매입자납부특례제도하에서 구리 스크랩 등의 거래와 관련하여 부가가치세액의 감액경정이 있더라도 매입자에게 환급될 부가가치세액은 존재하지 않음

사 건 2019가합558363 부가가치세액반환청구 원 고 주식회사 AA 피 고 대한민국 변 론 종 결 2020.09.17 판 결 선 고 2020.11.12

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고는 원고에게 3,072,076,033원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 당사자 등의 지위

1. 원고는 2015. 6. 18. 설립되어 그 무렵부터 ○○ ○구 ○○로, 상가동 ○○호(○○동, ○○힐)에서 비철금속 도매업 등을 영위하고 있는 법인이다.

2. 정BB은 2015. 1. 14.부터 2016. 5. 31.까지 ○○시 ○○읍 ○길 ○○에서‘CC금속’이라는 상호로 비철 도·소매업을 영위한 개인사업자이다.

• 나. 정BB의 부가가치세 신고 및 원고의 부가가치세 납부

1. 정BB은 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 아래 [도표 1] 기재와 같이 부가가치세 신고를 하였다.

2. 정BB의 위 [도표 1] 기재와 같은 부가가치세 신고와 관련하여, 원고는 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 정BB으로부터 공급가액 합계 30,620,761,333원의 세금계산서를 수취한 후, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다)1) 제106조의9(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제3항에 따라 부가가치세 합계 3,062,076,133원을 납부하였다.

• 다. 정BB에 대한 부가가치세 경정결의

○○지방국세청장은 정BB에 대한 세무조사 결과 위 [도표 1]의 각 매입거래 및 매출거래에 관한 세금계산서가 모두 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다는 사유로, 정BB에 대하여 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 각 매출세액과 각 매입세액을 모두 0원으로 경정하고, 기납부한 세액에서 세금계산서 미발급 등 가산세를 공제하여 아래 [도표 2] 기재와 같이 세액 합계 3,238,061,269원을 환급하는 경정결의를 하였다.

• 가. 원고 원고는 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 정BB으로부터 공급가액 합계 30,620,761,333원의 세금계산서를 수취한 후, 이 사건 특례규정에 따라 부가가치세 합계 3,062,076,033원을 납부하였다. 그런데 중부지방국세청장은 정BB이 매입처로부터 실물 거래 없이 가공으로 세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액을 전액 감액하는 경정결의를 하였다. 이에 따르면, 원고는 정BB과의 거래에 관하여 부가가치세 납부의무가 없음에도 위와 같이 부가가치세를 납부한 것이므로, 피고는 원고에게 위 3,062,076,033원을 부당이득으로 반환하여야 한다. 또한 위와 같이 피고의 원고에 대한 부가가치세액 환급의무가 발생하였음에도 피고가 원고에게 위 부가가치세액 상당을 지급하지 않고 있어 원고는 정신적 손해를 입었으므로, 피고에 대하여 위자료로서 10,000,000원의 지급을 구한다.따라서 피고는 원고에게 3,072,076,033원(= 3,062,076,033원 + 10,000,000원) 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
• 나. 피고 이 사건 특례규정에 따른 부가가치세 매입자 납부특례제도에 따르면, 구리 스크랩등의 매입자가 부가가치세액(매입세액)을 납부한 경우, 이후 그 구리 스크랩 등에 관한 매출거래가 발생하면 해당 거래로 인한 부가가치세액(매출세액)의 범위 내에서 기납부한 부가가치세액(매입세액)이 매입자에게 즉시 환급되므로, 구리 스크랩 등의 거래와 관련하여 부가가치세액의 감액경정이 있더라도 매입자에게 환급될 부가가치세액은 존재하지 않는다. 이 사건의 경우, 원고도 위와 같이 기납부한 부가가치세액(매입세액)를 모두 환급받았으므로, 피고로서는 원고가 기납부한 부가가치세액을 부당이득하였다고 볼 수 없다.

• 가. 부가가치세 매입자 납부특례제도의 운영 방법

1. 부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 부담하는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조 제1호, 제2조 제3호), 사업자는 재화나 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수 하여야 하고(부가가치세법 제31조), 이때 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로써(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법) 결과적으로 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다. 그런데 구리 스크랩 등과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 이른바 ‘폭탄사업자’가 광범위하게 나타나자, 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩 등 거래에 있어서는 매입자가 직접 부가가치세를 납부하는 내용의 이 사건 특례규정이 신설되었고, 위 규정은 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 이 사건 특례규정 제2, 3항 등에 따르면, 구리 스크랩 등 사업자는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 아니하여 거래징수의무가 면제되고, 구리 스크랩 등 사업자가 구리 스크랩 등을 다른 구리스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 구리스크랩 등의 가액은 공급한 사업자에게 입금하고, 부가가치세액은 국세청장이 지정한 (이하 ‘지정금융회사’라고 한다)에게 입금하여야 한다.

2. 한편, 구 조세특례제한법 시행규칙(2016. 3. 14. 기획재정부령 제555호로 개정되기 전의 것) 제48조의6 및 구 ‘구리 스크랩 등 제품의 가액 및 부가가치세를 입금하여야 하는 금융회사의 지정 등 고시’(2016. 10. 1. 국세청고시 제2016-16호로 폐지) 제4조에 따르면, 구리 스크랩 등 사업자 사이에 구리 스크랩 등을 거래하는 경우, 구리 스크랩 등을 공급한 사업자는 해당 구리 스크랩 등에 관하여 매입자가 지정금융회사에 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 위 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 지정금융회사로부터 환급받는다. 결국 부가가치세 매입자 납부특례제도가 적용되는 경우에는 구리 스크랩 등을 최종적으로 공급받은 사업자만이 결과적으로 국가에 납부할 부가가치세액을 전액 부담하게 되고, 중간사업자들은 매출거래가 발생할 때마다 즉시 매출세액의 범위 내에서 기납부한 매입세액을 환급받게 된다.

• 나. 이 사건의 경우 위 인정사실, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 정BB으로부터 구리 스크랩 등을 실물거래 없이 가공으로 매입하면서 지정금융회사에 부가가치세액(매입세액)을 납부하였다고 하더라도, 원고는 앞서 본 규정들에 따라 해당 구리 스크랩 등에 관한 매출거래를 통하여 기납부한 매입세액을 전액 환급받은 것으로 판단되고, 달리 원고가 구리 스크랩 등을 최종적으로 공급받은 사업자로서 원고가 납부한 매입세액 중 환급되지 않은 금액이 있다거나 피고가 원고로부터 그러한 금액을 수령하였다고 볼 만한 자료가 없다. 따라서 원고가 납부한 부가가치세액(매입세액)을 피고가 수령하여 이득을 얻고 이로 인하여 원고가 동액 상당의 손해를 입었다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.