종합부동산세 산출시 공제세액을 시행규칙 산식에 따라 계산한 것이 중대하고 명백한 하자로 당연 무효인지 여부

사 건 서울남부지방법원 2016가합101977 부당이득금 원 고 A 주식회사 피 고 대한민국 변 론 종 결

2016. 8. 23. 판 결 선 고

2016. 9. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 645,176,997원 및 이에 대하여 2016. 3. 12.부터 이 사건 소장 부본송달일까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 당사자 등의 지위 영등포세무서장은 원고에 대한 과세관청으로 아래에서 보는 바와 같이 2009년부터 2015년까지 원고에 대해 종합부동산세, 농어촌특별세 등의 부과처분을 한 피고 산하의 기관이고, 원고는 금융투자업을 영위하는 주식회사이다.
• 나. 영등포세무서장의 과세처분 및 원고의 납부 내역 영등포세무서장은 2009년부터 2015년까지 원고에 대하여 아래 표 각 ‘부과고지일’란 기재 일자에 각 ‘처분세액’란 기재 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)을 하였고, 원고는 각 ‘납부일’란 기재 일자에 위 각 ‘납부액’란 기재 세액을 납부하였다.
• 다. 각 처분세액의 산정방식 영등포세무서장은 이 사건 각 부과처분 당시 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세 처분세액을 산출하면서, 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표⑵ 중 작성방법]에 기재된 아래와 같은 방식(이하‘이 사건 시행규칙 산식’이라 한다)으로 공제대상이 되는 재산세액[구 종합부동산세법시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것, 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 시행령’이라 한다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항]을 산정하였다. 과세기준금액 초과분 공시가격(= 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율
• 라. 관계법령 별지 관계법령의 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

원고는, 이 사건 시행규칙 산식은 종합부동산세법 및 이 사건 시행령이 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 위 산식에 따라 재산세액 일부를 공제하지 않은 채 산출한 종합부동산세 부과처분 및 위 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세 부과처분은 모두 위법하며 그 하자가 중대․명백하여 당연무효이므로 피고는 원고가 기납부한 세액과 적정 세액의 차액을 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 주장함에 대하여, 피고는 이 사건 각 부과처분이 위법하기는 하나 당연무효는 아니므로 원고의 청구에 응할 수 없다고 주장한다.

• 가. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

1. 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 따라서 이 사건시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야하고 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다(대법원 2015. 6. 23.선고 2012두2986 판결 참조).

2. 한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 하므로 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수 없고, 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 할 것이다(대법원2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결 등 참조).

3. 그런데 이 사건 각 부과처분이 이 사건 시행령이 예정하고 있는 산식을 잘못 이해한 상태에서 규정된 이 사건 시행규칙 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 이루어졌음은 앞서 본 바와 같으므로 결국 이 사건 각 부과처분은 이 사건 시행령 산식을 잘못 적용한 위법이 있다.

• 나. 이 사건 각 부과처분의 당연무효 여부

1. 관련 법리 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것 이어야하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별할 때에는 당해 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 않아 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 했더라도 이는 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011다103809 판결 참조).

2. 이 사건 과세처분 당시의 산식 계산방법에 다툼의 여지가 없었는지 여부 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 보면 다음과 같은 사정들을 알 수 있다.

(1) 구 종합부동산세법(2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정되기 전의

• 것) 제8조, 제9조 제1항, 제2항, 제14조 제1항, 제2항, 제4항, 제5항은 과세표준을 ‘공시가격 - 과세기준금액’으로 산정하고, 세액을 ‘과세표준 × 종합부동산세 세율 × 연도별적용비율’의 산식에 의하여 산정하도록 규정하였다. 또한 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 ‘주택분 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택분 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 의하여 산정하도록 규정하였다. 한편, 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호) 제187조, 부칙 제5조는 재산세의 과세표준을 ‘시가표준액 × 연도별 적용비율’의 산식에 의하여 산정하도록 규정하였다.

(2) 그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 이 사건 시행령 산식, 즉 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 의하도록 변경되었다. 연도별 적용비율 제도를 폐지하면서 이 사건 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항이 정한 ‘주택분 등 과세표준에 대하여 주택분 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’ 부분의 해석과 관련하여, ‘연도별 적용비율’을 대신하여 ‘재산세 공정시장가액비율’이 세액 조정기제로 적용될 수 있는지, ‘종합부동산세 공정시장가액비율’이 ‘재산세 공정시장가액비율’보다 큰 경우 ‘종합부동산세 공정시장가액비율’의 적용만으로 중복 부과 재산세액을 적절히 산출할 수 있는지에 관하여 다수의 행정소송이 제기되었고, 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결에서 처음으로 관련 법리가 정립되었다.

(3) 이 사건 각 부과처분은 2009. 11. 16.부터 위 2015. 11. 16.까지 각 부과고지 방식으로 이루어졌는데, 원고는 이 사건 각 부과처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 심사청구, 이의신청, 심판청구 등 불복절차를 밟지 않다가 각 처분이 있음을 안 날로부터 길게는 5년이 지난 후 이 사건 소송을 제기하였다.

(4) 위에서 본 관계 법령의 변경 과정, 이 사건 과세처분의 경위, 관련 과세처분의 내용과 당사자들의 태도, 이 사건 과세처분과 관련한 행정소송의 경위 등을 종합하여 볼 때 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 각 과세처분 당시 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 산출하는 데 있어 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’을 적용할수 없고 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중적은 비율 × 재산세율’을 적용하여야 한다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의여지가 없음에도 영등포세무서장이 전자에 따라 공제세액을 계산하여 처분을 하였다고인정하기에는 부족하다.

3. 이 사건 각 부과처분이 무효인 시행규칙을 근거로 한 처분인지 원고는 이 사건 각 부과처분이 상위 법령의 위임 또는 근거가 없어 무효인 이 사건 시행규칙에 근거하였음을 전제로 그 하자가 중대․명백하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 법리 및 사실관계에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, ① 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없는점, ② 이 사건 시행규칙 산식 역시 납세의무자의 신고․납부의무이행 상의 편의를 제공하기 위하여 ‘신고서식의 작성방법’에 제시된 것일 뿐 대외적인 구속력을 부여할 목적은 없는 것으로 보이는 점, ③ 또한 이 사건 시행규칙 산식은 독자적인 규범으로 만들어진 것이 아니라 이 사건 시행령 상의 재산세액 산정 방식에 관한 규정을 해석하는 과정에서 도출된 것인 점, ④ 한편 이 사건 시행령의 규정에서 곧바로 공제될 재산세액을 산정하는 방식을 도출할 수 있는데, 앞서 본 바와 같이 과세관청이 이 과정에서 위 시행령을 잘못 해석․적용함으로써 공제세액이 축소된 이 사건 각 부과처분이 이루어지게 된 것인 점 등을 종합하여 보면, 결국 이 사건 각 부과처분은 종국적으로 이 사건 시행규칙 및 산식이 아니라 이 사건 시행령을 근거로 이루어진 것으로 봄이 상당하므로 이 사건 각 부과처분이 무효인 시행규칙을 근거로 하였음을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

• 다. 소결론 따라서 이 사건 각 부과처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효임을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.