양도차익예정신고시 과소납부된 세액에 상응하는 신고납부공제를 배제한 처분의 당부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제2·3호증의 각 1·2, 갑제4·5·6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

• 가. 원고가 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 산 101의 35 임야 3,016.05제곱미터(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 1967. 8. 8. 취득하여 1992. 12. 26. 주택건설등록업체에 국민주택 건설용지로 양도하고(원고는 소장에서 양도일을 1993. 1. 29.이라고 주장하나 착오로 보인다), 1993. 1. 29. 피고에게 자산양도차익예정신고를 함에 있어 구 조세감면규제법(이하 "조감법"이라 한다) 제62조제1항(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되고 1993. 12. 31. 법률 제4666호호 개정되기 전의 것)에 의하여 양도소득세 산출세액 1,304,328,418원의 50퍼센트인 652,164,209원을 공제하고 다시 위 산출세액의 10퍼센트에 상당하는 130,432,841원을 자산양도차익예정신고납부세액공제(이하 "신고납부공제"라 한다)로서 공제한 나머지 521,731,368원을 양도소득세로 자진납부하였다.
• 나. 그 후 원고는 조감법 제88조의 2가 같은 법 제62조에 의한 감면세액이 300,000,000원을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 감면하지 아니한다고 규정하고 있어서 결국 위 예정신고는 감면세액이 과다계상되었던 사실을 알게 되어, 1993. 5. 31. 위 조감법에 의한 감면세액을 300,000,000원으로 정정하여 다시 계산한 양도소득세액에서 기납부액을 공제한 나머지 352,164,209원에 대한 양도소득세확정신고를 하고 이를 자진납부하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는, 1994. 12. 원고는 위 확정신고 내용대로 양도소득세 과세결정을 하였다가, 다시 1995. 5. 1. 위 예정신고시 과소납부한 세액분에 대하여는 신고납부공제가 배제되는 것으로 보고, 예정신고 납부한 세액분에 상응한 양도소득금액은 1,332,174,366원{= 과세표준 2,231,380,698×(예정신고 자진납부세액 521,731,368원÷예정신고납부를 하였어야 할 정당한 세액 873,895,577원)}, 그 양도소득금액에 상응한 산출세액은 764,804,619원{= 265,500,000원＋(양도소득금액 1,332,174,366원-500,000,000원)×60퍼센트. 당시의 소득세법 제70조제3항제1호 에 의하여 세율을 "265,500,000원＋5억원을 초과하는 금액의 100분의 60"으로 적용}이 되므로, 그 10퍼센트에 상응하는 76,480,461원만이 정당한 신고납부공제액이 된다고 하여, 이를 기준으로 산출한 세액 합계 933,243,196원에서 기납부세액 873,895,560원을 공제한 나머지 59,347,636원을 원고에게 추가로 부과·고지하였다(이하 위 추가 과세처분을 "이 사건 처분"이라 한다).

• 가. 당사자의 주장 피고는, 구 소득세법 시행규칙 제72조제1항 이 양도차익예정신고기간 동안에 발생한 양도차익에 대한 산출세액에서 신고납부공제를 한 세액 전액을 자진신고납부하지 아니하면 신고납부공제를 받을 수 없는 것으로 규정하고 있는 점에 비추어, 원고가 이 사건 양도차익예정신고를 함에 있어 정당한 세액의 일부만을 납부한 이상 그 과소납부된 세액분에 상응하는 산출세액에 대하여 신고납부공제를 배제하고 한 이 사건 처분은 정당한 것이라고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 신고납부공제는 산출세액의 10퍼센트를 하도록 법률에 규정되어 있으므로 이 사건 토지의 양도로 인한 소득에 대한 산출세액의 10퍼센트는 모두 신고납부공제되어야 하는 것이므로 이 사건 처분은 위법한 것이라고 주장한다.
• 나. 관련 법령의 규정 구 소득세법 제98조제1항 (1992. 12. 8. 법률 제4520호로 개정되기 전의 것)은 "자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다"고 규정하고, 같은 법 시행규칙(1993. 3. 2. 재무부령 1913호로 개정되기 전의 것) 제72조제1항은 "법 제98조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고 신고납부공제는 그 신고하는 금액에 대한 산출세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액자진신고납부하는 경우에 한 한다"고 규정하고 있다.
• 다. 판단 먼저 위 시행규칙 규정의 유효 여부에 관하여 살피건대, 법률은 자산양도차익 예정신고를 하고 자진납부를 하면 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 세액에서 공제해 준다고만 규정하고 있을 뿐이고, 자진신고하는 세액 전액 또는 정당한 양도소득세액 전액을 납부한 경우에 한하여 신고납부공제를 한다는 제한규정을 두거나, 신고납부공제를 적용하는 범위를 하위법령에 의하여 제한할 수 있도록 위임하는 규정을 전혀 두고 있지 아니한다. 그럼에도 불구하고 위 시행규칙이 산출세액에서 신고납부공제를 한 금액을 "전액" 자진신고납부하는 경우에 한하여 신고납부공제를 하고, "일부" 금액만을 납부한 경우에는 신고납부공제가 인정되지 않는 것으로 규정한 것은 법률의 정당한 위임 없이 법률에서 인정하고 있는 납세자의 권리를 부당하게 제한하는 것이므로 이는 그 범위에서 효력이 없는 무효의 규정이라 할 것이다. 따라서, 원고가 비록 조감법에 의한 감면세액 한도를 잘못 적용하여 결과적으로 이 사건 예정신고시 납부하여야 할 정당한 세액 중 일부만을 자진신고납부한 결과가 되었더라도, 그에 대한 양도소득세 과세처분을 함에 있어서는 구 소득세법 제98조 제1항 을 적용하여 자진신고납부한 세액분에 상응한 신고납부공제를 해 주어야 할 것인바, 신고납부공제제도의 취지는 납세자의 성실신고 및 자진납부를 유도하고 세액 선납에 대한 이자를 할인해 주는 성격을 가지는 것이므로, 정당한 세액의 일부만을 자진신고납부한 경우의 신고납부공제는 정당한 산출세액 전액 중 납세자가 자진신고납부하는 세액에 상응하는 산출세액 만큼에 대한 10퍼센트만을 인정해 주는 것이 합당하다 할 것이다. 그렇게 해석하지 아니하면, 이 사건 원고와 같이 예정신고를 하면서 산출세액은 제대로 신고하였으나 조감법 등에 의한 감면세액을 과대계상하여 결과적으로 정당한 결정세액보다 적은 금액만을 자진납부한 경우에도 신고납부공제는 산출세액 전액을 기준으로 계산한 금액을 공제받은 수 있게 될 것이지만, 이는 위에서 본 신고납부공제제도의 취지에 반하는 것이고, 또한 경우를 달리하여 납세자가 예정신고를 하면서 양도차익 자체를 과소평가하여 신고한 경우에도 신고납부공제액은 신고된 산출세액을 기준으로 할 것이 아니라 자진 신고납부세액에 상응하는 정당한 산출세액을 기준으로 계산하여 적용하는 것이 합리적이라 할 것이다. 그러므로, 위 구 소득세법 제98조제1항 에서 규정한 "그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다"는 부분은 "자산양도차익에 대한 정당한 산출세액에서 자진신고납부한 세액에 상응하는 정당한 산출세액의 100의 10에 상당하는 금액을 공제한다"는 취지로 새김이 상당하다 할 것이고, 이 때 "자진신고납부한 세액에 상응하는 정당한 산출세액"은 예정신고 납부 세액분에 상응한 과세표준을 기준으로 계산한 산출세액을 의미한다 할 것이다. 요컨대, 예정신고납부할 세액 중 일부만이 자진신고납부된 경우의 신고납부공제는, 이 사건 처분을 함에 있어 피고가 산출한 방식대로, "정당한 과세표준 총액×(예정신고 자진납부세액÷정당한 예정신고납부세액)"의 산식에 의하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 그 금액에 상응한 세율을 적용해서 산출세액을 계산하고 그 산출세액의 10퍼센트만을 인정해 줌이 상당하다 할 것이다(1992. 12. 8. 개정되어 1993. 1. 2.부터 시행된 구 소득세법 제98조제1항 은 개정전의 조항이 "그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다"로 되어 있던 것을 "그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당한는 금액을 공제한다"로 개정하였는바, 이는 조감법 등에 의한 별도의 세액감면이 있는 경우의 신고납부공제액을 계산함에 있어 감면세액 공제 전의 산출세액 전액을 기준으로 한 10퍼센트 금액으로 할 것인지를 달리 정한 것인바, 이 사건 토지는 그 양도시기가 위 개정조항의 시행시기 이전이므로 조감법에 의한 감면세액 공제전의 산출세액을 기준으로 신고납부공제액을 산출하는 방식을 적용한다). 결국, 이 사건 처분은 위에서 인정한 바와 같은 산출방식에 따라 신고납부공제액을 계산하여 양도소득세액을 산출하고 미납된 세액 만큼을 추가로 부과한 것이므로 정당하다 할 것이고, 달리 이 사건 처분에 어떤 위법사유가 있음을 찾아 볼 수 없다.

그렇다면, 이 사건 처분은 적법한 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.