토지관련 매입세액을 불공제하는 것이 정당한지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고는 원고에게 40,534,230원 및 이에 대하여 2002. 7. 26.부터 소장 송달일까지는 연5%, 그 다음날부터 다 갚은 날까지는 연20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

1. 기초사실(다툼 없음) 원고는 ΟΟ시 ΟΟ면 ΟΟ리 산 ΟΟΟ에서 골프장사업을 영위하는 법인인데, 2003. 1. 25. 2002년 2기 부가가치세 확정신고 당시 원고가 소외 주식회사 ΟΟΟΟΟΟΟΟ에 지급한 설계 및 감리 용역비 405,000,000원에 대한 세액 40,500,000원 및 법무사 허ΟΟ에게 지급한 등기 등 수수료 342,300원에 대한 세액 34,230원을 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다(이하, 이 사건 신고라 한다).

원고는, 피고가 위 부가가치세 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정 토지관련 매입세액으로 보아 불공제처분을 하였으나 이는 다음과 같은 사유로 무효이므로 피고는 원고에게 40,534,230원(40,500,000원+34,230원)을 부당이득으로서 반환하여야 한다고 주장한다. (다만 부가가치세와 같은 신고납부 방식의 조세에 있어서 피고의 신고납부세액 수령행위를 행정처분으로 볼 수 없고, 원고가 위 신고세액에 대한 피고의 경정거부처분이 있었는지 여부를 구체적으로 밝히고 있지 않으므로 위 신고행위의 무효를 주장하는 것으로 본다)

• 가. 주위적 주장 및 판단 원고는, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단 대통령령이 전하는 토지관련 매입세액‘ 및 같은 법 시행령 제60조 제6항은 부가가치세를 면제하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(면세사업)을 위한 토지관련 매입세액에 한하여 매출세액에서 불공제하는 것으로 해석해야 하므로 과세사업인 골프장 사업을 위한 토지관련 매입세액을 불공제 하는 것은 무효라고 주장한다. 살피건대, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 ‘법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’으로 정하고 있는바, 그 문언 및 규정 형식상 위 각 조항이 면세사업을 위한 토지관련 매입세액의 경우에 한하여 적용된다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 주장은 이유가 없다.
• 나. 예비적 주장 및 판단 원고는, 위 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 를 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위한 토지관련 매입세액도 매출세액에서 불공제하는 것으로 보더라도 이는 평등의 원칙, 재산권 보장, 조세법률주의에 위반한 위헌조항으로서 무효이므로 이에 근거한 원고의 신고도 무효라고 주장한다. 살피건대, 위헌 ‧ 무효인 법률이나 시행령의 규정을 적용한 하자 있는 행정처분이 당연무효로 되려면 그 규정이 행정처분의 중요한 부분에 관한 것이어서 결과적으로 그에 따른 행정처분의 중요한 부분에 하자가 있는 것으로 귀착되고 또한 그 규정의 위헌성, 위법성이 객관적으로 명백하여 그에 따른 행정처분의 하자가 객관적으로 명백한 것으로 귀착되어야 할 것인바, 이 사건과 같이 토지에 관련된 자본적 지출에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제할 것인지 여부는 이를 부가가치세 납부단계에서 회수할 수 있거나 또는 당해 토지의 양도단계에서 취득가액에 산입되어 회수할 수 있거나 하는 문제로서 이에 관한 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 의 개정연혁, 각 대법원 판결(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 판결, 대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결, 대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결 등)을 감안할 때 원칙적으로 입법재량의 영역에 속하는 것으로 보이는 점, 위 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항이 위헌이라는 취지의 헌법재판소의 결정이나 위법하여 무효라는 대법원의 판결이 선고되지 아니한 점, 원고가 2003년 1기부터 2006년 1기분까지의 부가가치세를 신고하여 불공제한 토지관련 매입세액을 환급청구하였으나 피고가 이를 거부하자 위 조항이 위헌 ‧ 무효임을 전제를 피고의 위 경정거부처분을 취소하여 달라는 취지의 소를 제기하였지만 기각된 점(ΟΟ지방법원 2006구합2747) 등을 종합하면, 위 조항의 위헌 여부가 해석상 다툼의 여지가 없을 정도로 객관적으로 명백하다고 볼 수 없으므로 원고의 신고 역시 하자가 명백하여 당연무효로 볼 수 없다. 원고의 예비적 주장도 이유 없다.

따라서 원고이 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.