양도소득세 감면규정 적용 여부

【주 문】

1. 피고가 1991. 8. 16.자로 원고에 대하여 한 양도소득세 금917,449,770원 및 방위세 금193,744,850원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고들의 부담으로 한다. 【이 유】

갑제3,4호증, 갑제10호증의 1,2, 을제1호증의 1 내지 5, 을제2호증, 을제3호증의 1 내지 5, 을제4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 부과처분의 경위에 관하여 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1977년 이전에 취득하여 식품가공 제조공장으로 계속 사용하여 온 ○○ ○○구 ○○동 ○○번지 공장용지 165제곱미터등 별지 목록 기재 부동산(모두 16필지의 토지 합계 14,997제곱미터)을 1989. 5. 19. 소외 ○○연합직장주택조합에 양도하였다.
• 나. 원고는 위 부동산 양도 후 공장이전을 목적으로 1989. 11. 2. ○○시장과 사이에 ○○시 ○○농공지구내 공장부지 14,876제곱미터를 매수하는 분양가계약을 체결한 후(그 후 본계약에 의하여 매매면적이 14,700.3제곱미터로 확정됨, 이하 위 토지를 '신 공장부지'라 한다), 1990. 5.경 1989년 귀속분 양도소득세 확정신고를 함에 있어서 소득세법 제6조 제2항 제2호 (1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정 삭제되기 전의 것, 이하 같다) 및 당시 시행되던 방위세법 제3조 제3항 에 의하여 위 양도토지 중 14,304제곱미터(이하 '구 공장부지'라 한다)에 대하여 공장이전에 따른 양도소득세 및 방위세 면제신청을 하여 양도소득세 및 방위세의 면제결정을 받았다.(나머지 토지 693제곱미터에 대하여는 조세감면규제법 제62조 제1항에 의하여 국민주택건설용지의 양도로 인한 환급신청을 하여 양도소득세를 환급받았음)
• 다. 그러나 피고는 원고가 구 공장부지 양도일인 1989. 5. 19.부터 1년 이내에 신공장을 시공하지 아니하였다는 이유로 1991. 8. 16. 에 이르러 소득세법 제6조 제5항 및 같은 법 시행령 제18조 제5항(1989. 12. 30. 대통령령 제12877호로 개정 삭제되기 전의 것, 이하 같다)을 적용하여 위 면제받은 양도소득세 및 방위세를 추징하는 주문기재의 부과처분을 하였다.

• 가. 인정사실 갑제4,5,6,8,16,18,19,20,21,22,27,29,31,33,34,35,37,38,39,41호증, 갑제7,30,40호증의 각 1,2,3, 갑제9,10,11,12,13,14,15,17,26,36,42호증의 각 1,2, 갑제24호증의 1 내지 5, 갑제32호증의 1 내지 4, 갑제43호증의 1 내지 13, 을제5,6호증, 을제9 내지 17호증의 각 기재, 갑제25호증의 1 내지 16의 각 영상, 증인 이○희,양○준,윤○국의 각 증언과 당원의 현장검증결과에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 구 공장부지를 양도하기 전인 1988. 12.경부터 ○○시장이 조성하는 ○○시 ○○농공지구내에 공장을 이전할 것을 계획하여 그 무렵 ○○시장에게 입주신청을 하여 받아들여진 후 1989. 5. 6. 환경검토 결과 적합판정을 받는 한편, 1989. 9. 12. 농수산물유통공사로부터 농어촌소득원 개발사업계획에 대한 사업성 인정통보를 받고 1989. 10. 25. ○○시장으로부터 그 개발사업계획 승인을 받은 사실, 그리하여 원고는 1989. 11. 2에 이르러 ○○시장과 사이에 신 공장부지에 대한 분양가계약을 체결하게 되었는데 원고가 영위할 사업이 식품가공업으로서 그 성질상 폐수방류의 우려가 있는 관계 오.폐수 처리시설을 구비할 것을 계약조건으로서 명시한 바 있는 사실, ○○시장은 1990. 4. 23.경부터 소외 ○○건설주식회사에게 도급주어 위 농공단지 조성을 위한 토목공사를 시공하게 하였는데 당초 위 토목공사는 1990. 10. 19. 까지 완공하기로 하였으나 그 기간 중 정부의 200만호 주택건설계획에 따라 발생한 철근,시멘트등 건설자재의 공급난과 계속된 장마 등으로 인하여, 공사가 지연되어 1991. 2. 23. 경에 이르러 사실상 완공되었으나, 위 단지내 입주업체들의 공장가동을 위하여 필수적인 공동 오.폐수 처리시설 설치공사가 지연됨에 따라 준공인가를 받지 못하고 있다가 1992. 6. 29. 에 이르러서야 폐수처리장 준공을 조건으로 하는 준공인가를 받아 1992. 9. 1.경 입주업체들과 사이에 조성된 공장부지에 관한 본 계약이 체결되었으며, 위 토목공사와 별도로 ○○시장이 시행하는 공동 오.폐수 처리시설공사는 1992. 5. 26.경 착공되어 1992. 12. 31.경에 이르러서야 완공되었는데 원고가 운영할 공장을 가동하려면 폐수처리장 시설이 완비되어야 하고 이것이 갖추어지지 아니하면 원고가 생산하는 물품에 대한 품목허가 및 영업허가도 받을 수 없게 되는 사실, 한편 원고는 위 농공단지 조성을 위한 토목공사가 시작된 후인 1990. 5. 17. 신 공장부지에 신축할 연면적1,251.87제곱미터의 공장건물(그 후 연면적을 9,388,8제곱미터로 설계변경함)에 대한 건축허가를 받았으나 위에서 본 바와 같이 단지 조성공사의 진행이 지연되고 신 공장부지에 바로 인접하고 있는 방파제 공사가 완료되지 아니하는(신 공장부지는 해안쪽으로 끝부분에 위치하고 있으며 방파제공사는 1990. 9. 27.경 완공됨)등의 사유로 인하여 공장건물 건축공사에 착수하지 못하다가 1991. 5. 13. ○○시장에게 건축공사 착공기간 연장신청을 하여 연장승인을 받은 후 1991. 7.초경 직영으로 건물건축공사에 들어가 1993. 7. 19.격에 이르러 공장건물 건축공사를 준공하여 1993. 9. 24.경부터 부분적으로 공장가동에 들어간 사실, 그 기간동안 원고는 1991. 1. 29.경 사업장소재지를 신 공장부지인 ○○시 ○○동 614로 하고 식품가공을 종목으로 하는 사업자등록을 내고 1991년 2기분 부가가치세 예정신고까지 하는 등 위 공장운영을 위한 준비를 진행하는 한편 공장건물 건축공사를 계속 진행하였으나 위에서 본 바와 같은 공동 오.폐수 처리시설공사의 지연에다 극심한 건설자재난이 겹친데다가, 원고가 신 공장을 건설,가동하기 위하여 3년간에 걸쳐 약 50억원의 자금을 투입한 외에 필요한 추가자금 40억원을 보증보험기금의 융자보증으로 무담보융자받아 사용하려 하였으나 1991. 8. 16.에 이르러 앞서 본 바와 같이 원고가 구 공장부지의 양도 후 1년 이내에 신공자을 시공하지 아니하였다는 이유로 피고가 위 면제된 양도소득세 등을 추징하는 이 사건 부과처분을 함과 아울러 1991. 9. 27. 원고 소유의 주택 등에 국세체납을 이유로 압류조치를 취함으로 말미암아 원고가 체납자로 분류되어 보증기금의 융자보증을 받을 수 없어 자금융자를 받을 수 없게 됨에 따라 공장건물 신축공사 및 공장가동에 막대한 지장을 초래하게 되었고, 건물건축공사 준공이후에도 극히 부분적으로만 신 공장을 가동하고 있을 뿐 제대로 가동을 하지 못하고 있는 사실을 각 인정할 수 있고 특별한 반증은 없다.
• 나. 관계법령과 추징사유에의 해당여부 (1) 소득세법 제6조 제2항 제2호 및 같은 법시행령 제18조 제1,2항은, 2년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 공장부지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 면제하도록 되어 있고, 방위세법 제3조 제3항 에 의하면 이 경우 방위세 역시 비과세하도록 되어 있으나,한편 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 는 구 공장을 먼저 양도하고 공장을 이전함으로써 양도소득세의 면제를 받은 자가 공장을 신설하는 경우에 "구 공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하지 아니하거나 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때"에는 그 면제받은 소득세를 즉시 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 그러므로 먼저 이 사건에서 원고가 구 공장의 양도일(1989. 5. 19.)로부터 1년이내에 신 공장을 시공하지 아니하였는가의 여부에 관하여 보건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고가 구 공장부지를 양도하기 전부터 이미 신 공장부지에 공장을 이전할 것을 계획하여 입주신청과 환경 및 사업성 검토를 거쳐 개발사업계획 승인을 받은 다음 1989. 11. 2.에 이르러 ○○시장과 사이에 ○○시장이 조성하는 신 공장부지에 대한 분양가계약을 체결하여, ○○시장이 1990. 4. 23.경부터 신 공장부지 조성을 위한 토목공사를 시공하기에 이른 이상, 원고는 구 공장의 양도일로부터 1년 이내에 신 공장을 시공한 것으로 보아야 할 것이다. 왜냐하면, 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 에 규정된 "공장을 신설하는 경우 구 공장의 양도일로부터 1년 이내에 시공하지 아니한 때"에서의 "시공하지 아니한 때"라 함은 위 규정의 문면에 비추어 "공장을 시공하지 아니한 때"를 의미한다고 보아야 할 것이고, 여기서 말하는 "공장"이라 함은 공장의 건축물만을 의미하는 것이 아니라 공장을 구성하는(또는 공장에 속하는)공장부지 및 건축물 일체를 의미하는 것으로 해석하여야 할 것이므로 (이것은, "공장이라 함은 영업을 하기 위하여 물품의 제조,가공 또는 인쇄나 촬영의 목적에 사용하는 장소를 말한다"고 규정한 공장저당법 제2조 제1항 이나, "공장이라 함은 제조업(물품의 가공.조립.수리업을 포함한다)의 물품 제조공정(가공,조립.수릭공정을 포함한다)을 형성하는 기계 또는 장치를 설치하기 위한 건축물이나 사업장을 말한다"고 규정한 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 제1호의 규정, 그리고 소득세법시행규칙 제8조 제1항 (1990. 3. 15. 재무부령 제1812호로 삭제되기 전의 것)에서 "신 공장"의 개념을 "이전할 목적으로 공장토지 및 건물을 양도하고 새로 확보한 공장부지 및 건물을 말한다"고 규정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때 명백하다고 할 것이다), 원고가 신 공장을 구성하는(또는 신 공장에 속하는)공장건물 신축공사를 시공하기에 앞서 그 건축물이 세워질 부지 조성공사를 시공하는 것도 신 공장을 시공한 것으로 보아야 할 것인데, 이 사건에서 원고는 비록 그 자신이 직접 신 공장부지 조성공사를 실시하지는 아니하였지만 지방행정기관이 관계법률(이 사건 농공단지의 조성은 '농어촌발전특별조치법'에 따라 이루어진 것으로 보임)에 따라 직접 개발,조성하는 공장부지상에 공장건물을 건축할 목적으로 신 공장 부지를 매입하였고, 그 매매계약은 계약 이후에 지방행정기관이 개발,조성하게 될 토지를 그 매매목적물로 하는 것으로서(따라서 개발이 시작되기 전에 가계약을 체결하고 ○○시장의 사전승락을 받아 부지사용을 할 수는 있었으나 중국적인 매매대금 및 매수면적은 부지조성공사가 완공된 후 체결된 본 계약에 의하여 확정되었고, 그 매매대금은 토지의 개발,조성이 완료된 상태의 토지현상을 기준으로 결정된 것이다), 이에 따라 지방행정기관이 부지조성공사를 시공한 이상, 이는 원고가 신 공장건물 건축에 앞서 그 공장부지 조성공사를 직접 시공한 것과 달리 볼 바가 아니기 때문이다.｛물론 원고가 곧바로 공장건물 신축공사에 착수할 수 있는 상태의 토지를 매입하여 건물 건축공사를 시공하는 경우하면 건물 신축공사에 착수한 때가 신 공장의 시공시기일 것이고, 원고가 토지를 매입하여 직접 공사부지 조성공사를 시행하여 공장건물을 건축하는 경우라면 원고 자신이 공장부지 조성공사에 착수한 때에 신 공장의 시공시기일 것이다.｝ 더구나, 소득세법 제6조 제2항 제2호 및 방위세법 제3조 에서 공장이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제내지 비과세하도록 규정하고 있는 취지는 공장을 소유 경영하다가 이를 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장의 대지와 건물을 양도하는 자에게 소득세 감면의 혜택을 줌으로써 이전 후에도 계속적인 공장운영을 할 수 있도록 공장이전을 지원하는 한편 그 감면혜택이 부동산투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있는 것이고, 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 에서 구공장 양도일로부터 1년 이내에 신공장 건축의 시공을 하지 아니하는 경우에 그 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는 취지는 일단 면제 요건에 해당하여 그 세액을 면제하더라도 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리를 하기 위함에 있는 것임(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누8487 판결참조)을 감안하여 본다면, 이 사건의 경우 위와 같이 해석함에 아무런 무리가 없다 하겠다. 따라서 원고가 구 공장의 양도일로부터 1년 이내에 신 공장을 시공하지 아니하였음을 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 정당하다고 볼 수가 없다.

(3) 다만, 위에서 본 바와 같이 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 는 "시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때"에 해당하여도 그 면제받은 소득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 이 사건의 경우 위 추징사유에 해당하는지 여부에 관하여도 살펴 볼 필요가 있는바, 위와 같이 원고가 신 공장을 시공한 시기가 1990. 4. 23.경으로 인정되는 이상 특별한 사정이 없는한 그 때로부터 2년 후인 1992. 4. 23.경까지 신 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하면 면제받은 소득세를 추징당하게 된다 할 것인데, 원고가 1993. 7. 19.경에 이르러 공장건물 건축공사를 준공하여 1993. 9. 24.경부터 공장가동에 들어갔음은 앞서 인정한 바와 같으므로 일응 원고는 위 추징사유에 해당하는 것으로 보인다. 그러나 앞서 인정한 바와 같이, ○○시장은 당초 농공단지 조성을 위한 토목공사를 1990. 10. 19.까지 완공하기로 하였으나 건설자재의 공급난 등으로 인하여 위 공사가 4개월 이상 지연되었고, 토목공사가 완공되고서도 원고를 비롯한 입주업체들의 공장가동을 위하여 필수적인 공동 오.폐수 처리시설 공사가 착공되어 1992. 13. 31.경에 이르러서야 완공됨) 신 공장의 건설 및 가동 역시 지연될 수 밖에 없었는데다가, 나아가 원고가 막대한 자금의 조달 및 운영계획을 수립하여 구 공장양도일로부터 1년 이내에 신 공장 건설에 착수하였음에도 불구하고, 신 공장건물건축공사가 한참 진행되고 있던 1991. 9. 27.에 이르러 피고가 원고 소유의 주택 등에 이 사건 양도소득세 추징액의 체납을 이유로 압류조치를 취함으로 말미암아(위에서 판단한 바에 의하면 위 압류조치가 부당함이 명백하다)결과적으로 자금조달의 수단이 봉쇄되어 공장건물 건축공사의 진행과 신 공장 가동에 막대한 지장을 초래하게 된 것인 이상, 이와같은 사정들은 원고에게 그 책임을 지울 수 없는 것으로서 원고가 신 공장 시공일로부터 2년 이내에 준공하여 사업을 개시하지 못하고 그 기한을 넘기게 된 데에는 정당한 이유가 있는 것이라고 보아야 할 것이다. (특히 이 사건 농공단지 조성의 근거법률이 되는 농어촌발전특별조치법 제23조 에서 도로.상수도.전기 등 공공시설을 설치.관리하는 국가.지방자치단체 등은 농공단지의 개발사업의 원활한 시행을 위하여 그 시설을 농공단지안에 우선적으로 설치하여야 한다고 규정하고 있음에서도 알 수 있듯이, ○○시장으로서는 당초 수립한 개발계획과 입주자들과의 계약내용에 따라 위와 같은 공공시설의 설치 및 단지조성공사 등을 차질없이 진행함으로써 입주자들이 이에 맞추어 공장건설을 진행할 수 있도록 하여야 할 법률상의 의무까지 부과되어 있는 것임에도, 위에서 본 바와 같이 토목공사의 지연은 물론 공장가동을 위하여 필수적인 오.폐수 처리시설공사등을 장기간 지연함으로써 결과적으로 원고의 신 공장 준공 및 가동 역시 상당기간 지연된 것이므로, 이와 같은 사정은 농공단지 조성사업을 시행하는 지방자치단체의 책임으로 돌릴 만한 사유로 보기에 족하다) 그렇다면 원고가 시공일로부터 2년 이내에 신 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니한 때에 해당함을 전제로 한 추징도 할 수 없다고 할 것이다.

따라서, 원고에게 면제된 또는 비과세된 위 양도소득세 및 방위세의 추징사유가 발생하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 정당하여 이를 인용하고 소송비용은 패소자인 피고이 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.