행정행위의 취소처분의 취소에 의하여 이미 효력을 상실한 과세처분의 효력을 유요하게 만들 수는 없음

사 건 2012가합500853 부당이득금 원 고 대한민국 피 고 OO 주식회사 변 론 종 결

2015. 6. 4. 판 결 선 고

2015. 6. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 1,294,466,673원 및 이에 대한 2009. 6. 18.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

• 가. 피고에 대한 삼성세무서장의 처분 경위

1. 피고와 관계사들의 관계 등 피고는 중소벤처기업에 대한 투자 및 자금대여를 주업으로 하는 회사로서, 조세회피지역인 말레이시아 OO에 1996. 5. 7. 역외펀드인 AA인베스트먼트(이하 ‘AA인베스트먼트’라고 한다)를, 2000. 2. 28. 역외펀드인 BB인베스트먼트(이하 ‘BB인베스트먼트’라고 한다)를 설립하였다. 한편 피고와 서CC, 강DD 등이 공동 출자하여 1999. 6. 21. EE주식회사(이하 ‘EE회사’이라고 한다)를 설립하였다.

2. BB인베스트먼트의 실권주 고가인수 BB인베스트먼트는 2000. 3. 20. EE회사의 유상증자에 참여하여 실권주 70,000주를 1주당 158,000원에 인수하였는데, 실권주 70,000주 중 63,333.333주의 주주인 서CC 등 7인이 피고와 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제87조 가 규정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라고 한다)의 지위에 있다.

3. 피고의 FF회사 주식 취득 AA인베스트먼트는 1999. 7. 21. GG주식회사(이하 ‘GG회사’이라 한다)의 주식 1,333,333주를 2,390,200,000원에 취득하였고, 1999. 12. 20. 위 주식이 1/2로 액면분할 되어 보유주식수가 2,666,666주로 되었는데, 2000. 2. 28. 그중 2,000,000주를 BB인베스트먼트에게 무상양도하고, BB인베스트먼트가 다시 이를 2000. 3. 7. 피고에게 11,256,198,145원에 양도하였다(나머지 666,666주는 AA인베스트먼트가 그대로 보유하였다). GG회사는 2000. 7. 21. FF주식회사(이하 ‘FF회사’라 한다)의 유상증자에 참여하여 FF회사의 신주 8,680,324주를 교부받은 뒤 2000. 7. 22. GG회사의 모든 주주로부터 GG회사 주식 전량인 60,762,265주를 회수하여 이를 강제소각하기로 결의하고 주주들에게 그 대가로 GG회사 주식 7주당 FF회사 주식 1주의 비율로 교부함에 따라, 피고는 FF회사 주식 285,714주(=2,000,000주×1/7)를, AA인베스트먼트는 95,238주(=666,666주×1/7)를 각 교부받았다.

• 나. 삼성세무서장의 법인세액 경정 처분

1. 삼성세무서장은 피고의 2000 사업연도 법인세에 대하여, 2002. 1. 18. BB인베스트먼트가 피고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니(paper company)에 불과하므로 피고가 위와 같은 실권주를 인수한 것으로 보고 위 실권주의 1주당 가액을 43,200원으로 평가한 뒤, 피고가 위 실권주 70,000주를 인수한 것은 위 특수관계자에게 그 인수가액과 위 평가액의 차액 상당인 8,032,500,000원[=(158,000원－43,250원)×70,000주]의 이익을 분여한 것으로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 나목의 부당행위이므로 부인대상에 해당한다고 보아 그 차액 상당을 익금 산입하고 기타 사외유출 처분하여 법인세를 증액하였다. 삼성세무서장은 2002. 5. 2. 위 실권주 70,000주 중 원고와 특수관계자의 지위에 있지 아니한 주주인 김HH의 실권주 6,666.666주를 제외한 나머지 63,333.333주에 대한 평가액의 차액인 7,267,500,000원[=(158,000원－43,250원)×63,333.333주]으로 부당행위계산 부인대상액을 감액하여 2000 사업연도 귀속분 법인세 총결정세액을 19,552,324,342원(=산출세액 18,375,047,063원＋가산세액 1,177,277,279원)으로 경정하였다.

2. 삼성세무서장은, AA인베스트먼트 역시 피고가 조세부담을 회피하기 위하여 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하므로 피고가 2000. 7. 22. 위 주식 2,666,666주를 소각시키는 대신 GG회사로부터 FF회사 주식 380,952주(=285,714주+95,238주)를 교부받았는데 FF회사 주식의 2000. 7. 21. 당시 시가는 1주당 108,500원이어서 피고는 GG회사로부터 38,943,092,000원(=FF회사 주식 380,952주의 평가액 41,333,292,000원－피고의 GG회사 주식 2,666,666주의 취득가액 2,390,200,000원) 상당을 GG회사로부터 배당받은 것으로 보고, 위 의제배당액 38,943,092,000원을 익금 산입하되, 피고가 2000 사업연도에 제3자에게 양도한 FF회사 주식에 대응하는 14,222,767,844원을 손금 산입하여 2003. 4. 1. 피고에 대하여 2000 사업연도 귀속분 법인세를 26,689,370,612원(=산출세액 21,083,095,688원＋가산세액 5,606,274,925원)으로 증액 경정하였다. 그 후 삼성세무서장의 2002. 5. 2.자 부과처분에 대한 심사에서 피고의 이의 중 일부가 받아들여지자 삼성세무서장은 2003. 6. 30. 피고에 대한 2000 사업연도 귀속분 법인세 총결정세액을 25,722,088,682원(=산출세액 21,065,775,085원＋4,656,313,597원)으로 경정하였다(이하 2003. 4. 1.자 증액 경정처분 중 감액 경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 다. 소송의 경과

1. 피고는 삼성세무서장을 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원 2003구합OOOOO호로 제기하여 패소판결을 선고받고, 서울고등법원 2005누OOOOO호로 항소하여 항소기각판결을 선고받았으며, 대법원 2006두OOOO호로 상고하였다.

2. 대법원은 위 고등법원 판결을 파기하고, 위 사건을 서울고등법원 2008누OOOOO호로 환송하였다. 그 이유는 ‘의제배당에 관하여 FF회사의 주식을 취득당시를 기준으로 가액을 평가하고, AA인베스트먼트가 취득한 FF회사 주식의 실질적 귀속자를 피고로 본 원심의 판단은 정당하나, 부당행위계산 부인에 관하여 실권주 고가인수의 경우에도 취득가액 중 부인 대상인 시가초과액은 당해 사업연도 법인의 과세표준에는 아무런 영향을 미치지 못하는데도 그 사업연도에 전부 귀속됨을 전제로 한 이 사건 처분이 적법하다고 본 원심의 판단은 위법하다.’라는 것이다.

• 라. 삼성세무서장의 직권 경정 및 환급

1. 삼성세무서장은 위 파기환송 후 서울고등법원 2008누OOOOO 법인세부과처분 취소소송이 계속 중이던 2009. 6. 18. 피고의 2000 사업연도 익금에 위법하게 산입하였던 EE회사의 실권주 고가 인수에 따른 시가초과액 72억 6,750만 원을 손금에 산입한 다음, 이 사건 처분 중 3,057,280,167원[=산출세액 취소액1,090,124,999원(21,065,775,085원－19,975,650,086원)＋가산세액 취소액 1,967,155,168원]을 직권 취소(이하 ‘이 사건 감액처분’이라 한다)하였다.

2. 이에 따라 원고는 3,776,994,480원(환급결정금액 3,057,280,169원 + 환급통보가산금 719,714,320원)을 피고에게 환급해 주었다.

• 마. 삼성세무서장의 가산세 부과·고지 삼성세무서장은 2009. 7. 13. 위 환급금 3,776,994,480원 중 1,294,466,673원의 과다환급을 발견하고, 그중 999,379,765원을 부과·고지함으로써 피고의 2000 사업연도 귀속 법인세는 합계 23,783,885,984원(이 사건 처분액 25,722,088,682원－3,057,280,167원＋자진납부 가산세액 119,697,709원＋999,379,760원)이 되었다(이하 이 사건 처분이 위와 같은 감액 경정을 거쳐 추가로 증액된 것을 ‘이 사건 최종 처분’이라 한다).
• 바. 삼성세무서장의 이 사건 최종 처분의 효력

1. 서울고등법원 2008누OOOOO호 사건에서 삼성세무서장이 2009. 7. 13.에 가산세 999,379,760원을 증액하는 경정처분을 한 것에 대하여, 피고는 국세기본법상의 부과제척기간을 도과한 것으로 무효라고 주장하였고, 삼성세무서장은 위 경정처분은 과다하게 환급된 금액을 다시 정정하는 것이어서 부과 제척기간과는 무관하다고 주장하였다. 위 법원은 이 사건 최종처분은 부과 제척기간 5년을 경과한 이후에 이루어져 무효라고 판결하였다.

2. 위 사건의 상고심인 대법원 2010두OOOO 사건에서 대법원은, ‘이 사건 최종 처분이 정당세액을 벗어나 과다하게 행하여진 것을 환급받은 의미라 해도 그 실질이 엄연히 증액처분인 이상 원고에 대한 2000 사업연도 귀속 법인세를 부과할 수 있는 시점으로부터 부과 제척기간 5년을 도과한 이후에 이루어져 무효라고 볼 수밖에 없다.’라는 판단은 타당하다고 판결하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 2008. 9. 25. 선고 대법원 2006두OOOO 판결의 취지에 따라 2009. 6. 18. 이 사건 처분 중 3,057,280,167원을 취소하고, 3,776,994,480원(법인세 3,057,280,167원 +법인세 환급가산금 719,714,320원)을 피고에게 환급해 주었다. 그런데 원고는 착오로 인하여 피고에게 1,294,466,473원을 과다하게 환급해 주었으므로, 피고는 과다 환급받은 1,294,466,473원을 부당이득을 원인으로 원고에게 반환하여야 한다.

• 가. 개정 전 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 제2항은, 행정심판청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있다. 위 규정은 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것이다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결). 따라서 위 규정의 문언상 과세 제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액 경정결정은 물론 감액 경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액 경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 한다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 참조).
• 나. 삼성세무서장이 서울고등법원 2008누OOOOO호 소송 계속 중이던 2009. 6. 18.에 한 이 사건 감액처분은 이 사건 처분을 일부 취소하는 것으로 그 효력이 있다. 과세처분의 취소처분에 해당하는 이 사건 감액처분이 위법하다고 하더라도, 그 위법이 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하지 않는 한, 행정행위의 취소처분의 취소에 의하여 이미 효력을 상실한 과세처분의 효력을 유효하게 만들 수는 없다. 납세의무자에게 종전의 과세대상에 대한 납부의무를 지우려면 다시 법률에서 정한 부과절차에 따라 동일한 내용의 새로운 처분을 하는 수밖에 없다(대법원 1979. 5. 8. 77누61 판결 등 참조). 그러므로 피고가 원고로부터 세금 1,294,466,673원을 환급받은 것은, 그것이 설령 피고가 실제 환급받아야 할 돈보다 과다하게 지급된 것이라고 하더라도, 삼성세무서장의 이 사건 감액처분에 따른 것이다. 따라서 피고가 법률상 원인 없이 1,294,466,673원의 이익을 얻고 이로 인하여 원고에게 손해를 입혔다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.