조감법상 양도세 환급대상이 되는 토지에 해당하는지 여부

【주 문】

1. 피고가 1990. 10. 17. 원고에 대하여 한 양도소득세 금853,592,880원의 부과처분중 금328,176,660원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【이 유】

갑 제1호증의 1 내지 3, 제2호증, 제3호증의 1, 2, 제3호증 의 1 내지 3, 제7호증의 1, 2, 제8호증, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 제3 내지 6호증, 제32호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1973. 8. 8. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 5가 ㅇㅇ 대 4322.3제곱미터(이하 이 사건 토지라 한다)을 취득하여 그 지상에 1985. 12. 30. 경 세멘벽돌조 스라브즙 평가건 주택 1동 및 부럭조 스레트즙 평가건 창고 4동(이하 이 사건 건물이라 한다)을 지어 창고업을 영위하여 오다가 이 사건 토지를 1989. 8. 2. 소외 ㅇㅇ주택조합에게 주택건설촉진법에 의한 국민주택 규모 이하의 주택건설용지로서 금6,537,500,000원에 양도하는 매매계약을 체결하면서 계약당일 계약금 1,400,000,000원을 지급하고, 1차 중도금 600,000,000원은 같은 해 9. 30., 2차 중도금 2,000,000,000원은 같은 해 11. 24., 잔금 2,537,500,000원은 같은 해 12. 27.에 각 지급하기로 하며 이 사건 토지를 같은 달 30. 명도하기로 약정한 사실, 그후 소외 조합이 2차 중도금중 일부와 잔금등 합계 금3,000,000,000원을 약정기일에 지급하지 못하고 있던 중 원고는 1989. 12. 27. 소외 조합과의 사이에 우선 이 사건 토지에 대하여 소외 조합 명의로 소유권이전등기를 경료하되 미지급 대금을 담보하기 위하여 원고 및 원고가 지정하는 자의 명의로 이 사건 토지의 일부지분에 대하여 소유권이전청구권가등기를 경료하고 잔금지급이 완료되면 위 가등기를 말소하여 주기로 약정한 다음 원고는 위 약정에 따라 같은 30. 이 사건 토지에 대하여 소외 조합 명의로 소유권이전등기를 경료하고 아울러 원고 등의 명의로 가등기를 경료한 사실, 그후 원고는 1990. 4. 11. 경 소외 조합으로부터 위 매매잔대금을 전부수령하고 같은 달 19.과 같은 23.에 위 가등기를 각 말소하여 준 사실, 원고는 1990. 5. 20. 이 사건 토지의 양도에 따른 양도차익확정신고를 하면서 기준시가에 의하여 양도소득세를 산출하여 양도소득세 금853,592,880원 및 그 방위세 금178,838,570원으로 신고하고 그 신고세액중 양도소득세 금406,992,880원 및 그 방위세 금81,398,570원만을 납부한 사실, 이에 피고는 1990. 10. 17. 원고의 위 신고에 따라 별지 세액명세표 당초결정란 기재와 같이 세액을 산출하여 이 사건 양도소득세 및 방위세의 부과처분을 하고 원고는 위 세액중 이미 납부한 세액을 공제한 나머지 세액에 대하여 납부한 사실, 소외 조합은 당시 시행되던 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조 제1항, 같은 법 시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12880호로 개정되기 전의 것) 제50조 제2항소정의 법정기한 내인 1992. 5. 25. 이 사건 토지 지상에 국민주택규모 이하의 아파트를 건축하여 준공한 사실, 그러자 원고는 1992. 6. 9. 피고에 대하여 위 아파트가 준공됨에 따라 위 조감법 제62조 제1항의 규정에 의하여 이미 납부한 양도소득세의 환급신청을 한 사실, 이에 피고는 1992. 7. 2. 이 사건 건물이 소유권이전등기가 경료된 1989. 12. 30. 이전인 같은 달 27. 멸실된 것으로 건축물관리대장(갑 제3호증의 3)에 기재되어 있으나 확인한 결과 이 사건 토지의 양도일인 같은 달 30. 당시에는 건축물이 정착되어 있어 나대지가 아니라는 이유로 원고의 환급신청에 대하여는 이를 거부하였으나 건축물이 정착되어 있는 토지를 양도한 것으로 보아 소득세법 제23조 제2항 제2호 의 규정에 의한 장기보유특별공제를 인정하기로 하고 1992. 7. 2. 원고에 대하여 1990. 10. 17. 자 당초 결정고지한 양도소득세 및 방위세액을 위 세액명세표 경정결정란 기재와 같이 각 감액경정결정한 다음 이에 따른 양도소득세 금316,334,320원 및 그 방위세 금69,018,390원을 환급한 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 당사자의 주장 피고는 위 조감법 제62조의 규정에 의하여 국민주택 규모 이하의 건설용지에 대한 양도소득세의 환급을 받으려면 그 토지상에 같은 법 시행령 제50조 제1항의 규정에 따른 건축물이 없어야 함에도 불구하고 이 사건 토지의 양도시기인 소유권 이전등기가 경료된 1989. 12. 30. 현재 그 지상에 건축물이 정착되어 있었으므로 이 사건 토지의 매매로 인한 양도소득은 위 조감법 제62조 제1항소정의 환급대상이 될 수 없으므로 소득세법의 관계 규정에 의하여 부과한 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기접수일인 1989. 12. 30. 현재 그 지상 건물을 모두 철거하여 나지인 상태에서 소외 조합에게 국민주택규모 이하의 건설용지로 양도하였고 소외 조합은 소정의 기한 내에 국민주택규모 이하의 아파트를 건축하였으므로 이 사건 토지의 양도는 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지의 양도로서 양도소득세가 환급되어야 할 것이고, 따라서 이 사건 토지 지상에 건축물이 정착되어 있음을 전제로 하는 피고의 이 사건 부과처분중 양도소득세 부분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
• 나. 관계법령 위 조감법 제62조 제1항은 내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)을 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모 이하의 주택(이하 국민주택이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한 내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다라고 규정하고, 같은 법 시행령 제50조 제1항은 법 제62조 제1항에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다하고 규정하고, 그 제1호에서 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있는 토지를 들고 있으며, 제2항에서 법 제62조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 당해토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날을 말한다라고 규정하고 있으며, 소득세법 제27조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다라고 규정하고, 같은법 시행령 제53조 제1항은 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음의 각호의 경우를 제외하고 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다라고 규정하고, 그 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명의 등에 기재된 등기접수일로 한다라고 규정하고 있는바, 위 각 규정의 취지를 종합하면 양도인이 토지를 양도하면서 양수인으로부터 잔금을 전액 지급받기 전에 양수인에게 소유권이전등기를 경료하였으면 그 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 볼 것이고, 국민주택규모의 건설용지로 토지를 양도한 경우 양도 당시 그 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 경우에는 토지를 양수한 자가 그 지상에 3년 이내에 국민주택을 건설한 때에는 양도인이 납부한 양도소득세는 환급되어야 하며, 한편 양도소득세 환급요건인 건축물이 정착되어 있는지의 여부는 그 건축물의 주요부분이 철거되어 사회통념상 그 건축물이 가진 효용가치를 상실하였는지의 여부에 의하여 판단하여야 함이 상당하다 할 것이므로 건축물의 주요부분이 철거되어 그 건축물이 가진 효용가치를 상실한 이상 그 건축물의 일부가 아직 철거되지 아니하고 그대로 남아 있다고 하더라도 그것만 가지고 건축물이 정착되어 있다고 볼 수는 없다 할 것이다.
• 다. 판단 앞에서 든 각 증거들과 갑 제5호증, 을 제11증의 2, 제12호증의 2, 3, 제14호증의 2, 3, 제16호증의 2, 제17호증의 2, 제20호증의 2, 제21호증, 제22호증의 1, 2, 제23, 24호증, 제25호증의 1, 2, 제26호증의 3, 제28호증의 1 내지 4, 제29호증의 1, 2, 제30호증의 1 내지 3, 제31호증의 각 기재와 을 제8호증, 제10호증, 제11호증의 1, 제12호증의 1, 제13호증, 제14호증의 1, 제15호증, 제16호증의 1, 제17호증의 1, 제18호증의 2, 3, 제19호증의 2의 각 일부기재 및 갑 제6호증의 1, 2의 각 영상, 증인 서ㅇㅇ, 권ㅇㅇ, 김ㅇㅇ의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 이 사건 건물을 지어 ㅇㅇ물산이라는 상호로 창고업을 영위하여 오다가 1989. 8. 2. 소외 ㅇㅇ주택조합에게 국민주택의 건설용지로서 금6,537,500,000원에 양도하는 매매계약을 체결한 사실, 원고는 이 사건 토지를 양도하고 1989. 12. 20.부터 이 사건건물의 철거작업에 착수하여 잔금지급약정일인 같은 달 27.까지 그 주요부분인 지붕과 문은 전부 철거하고 벽도 일부는 철거하였으나 일부는 철거하지 아니하고 남아 있는 상태에서 소외 조합에 이 사건 토지를 명도하려 하였으나 소외 조합이 그때까지 2차 중도금중 일부와 잔금등 금3,000,000,000원을 지급하지 못한 사실, 그리하여 원고는 1989. 12. 27. 소외 조합과의 사이에 우선 이 사건 토지에 대하여 소외 조합명의로 소유권이전등기를 경료하되 미지급 대금을 담보하기 위하여 원고 및 원고가 지정하는 자의 명의로 이 사건 토지의 일부지분에 대하여 소유권이전청구권가등기를 경료하고 잔금이 지급이 완료되면 위 가등기를 말소하여 주기로 합의함에 따라 같은 달 30. 이 사건 토지에 대하여 소외 조합명의로 소유권이전등기를 경료하여 준 사실, 원고는 이 사건 토지가 양도됨에 따라 창고를 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ로 이전하기로 하여 1990. 1. 3. 사업자등록을 마치고 창고업을 개시하여 실내보관이 필요한 물건은 위 철산동 창고로 옮겨 보관하고 소외 회사가 잔금지급을 완료하여 이 사건 토지를 명도할 때까지는 이 사건 토지 일부와 인근토지 약 1,500평을 빌려 야적하는 방법으로 창고업을 계속 영위하기로 하여 실내보관이 필요없는 물건을 이 사건 토지에서 야적상태로 보관하는 방법으로 창고업을 계속 영위하여 오다가 소외 조합으로부터 1990. 4. 11. 잔금을 전부 수령하고 같은 달 18. 관할 구청에 1989. 12. 17. 자로 건축물 멸실신고를 하였으며, 이 사건 토지에서의 창고업에 대하여 같은 해 5. 16. 폐업신고를 한 사실을 인정할 수 있고 이에 일부 반하는 위 을 제8호증, 제10호증, 제11호증의 1, 제12호증의 1, 제13호증, 제14호증의 1, 제15호증, 제16호증의 1, 제17호증의 1, 제18호증의 2, 3, 제19호증의 2의 각 일부기재는 믿지 아니하고 달리 반증이 없다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 소외 회사에게 이 사건 토지를 국민주택의 건설용지로 양도하면서 잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 경료하여 주었으므로 이 사건 토지의 양도시기는 소유권이전등기 접수일인 1989. 12. 30. 이라 할 것이고, 이 사건 토지의 양도 당시 이 사건 건물의 주요부분인 지붕과 문 전체가 철거되고 벽도 일부 철거되어 이 사건 건물이 창고로서의 효용가치를 상실한 이상 벽의 일부분이 그대로 남아있고 원고가 이 사건 토지의 일부분에서 창고업을 계속 영위하고 있었다고 하더라도 이 사건 토지는 위 조감법 시행령 제50조 제1항 제1호에서 말하는 건축물이 정착되어 있는 토지라고는 볼 수 없다 할 것인바, 따라서 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세는 환급되어야 할 것이므로 이 사건 토지의 양도 당시 건축물이 정착되어 있음을 전제로 조세환급요건이 불비되었다고 하여 부과한 피고의 이 사건 부과처분중 양도소득세부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.(이 사건 부과처분중 피고가 장기보유특별공제를 인정하여 원고에게 환급한 양도소득세 금316,334,320원의 부분도 이는 취소되어야 하나 원고는 이에 대하여는 피고가 이미 환급하였다는 이유로 취소를 구하지 아니하고 있다.)

그렇다면 이 사건 부과처분중 환급된 부분을 제외한 양도소득세부분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.