1. 이 사건 처분의 경위
다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증(을제4호증과 같다), 갑제2호증의1,2(을제5호증의1,2와 같다), 을제1,2호증의각1내지12, 을제3호증의1내지3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 반증이 없다.
- 가. 원고는 주로 금융보험업을 영위하는 법인으로서 1990. 2. 1.을 기준일로 하여 자산재평가를 실시한 결과 발생한 금292,657,845,186원의 재평가적립금중 금87,600,000,000원은 자본전입하여 무상주를 발행하였고, 금117,300,000,000원은 보험업법 제97조제3항 에 의하여 재무부장관(정부조직법의 개정으로 재정경제원장관으로 변경되었다, 이하 재무부장관이라 한다)의 허가를 받아 계약자 지분으로 처분하여 부채계정에 계상하였으며, 나머지 금87,757,845,186원은 처리를 유보하였다.
- 나. 당시 원고는 위 계약자지분을 다시 현재, 과거, 미래의 계약자지분으로 3등분하여, 재무부의 생명보험회사 잉여금 및 재평가적립금 처리지침(1980. 8. 31. 재무부 생보 22330-353호, 이하 재평가적립금 처리지침이라 한다)에 따라 현재 계약자지분은 계약자특별배당금으로, 미래계약자지분은 계약자배당안정화준비금으로, 과거계약자지분은 공익사업출연기금으로 각 계상하고, 위 과거계약자지분은 공익사업출연기금을 재원으로 한 운용수익은 공익재단에 출연하겠다고 신청하여 감독관청인 재무부장관으로부터 허가를 받고 그 운용수익을 전액 공익사업을 위하여 지급하기로 하여 소외 사회복지법인 ㅇㅇ재단에 1990 사업년도에 금5,509,000,000원, 1991 사업년도에 금5,176,000,000원을 지급하였다.
- 다. 한편, 원고는 1990 사업년도 및 1991 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고를 함에 있어서 위 공익사업재원으로 지급한 위 각 운용수익금을 법인소득금액 계산상 손금에 산입하여, 1991. 6. 30. 1990 사업년도 결정 법인세액 금689,948,646원 중 금656,120,245원을, 1992. 6. 27. 1991 사업년도 결정 법인세액 금2,378,004,571원을 각 자진신고 납부하였다.
- 라. 그런데, 피고는 1993. 12. 1. 위와 같이 원고가 공익재단에 공익사업재원으로 지급한 위 각 운용수익금은 법인세법 제18조제1항, 같은 법 시행령 제42조제1호 소정의 지정기부금에 해당한다고 보고 법인세법 제18조제1항제1호 를 적용하여 각 과세표준에서 그 중 손금산입한도를 초과하는 금액으로 1991 사업년도분 금4,958,100,000원, 1992 사업년도분 4,813,680,000원을 각 손금산입을 부인하고 위 운용수익금을 포함한 과소신고 금액만큼 법인세 과세표준 및 세액을 증액·경정하여 그에 따라 산출된 법인세에서 이미 자진신고·납부된 법인세액을 차감한 다음, 1990 사업년도 귀속분 법인세로 금2,424,652,350원, 1991 사업년도 귀속분 법인세로 금2,140,347,860원을 각 추가 부과·고지하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.