세목을 달리하여 추징세액과 환급세액을 당연 충당할 수 없는 것임

1. 피고는 원고에게 1,452,520,510원 및 이에 대하여 2019. 8. 28.부터 2020. 9. 24.까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2017. 1. 31. 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 7,100,000,000원에 양도하고, 2017. 3. 31. 피고에게 2017년 귀속 양도소득세(이하‘이 사건 양도소득세’라 한다)로 1,816,883,070원을 신고․납부하였다.
• 나. 원고는 2017. 10. 23. 피고 산하 ○○세무서장으로부터 구 국세기본법(2017. 12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로서 승인을 받고, 2018. 3. 26. ○○세무서장에게 2017 사업연도 법인세(이하 ‘이 사건 법인세’라 한다)를 신고하면서 당기순이익 4,405,288,399원에 고유목적사업비용 2,239,529,240원을 익금산입하고, 유형자산 처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입하여 산출된 세액 161,300,029원에서 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,084원을 차감한 –1,655,583,055원을 납부할 세액으로 신고한 뒤, 2018. 3. 27. 이 사건 양도소득세 1,816,883,070원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, ○○세무서장은 국세기본법 제45조의2 제3항 에 따른 통지기간 2개월이 지나도록 아무런 통지를 하지 않았다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2019. 3. 8. ○○세무서장을 상대로 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 소(수원지방법원 2019구단6776)를 제기하였고, ○○세무서장은 위 소송 계속 중인2019. 8. 27. 원고에게 아래와 같이 통지하였다. 제목: 양도소득세 경정청구 처리결과에 대한 알림

2. 원고가 2017. 11. 20.에 제출한 17년 귀속 양도소득세 경정청구를 거부한 결정을 취소하며,

3. 고유목적사업에 사용하여 자산양도에 따른 유형자산 처분이익이 비과세(손금산입)라는 17년 귀속 법인세 신고서 검토결과 법인세법 제29조 [비영리내국법인의 고유목적사업 준비금 손금산입]에 의해 손금산입을 배제하는 경정결정을 하였음을 알려드립니다.

• 라. ○○세무서장이 이 사건 거부처분을 직권으로 취소한 2019. 8. 27. 기준으로 원고에게 환급하여야 할 금액은 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,070원 및 이에 대한 환급가산금 48,906,510원 합계 1,865,789,580원이다.
• 마. ○○세무서장은 2019. 8. 28. 원고에게 413,269,070원(환급가산금 10,151,080원포함)을 환급하였는데, ○○세무서장이 원고에게 보낸 ‘국세환급금 통지서’에 세목은 ‘법인세’, 환급사유는 ‘착오초과납부’로 각 기재되어 있었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

○○세무서장은 2019. 8. 27. 이 사건 거부처분을 직권으로 취소하였으므로 원고에게 이 사건 양도소득세 기납부세액 1,816,883,070원 및 이에 대한 환급가산금 48,906,510원 합계 1,865,789,580원을 전액 반환하여야 한다. 그런데 ○○세무서장은 원고에게 413,269,070원만 환급하고 나머지 1,452,520,510원(= 1,865,789,580원 – 413,269,070원)을 지급하지 않고 있으므로, 피고는 부당이득반환으로 원고에게 1,452,520,510원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

• 나. 피고의 주장

○○세무서장은 이 사건 거부처분의 직권취소와 더불어 원고가 이 사건 법인세 신고 당시 유형자산처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입한 것과 관련하여 이를 배제하는 경정결정을 함으로써 이 사건 법인세 추징세액이 발생하였는바, ○○세무서장은 이 사건 거부처분의 직권취소로 발생한 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에서 충당하고 남은 금액을 원고에게 모두 환급하였으므로, 이 사건 양도소득세 환급세액 중 피고가 부당이득으로 반환할 금액은 남아있지 않다.

• 가. 원고의 청구원인에 대하여 위 기초사실에 의하면, 특별한 사정이 없는 한 피고는 원고에게 ○○세무서장의 이 사건 거부처분의 직권취소에 따라 환급하여야 할 이 사건 양도소득세 기납부세액 및 환급가산금 중 미지급분 1,452,520,510원(= 1,865,789,580원 – 413,269,070원) 및 이에 대한 2019. 8. 28.부터의 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
• 나. 피고의 주장에 대하여 1) 법인세법 제70조, 같은 법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제109조에 따르면, 세무서장이 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 납부고지서에 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지해야 그 결정 또는 경정의 효력이 발생하는데, 가사 ○○세무서장이 2019. 8. 27. 이 사건 거부처분의 직권취소를 할 당시 원고가 이 사건 법인세 신고 당시 유형자산 처분이익(고유목적) 5,693,023,000원을 손금산입한 것을 배제하여 이 사건 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다고 하더라도, 을 제1호증만으로는 ○○세무서장이 원고에게 납부고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 이 사건 법인세의 과세표준과 세액에 대한 경정결정을 고지한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 양도소득세 환급세액을 가지고 충당할 수 있는 이 사건 법인세 추징세액 자체가 발생하였다고 볼 수 없다.

2. 가사 2019. 8. 27. 이 사건 법인세 추징세액이 발생하였다고 하더라도, 세목을 달리하는 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에서 당연히 충당할 수는 없고, 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제51조 제2항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항에 따라 ○○세무서장은 이 사건 양도소득세 환급세액을 이 사건 법인세 추징세액에 충당한다는 결정을 하고 이를 문서로써 원고에게 통지하였어야 하는데, ○○세무서장이 위와 같은 조치를 취한 사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없다.

3. 따라서 피고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

• 다. 소결

1. 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다. 이 때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조 에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의·악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 국세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 등 참조).

2. 따라서 피고는 원고에게 이 사건 양도소득세 환급세액 중 미지급분 1,452,520,510원 및 이에 대하여 이 사건 거부처분의 직권취소일 다음날인 2019. 8. 28.부터 이 사건 소장 송달일인 2020. 9. 24.까지는 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.