기준시가에 의한 양도차익은 실지거래가액을 초과할 수 없음

【주 문】

1. 피고가 1992. 1. 16. 원고에 대하여 한 양도소득세 금58,221,020원, 방위세 금11,801,560원의 부과처분 중 양도소득세 금10,278,797원, 방위세 금2,225,120원을 넘는 부분은 이를 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이 유】

1. 이 사건 토지의 양도 및 과세처분의 경위 갑 제2호증, 갑 제3호증의 각 1 내지 5, 갑 제4호증의1, 2, 갑 제5호증, 갑 제8호증, 갑 제11호증 내지 제26호증, 을 제1호증의1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 분할전 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 111의 1 대 99평방미터는 원고가 1970. 1. 16. 전소유자인 소외 임ㅇㅇ로부터 매수하여 취득한 토지로서, 1974년경 도시계획에 의하여 위 토지 중 34평방미터가 25미터 도로의 부지로 편입됨에 따라 위 34평방미터는 1978. 2. 28. 같은 동 111의 16으로 분할되었고, 나머지 토지중 44평방미터도 위 25미터 도로변의 인도로서 일반공중의 통행로로 사용됨으로써 원고가 사용가능한 토지는 그 중 21평방미터만 남게 된 사실(원고 소유의 위 토지들을 이하 이 사건 토지라 한다), 위 토지에 인접한 같은 동 111의 2 대 347평방미터의 소유자인 소외 ㅇㅇ농업협동조합(이하 소외조합이라 한다)은 그 토지와 위 25미터 도로 사이에 위치한 원고 소유의 이 사건 토지를 취득하여 그 양 토지(위 111의 2 토지와 이 사건토지)상에 소외조합의 전농지소 건물을 신축하기로 계획하고 원고에게 1988. 9.경 이 사건 토지와 소외조합이 신축할 건물의 일부를 같은 가액에 의하여 교환할 것을 제의하였고 원고도 이를 승낙한 사실, 이에 소외조합은 같은 해 11.경 이 사건 토지에 대한 경계측량을 실시하여 앞서 본 바와 같이 그 중 21평방미터만이 건축가능하다는 것을 확인하고, 1989. 2.경에는 한국감정원에 이 사건 토지의 가액 평가를 의뢰하였는바, 위 감정원은 위 토지 중 25미터 도로부지에 편입된 부분을 제외한 65평방미터 전부에 대하여 위와 같이 일부가 사실상 도로로 이용됨으로써 원고가 독점적으로 사용할 수 없음을 고려하지 아니한 채 평방미터 당 가액을 금1,000,000원으로 평가하여 위 토지의 가액을 금65,000,000원으로 산정한 사실, 소외조합은 같은 해 8. 4. 원고에게 신축건물의 4층과 이 사건 토지를 교환하기로 한 것에 대한 확인서를 작성, 교부하고 원고로부터 이 사건 토지에 대한 대지사용승낙서를 교부받아, 같은 해 10. 31.경 위 111의 2 대 347평방미터와 이 사건 토지 중 건축가능한 면적인 21평방미터를 합한 368평방미터를 대지면적으로 하여 그 대지상에 지하 1층, 지상 4층 규모의 건물 신축에 대한 허가를 받고, 1990. 1.경 소외 ㅇㅇ공영주식회사에게 위 건물의 건축공사를, 소외 주식회사 ㅇㅇ종합건설에게 전기 소방공사를 각 도급주는 등 방법으로 신축공사에 착수한 사실, 위 신축공사는 소외조합이 공사비 합계 금289,831,840원을 들여 1990. 9. 하순경 완료되었고 원고는 같은 달 28. 위 건물중 그가 교환으로 취득하게 될 4층 147.81평방미터를 소외 윤ㅇㅇ에게 보증금 20,000,000원, 임료 월 금200,000원에 임대한 사실, 한편 소외조합은 그 무렵 위 건물에 대한 준공검사를 신청하였으나 그 대지 중 일부가 건축주의 소유가 아니라는 이유로 반려당하자, 같은 해 10. 15. 원고와 사이에 이 사건 토지와 위 건물 중 4층부분을 교환하기로 하는 교환계약을 체결하면서 그 각 가액을 위 4층부분의 공사비에 해당하는 금48,243,000원(총공사비 금289,831,840원×4층면적 147.81평방미터 / 건물총면적 888.08평방미터)으로 평가하였으며, 다만 준공검사를 위하여 원고로부터 이 사건 토지의 등기를 먼저 이전받기로 약정한 사실, 이에 따라 원고는 이 사건 토지 99평방미터 전부에 관하여 같은 달 26. 소외조합 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 주었으며, 소외조합은 위 건물 전부에 대한 준공검사를 받아 같은 해 12. 18. 소유권보존등기를 마치고 이어서 같은 날 그 중 4층부분의 지분에 해당하는 888.08분의 147.31지분에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 준 사실, 그 후 원고는 1991. 5.경 위 분할후 같은 동 111의 1의 대지 중 21평방미터에 대하여만 기준시가에 의하여 산출된 양도차익을 기초로 그 양도소득에 관한 과세표준 확정신고를 하였는바, 피고는 위 토지 전부의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하고 위 토지가 나대지로 양도된 것이라 하여 장기보유특별공제는 인정하지 아니한 채 세액을 산출하여 1992. 1. 16. 원고에게 청구취지 기재의 양도소득세 및 방위세를 부과고지하는 이 사건 과세처분을 한 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 과세처분이 관계법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째, 이 사건 토지의 취득가액이 금240,000원이고 양도가액이 금48,243,000원이며 위 토지의 소유권을 확보하기 위하여 금7,000,000원을 지출하였으므로 그 각 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여야 하며, 설사 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한다고 하더라도 그 양도차익은 실지양도가액을 한도로 하여야 하는 것인데, 피고가 이 사건 과세처분을 함에 있어서 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고 그 양도차익이 위 실지양도가액을 초과함에도 불구하고 이를 위 실지양도가액의 범위로 제한하지 아니하였으니 이는 위법하고, 둘째, 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간이 10년을 넘고 그 양도 당시 위 토지상에 건물이 건립되어 있어 나대지가 아니었으므로 장기보유특별공제가 이루어졌어야 함에도, 피고가 그 장기보유특별공제를 하지 아니하였으니 이 점에서도 위 과세처분이 위법하다고 주장한다.
• 나. 양도차익의 계산

(1) 소득세법(1988. 12. 26. 법률 제4019호로 개정된 것) 부칙 제16조, 같은 법 시행령(1988. 12. 31. 대통령령 제12564호로 개정된 것)제9조에 의하면, 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 1976. 12. 31. 이전에 토지를 취득한 경우에는 그 취득시기를 1977. 1. 1.로 보고, 취득가액도 1977. 1. 1. 당시의 시가로 하되 시가를 알 수 없을 때에는 당시의 기준시가에 의하여 평가하도록 규정되어 있는바, 이 사건 토지는 앞서 본 바와 같이 원고가 1976. 12. 31. 이전에 취득한 것으로서 1977. 1. 1. 당시의 시가를 알 수 없으므로 그 당시의 기준시가에 의하여 가액을 평가할 수밖에 없다고 할 것이다. 그리고, 위 법 시행령 제170조에 의하면 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하도록 규정되어 있으므로, 위와 같이 이 사건 토지의 취득가액을 기준시가에 의하여 결정하는 이상 양도가액도 기준시가에 의하여 결정하여야 할 것이어서, 이 사건 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산하여야 한다는 원고의 주장은 결국 받아들일 수 없다.

(2) 그러나, 한편 기준시가에 의하여 취득가액 및 양도가액을 산출하는 경우에도 그 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는 경우에는 실질과세의 원칙상 실지양도가액을 그 한도로 하여야 할 것이다(대법원 1992. 10. 9. 92 누 11886 판결 등 참조). 그런데, 앞서 본 인정사실에 의하면 이 사건 토지에 관한 한국감정원의 평가액이 평방미터당 금1,000,000원이고 위 토지 중 사용가능한 면적은 21평방미터에 불과한 점(이 사건 토지 전부에 관한 위 감정원의 평가액이 합계 금65,000,000원으로 되어 있기는 하지만 이는 위 토지 중 사실상 도로로 사용되고 있는 44평방미터부분을 고려함이 없이 이루어진 것으로서 믿기 어렵다 할 것이다)과 원고와 소외조합 사이에 이 사건 교환이 이루어진 경위 등에 비추어 볼 때 그 교환목적물의 가액을 금48,243,000원으로 평가한 것은 적절하다고 할 것이므로 이 사건 토지의 양도가액은 위 금48,243,000원으로 봄이 상당하다고 할 것이고, 한편 을 제1호증의1, 2의 각 기재에 의하면 기준시가에 의한 이 사건 토지의 양도가액은 금128,700,000원, 취득가액은 금11,308,162원임을 알 수 있어 그 양도가액에서 취득가액과 원고 주장의 필요경비 금7,000,000원을 공제하더라도 양도차익은 금117,391,838원이나 되므로, 결국 이 사건 토지의 양도소득세를 산출하기 위한 양도차익이 금117,391,838원이나 되므로, 결국 이 사건 토지의 양도소득세를 산출하기 위한 양도차익은 실지양도가액인 위 금48,243,000원으로 보아야 할 것이다.

• 다. 장기보유특별공제 여부 위 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제46조의3에 의하면, 건축물이 없는 대지(나대지)인 토지 등을 제외한 토지를 10년 이상 보유하다가 양도한 경우에는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 장기보유특별공제를 하여 양도소득금액을 정하도록 규정되어 있고, 이 때 건축물은 반드시 자기 소유의 것일 필요는 없고 타인 소유의 건축물이 있는 경우라도 나대지에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 할 것인바(대법원 1992. 6. 26. 선고, 92 누 4291 판결 참조), 앞서 인정한 사실에 의하면 이 사건 토지의 교환이 이루어지기 전인 1990. 9.경에 이미 위 4층 건물이 건립되어 있었고(이는 위와 같이 교환에 의하여 이 사건 토지의 양도가 이루어졌으나 다만 그 지상 건물의 준공검사를 위하여 원고가 먼저 위 토지의 등기를 이전하여 준 것인 점에 비추어 명백하다), 원고의 보유기간이 위 법 부칙제16조에 의한 취득시기인 1977. 1. 1.부터 양도일까지 10년 이상 경과되었으므로 이 사건 양도소득금액을 정함에 있어서는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 장기보유특별공제액이 공제되어야 할 것이다.
• 라. 정당한 세액의 계산 따라서, 이 사건 토지의 양도차익을 위 실지양도가액으로 하고 장기보유특별공제액을 공제하여 원고에 대한 정당한 세액을 계산하면, 별지 계산내역표 기재와 같이 양도소득세는 금10,278,797원, 방위세는 금2,225,120원이 된다.

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 위 정당한 세액을 넘는 부분은 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 위법한 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제89조, 제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.