2. 판 단
1. 이 사건 사업장은 김BB이 원고의 명의를 도용하여 사업자등록을 한 것으로서, 이러한 사정은 수사기관이나 국민권익위원회의 각 조사결과에 의하여 확인되는 점, 김BB도 과세자료가 발생할 수 있는 사업을 한 사실이 없는 점, 동대문세무서에서 이 사건 부과처분을 정정하겠다고 하여 일종의 직권취소에 대한 확약 또는 견해표명이 있었기 때문에 이 사건 부과처분에 대한 제소기간을 놓친 점, 또 이 사건 사업장과 관련한 종합소득세를 취소하였음에도 이 사건 부과처분은 취소하지 않은 것은 신뢰보호의 원칙에 반하는 점 등을 고려할 때, 이 사건 부과처분은 하자가 중대하고 명백하여 무효이다. 따라서 이 사건 부과처분에 기한 납부세액은 법률상 원인이 없는 것이므로 부당이득에 해당한다.
2. 피고가 국민권익위원회의 권고에 따라 사업자를 김BB으로 정정등록하고 종합소득세 경정 처분을 할 때 피고는 이미 이 사건 부과처분을 직권으로 취소하고, 원고가 납부한 부가가치세를 부당하게 김BB에 대한 부가가치세에 충당하였다. 따라서 피고는 원고가 납부한 부가가치세를 반환하여야 한다.
3. 설사 피고가 이 사건 처분을 직권취소하여 김BB에 대한 부가가치세에 원고가 납부한 부가가치세를 충당한 것이 아니라고 하더라도, 국민권익위원회의 합의권고에 따라 사업자명의를 김BB으로 변경하면서도 이 사건 부과처분을 취소하여 부가가치세를 환급하지는 아니하고, 오히려 종합소득세를 산출할 때에는 이 사건 사업장을 제외시켜 6,668,413원을 추가 과세한 것은 명백하게 신의칙에 반하는 것으로서 부당하다. 따라서 피고는 원고에게 원고가 추가 납부한 종합소득세 6,683,413원을 반환하여야 한다(이는 원고가 납부한 부가가치세 42,131,660원에 대한 반환 청구가 받아들여지지 않을 경우의 예비적 청구라고 할 것이다).
- 나. 이 사건 부과처분이 당연무효라는 주장에 대한 판단 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한 것인지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다고 할것이고(대법원 1995. 7. 11. 선고 94누4615 전원합의체 판결 등 참조), 과세 대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고 명백하다 할 것이나, 과세 대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세 대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같은 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없는 것이다(대법원 1997. 5. 9. 선고 95다46772 판결, 2000. 6. 9. 선고 2000다8649 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 위 기초사실에서 본 바에 따르면 이 사건 사업장의 실제사업자는 원고가 아닌 김BB이라고 할 것이어서, 이 사건 사업장과 관련하여 원고에게 부가가치세를 부과한 이 사건 부과처분에는 중대한 하자가 있다고 할 것이지만, 다른 한편 위 기초사실과 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 임대차계약서는 사업자등록을 위한 필수 서류인데, 원고가 직접 자신을 임차인으로 하여 이 사건 사업장에 관한 임대차계약을 체결하였고, 또 김BB이 원고의 승낙 없이 사업자등록신청서를 위조하였는지 또는 원고의 허락을 받고 명의를 빌렸는지 여부를 떠나 위 임대차계약서를 이용하여 원고 명의로 사업자등록이 되었으므로, 피고로서는 이 사건 사업장의 실제 사업자가 원고라고 오인할 만한 객관적 사정이 있을 뿐만 아니라, 김BB이 원고의 명의를 도용하였다거나 명의를 차용하였다는 사정은 피고로서도 그 사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝힐 수 있는 사안인 점에 비추어 보면, 원고에 대한 이 사건 부과처분에 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 객관적으로 명백하다고는 할 수 없어 당연무효라고는 볼 수 없는 것이다. 원고는 김BB이 과세자료가 발생할 수 있는 사업을 한 사실이 없다거나, 동대문세무서에서 이 사건 처분을 정정하겠다고 함으로써 일종의 직권취소에 대한 확약 내지 견해표명을 하였다는 주장도 하나, 앞서 본 기초사실에 의하면 김BB은 이 사건 사업장을 실제 운영하면서 부가가치세 신고까지 한 것으로 보이고, 동대문세무서에서 직권취소의 확약 내지 견해표명을 하였다는 증거도 없다. 또 원고는, 피고가 이 사건 사업장과 관련한 종합소득세를 취소하였음에도 이 사건 부과처분을 취소하지 않은 것은 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이라는 점도 당연무효 사유의 하나로 주장하고 있으나, 부가가치세는 재화나 용역이 생산․제공․유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 유통단계마다 부과되어 종국적으로는 최종소비자가 그 부담을 지는 성격을 가진 조세인데, 재화나 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자로부터 징수(거래징수)하여 납부하는 방식이어서, 사실과 부합하는 세금계산서의 교부․수취가 엄격하게 요구되며, 사업자는 각각의 사업장마다 별개의 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고․납부하는 것이 원칙으로서, 개인의 소득(퇴직소득, 양도소득 제외)에 대하여 부과하는 조세인 종합소득세와는 성격이 다르고, 사후에 종합소득세 부분을 경정하였다는 사정이 이 사건 부과처분의 하자의 명백성을 좌우할 요소가 될 수도 없다. 따라서 이 사건 부과처분이 당연무효임을 전제로 한 원고의 주장은 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
- 다. 피고가 이미 이 사건 부과처분을 직권취소하였다는 주장에 대한 판단 피고가 국민권익위원회의 권고에 따라 이 사건 사업장의 사업자를 김BB으로 정정등록하고 종합소득세 경정 처분을 한 사실은 앞서 본바와 같고, 갑 제13호증(납세사실증명원)의 기재에 의하면 동대문세무서장 명의로 마치 김BB이 이 사건 부가가치세를 납부한 것 같은 내용의 증명원이 발급된 사실을 인정할 수 있으나, 동대문세무서장이 국민권익위원회에 보낸 회신에는 사업자 정정 및 종합소득세와 관련한 내용이 있을 뿐 이 사건 부과처분에 관하여는 아무런 언급이 없고, 종합소득세와 달리 부가가치세에 대하여 경정절차를 거쳤다고 볼 만한 자료도 없는 점, 갑 제13호증의 발급일과 같은 날인 2014. 10. 7.자로 발급된 갑 제12호증(원고에 대한 납세사실증명원)에 여전히 이 사건 부가가치세가 기재되어 있어, 갑 제12호증은 원고의 주민등록번호로 조회한 것이고 갑 제13호증은 ‘’의 사업자등록번호로 조회한 것인데 ‘’의 사업자가 김BB으로 정정등록되는 바람에 사업자 명의가 김BB으로 표시된 것일 뿐 원고에 대한 이 사건 부과처분을 취소하고 김BB의 부가가치세에 충당한 것은 아니라는 피고의 주장에 설득력이 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 들고 있는 사정만으로 피고가 이 사건 부과처분을 이미 직권으로 취소하였다고 인정하기 어렵고, 달리 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 부과처분을 이미 직권으로 취소하였음을 전제로 하는 원고의 주장 역시 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
- 라. 추가 과세한 종합소득세 상당액 반환 청구(예비적 청구)에 대한 판단 원고는 예비적으로, 피고가 이 사건 부과처분을 취소하여 부가가치세를 환급하지는 아니하는 반면, 종합소득세를 산출함에 있어서 이 사건 사업장에 대한 부분을 제외시켜 원고에게 2012년 귀속 종합소득세 6,668,413원을 추가 과세한 것은 명백하게 신의칙에 반하는 것으로서 부당하므로, 피고는 원고가 추가 납부한 위 종합소득세만큼은 반환하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 재화나 용역을 생산․제공․유통하는 단계에서 창출된 부가가치에 대하여 부과하는 조세인 부가가치세와 개인의 소득에 대하여 부과하는 조세인 소득세는 그 성격이 다르다는 점은 앞서 본 바와 같고, 종합소득세 6,668,413원이 추가 과세된 것은 당초 원고가 종합소득세를 신고하면서 이 사건 사업장과 관련한 수입금액보다 필요경비를 더 많은 것으로 신고하였던 상황에서, 피고가 국민권익위원회의 합의권고에 따라 이 사건 사업장과 관련한 종합소득세 과세자료를 실제 사업자인 김BB에게 파생하면서, 결과적으로 원고에 대한 종합소득세 산출과정에서 이 사건 사업장과 관련한 수입금액과 필요경비가 모두 제외된 결과로 보여서, 위 종합소득세 추가 과세처분 자체가 신의칙에 위반되는 행위라고는 보기 어려울 뿐 아니라, 설령 위 추가 과세처분이 신의칙에 위반된다고 하더라도 위 과세처분을 당연무효라고 할 정도로 하자가 중대하고 명백하다고는 볼 수 없으므로, 원고가 피고에 대하여 그 추가 과세처분의 취소를 구하지 않고 바로 그 반환을 청구할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 예비적 청구 역시 이유 없다.