사실과 다른 세금계산서인지 여부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

아래 인정 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 3, 4, 갑제3, 4, 5호증의 각 1, 2, 갑제6호증, 갑제10호증의 1, 2, 3, 갑제11호증의 1, 2, 3, 4, 을제1, 2호증의 각 기재와 증인 조ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증이 없다.

• 가. 원고회사는 1990. 8. 1. 원고회사 소유인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 3,772.90평방미터중 1,732.89평방미터와 그 지상 제8동 건물 7,557.44평방미터중 7,263.74평방미터(51개호실로 구분 등기된 것 중 40호실, 이하 이 사건 건물이라고 한다)의 임대사업을 위하여 피고에게 원고회사(당시 상호는 ㅇㅇ통운 주식회사) ㅇㅇ지점 명의로 사업자등록(등록번호 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇ)을 하고 부동산임대업을 운영하였으나 임대실적이 저조하자 1994. 12. 19. 이사회에서 위 부동산을 매각하고 부동산임대업을 폐업하기로 의결하고 같은달 27. 이 사건 부동산을 소외 ㅇㅇ토건 주식회사에 토지대금 1,290,000,000원, 건물대금 3,600,000,000원 등 합계 금4,890,000,000원에 매도하는 한편 건물 임차인들에 대한 임대차관계는 매수인인 위 ㅇㅇ토건 주식회사에서 인수하도록 하였으며, 이에 따라 같은달 29. 위 ㅇㅇ토건 주식회사 앞으로 이 사건 건물의 소유권이전등기를 경료하고 1995. 1. 25. 피고에게 원고회사 ㅇㅇ지점의 폐업신고를 하였다.
• 나. 그런데 원고회사는 이 사건 건물의 매각과 관련하여 매수인인 소외 ㅇㅇ토건 주식회사로부터 부가가치세 금360,000,000원을 징수하면서 원고회사 ㅇㅇ지점의 사업자등록번호가 아닌 원고회사 본점의 사업자등록번호(ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇ)를 기재한 세금계산서를 교부하였고, 부가가치세법상의 총괄납부승인을 받은 바가 없음에도 불구하고 1995. 1. 25. 부가가치세 신고를 함에 있어서도 이 사건 건물의 매각과 관련한 부가가치세를 본점 영업분에 포함시켜 본점 관할 ㅇㅇ세무서장에게 총괄신고를 하였다.
• 다. 이에 피고는 1996. 2. 1.자로 원고가 이 사건 건물 매각과 관련하여 발행한 부가가치세 세금계산서에 원고회사 ㅇㅇ지점 사업자등록번호가 아닌 본점 사업자등록번호를 기재한 것은 세금계산서의 기재가 사실과 다른 때에 해당한다고 하여 부가가치세법 제22조제2항제1호 에 의하여 공급가액의 100분의 2에 상당하는 가산세 금72,000,000원을, 부가가치세법상의 총괄납부승인도 받지 않은 채 사업장인 원고회사 ㅇㅇ지점 소재지가 아닌 본점소재지 관할 서무서장에게 이 사건 건물 양도와 관련한 부가가치세를 총괄 신고한 것은 적법한 부가가치세 신고가 아니라는 이유로 부가가치세법 제22조제4항제1호 에 의하여 납부할 세액의 100분의 10에 해당하는 가산세 금36,000,000원을 각 부과함으로써 합계 금108,000,000원의 부가가치세 가산세를 부과하는 처분(이하 이 사건 처분이라고 한다)을 하였다.

• 가. 관계법령 및 판단 (1). 부가가치세법[1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정(1995. 1. 1.부터 시행)되기 전의 것, 이하 법이라고 한다] 제4조는 "①.부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다. ②.사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다. ③.제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄납부하고자 하는 자는 대통령령에서 정하는 바에 의하여 정부에 신청하여 그 승인을 얻어야 한다. ④.제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있고, 법시행령 제4조제1항은 "법 제4조제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 게기하는 장소로 한다."라고 규정하고 있고, 그 제4호는 "부동산 임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지..(이하 생략)"라고 규정하고 있으며, 법 제5조제1항은 "신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다.(이하 생략)"라고 규정하고 있고, 법 제16조제1항은 "납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 2.공급받는 자의 등록번호, 3.공급가액과 부가가치세액, 4.작성년월일, 5.제1호 내지 4호 이외의 대통령령이 정하는 사항(법시행령 제53조 소정의 사항)"라고 규정하고 있고, 법제19조제1항은 "사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일 내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다."라고 규정하고 있고, 같은 조제2항은 "사업자는 제1항의 규정에 의한 신고와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부하여야 한다."라고 규정하고 있으며, 법 제22조제2항은 "사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다."라고 규정하고 있고, 그 제1호는 "제16조제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때, 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다를 때"라고 규정하고 있으며, 위 법규정 해석과 관련한 기본통칙 6-2-5...22(총괄납부 사업자의 세금계산서 기재불성실 가산세)는 "총괄납부사업자의 종된 사업장이 재화를 공급하고 주사업장 명의로 세금계산서를 교부한 경우에는 법 제22조제2항제1호 규정에 의한 가산세(1994. 12. 27. 당시에는 법 제22조제2항제2호 규정에 의한 가산세로 규정되어 있었으나 법 제22조제2항제2호가 1993. 12. 31. 법 개정으로 삭제되었기 때문에 1995. 9. 1. 위 기본통칙을 변경하였다)를 적용한다"라고 규정하고 있고, 법 제22조제4항은 "사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그 중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고, 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 이를 적용한다."라고 규정하고 있고, 그 제1호는 "법 제18조(예정신고와 납부) 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조(확정신고와 납부) 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과할 때"라고 규정하고 있으며, 위 법규정의 해석과 관련한 기본통칙 6-2-7...22(승인을 받지 아니하고 총괄납부한 사업자의 신고납부 불성실가산세)는 "총괄납부 승인을 받지 아니한 2이상의 사업장이 있는 사업자가 예정 또는 확정신고를 함에 있어 각 사업장별로 납부하지 아니하고 한 사업장분에 대하여는 법 제22조제5항제2호의 규정에 의한 가산세를 적용한다"라고 규정하고 있다. (2). 그런데, 위에서 인정한 바와 같이 원고는 피고에게 원고회사 ㅇㅇ지점 명의로 부동산임대업 사업자등록을 하고 이 사건 건물을 임대목적물로 하여 부동산 임대업을 영위하다가 그 임대목적물인 이 사건 건물을 매각하였던 것이므로 이와 관련하여 매수인에게 교부하는 세금계산서에는 당연히 원고회사 ㅇㅇ지점의 사업자등록번호와 상호를 기재하여야 할 것인데도 본점의 사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 발행하였던 것이므로 이는 세금계산서의 기재 내용의 일부가 사실과 다른 경우에 해당하여 법 제22조제2항 소정의 가산세 부과대상이 된다고 하지 않을 수 없다. 또한 원고는 그 부가가치세 신고를 함에 있어서도 위 지점을 관할하는 피고에게 하지 아니하고 본점 관할 세무서장에게 하였던 바, 위 부가가치세법 규정에 의하면 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하고, 부가가치세의 예정신고와 확정신고도 각 사업장 관할 세무서장에게 하여야 하는 것이므로(법 시행령 제64조, 제65조) 원고회사가 본점과 별도로 사업자등록을 한 원고회사 ㅇㅇ지점의 부동산 매각과 관련하여 본점 소재지 관할 세무서장에게 부가가치세 신고를 한 것은 적법한 신고라고 할 수 없으므로(대법원 1984. 7. 24.선고 84누272 판결, 1989. 6. 27.선고 88누9497 판결 등 참조) 이는 법 제22조제5항제2호 소정의 가산세 부과 대상이 된다고 할 것이다.
• 나. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다. 첫째, 피고가 이 사건 과세의 근거로 한 부가치세법기본통칙 6-2-5...22호와 같은 통칙 6-2-7...22는 조세법률주의를 규정한 헌법에 위반하여 부가가치세법의 위임도 없이 규정된 것으로서 무효인 것이므로 이에 근거한 이 사건 과세처분은 위법하고, 가사 위 기본통칙이 유효한 것이라고 하더라도 기본통칙 6-2-5...22호는 총괄납부승인을 받은자가 종된 사업장이 재화를 공급하고서도 주된 사업장 명의로 세금계산서를 발행한 경우 세금계산서 미교부 가산세를 부과한다는 것이고, 기본통칙 6-2-7...22는 2개 이상의 사업장을 가진 사업자가 총괄납부승인을 받지 않은 상태에서 각 사업장 별로 납부하지 아니하고 한 사업장에 일괄납부한 경우 납부불성실 가산세를 부과한다는 것으로서 이는 2개이상의 사업장이 존속함을 전제로 하는 것인데 원고는 총괄납부승인을 받지 아니하였고, 또한 이 사건 건물의 처분 당시 이미 원고회사 ㅇㅇ지점의 사업장을 실질적으로 폐업하여 2개 이상의 사업장이 없는 상태였으므로 위 기본통칙들은 모두 원고에게 적용될 수 없는 것이고, 뿐만 아니라 이 사건 건물의 매도 당시 시행되던 위 기본통칙 6-2-5...22의 규정에서 과세처분의 근거로 하고 있는 부가가치세법(1994. 12. 22. 법률 제4808호로 개정되기 전의 것) 제22조제2항제2호는 당시 이미 삭제되어 위 통칙의 과세근거가 상실되었으므로 위 통칙에 근거한 이 사건 처분은 위법하다. 둘째, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정제재로서 그와 같은 제재는 납세자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있거나 그 의무 해태를 정당시 할 수 있는 사정이 있는 경우에는 부과할 수 없는 것이고, 원고는 1994. 12. 27. 이 사건 건물을 매각함으로써 사실상 원고회사 ㅇㅇ지점의 사업장을 폐업하였고, 폐업일 이후에는 위 지점 명의의 세금계산서를 발행할 수 없었기 때문에 부득히 본점 명의로 세금계산서를 발행하였던 것이므로 이는 그 의무 해태를 정당화 할 수 있는 사정이라고 할 것이고, 따라서 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 다. 원고의 주장에 대한 판단 (1). 살피건대, 국세청의 기본통칙은 과세관청의 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닌 것이므로(대법원 1994. 12. 22.선고 94누11347 판결참조) 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 위 기본통칙을 원용하였다고 하더라도 이는 원고가 이 사건 건물의 매각과 관련하여 지점의 사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 발행하여야 함에도 불구하고 본점의 사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 발행하였고, 지점소재지 관할 세무서장에게 부가가치세 신고 및 납부를 하여야 함에도 불구하고 본점 소재지 관할 세무서장에게 부가가치세 신고 및 납부를 한 것이 법 제22조제2항제1호 소정의 세금계산서 불성실기재 가산세 및 법제22조제4항 소정의 신고 불성실 가산세 부과 대상이 되는 것으로 해석하라는 위 통칙의 규정에 따라 위 법규정을 적용한 것일 뿐 피고가 위 기본통칙에 근거하여 이 사건 과세처분을 한 것은 아니라고 할 것이다. 그리고 이 사건 건물의 처분 당시에는 위 기본통칙 6-2-5...22의 규정이 이미 삭제된 부가가치세법 제22조제2항제2호 규정을 인용하고 있었던 것은 원고의 주장과 같지만 기본통칙이 법규의 해석 기준일 뿐 법규가 아닌 이상 기본통칙이 인용하고 있는 과세근거 세법 조항이 삭제되었다고 하여 과세근거가 상실된다 고 할 수는 없을 뿐만 아니라, 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 과세처분시에는 부가가치세법 제22조제2항제1호 에 의하여 가산세를 부과하는 것으로 위 기본통칙이 개정되었고 피고는 개정된 위 기본통칙을 참작하여 이 사건 과세처분을 하였는데, 과세처분이 납세의무 성립당시의 조세법규에 근거하는 이상 그 해석과 관련하여 그 이후에 개정 또는 제정된 기본통칙 규정을 참작하였다고 하더라도 그것이 조세관행존중의 원칙에 위배되지 않는 한 잘못이라고 할 수는 없는 것이고(대법원 1992. 9. 8.선고 91누13670 판결 참조), 따라서 피고가 위 기본통칙을 참작하여 이 사건 과세처분을 한 것을 무슨 잘못이라고 할 수도 없다. 또한 가사 원고의 주장과 같이 위 기본통칙들이 총괄납부승인을 받지 않았거나, 지점 사업장을 가지고 있다가 그 지점의 사업장을 실질적으로 폐업한 경우에는 적용될 수 없는 규정으로서 피고가 적용할 수 없는 기본통칙을 적용하여 이 사건 부과처분을 하였다고 하더라도 이 사건 가산세 부과처분의 위법 여부는 원고에 대하여 그 가산세를 부과할 수 있는 부가가치세법상의 근거가 있는지의 여부에 의할 것이지 위 기본통칙을 적용할 수 있는지의 여부에 좌우될 것은 아니라고 할 것이다. (2). 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정제재로서 그와 같은 제재는 납세자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있거나 그 의무 해태를 정당시 할 수 있는 사정이 있는 경우에는 부과할 수 없음은 원고의 주장과 같다고 할 것이지만(대법원 1996. 10. 11. 선고 95누17274 판결 참조), 위에서 본 바와 같이 원고는 부동산 임대업을 폐업하고 이 사건 건물을 매각한 것이 아니라 이 사건 건물을 소외 ㅇㅇ토건 주식회사에 매각하고 종전의 임대차관계를 그 매수인에게 인수하도록 함으로써 부동산임대업을 폐업하고 1995. 1. 25. 그 폐업신고를 하였던 것이므로, 원고가 폐업신고를 한 1995. 1. 25.까지는(가사 원고의 주장대로 그 이전에 사실상 폐업하였다고 하더라도) 원고회사 ㅇㅇ지점 명의의 세금계산서를 발행하거나 그 명의로 부가가치세 신고를 함에 있어 무슨 장애사유가 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 이를 가리켜 원고에게 부가가치세법상의 의무이행 해태를 정당화 할 수 있는 사정이 있었다고 할 수 없다고 할 것이다.

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.