비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 배제함

사 건 2015가합552701 부당이득반환 원 고 이OO 피 고 대한민국 외 1명 변 론 종 결 2016.06.16 판 결 선 고 2016.07.07

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고 대한민국은 원고에게 OOO원 및 이에 대하여 2013. 11. 29.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라. 피고 AA시는 원고에게 OO원 및 이에 대하여 2013. 11. 29.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고는 1993. 6. 23. OO시 OO면 OO리 OO번지 임야 OOO㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 1993. 6. 14. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2009. 7. 16. 주식회사 BB(이하 ‘BB’이라 한다)과 사이에 아래와 같은 내용의 매매계약을 체결하였고, 이에 따라 BB은 원고에게, 2009. 7. 16. 계약금 및 1차 중도금 명목으로 OOO원(=OOO원+OOO원), 2010. 1. 18. 2차 중도금 명목으로 OOO원, 2010. 12. 16. 잔금 명목으로 OOO원 합계 OOO원을 지급하였으며, 원고는 2009. 7. 16. BB에게 이 사건 부동산에 관한 토지사용승락서를 교부하였고 2011. 2. 9. 그 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2010. 12. 28.경 피고 대한민국 산하 CC세무서장과 피고 AA시의 장에게 각각 양도소득세와 양도소득에 대한 지방소득세 예정신고를 하면서 이 사건 부동산이 비사업용 토지에 해당하지 아니함을 전제로 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 양도소득세액을 OOO원으로, 지방소득세액을 OO원으로 신고하고, 양도소득세로 2010. 12. 29. OOO원, 2011. 4. 29. OO원 합계 OOO원을 분할 납부하고, 지방소득세로 2010. 12. 29. OO원을 납부하였다.
• 라. CC세무서장은 2013. 9. 9. AA시장에게 원고가 이 사건 부동산에 관하여 AA시장으로부터 산림경영계획 인가를 받은 후 위 인가에 따른 숲가꾸기사업을 실제로 이행하였는지 여부에 대하여 회신을 의뢰하였고, 같은 날 AA시장은 CC세무장에게 원고가 숲가꾸기사업을 한 사실이 없다고 통보하였다. 이에 CC세무서장은 같은 날 원고에게 ‘원고가 이 사건 부동산 양도 후 양도소득세 신고를 하였으나, 산림경영계획 인가 후 실제 이행(시업)을 하지 않은 것으로 확인되어 비사업용 토지로 양도소득세를 고지할 예정이며 예상 고지세액은 OOO원(지방소득세는 별도)이다’라는 취지의 과세예고통지를 하였다.
• 마. CC세무서장은 2013. 11. 1. 원고에게 이 사건 부동산이 비사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하여 산출세액을 OOO원으로 산정한 다음, 여기에 신고불성실가산세 OO원, 납부불성실가산세 OO원을 더하고 원고의 기납부세액을 공제한 OOO원을 2010년 귀속 양도소득세로 결정(경정)·고지(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다)하였고, 피고 AA시도 같은 날 원고에게 2010년 귀속 지방소득세 OO원을 추가 납부·고지(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 2013. 11. 29. 피고 대한민국에게 양도소득세 OOO원, 피고 AA시에 지방소득세 OO원을 납부하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증, 갑 제8호증의 1 내지 4, 갑 제9 내지 11호증, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제16호증, 을가 제1 내지 3호증, 을나 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 양도소득세 부과처분에는 아래와 같은 중대·명백한 하자가 있어 무효이고, 위 양도소득세 부과처분이 무효인 이상 이를 근거로 한 이 사건 지방소득세 부과처분도 무효이다. 따라서 피고들은 각각 원고에게 부당이득반환으로 원고가 납부한 위 양도소득세 및 지방소득세 상당을 반환할 의무가 있다.

1. CC세무서장은 ‘실지조사’라는 세무조사를 하였음에도 국세기본법 제81조 의 7 제1항에서 정하고 있는 사전통지를 하지 않았고, 국세청 훈령인 조사사무처리규정이 ‘실지조사’의 경우 납세자의 사무실 등에 출장하여 직접 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하도록 규정하고 있음에도 CC세무서장은 AA시장으로부터 받은 회신만을 근거로 이 사건 부동산을 비사업용 토지로 판단하였다.

2. 원고가 이 사건 부동산을 소유한 기간은 1993. 6. 23.부터 BB에게 토지사용승락서를 교부한 날인 2009. 7. 16.까지 16년 26일(5,867일)인데, 원고는 위 기간 동안 이 사건 부동산에 관하여 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 산림경영계획 인가를 받아 사업을 시행하여 왔으므로, 이 사건 부동산은 비사업용 토지에 해당하지 않아 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 설령 원고가 일부 사업을 시행하지 않았다고 하더라도, 원고가 사업을 시행하지 않은 기간은 어린나무가꾸기 사업의 최종일인 2008. 12. 1.부터 위 2009. 7. 16.까지 228일에 불과하여 이 사건 부동산은 여전히 비사업용 토지에 해당하지 않아 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 그럼에도 CC세무서장은 AA시장에 대한 질의 결과만을 근거로 이를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하였다.

• 나. 관계법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 관한 판단 세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 것으로서 {구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의2 제2항 제1호} 구 국세기본법 제81조의6 제2항 은 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상자를 선정하여 하는 세무조사 외에는 납세자가 세법에서 정하는 신고 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우, 무자료 거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우, 납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우, 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 세무조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데 갑 제9호증(과세예고통지)의 기재만으로 CC세무서장이 원고를 세무조사 대상자로 선정하여 세무조사를 하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없으며, 오히려 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제114조는 납세지 관할 세무서장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있으므로, CC세무서장은 AA시장의 회신 내용을 근거로 원고의 양도소득세 예정신고에 오류가 있음을 발견하고 위 조항에 따라 과세표준과 세액을 경정한 것으로 보인다. 따라서 CC세무서장이 원고에 대하여 세무조사를 하였음을 전제로 한 원고의 절차상의 하자 주장은 나아가 살필 필요 없이 모두 이유 없다.

2. 두 번째 주장에 관한 판단

• 가) 관련 규정 및 입증책임

(1) 구 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득금액을 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하고, 제95조 제2항 본문은 위 “장기보유특별공제액‘이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 한편, 구 소득세법 제104조 제1항 제2호 의7은 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지를 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 가목, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 22034호로 개정되기 전의 것) 제168조의6 제1호, 제168조의9 제1항 제2호 가목에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지 소유기간의 20/100에 상당하는 기간 동안 ‘임야’(산지관리법에 따른 산지 안의 임야로서 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 산림경영계획인가를 받아 시업 중인 임야를 제외한다)인 경우 비사업용 토지에 해당한다. 따라서 위와 같은 임야는 장기보유특별공제의 대상이 될 수 없다.

(2) 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 162조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행규칙(2011. 3. 28. 기획재정부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항은 당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입하고, 양도하는 자산의 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 양도시기를 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있다.

(3) 또한, 양도소득세 장기보유특별공제 요건을 충족하였는지 여부는 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 한다(대법원 1990. 5. 22. 선고 90누639 판결 등 참조).

• 나) 인정사실

(1) 이 사건 부동산은 원래 원고의 부친인 망 DDD의 소유였는데, 1990년경 조림사업지로 선정되어 잣나무 OOO본이 식재된 이후, 1990년 풀베기(산주 DDD 실행), 1991년 풀베기(산주 DDD 실행), 1991년 비료주기(산주 DDD 실행), 1992년 풀베기(산주 DDD 실행), 1996년 어린나무가꾸기(산주 원고 실행), 2004년 어린나무 가꾸기(산주 원고가 AA시 산림조합에 대행을 요청하여 위 산림조합이 실행)의 순서로 조림사업이 실시되었다.

(2) 원고는 1996. 12. 26. 이 사건 부동산에 관하여 AA군수로부터 구 산림법1) 제8조 제4항에 의하여 인가기간이 1997. 1. 1.부터 2006. 12. 31.까지 10년 간인 영림계획 인가를 받았다.

1. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률이 2005. 8. 4. 제정·시행되면서 폐지되었다.

(3) 원고는 2008. 7. 4. AA시장으로부터 구 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)에 의하여 인가기간이 2008. 7. 4.부터 2018. 7. 3.까지 10년 간인 산림경영계획 인가를 받았다. 위 산림경영계획에는 2008년 어린나무가꾸기, 2012년 솎아베기, 2012년 천연림보육을 실시하는 내용이 포함되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제15 내지 18호증, 갑 제19호증의 1 내지 4, 갑 제20호증의 1 내지 3, 갑 제21호증의 1 내지 5의 각 기재, 이 법원의 AA시에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

• 다) 판단

(1) 먼저 이 사건 부동산의 양도시기에 관하여 보건대, 위 기초사실에서 본 바와 같이 원고는 2009. 7. 16. BB과 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하면서 계약금은 매매계약시, 1차 중도금은 2009. 7. 16., 2차 중도금은 2010. 1. 18., 잔금은 2010. 12. 16.에 지급받기로 하고 같은 날 BB에게 토지사용승락서를 교부하였는바, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 부동산의 양도대금을 2회 이상 분할하여 수입하기로 하였고, 원고가 토지사용승락서를 교부한 2009. 7. 16.의 다음날부터 잔금의 지급기일인 2010. 12. 16.까지의 기간이 1년 이상인 경우에 해당하므로, 이 사건 부동산의 양도시기는 앞에서 본 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 162조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행규칙 제78조 제3항 에 따라 원고가 BB에게 토지사용승락서를 교부한 2009. 7. 16.로 보아야 한다.

(2) 다음으로 비사업용 토지 요건을 충족하는지 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 1997. 1. 1.부터 2006. 12. 31.까지 기간 동안 구 산림법에 의한 영림계획 인가를 받아 조림사업을 시행한 것으로 보이므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 단서 가호에 따라 위 기간에 대하여는 ‘임야’에 해당하는 토지에서 제외하여야 한다. 나아가 원고는 자신이 이 사건 부동산의 소유권을 취득한 1993. 6. 23.부터 양도시기인 2009. 7. 16.까지 전체 기간 동안 숲가꾸기사업을 이행하였다거나 적어도 2008. 11. 30.까지는 숲가꾸기사업을 이행한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이 사건에 제출된 증거만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 부동산은 아래 표 기재와 같이 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가 정한 비사업용 토지의 기간기준을 충족하여 장기보유특별공제의 대상이 될 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

• 라) 가정 판단 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별함에 있어서는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고는 볼 수 없다(대법원 2001. 7. 10. 선고 2000다24986 판결 참조). 위에서 살펴본 바와 같은 이유로 이 사건 부동산은 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가 정한 비사업용 토지의 기간기준을 충족하여 장기보유특별공제의 대상이 될 수 없다고 보인다. 설령 위 판단과 견해를 달리하여 이 사건 부동산의 양도가 장기보유특별공제 대상이 되는 등 이 사건 양도소득세 부과처분에 어떠한 위법사유가 있다고 하여도, AA시장으로부터 원고가 숲가꾸기사업을 한 사실이 없다는 통보를 받은 사실이 있어 CC세무서장은 이 사건 부동산이 비업무용 부동산이라고 오인할 수 있는 상태에 있었다고 보여, 이와 같은 사실 인정을 번복하여 CC세무서장이 이 사건 부동산을 업무용 부동산으로 인정하기 위하여는 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당한다고 보여, 그와 같은 위법사유는 그 하자가 객관적으로 명백하다고 할 수 없는 경우에 해당하여 이 사건 양도세부과처분이 당연무효라고 보기는 어렵다. 이러한 이유로도 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.