비업무용부동산의 자산가액평가의 적부

【주 문】 1.피고가 1993.1.16. 원고에게 한 1993.1. 수시분 법인세 금 349,476,340원 및 방위세 금 73,530,980원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【이 유】

원고는 그 소유인 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ가 ㅇㅇ 대지 72,340㎡ 및 그 지상 건물 6,684㎡(이하 이 사건 부동산이라 한다)를 사업연도 1989.7.1.부터 1990.6.30.까지 소외 ㅇㅇ레미콘 주식회사에 임대하고 그 임대수입금액 금 830,870,000원에 대하여 법인세를 자진신고 납부하였는데 피고는 구 법인세법(1990.12.31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의3 제1항 제3호, 법인세법시행령(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 개정된 것, 이하 개정 시행령이라 한다) 제43조의2 제2항, 동법시행규칙(1990.4.4. 재무부령 제1818호로 개정된 것, 이하 개정 시행규칙이라 한다) 제18조에 의하여 이 사건 부동산가액 금 23,249,051,152원으로 평가하고 원고의 임대수입금액이 위 부동산가액의 100분의 7에 미달되므로 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 보아 원고가 당초 신고 당시 손금산입한 이 사건 부동산보유에 따른 차입금 지급이자 금 808,463,827원, 재산세 금 5,250,000원, 감가상각비 금 3,296,682원을 손금불산입하여 1993.1.16. 원고에게 청구취지 기재의 법인세 및 방위세를 부과한 사실(이하 이 사건 부과처분이라 한다)은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제1호증의 1 내지 제11호증의 각 기재에 의하여 이를 인정할 수 있다.

• 가. 당사자의 주장 피고는 위 처분사유와 적용법령을 내세워 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 다음과 같이 주장한다.

1. 개정 시행규칙 부칙의 소급적용 무효 원고의 사업연도는 매년 7.1.부터 다음해 6.30.까지인데 개정 시행령 제43조의2 제2항 등이 1990.1.1. 개정, 시행되면서 그 개정 부칙은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용한다고 규정하고 있음에도 개정된 시행령에 따른 개정 시행규칙을 1990.4.4. 개정하면서 그 부칙에 이 규칙은 시행 후 최초로 종료하는 사업연도부터 시행한다고 규정하여 개정 규칙은 1990.4.4.부터 효력이 발생하되 그 적용은 최초로 종료하는 사업연도인 1989.7.1.부터 소급되어 효력이 발생되는 것이 되어 개정 규칙 부칙은 헌법상 법률불소급의 원칙에 반하고 최초로 개시하는 사업연도부터 적용한다는 시행령 부칙에 반하는 규칙으로서 무효이므로, 개정 시행규칙 부칙은 1990.4.4.부터 시행되는 것으로 해석된다 할 것이다. 따라서 1989. 7. 1.부터 1990.3.31.까지는 동법시행규칙(1990.4.4. 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전 시행규칙이라 한다)이 적용되는데 개정 전시행규칙 제18조 제3항 제11호는 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의 5에 미달되는 부동산이라고 규정하고 같은 조 제5항 제1호는 토지가액 또는 부동산가액은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 지방세법상의 과세시가표준액 중 많은 금액으로 한다고 규정하고 있으므로, 임대부동산의 취득가액, 장부가액 또는 내무부과세지가 중 최고가액에 연 5%를 곱한 금액 이상을 임대료로서 받으면 비업무용 부동산에 해당되지 아니하고, 1990.4.4. 이후에는 개정 시행규칙이 적용되는데 개정 시행규칙 제18조 제3항 제11호는 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의 7에 미달되는 부동산이라고 규정하고 제7항을 신설하여 제3항의 규정을 적용함에 있어 부동산가액은 취득가액, 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 제1항 각 호의 가액 중 가장 큰 금액으로 한다고 규정하고 제1항은 건축물의 경우에는 소득세법시행령 제115조 의 규정에 의한 기준시가, 토지의 경우에는 시장, 군수, 구청장이 지가공시및토지등의평가에관한법률(이하 지가공시법이라 한다) 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 산정한 개별필지의 가액이라고 규정하고 있으므로, 개정 시행규칙시행 이후에는 건물의 가액에 대하여는 종전 시행규칙에 따르고 토지가액에 대하여는 공시지가로 하나 최초의 공시지가가 고시되기 전에는 국세청 과세지가를 기준으로 하여 위 부동산가액의 연 7% 이상 곱한 금액을 임대료를 받으면 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다. 그런데 1989.7.1.부터 1989.12.31.까지의 원고가 수령한 임대료는 금 142,800,000원인데 당시 시행되는 법인세법에 의하면 이 사건 부동산의 최고가액은 금 5,397,310,190원이므로 업무무관부동산의 판정기준이 되는 임대료(이하 법정기준임대료라 한다)는 금 134,932,755원(5,397,310,190원×0.05×6/12)이고, 1990.1.1.부터 같은 해 3.31.까지 원고가 수령한 임대료는 금 110,100,000원인데 이 사건 부동산의 그 최고가액은 금 6,977,564,862원이므로 법정기준임대료는 금 87,219,560원(6,977,564,862원×0.05×3/12)이고, 같은 해 4.1.부터 같은 해 6.30.까지 원고가 수령한 임대료는 금 567,750,000원인데 이 사건 부동산의 최고가액은 금 23,690,471,698원이므로 법정기준임대료는 금 414,583,255원(23,690,471,698원×0.07×3/12)이므로 원고는 법정기준임대료 이상을 임대료로 수령하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하고, 2) 법인세법시행규칙 부칙의 소급적용이 유효하더라도 지가공시법에 의하면 공시기준일은 1월 1일이므로 피고는 이 사건 부동산 중 토지의 1989.7.1.부터 같은 해 12.31.까지의 가액을 산정함에 있어 1990.1.1. 기준일의 공시지가를 잘못 적용한 잘못이 있으므로 이에 해당하는 이 사건 부과처분은 위법하고,

3. 피고는 재산세 및 감가상각비를 법시행령 제30조 제1호 및 법 시행규칙 제11조 제1항 제3호에 의하여 업무무관자산으로 보고 그 자산을 취득관리하여 생기는 비용 등 이와 관련된 손비를 업무에 관련이 없는 지출이라고 하여 손금불산입하였는데 위 시행령 제30조 제1호는 1990.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되므로 위 시행령에 기한 손금불산입한 부분은 위법하다는 것이다.

• 나. 관계법령 법인세법 제16조 에는 "다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다. 7.법인이 각 사업연도에 지출한 경비 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액"이라고, 구 법인세법시행령(1989.12.30. 영 제12878호로 개정되기 전의 것, 이하 개정전 시행령이라 한다) 제30조에는 "법 제16조 제7호에서 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액이라 함은 다음 각 호에 게기하는 것을 말한다. 1. 법인이 그 업무에 관련이 없는 자산을 취득, 관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비와 이에 관련되는 손비"라고 각 규정하고 있고, 개정 전 시행규칙 제18조 제5항에는 "제3항에 규정하는 토지가액, 부동산가액, 주업의 판정 및 수입금액의 계산 등은 다음에 의한다. 1. 토지가액 또는 부동산가액은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 지방세법상의 과세시가표준액 중 많은 금액으로 한다."라고 각 규정하고 있었는데 개정 시행령 제43조의2 제2항 후단의 "법 제18조의3 제1항 제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가 중 많은 금액으로 한다."는 조항이 신설되고, 개정 시행규칙 제18조 제7항(1990.10.22. 재무 제1835호로 제8항으로 변경됨)은 "제3항의 규정을 적용함에 있어서 부동산 가액은 취득가액, 당해 사업연도 종료일(사업연도 중 양도한 경우에는 양도일) 현재의 장부가액 또는 제1항 각 호의 가액 중 가장 큰 금액으로 한다."라고 같은 조 제1항에는 " 법인세법 시행령 제43조의2 제2항 후단에서 재무부령이 정하는 기준시가라 함은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 건축물의 경우에는 소득세법 시행령 제115조 의 규정에 의한 기준시가, 2. 토지의 경우에는 시장, 군수, 구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별 필지의 지가"라고 각 규정하고, 1990.4.4.자 법인세법시행규칙 개정과 관련된 부칙 제1조에는 "이 규칙은 공포한 날부터 시행한다."라고, 제2조에는 "이 규칙은 이 규칙시행 후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다."라고, 제8조에는 " 법인세법시행규칙 제18조 제1항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 토지의 가액은 시장, 군수, 구청장이 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 공시지가를 기준으로 개별필지의 지가를 산정하기 전까지는 소득세법시행령 제115조 규정에 의한 기준시가에 의한다."라고 각 규정하고 있다.

• 가. 이 사건 부동산의 자산가액평가에 있어서 적용법령 피고는 이 사건 부동산의 자산가액을 산정함에 있어 법인세법 개정 시행령 제43조의2 제2항 후단, 동 개정 시행규칙 제18조 제7항 제7항 부칙 제8조에 의하여 소득세법 시행령 제115조 제1항 제1호 (가)목에 의하여 국세청장이 정하는 배율방법에 의하여 금 23,249,051,152원으로 평가한 사실은 앞서 살핀 바와 같은 바(따라서 이 사건 부동산 중 토지의 가액을 개별공시지가에 의하여 산정하였다는 원고의 주장은 착오에 기한 것으로 보인다), 과연 피고의 이 사건 부동산의 자산가액 평가가 적법한가에 관하여 살펴본다. 법인세는 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세요건이 완성하고 그 때 조세의무가 성립하는 것이므로 사업연도진행 중 세법이 개정되었을 때에는 그 사업연도 종료 당시의 법에 의하여 과세를 하고 조세의무의 범위도 사업연도 종료 당시 법에 의해 결정된다 할 것이므로(대법원 1994.4.29. 선고 94누1647 판결), 새로 개정된 위 법인세법시행규칙 제18조 등의 규정들을 위 법 시행 후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다고 규정한 위 부칙 제2조의 규정은 위와 같은 당연한 취지를 규정한 것으로서 원고가 주장하는 바와 같은 소급과세가 아니므로 소급과세금지의 원칙에 반한다고 할 수 없으며, 또 위 시행규칙의 개정으로 인하여 종전보다 법정기준임대료가 상승되었다고 하더라도 사업연도 종료 당시의 법에 의하여 과세를 하고 조세의무의 범위도 사업연도 종료 당시의 법에 의하여 결정되므로 위 개정된 시행규칙을 특별한 규정이 없는 한 사업연도 전체에 적용한다 하더라도 납세의무자의 신뢰를 깨뜨린다거나 세법조항 해석을 납세의무자에게 불리하게 해석하여 그 재산권을 부당하게 침해하였다고 할 수 없어 법적 안정성과 예견가능성을 해하였다고 할 수 없으며, 조세규정의 합목적성에 위배되는 세법의 해석, 적용을 하였다고 볼 수도 없다 할 것이다. 그러나 법인세법 개정 시행령 제43조의2 제2항 후단은 법 제18조의3 제1항 제1호의 자산은 취득가액이나 당해 사업연도종료일 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가 중 많은 금액으로 한다고 규정하면서 그 부칙 제1, 2조에 의하면 이 영은 1990.1.1.부터 시행하고 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 원고의 사업연도는 매년 7.1.부터 다음해 6.30.까지인 사실은 앞서 살핀 바와 같으므로 이 영 시행후 최초로 개시하는 원고의 사업연도는 1990.7.1.이므로, 위 개정 시행령 제43조의2 제2항 후단은 이 사건 부과처분의 1989.7.1.부터 1990.6.30.까지의 1989. 사업연도에는 적용이 없다 할 것이므로, 원고의 1989. 사업연도에 대한 이 사건 부동산의 자산가액에 관하여는 위 개정 전 시행령(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것)이 적용된다 할 것이고 개정 시행령 제43조의2 제2항 후단이 원고의 위 사업연도에 적용이 없는 이상 위 제2항 후단에 따라 시행을 위하여 신설된 부동산자산가액의 평가에 관한 개정 시행규칙 제18조 제1항 제7항도 당연히 적용이 없다 할 것이다. 따라서 개정 전 시행령에 의하여 이 사건 부동산의 자산가액을 산정하면 법인세법 제18조의3 제1항 은 "다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각 호의 자산합계액 한도 내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다."고 하면서 그 제3호에서 "당해 법인의 업무에 직접 관련없는 부동산"을 들고 있고, 개정 전 시행령 제43조의2 제5항에는 "법 제18조의3 제1항 제3호에 당해 법인의 업무에 직접 관련이 없는 부동산이라 함은 당해 부동산 취득 후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도를 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하, '비업무용 부동산'이라 한다)을 말한다."라고, 개정 전 시행규칙 제18조 제3항에서는 "영 제43조의2 제5항에서 '비업무용 부동산'이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다."라고,그 제5항은 제3항에 규정하는 토지가액 부동산가액은 취득가액이나 당해 사업연도종료일 현재의 장부가액 또는 지방세법상의 과세시가표준액 중 많은 금액으로 한다고 각 규정하고 있다. 그런데 개정 전 시행령 제43조의2, 동 시행규칙 제18조 제5항 소정의 당해 사업연도 종료일 현재의 최고가액이 금 6,977,564,862원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로(제9차 변론조서 참조), 위 법령 소정의 이 사건 부동산의 가액은 위 금 6,977,564,862원이라 할 것이다.
• 나. 법정기준임대료의 산정 개정 시행규칙 제3항 제11호에 의하면 "임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 7/100에 미달하는 부동산과 임대에 쓰이고 있는 건축물이 없는 토지"라고 규정하고 있고, 원고의 1989. 사업연도 종료일 현재의 이 사건 부동산의 가액이 금 6,977,564,862원인 사실은 앞서 살핀 바와 같으므로, 법정기준임대료를 산정하면 금 488,429,540원(6,977,564,862원×0.07)이 되고 이는 원고가 1989. 사업연도에 수령한 임대료 금 830,870,000원에 미달되므로 이 사건 부동산은 비업무용 부동산에 해당되지 아니한다.

그렇다면 이 사건 부동산이 비업무용 부동산임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.