토지관련 매입세액 불공제 규정이 위헌조항으로 이에 근거한 처분이 당연무효인지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고는 원고에게 금 1,638,895,882원 및 이에 대한 2002. 7. 26.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음달부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

• 가. 원고는 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리에서 골프장영업을 하는 자인바, 2000.경 ○○건설 주식회사 등과 사이에 골프장조성공사계약을 체결하고 공사비로 총 금 35,484,657,092원을 지급하면서 금 2,178,020,459원의 부가가치세 매입세액을 부담하였다.
• 나. 원고는 2000년도 제2기부터 2002년도 제2기까지 부가가치세 신고를 하면서 위 골프장 토지조성공사비를 지급하면서 부담한 위 부가가치세 매입세액 중 금 1,638,895,882원을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 의 부가가치세 매입세액이 불공제되는 “토지관련 매입세액”으로 보아 매출세액에서 불공제하는 방법으로 부가가치세를 신고, 납부하였다(이하 ‘이 사건 처분‘이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는, 원고가 지출한 골프장 토지조성공사비는 부가가치세 과세사업인 골프장 사업을 영위할 목적으로 지출된 것이므로 그 관련 매입세액은 매출세액에서 전부 공제하는 것이 타당함에도 불구하고, 이 사건 처분의 근거가 되는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위한 토지관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 규정하고 있는바, 이는 평등의 원칙, 재산권 보장, 조세법률주의에 위배되는 위헌조항으로서 무효이므로 위 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 당연무효라고 주장하면서 피고를 상대로 위 불공제한 토지관련 매입세액 금 1,638,895,882원을 부당이득으로서 반환할 것을 구한다.
• 나. 관련 규정 부가가치세법

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 판단

(1) 부가가치세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다.(대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 등 참조).

(2) 행정청이 헌법에 위배하여 무효인 법률을 적용하여 한 행정처분이 당연무효로 되려면 그 규정이 행정처분의 중요한 부분에 관한 것이어서 결과적으로 그에 따른 행정처분의 중요한 부분에 하자가 있는 것으로 귀착되고, 또한 그 규정의 위헌성이 객관적으로 명백하여 그에 따른 행정처분의 하자가 있는 것으로 귀착되고, 또한 그 규정의 위헌성이 객관적으로 명백하여 그에 따른 행정처분의 하자가 객관적으로 명백한 것으로 귀착되어야 하는바, 일반적으로 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소의 위헌결정이 선고되지 아니한 상태에서는 그 위헌 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 명백하였다고 인정되지 아니하는 이상 객관적으로 명백한 것이라 할 수 없다고 할 것이다(대법원 2001. 3. 23. 선고 98두5583 판결, 2007. 6. 14. 선고 2004두619 판결 등 참조).

(3) 따라서 설사 이 사건 조항이 헌법에 위배하여 이에 근거한 이 사건 처분에 중대한 하자가 있다 하더라도, 현재까지 이 사건 조항이 위헌이라고 하여 무효라는 헌법재판소의 결정이 선고된 바 없고, 대법원이 이 사건 조항이 유효함을 전제로 매입세액의 불공제를 인정한 바 있으므로(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 참조), 이 사건 조항의 위헌 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 객관적으로 명백하다고 볼 수 없으므로, 피고의 이 사건 처분에 객관적으로 명백한 하자가 있었다고 할 수 없고 따라서 이 사건 처분이 당연무효라고 할 수 없다.

그렇다면, 이 사건 처분의 당연무효를 전제로 부당이득의 반환을 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.