종합부동산세에서 공제되는 재산세액 공제 방식(종합부동산세법 시행령 제5조의3)의 위법으로 이 사건 부과처분이 당연무효인지 여부

사 건 2021가합592663 부당이득반환 청구의 소 원 고 AA생명보험 주식회사 피 고 대한민국 변 론 종 결

2024. 4. 5. 판 결 선 고

2024. 4. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 x,xxx,xxx,xxx원 및 그 중

1. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

2. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

3. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

4. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.6%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

5. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

6. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

7. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. xx. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 2.1%의, 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

8. xxx,xxx,xxx원에 대하여는 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지는 연 1.8%의, 20xx. x. xx.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날 까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을, 각 지급하라.

• 가. 원고는 보험업법에 의해 영위 가능한 보험업, 보험업법 또는 기타 법령에 의해 자산운용 등을 영위하는 회사로서, 2016년도부터 2019년도까지 종합부동산세 과세기준일을 기준으로 과세대상 물건을 보유한 납세의무자이다.
• 나. 구 종합부동산세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다)의 과세표준 금액에 대하여 해당 주택 등의 재산세로 부과된 세액(이하 ‘공제세액’이라 한다)을 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 ‘주택 등 종합부동산세액’이라 한다)에서 각각 공제하도록 하고 있고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항은 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 구 종합부동산세법 시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 공제세액의 계산식을 [주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × (주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액)](이하 ‘종전 계산식’이라 한다)으로 정하였다. 한편, 구 종합부동산세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제600호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 위 종전 계산식 중 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’ 관련하여 기재된 계산식은 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율](이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)이다.
• 다. 그런데 종전 계산식 중 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’ 부분이 이 사건 산식과 같은 내용을 의미하는지, 아니면 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율]을 의미하는지 여부에 관하여 과세관청과 납세의무자 사이에 다툼이 있었다. 대법원은 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등에서 위 두 내용 가운데 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다.
• 라. 위와 같이 대법원 판결이 선고되자, 피고는 2015. 11. 30. 종전 계산식 중 분자에 기재된 부분을 이 사건 산식으로 개정하였다. 그와 같이 개정된 구 종합부동산세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항(이하 ‘이 사건 쟁점규정’이라 한다)은 공포한 날부터 시행되었다.
• 마. 피고는 2016년부터 2019년까지 원고에게 아래의 표 기재와 같이 각 해당 연도의 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였고, 원고는 이 사건 처분에 따른 세액을 전액 납부하였다. 순번 과세연도 종합부동산세(원) 농어촌특별세(원) 합계(원) 1 2016 x,xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx x,xxx,xxx,xxx 2 2017 x,xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx x,xxx,xxx,xxx 3 2018 x,xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx x,xxx,xxx,xxx 4 2019 x,xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx x,xxx,xxx,xxx 합계 x,xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx x,xxx,xxx,xxx [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 부동산에 대하여 부과되는 것이므로 이중과세가 문제된다. 이러한 종합부동산세와 재산세의 이중과세 문제를 해결하기 위하여 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항과 제14조 제3항, 제6항은 기 납부한 재산세를 공제하도록 규정하면서, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서 공제 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 이 사건 쟁점규정은 공제되는 재산세액을 산정하기 위한 계산식을 규정하고 있다. 그런데 이 사건 쟁점규정에 따른 계산식에 의하면, 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 세액만을 공제하고 나머지 세액은 공제하지 않게 되는바, 위 계산식을 규정한 위 이 사건 쟁점 규정은 기 납부한 재산세를 공제하도록 정한 모법의 위임 범위와 한계를 벗어나 이중과세금지 원칙에 위반되는 것이어서 효력이 없다. 이 사건 부과처분은 위 대법원 2012두2986 판결로 이미 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정에 적용될 수 없음이 명백하게 밝혀진 계산식을 그 내용으로 한 것으로 하자가 중대ㆍ명백하여 무효이다. 따라서 원고는 피고를 상대로 과오납액 합계 x,xxx,xxx,xxx원 및 이에 대한 환급가산금과 지연손해금의 반환을 구한다.

3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단 피고는, 원고가 이 사건 종합부동산세 납부에 대한 경정청구 등 국세기본법상 보장된 구제절차를 전혀 거치지 않고 곧바로 부당이득반환청구를 한 것은 부적법하다는 취지로 주장한다. 살피건대, 이미 부당이득으로서 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 환급을 청구할 수 있으므로(대법원 2015.8. 27. 선고 2013다212639 판결 등 참조), 원고가 경정청구 등 국세기본법상 구제절차를 거치지 않고서 곧바로 이 사건 종합부동산세 납부가 무효임을 주장하면서 피고를 상대로 그 납부액 상당 부당이득반환청구의 민사소송을 제기한 것이 반드시 부적법하다고 볼 수는 없다. 이 사건의 쟁점은 본안에 관한 사항으로서, 이 사건 종합부동산세 납부가 당연무효인지, 그에 따라 피고가 원고에게 부당이득반환의무를 부담하는지 여부이다. 따라서 피고의 위 본안 전 항변은 받아들일 수 없다.

• 가. 이 사건 부과처분의 당연무효 여부

1. 이 사건 쟁점규정의 내용 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 의하면, 주택 등에 대한 종합부동산세액은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 주택 등의 공제세액을 공제하여 산정하고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항에 의하면, 주택 등의 종합부동산세액을 계산할 때 주택 등의 공제세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 그 위임을 받은 이 사건 쟁점규정, 즉 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항, 제2항에 의하면, 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하는 주택 등의 과세표준 금액에 대한 주택 등의 공제세액은 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 – 종합부동산세 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율] ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 계산식(이하 ‘이 사건 계산식’이라 한다)에 따라 산정한 금액’으로 한다.

2. 이 사건 쟁점규정의 개정 경위

• 가) 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법에서부터는 공시가격을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하되, 위와 같은 과세표준에 세율뿐만 아니라 연도별 적용비율도 곱하여 세액을 산출하도록 하였다. 다만 종합부동산세법은 제정 당시부터 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 왔고, 이와 관련하여 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서는 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다.
• 나) 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항, 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항 은 주택과 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항에서는 별도합산과세대상인 토지의 원칙적인 공정시장가액비율도 100분의 80으로 각각 정하고 있다. 또한 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2022. 6. 30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조는 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.
• 다) 위와 같이 공정시장가액비율 제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 계산식[주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 ×(주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액)]에 의하도록 하였으나, 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 쟁점규정에서는 앞서 본 바와 같이 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 계산식에 의하도록 규정하고 있다.

3. 이 사건 쟁점규정의 효력

• 가) 앞서 본 바와 같이 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관하여 공정시장가액비율 제도가 도입되었고, 재산세와 종합부동산세에 각각 적용되는 공정시장가액비율이 반드시 일치하지는 아니하게 된 결과, 동일한 과세대상 재산이더라도 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역 중 일부에 대하여만 종합부동산세가 과세되고 그와 같이 종합부동산세가 과세되는 부분은 재산세와 중복하여 과세되는 부분과 그렇지 않은 부분으로 나뉘게 되었다. 이에 따라 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부에 의하여 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위가 달라지게 된다.
• 나) 그런데 앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에서는 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 공제세액(재산세로 부과된 세액)을 주택 등 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항에서는 주택 등의 공제세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이러한 구 종합부동산세법 규정의 문언, 체계와 취지 등에 비추어 보면, 위와 같이 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부는 기본적으로 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라고 할 것인데, 구 종합부동산세법은 이를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.
• 다) 그 위임에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 계산식에 의하도록 규정하여, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되도록 하였다. 이에 의하면 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분은 고려할 필요가 없으므로(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조), 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 전액이 공제되는 결과에 이르게 된다.
• 라) 반면 그 후 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 계산식에 의하도록 규정하였고, 이에 의하면 개정 전(종전 계산식)과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법 제9조 제4항, 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 이 사건 쟁점 규정이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 모법인 구 종합부동산세법 제9조 제4항, 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2019두39796 판결 참조).
• 나. 소결론 따라서 이 사건 쟁점규정은 모법의 위임 범위와 한계를 준수한 것으로 적법ㆍ유효하고, 이 사건 부과처분 역시 이 사건 쟁점규정을 토대로 계산된 것이므로 위법하거나 당연무효라고 볼 수는 없다. 그러므로 이 사건 부과처분이 당연무효임을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 그 부당이득의 범위 등에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.