3. 청구원인에 관한 판단
1. 관련 법령 이 사건과 관련된 법령은 별지 관련 법령 기재와 같다.
2. 관련 법리
- 가) 취득세 및 등록세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다. 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 관하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81257 판결 등 참조). 다만, 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다(대법원2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 등 참조).
- 나) 어떤 단체가 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 자본의 구성, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 실체를 가진다고 할 것이다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2007다63683 판결 등 참조).
- 나. 판단
1. 위 인정사실들을 종합하면, 이 사건 수양관은 조BB, 조BB의 아내 김GG, 박CC, 박CC의 아내 이HH으로만 구성되어 있고, 교회 또는 종교단체로서의 인적조직 및 예배나 선교를 위한 물적시설을 갖추지 못하였다고 할 것이나, 한편, 위 관련 법리에다가 앞서 인용한 각 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 갑 1 내지 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 수양관이 한 이 사건 취득세 및 등록세 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라거나, 위 신고행위의 하자가 명백하지는 아니하나 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하여 위 신고행위를 당연무효라고 볼 만한 특별한 사정이 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 취득세 및 등록세의 신고행위가 당연무효임을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
- 가) 이 사건 관련 소송에서 이 사건 수양관이 교회로서의 실체가 없어 이 사건 증여계약이 무효라는 취지의 제1심 판결이 선고되었으나, 이 사건 수양관은 국세기본법상 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 부동산등기법상 비법인사단으로서 부동산 등기용등록번호를 부여받은 점, 이 사건 관련 소송에서 원고도 이 사건 수양관의 당사자능력을 문제삼지 않은 것으로 보이고, 결국 이 사건 수양관을 당사자로 한 이 사건 조정결정이 확정됨으로써 원고와 이 사건 수양관 사이의 분쟁이 종결된 점, 이 사건 수양관의 정관의 내용 및 그 조직 등에 비추어 보면, 이 사건 취득세 및 등록세 신고 당시 이 사건 수양관이 비법인사단으로서의 실체가 명백히 부정된다고 단정할 수 없다.
- 나) 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수는 없는데(대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조), 앞서 본 법리에다 이 사건 관련 소송의 진행 경위, 이 사건 관련 소송에서의 제1심 판결과 이 사건 조정결정 내용 및 위 가)항에서 인정한 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 수양관이 자진하여 이 사건 취득세 및 등록세를 신고할 당시 과세관청인 피고들로서는 별도의 사실관계에 관한 조사 없이 이 사건 증여계약을 원인으로 이 사건 소유권이전등기를 마친 이 사건 수양관이 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖춘 비법인사단으로서의 실체가 없다는 사정을 알 수 없었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 취득세 및 등록세의 신고행위에 외관상 명백한 하자가 있다고 보기 어렵다.
- 다) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는바(대법원 1995. 1. 24. 선고 94누10627 판결 등 참조), 이 사건 소유권이전등기가 원인무효이고 이 사건 수양관이 이 사건 OO동 부동산의 소유권을 취득하지 못하였다고 하여 바로 이 사건 취득세의 신고행위가 당연무효로 된다고 할 수 없다.
- 라) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없는바(대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결 등 참조), 이 사건 소유권이전등기가 원인무효이고 이 사건 수양관이 이 사건 OO동 부동산의 소유권을 취득하지 못하였다고 하여 바로 이 사건 등록세 신고행위가 당연무효로 된다고 할 수 없다.
- 마) 증여계약으로 인하여 수증자가 일단 부동산을 적법하게 취득한 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 부동산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없는바(대법원 1998. 12. 8. 선고 98두14228 판결 등 참조), 원고와 조BB 등 사이에는 이 사건 조정결정에 따라 이 사건 FFF 부동산 및 이 사건 OO동 부동산에 관하여 조BB 등의 명의로 마쳐진 각 소유권이전등기를 말소하는 대신 원고가 이 사건 FFF 부동산에 관한 증여세, 취득세, 등록세, 재산세 등 제반 비용과 이 사건 OO동 부동산에 관한 증여세부과처분의 무효 또는 취소의 행정소송에 관한 일체의 소송비용을 부담하기로 하는 내용의 합의가 이루어졌다고 할 것이므로, 이 사건 FFF 부동산 및 이 사건 OO동 부동산에 관한 각 증여가 당사자들의 합의하에 해제된 것으로 해석할 여지도 있다.
- 바) 원고는 이 사건 OO동 부동산의 매매계약을 체결하는 과정에서 이 사건 OO동 부동산에 관한 과세관청의 압류처분을 해제하기 위하여 부득이 이 사건 취득세 및 등록세를 대신 납부하였다고 주장한다. 그러나 피고들이 이 사건 취득세 및 등록세의 체납을 원인으로 이 사건 OO동 부동산에 관하여 마친 이 사건 각 압류등기는 이 사건 OO동 부동산의 소유권이 원고에게로 회복됨에 따라 각 말소된 상태였으므로, 이 사건 각 압류처분이 이 사건 각 압류등기의 말소 후 체결된 위 매매계약의 장애가 되었다고 할 수 없고, 다만, 원고가 이 사건 OO동 부동산의 소유권을 회복한 후 마쳐진 OO구의 압류등기는 체납자인 이 사건 수양관이 아닌 제3자인 원고 소유의 재산에 관한 체납처분에 기한 것으로서 원인무효이며 OO구의 압류처분은 국세징수법상 즉시 해제되어야 할 것이나, 국세징수법 및 국세징수법 시행규칙상 체납자의 재산을 압류할 경우 체납내역이 기재된 압류통지서를 송달하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 착오로 OO구의 압류처분의 원인이 된 체납세액에 이 사건 취득세 및 등록세가 포함되었다고 생각하여 이 사건 취득세 및 등록세를 납부하였다고 하더라도, 피고들이 원고에게 원고의 채무도 아닌 이 사건 취득세 및 등록세가 납부되어야만 OO구의 압류처분이 해제될 것이라는 신뢰를 부여하였다고 인정할 만한 아무런 증거가 없다.
- 사) 이 사건 취득세 및 등록세는 신고·납부 방식의 조세이고, 이 사건 수양관은 이 사건 소유권보존등기를 마친 다음 자진하여 이 사건 취득세 및 등록세를 신고하였으며, 이 사건 수양관의 신고를 바탕으로 이 사건 취득세 및 등록세의 부과·고지가 이루어졌는바, 이 사건 수양관이 한 이 사건 취득세 및 등록세의 신고행위에 있어 과세관청인 피고들의 잘못된 행정지도가 있었다든가, 피고들이 이 사건 수양관에게 과세 대상이 된다고 통보하여 이 사건 수양관이 부득이 이 사건 취득세 및 등록세를 신고하 였다는 등의 특별한 사정도 발견되지 아니한다.
- 아) 원고는 정신상태가 온전하지 않은 상태에서 조BB, 김GG, 박CC, 이HH의 사기행각에 속은 피해자로서 이 사건 수양관의 존재로 인하여 어떠한 경제적 이익을 얻은 바도 없다는 등의 사정을 들어 원고의 권익구제를 위해 피고들이 이 사건 취득세 및 등록세 상당액을 반환하여야 한다는 취지로 주장하나, 원고가 근거로 들고 있는 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결은 부동산에 관하여 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건뿐만 아니라, 매매대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건도 갖추지 못한 사안에 관한 것으로서 이 사건 수양관의 명의로 마쳐진 이 사건 소유권이전등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖춘 이 사건에도 동일하게 적용하기에는 부적절할 뿐만 아니라, 위 판례에 의하면 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에만 지방세의 신고행위가 당연무효가 된다고 할 것인데, 이 사건의 경우 이 사건 수양관의 지방세를 대신 납부한 제3자인 원고가 아니라 납세의무자인 이 사건 수양관의 권익구제를 위하여 이 사건 취득세 및 등록세의 신고행위를 당연무효라고 보아야 할 특별한 사정에 관하여는 아무런 주장·입증이 없다(뿐만 아니라 구 지방세법이 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되면서 신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에도 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다는 지방세법 제72조 제1항 규정이 신설되어 지방세의 신고행위에 대하여도 이의신청 및 심사청구, 행정소송을 할 수 있는 등 법적 구제 수단이 마련되었다).
2. 설사 이 사건 취득세 및 등록세의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효라고 하더라도, 지방세기본법 제70조 제3항 은 ‘납세자를 위하여 지방자치단체의 징수금을 납부한 제3자는 지방자치단체에 대하여 그 반환을 청구할 수 없다’라고 규정하고 있으므로, 원고는 피고 서울특별시에게 이 사건 수양관을 대신하여 납부한 이 사건 취득세 및 등록세(국세인 이 사건 농어촌특별세는 제외) 상당액의 반환을 청구할 수 없다고 할 것이다.