아울러 국세 환급가산금 또는 지연손해금 등을 가산하여 지 급할 의무가 있다.

3. 부당이득반환 범위에 관한 판단

• 가. 논의의 전제

1. 한국지방세연구원은 2022. 12. 31. 구 지방세법 제106조 를 통하여 재산세가 경 감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 관하여 연구논문 ‘재산세 경감토지 분리과 세에 따른 세액 계산방식 검토’(2023. 9. 18.자 석명준비명령 별지1)를 발표하였는데, 위 연구논문에는 ① 과세대상을 구분하여 감면 전 세액을 산출 후 경감율을 적용하여 세액을 경감하는 방식 (이하 ‘유형1 계산방식’이라 한다), ② 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 방식 (이하 ‘유형2 계산방식’이라 한 다), ③ 전체 토지에서 과표 구분 후 비감면분 토지를 분리과세로 분류하여 세액을 산 정하는 방식 (이하 ‘유형3 계산방식’이라 한다), ④ 경감비율에 해당하는 토지에 대해 서 분리과세대상으로의 구분전환만을 적용하여 세액산출하는 방식 (이하 ‘유형4 계산 방식’이라 한다), ⑤ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전 환 후 경감율을 적용하여 과표에서 공제하는 방식 (이하 ‘유형5 계산방식’이라 한다),

⑥ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감률을 적용하여 세액을 경감하는 방식 (이하 ‘유형6 계산방식’이라 한다) 등 6가지의 세액계 산방식이 기재되어 있다.

2. 이에 대하여 원고는 구 지방세법 제106조 제1항, 제179조와 이 사건 경감규정 에 따라 이 사건 각 토지를 이 사건 경감 부분은 분리과세대상으로, 이 사건 각 토지 중 이 사건 경감 부분을 제외한 나머지 부분(이하 ‘이 사건 비경감 부분’이라 한다)은 별도합산과세대상으로 각 과세대상을 구분한 뒤, 이 사건 경감 부분 및 이 사건 비경 감 부분의 각 과세표준에 이 사건 감면규정을 적용하여 경감비율만큼의 과세표준을 공 제하고, 위와 같은 방법으로 산정된 과세표준에 각 세율을 적용하여 정당세액을 계산 해야 한다(유형2 계산방식에 해당한다)고 주장한다.

• 나. 판단

1. 어떤 계산방식을 택해야 하는지 여부(유형2 계산방식)

• 가) 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 각 토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분은 과 세대상에서 제외하여야 하는 것은 앞서 살펴본 바와 같은바, 이 사건 경감 부분은 분 리과세대상으로, 이 사건 비경감 부분은 별도합산과세대상으로 각 구분하여야 할 것이
• 다. 나) 이 사건 경감규정에 따르면 그 문언상 경감이 이 사건 경감 부분(즉, 경감의 원인이 되는 부분)에 한정되는 것이 아니라 이 사건 경감 부분을 포함한 이 사건 각 토지(즉, 경감이 원인이 되는 부분을 포함한 전체 토지)에 적용되는 것으로 해석되므 로, 조세법률주의 원칙상 이 사건 각 토지 전체에 이 사건 경감규정에 따른 경감이 이 루어져야 한다. 다) 지방세특례제한법 제179조 는 “토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에 는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다”라고 규정하 고 있고, 이 사건 경감규정이 재산세의 경감 규정에 해당하는 것은 명백하므로, 먼저 세액을 산출할 것이 아니라 이 사건 경감 부분 및 이 사건 비경감 부분의 감면 전 과 세표준에 각각 감면규정을 적용하여 경감비율만큼 과세표준을 공제해야 하고, 이에 따 라 산출된 과세표준에 지방세 등에 따른 세율을 적용하여 최종적인 세액을 결정하여야 한다.
• 라) 따라서 이 사건 경감규정, 구 지방세법 및 지방세특례제한법에 따르면 특별 한 사정이 없는 한 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 유형2 계산방식을 따라야 할 것으로 보인다.

2. 유형2 계산방식이 중복감면을 하는 것에 해당되는지 여부 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제180조 는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경 우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다. 또한 지방세법특 례제한법 제2조 제1항 제6호에 따르면 “지방세 특례”란 세율의 경감, 세액감면, 세액공 제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제4조 제1항, 제182조는 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액 공제를 모두 “지방세 감면”으로 통칭하고 있으므로, 과세대상 구분전환도 ‘지방세 감면’에 해당하여 구 지방세특례제한법 제180조 에 따른 중복감면 배제가 적용될 수 있다. 그러나 구 지방세법은 토지를 재산세 과세대상으로 보고(제105조), 이를 종합합 산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여(제106조 제1항), 이에 따른 과세표준과 세율을 결정하도록 하고 있다(지방세법 제110조, 제111조). 결국 재산세 과 세 대상인 토지는 구 지방세법 제106조 제1항 에 따른 종합합산과세대상․별도합산과 세대상․분리과세대상 중 어느 하나에 포섭되어야 하는바(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결 등 참조) 이러한 구 지방세법의 규정, 내용, 구조에 비추어 보면, 구 지방세법 제106조 제1항 에서 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 보는 것은 위 토지가 처음부터 분리과세대상으로 포섭되는 것일 뿐, 그 과세대상 구분을 전환시키는 규정이라거나, 더 나아가 구 지방세특례제한법 제180조 에 의하여 중복감면이 배제되는 ‘감면 규정’에 해 당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 토지에 관하여 적용되는 감면 규정은 구 지방세법 제106조 제1항을 제외한 이 사건 경감규정뿐이므로, 유형2 계산방식은 중복감면을 하는 것에 해당하지 않는다.

3. 유형2 계산방식이 순환반복에 해당되는지 여부 토지에 대한 재산세의 정당세액 계산은 ① 대상토지를 종합합산과세대상․별도 합산과세대상․분리과세대상 중 하나로 과세대상을 구분한 뒤(과세대상 구분 단계), ② 대상토지에 대한 재산세 감면규정이 있는 경우 대상 토지에 대한 과세표준액에서 경감 비율을 곱한 금액을 경감하여 최종 과세표준을 산출하고(과세표준 산출 단계), ③ 그에 따라 산출된 과세표준에 세율을 적용하는 방법(세액적용 단계)에 따라 이루어지게 된

• 다. 경감비율 부분을 분리과세대상으로 보는 것은 과세대상의 구분 단계에서 이루어지 는 것이고, 이후 각 과세대상에 감면규정을 적용하여 경감비율만큼의 과표를 공제하는 것은 과세표준 산출 단계에서 이루어지는 것이다. 따라서 과세대상(이 사건 각 토지)에 감면규정을 적용한 뒤에는 세율을 적용하 여 최종 세액이 산출되는 것이지 다시 과세대상의 구분이 문제될 여지가 없으므로, 유 형2 계산방식이 순환반복에 해당하지도 않는다.
• 다. 소결

1. 이 사건 각 토지에 관하여 유형2 계산방식에 따라 계산한 세액이 정당한 세액 에 해당한다. 피고는 유형2 계산방식에 따라 계산한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 제출하였고, 이에 따르면 원고가 초과납부한 금액은 x,xxx,xxx,xxx원이 된다. 원고는 피고가 제출한 금액을 원용하면서 청구액을 확장하였으므로, 원고가 과오납한 환급세 액이 x,xxx,xxx,xxx원이라는 것에는 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 피고는 원고에 게, 자신에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx,xxx원 및 이에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2. 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불 구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 가 산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 참조). 이때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조 에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므 로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의ㆍ악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정 에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적으로 기 한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음 날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구 를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연 손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그중 하나의 청구 권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조). 또한 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3, 동법 시행규칙 제19조의3에 의한 기산일, 기본이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세 환급금에 가산하여야 한다(국세기본법 제52조 제1항 참조). 위 기본이자율은 2017. 3. 15.부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%, 2018. 3. 19.부터 2019. 3. 19.까지는 연 1.8%,

2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지는 연 2.1%, 2020. 3. 13.부터 2021. 3. 15.까지는 연 1.8%, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지는 연 1.2%, 2023. 3. 20.부터 2024. 3. 21.까 지는 연 2.9%, 2024. 3. 22.부터 2025. 3. 20.까지는 연 3.5%, 2025. 3. 21.부터 현재까 지는 연 3.1%이다.

3. 원고는 이 사건 소를 제기한 후 2차례에 걸쳐 청구취지를 변경하면서 과오납한 국세환급금에 대하여 각 청구취지 변경신청서 송달일까지는 국세기본법과 그 시행령, 시행규칙에 따른 환급가산금을, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 따른 지연손해금의 지급을 구하였다. 원고의 의사는 위 각 청구취지 변경신 청서 송달일까지는 환급가산금청구권을, 그 이후로는 이행지체로 인한 지연손해금청구 권을 행사하는 것으로 해석된다.

4. 구체적으로 피고가 원고에게 반환하여야 하는 과오납액 및 과오납금에 대한

2022. 9. 30.까지의 환금가산금 내역은 아래 표와 같다. 앞서 본 바와 같이 원고가 과 오납한 환급세액이 x,xxx,xxx,xxx원이라는 것에는 당사자 사이에 다툼이 없고, 원고는 위 금액을 원용하면서 청구취지를 확장하였다. 그런데 원고는 x,xxx,xxx,xxx원에 대한

2022. 9. 30.까지의 환급가산금에 대해서는 구체적인 계산 내역을 제출하지 않았으므로 (원고는 x,xxx,xxx,xxx원에 대한 2022. 9. 30.까지의 환급가산금 계산 ‘결과’와 추가로 청구하는 xx,xxx,xxx원에 대한 2020. 6. 17.부터 2024. 10. 2.까지의 환급가산금 계산 내역을 제출하였을 뿐이다), 다음과 같이 계산한다. 위와 같이 피고가 원고에게 반환하여야 하는 과오납액 및 과오납금에 대한 2022.

9. 30.까지의 환급가산금 합계액은 x,xxx,xxx,xxx원(= 과오납액 원금 x,xxx,xxx,xxx원 + 2022. 9. 30.까지의 환급가산금 xx,xxx,xxx원)이다. 따라서 피고는 원고에게 x,xxx,xxx,xxx원 및 이에 대한 환급가산금과 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

5. 결국 피고는 원고에게 x,xxx,xxx,xxx원과 원고가 구하는 바에 따라 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여는 2022. 10. 1.부터 2022. 11. 24.자 청구취지변경 신청서 송 달일인 2022. 12. 2.까지 연 1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을, 그 다음날부터 피고 가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 3. 27.까지 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급 할 의무가 있고, 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 2024. 10. 3.부터 2024. 10. 7.자 청구 취지변경 신청서가 송달된 2024. 10. 11.까지 연 3.5%의 비율로 계산한 환급가산금을, 그 다음날부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당 하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 3. 27.까지 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날 부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 김지혜 전자서명완료 판사 이원석 전자서명완료 판사 채지웅 전자서명완료