하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 함

사 건 2015가단5324515 국세환급청구의 소 원 고 남AA 피 고 대한민국 변 론 종 결

2016. 3. 8. 판 결 선 고

2016. 4. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 153,393,860원 및 이에 대하여 2013. 3. 28.부터 완제일까지 연 2.9%의 비율에 의한 돈을 지급하라. 이 유

• 가. 원고는 1998.경 OO OO구 OO동 OOO-OO 대지 및 그 지상 단독주택(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 취득하였다가 2002. 11.경 이를 헐고 그 지상에 총 8세대의 다세대주택(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)을 신축하였다.
• 나. 원고는 2008. 3월과 4월 경 이 사건 신축주택을 합계 금 2,334,000,000원에 양도하여 처분하였다. 원고는 그 무렵 피고에게 위 부동산 처분에 따른 양도소득세를 신고하였는데, 그 신고내용은 원고가 건물을 신축할 당시에 시행되던 구 조세특례제한법(2002.12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제1항 본문인 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 양도소득세 감면’규정(이하 ‘이 사건 양도소득세감면규정’이라 한다)에 따라 신축건물취득일인 2002. 11. 26.부터 5년째 해당하는 일까지는 전액감면을, 그 이후부터 양도일까지는 가치증액에 따른 양도세를 계산한 결과 그 가치 증액의 차이가 없어서 양도세 전액 감면을 신청하면서 전액감면인 경우 농어촌특별세는 납부하여야 하는 규정에 따라 58,787,984원만 납부하는 것으로 자진신고를 하고 이를 납부하였다.
• 다. OOO세무서장은 2012. 5.경 이 사건 양도소득세감면규정이 이 사건 종전 주택의 취득시점부터 이 사건 신축주택 준공일 전일까지 가치 증대분에 대한 양도소득세는 감면대상으로 하지 않는다는 이유로 원고에게 2008년도분 양도세 과세예고통지를 한 후, 같은 해 6. 11.경 양도소득세로 가산세 46,126,514원을 포함한 185,903,830원, 지방소득세로 가산금 557,710원을 포함한 19,148,090원 등 합계 205,051,920원의 조세부과처분(이하 이를 합하여‘이 사건 과세처분’이라 한다)을 하였다. 원고는 이 사건 과세처분에 따라서 2012. 6. 30.경 지방소득세를 납부하고, 이미 자신신고에 기초하여 납부한 농어촌특별세와의 정산을 거쳐서 2013. 3. 28.까지 4회에 걸쳐 합계 153,393,860원을 납부하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 과세처분의 근거 규정인 구 조세특례제한법(2002.12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제1항 본문의 이 사건 양도소득세감면규정의 의미 해석에 관하여, 대법원은 2013두12690 경정청구거부처분취소 판결에서 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 양도소득세 감면’ 규정의 취지는, ‘기존주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 하며, 이를 위반한 처분은 위법한 처분이라는 취지로 판시하였다. OOO세무서장은 위 대법원 판결의 판시 취지에 반하여 이 사건 양도소득세감면규정을 해석하고, 이와 같이 잘못된 관련 법의 해석을 기초로 이 사건 과세처분을 하였으므로 이 사건 과세처분은 당연무효이다. 따라서 피고는 원고가 이와 같이 당연무효인 이 사건 과세처분에 따라서 납부한 153,393,860원을 국세오납금으로서 원고에게 환급하여야 한다.

• 가. 조세의 과오납이 부당이득이 되기 위해서는 납세 또는 조세의 징수가 실체법적으로나 절차법적으로 전혀 법률상의 근거가 없거나 과세처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이어야 하고, 과세처분의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과할 때에는 과세관청이 이를 스스로 취소하거나 항고소송절차에 의하여 취소되지 않는 한 그로 인한 조세의 납부가 부당이득이 된다고 할 수 없다(대법원 1994. 11. 11. 선고 94다28000 판결 등 참조).
• 나. 나아가, 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 등 참조).
• 다. 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 과세처분의 근거가 된 구 조세특례제한법(2002.12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제1항 본문의 이 사건 양도소득세감면규정은 “거주자가 …… 신축주택(……)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 ’전단‘이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다(이하 ’후단‘이라 한다)”고 규정하고 있는바, 이 사건 과세처분 당시 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우의 조세특례제한법의 해석에 있어서 양도소득의 발생 기산일이 ‘신축주택의 취득일’로 되어 있어 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 위 조항이 규정하고 있는 감면대상이 아니라는 견해와, 전단에서 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일은 특별히 명시하고 있지 않으며 후단과 달리 전단에서는 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 점과 위 법의 입법취지 등을 고려할 때 종전주택 취득일부터 신축주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 소득 전액이 감면되어야 한다는 견해 등으로 나뉘어 감면대상이 ‘신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’에 한정되는 것인지 ‘종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득’으로 확대할 것인지 그 해석에 다툼의 여지가 있었고, 전자의 경우에 해당하는 경우 양도소득세액을 산정하는 방법을 둘러싸고도 그 해석에 다툼의 여지가 있었다. 따라서 피고가 위 조문의 해석을 잘못하여 이 사건 과세처분을 하였다고 하더라도, 위와 같이 위 조문의 해석을 둘러싸고 다툼의 여지가 있는 상황에서 위와 같은 과세관청의 입장과 다른 내용의 대법원 판결이 존재하지 않았다가 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결에 이르러 최초로 이 사건 과세처분과 같은 내용의 과세처분이 위법하다는 확정판결이 나오게 된 점 등을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 과세처분의 하자가 명백한 것이었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정 할 증거가 없다. 따라서 이 사건 과세처분이 당연무효임을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.