이미 납부한 법인세를 반환할 의무가 있는지 여부

사 건 2020가합504829 부당이득금 원 고 AAAAAAAAAAA정비사업조합 피 고 BBBB 변 론 종 결

2020. 9. 17. 판 결 선 고

2020. 10. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 별지 1 목록 ②항 청구금액란 기재 각 돈 및 이에 대하여 별지 1 목록 ④항 기산일란 기재 각 해당 기산일부터 이 사건 소장 부본 송달일까지 연 10%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 17%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 1) 원고는 ○○ CCC DDD 000-000 일원 121,469.22㎡를 사업시행예정구역으로 하여 구 도시 및 주거환경정비법(2009. 2. 6. 법률 제9444호로 개정되기 전의 것)에 의한 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하기 위하여 2005. 8. 23. ○○광역시 CCC청장(이하 ‘CCC청장’이라 한다)으로부터 조합설립인가를 받은 비영리내국법인이다.

2. 원고의 정관 제2조는 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새 로운 건물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지하는 것을 원고의 목적 사항으로 규정하고 있다.

• 나. CCC청장은 2006. 7. 10. 원고를 사업시행자로 하여 이 사건 사업에 대한 사업시행인가를 한 다음 그 무렵 이를 고시하였고, 2008. 2. 4. 관리처분계획인가를 한 다음 2008. 2. 13. 이를 고시하였다(이하 위와 같이 인가된 관리처분계획을 ‘이 사건 관리처분계획’이라 한다). 이후 이 사건 사업의 시행이 완료됨에 따라 원고는2015. 11. 30. CCC청장으로부터 이 사건 사업에 대한 준공인가를 받았고, 2016. 7. 20. 이 사건 사업의 이전고시를 하였다.
• 다. 1) 원고는 이 사건 사업에 따른 분양수입금에 대하여 2012 사업연도부터 2019 사업연도까지 법인세, 배당소득세, 사업소득세를 신고·납부하였다(이하 위 신고행위를 ‘이 사건 신고’라고 한다).

2. ○○지방국세청은 원고의 이 사건 사업에 관하여 세무조사를 실시하여, 2017. 12. 29. 원고에게, 원고가 법인세 신고 당시 수익사업에 의한 소득에 해당하는 일반분양 수익과 비수익사업에 의한 소득에 해당하는 조합원분양 수익을 제대로 구분하지 않는 등의 오류가 있었다는 이유로 2014 사업연도 및 2016 사업연도 법인세 합계 1,147,140,766원을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

3. 원고는 이 사건 신고 및 이 사건 처분에 따라 별지 1 목록 ③항 납부일자란 기재 각 일자에 별지 1 목록 ②항 청구금액란 기재 각 해당 돈을 법인세, 배당소득세, 사업소득세로 각 납부하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제11, 12호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 신고와 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 납세의무가 없는(과세대상이 아닌) 부분에 대한 납세의무자의 신고행위 내지 과세처분에 해당하므로, 당연무효이다. 설령 당연무효가 아니더라도, 이 사건 신고의 중요부분에 대한 동기의 착오가 있었던 경우에 해당하므로 착오를 이유로 이 사건 신고행위를 취소한다. 따라서 피고는 원고에게 원고가 이 사건 신고 및 이 사건 처분에 따라 피고에게 납부한 별지 1 목록 ②항 청구금액란 기재 각 돈 및 이에 대한 법정이자 내지 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

• 가. 법인세법 제4조 제3항 제5호, 같은 법 시행령 제3조 제2항에 의하면, 원고가 고유목적사업인 이 사건 사업에 직접 사용하던 토지와 건축물을 처분하여 발생한수입 전부는 법인세의 과세소득에서 제외된다.
• 나. 조세특례제한법 제104조의7 제2항, 제5항, 같은 법 시행령 제104조의4에 의하면 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제4조 제3항 에 따른 수익사업에서 제외된다. 그리고 조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물에 대해서는 구 도시 및 주거환경 정비법(2009. 11. 28. 시행 법률 제9729호, 이하 ‘구 도시정비법’이라 한다) 제55조 제2항에서 ‘일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제34조 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다’고 규정하고 있는데, 이는 조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물은 도시개발사업의 시행 등에 필요한 경비를 충당하기 위한 것으로서 과세의 대상이 되는 사업소득(수입) 또는 재화의 공급으로 보지 않도록 하는 규정이다. 결국 원고가 이 사건 사업에 따라 토지 및 건축물을 공급 내지 분양하는 것은 모두 법인세법 제4조 제3항 에 따른 과세소득의 범위에 포함되지 않는다.
• 다. 원고의 조합원들은 원고의 고유목적사업에 소요되는 사업비 전부를 종전의 토지 등에서 충당해야 하고, 일반분양분에 해당하는 토지와 건축비를 자신들의 토지 등에서 안분하여 부담하게 된다. 그런데 일반분양의 대가로 돌아오는 분양대금은 이 사건 관리처분계획에 의한 공법상의 권리의무인 청산금으로서 결국 원고의 고유목적사업의 사업비용에 충당되는 것이므로 이는 자신의 고유목적사업에 자신의 재화를 투입한 것으로 보아야 하고 사업소득(수입)이라고 볼 수 없으므로 법인세법 제4조 제3항 에 따른 과세소득(수익사업)의 범위에 해당하지 아니함이 명백하다. 따라서 법인세의 과세요건이 성립하지 않는다.
• 라. 원고가 조합원 및 일반에 대하여 분양을 실시한 것은 공법상의 행정처분인 이 사건 관리처분계획에 따른 것으로서, 법인세법 제15조 제1항 이 익금의 범위로서 정한 ‘거래’에 해당하지 않는다. 따라서 분양의 대가로 원고가 취득한 분양대금을 각 사업연도의 익금에 산입할 수 없으므로, 과세요건이 성립하지 않는다.

별지 2 관련 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 법리

1. 취득세와 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다 64340 판결 참조). 이와 같은 법리는 신고납세방식의 대표적 조세인 법인세에 대하여도 그대로 적용된다고 할 것이다.

2. 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다(대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 참조). 이와 같은 법리는 신고납세방식의 대표적 조세인 법인세에 대하여도 그대로 적용된다고 할 것이다.

3. 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으 로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 한다. 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없는데도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이다. 그러나, 행정처분의 대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 처분의 대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우로서 그것이 처분대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 때에는 비록 이를 오인한 하자가 중대하다고 할지라도 외관상 명백하다고 할 수 없다(대법원 2014. 3. 27. 선고 2012두12228 판결 참조).

• 나. 당연무효 주장에 관한 판단

1. 조합원분양에 따른 분양수익에 대하여 원고는 조합원분양에 따른 분양수익에 대해서도 이 사건 신고 내지 이 사건 처분에 따른 납세가 이루어졌음을 전제로, 과세소득에 해당하지 않거나 과세요건이 성립하지 않는 조합원분양에 따른 분양수익에 관한 이 사건 신고 및 이 사건 처분은 당연무효라고 주장한다(다만 이 사건 신고나 이 사건 처분 중 어느 부분이 조합원분양에 따른 분양수익에 관한 것인지는 특정하지 않았다). 그러나 원고가 제출한 각 증거만으로는 이 사건 신고나 이 사건 처분이 조합원 분양에 따른 분양수익에 대해서도 이루어졌음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 앞서 든 각 증거, 을 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건 처분 당시 수익사업과 비수익사업을 구별하였고, 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 조합원분양사업에 대해서는 이를 비수익사업으로 보아 조합원분양에 따른 분양수익을 과세대상인 수익사업으로 인한 소득에서 제외한 것으로 보일 뿐이다. 한편, 설령 피고가 과세대상이 아닌 조합원분양에 대해 사실관계를 오인하여 법 인세를 잘못 부과한 하자가 존재한다고 하더라도, 수익사업인 일반분양에 따른 분양수익에 대해서도 이 사건 신고 및 이 사건 처분이 이루어졌음은 원고 스스로도 인정하고 있으므로, 이는 결국 피고가 사실관계를 정확히 조사하여야 처분대상이 되는지 여부가 비로소 밝혀질 수 있는 때에 처분대상이 되는 것으로 오인한 하자가 있는 경우로 판단된다. 따라서 그와 같은 하자를 중대한 하자로 볼 수 있음은 별론으로 하더라도, 그 자체로 명백한 하자라고 단정하기는 어렵다. 따라서 원고의 조합원분양에 따른 분양수익에 관한 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

2. 일반분양에 따른 분양수익에 대하여 가) 법인세법 제4조 제1항 제1호 는 원고와 같은 비영리내국법인의 각 사업연도 의 소득을 과세의 대상이 되는 소득으로 정하고 있고, 같은 조 제3항 제5호는 유형자 산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입을 각 사업연도의 소득으로 정하면서, 다만 단서에서 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 “ 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 수입’이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.”고 규정하고 있다. 위와 같은 규정의 내용에 의하면, 원고가 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입은 법인세의 과세대상에서 제외되지만, 수익사업에 따른 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입은 법인세의 과세대상에 해당된다고 판단된다. 그런데 원고가 비영리내국법인인 사실, 원고의 정관 제2조는 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지하는 것을 원고의 목적 사항으로 규정하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로서 법인세의 과세대상에서 제외되는 것은 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 조합원분양에 한정되고, 일반분양은 수익사업으로서 법인세의 과세대상이 된다고 봄이 타당하다.

• 나) 구 도시정비법 제55조 제2항 은 ‘일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 보 류지 또는 체비지로 본다’고 규정하고 있다. 보류지는 사업시행자가 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 말하고, 그 중 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하기 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 체비지라고 한다. 그런데 구 도시정비법 제55조 는 그 표목인 ‘대지 및 건축물에 대한 권리의 확정’과 같이, 토지등소유자(조합원)에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ‘환지’로 보고, 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ‘보류지 또는 체비지’로 보아, 각각의 소유권 취득 시기나 종전 대지 또는 건축물에 설 정된 권리의 이전 여부 등의 권리관계를 확정하기 위한 조항으로 해석될 뿐, 위 조항에 의해 일반분양에 따른 분양수익이 법인세법상 과세대상인 수익사업으로 생긴 수입에서 제외된다고 볼 수는 없다.
• 다) 원고가 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 생긴 수입으로서 과세소득의 범위에서 제외되는 것은 조합원분양에 따른 분양수익에 한정되고, 일반분양에 따른 분양수익은 수익사업으로 생긴 수입에 해당함은 앞서 본 바와 같다. 따라서 원고의 조합원들로서는 고유목적사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양) 모두에 충당하기 위해 재화(자신들의 토지 등)를 투입한 것이고, 그 중 고유목적사업의 사업비용은 조합원분양에 의해 충당된다고 볼 것이지, 일반분양에 따른 분양대금까지 모두 원고의 고유목적사업의 사업비용에 충당되는 것으로 볼 수는 없다. 결국 수입의 근거가 된 사업의 내용이 일반에 대한 분양, 즉 수익사업이라면 그에 따른 분양수익은 법인세법 제4조 제3항 에 따른 과세소득의 범위에 해당한다고 볼 것이다.
• 라) 이 사건 관리처분계획에 일반분양에 관한 분양계약체결에 대한 내용이 포함 되어 있다고 하더라도, 그에 따라 실제 체결된 분양계약의 성격은 사법상의 계약이라 할 것이므로, 그 분양계약 자체를 공권력의 행사로서의 처분(이 사건 관리처분계획)에 따른 것으로서 법인세법 제15조 제1항 이 규정하는 ‘거래’에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
• 마) 따라서 일반분양에 따른 분양수익이 법인세법상 과세소득에 해당하지 않거 나 그에 대한 과세요건이 성립하지 않는다는 원고의 위 주장은 모두 이유 없다.
• 다. 취소 주장에 관한 판단 이 사건 신고에 중대하고 명백한 하자가 존재하여 당연무효라고 볼 수 없음은 앞 서 살핀 바와 같으므로, 설령 원고 주장과 같이 이 사건 신고가 착오에 의하여 이루어진 것이라고 하더라도, 국세기본법 제45조의2 에 따라 과세관청에 경정청구를 하고, 그 청구가 거부된 경우 경정청구거부처분의 취소소송을 통해 그 경정청구거부처분의 효력이 제거되기 전에는 원고의 조세 납부가 법률상 원인을 결한 것이라고 할 수 없어 별지 1 목록 ②항 청구금액란 기재 각 돈 중 원고가 이 사건 신고에 따라 피고에게 납부한 돈이 부당이득에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.