이 사건 대지의 양도가 특별부가세면제대상인지 여부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

성립에 다툼이 없는 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 갑 제8호증, 갑 제10호증의 1 내지3, 갑 제12호증의 1,2 내지 갑 제31호증, 갑 제38호증, 을 제1호증의 1 내지 12, 을 제4호증, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 3, 을 제7호증의 1 내지 3의 각기재에 변론의 전취지를 종합하면, 청구취지 기재의 이 사건 부과처분의 경위에 관한 아래의 사실을 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 1981. 6. 5. 폐지된 한국전기통신공사법에 의한 설립허가를 받아 공중전기통신사업의 합리적 경영과 전기통신기술의 진흥을 목적으로 설립된 법인으로서 과거 체신부가 관장하던 공중전기통신시설의 설치와 운영 등을 그 소관업무로 함에 따라 종래 체신부장관의 관리 아래 있던 전신전화국의 대지 및 부대시설 등을 인계받게 되었는데, 전신전화국중 우체국과 분리되어 단독으로 운영되어오던 단독전신전화국의 경우에는 그 대지와 부대시설을 국가로부터 현물출자를 받는 형식으로 취득하였고, 우체국과 함께 설치 운영되던 통합전신전화국(통합국사)의 경우 원고와 체신부장관 사이의 1984. 12. 28.자 "통합국사처리에 관한 협약"에 의하여 체신부가 요구하는 대용청사의 부지와 건물을 원고가 취득·신축하여 해당통합국사와 서로 교환하되 그 교환가격이 동일하지 아니할 때에는 수개의 통합국사와 대용청사를 일괄 교환하고 그 차액은 현금으로 결제하기로 하였다.
• 나. 위 협약에 따라 원고와 체신부장관은 1989. 7. 15. 원고가 통합국사와의 교환을 위하여 ㅇㅇ시로부터 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 9,314.7평방미터(이하 위 목동 대지를 "이 사건 대지"로 줄인다) 등의 부동산과 체신부장관의 관리 아래 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 사원아파트 부지 및 수개의 통합국사에 대하여 교환계약을 체결한 것을 비롯하여, 1989 사업년도기간(원고의 사업년도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이다)동안 수회에 걸쳐서 원고 소유의 대용청사와 체신부장관이 관리하는 통합국사에 대하여 교환계약을 체결하여 상대방에게 모두 소유권이전등기를 마쳤다(다만 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 245의 8 대81평방미터 및 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 11의 11 대36평방미터는 위 협약에 따라 통합국사와 교환한 것이 아니라 개별적으로 양도한 것이다).
• 다. 원고는 1989 사업년도에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고함에 있어 원고가 위 교환계약에 따라 국가에 양도한 토지중 보유기간이 2년 이상이 되는 위 ㅇㅇ동 소재 대지 등 대지 40여필지 합계38,429.8평방미터 및 그 지상 건물 9개동 합계7,706.34평방미터가 구·법인세법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제59의 3 제2항 제2호 소정의 특별부가세 면제대상에 해당된다고하여 구·법인세법시행령(1989. 12. 30. 령제12878호로 개정되기 전의 것) 제124조의 6 제4항 에 의한 특별부가세면제신청서를 제출하여 실지거래가액에 의한 양도차익 도합 금4,578,022,478원에 대한 특별부가세 금1,144,505,620원을 면제받았다.
• 라. 그런데, 피고는 원고가 특별부가세면제신청을 한 위 부동산이 원고의 업 무에 직접 관련이 없는 것이어서 구 법인세법 제59조 의 3 제2항 제2호 소정의 특별부가세면제대상에 해당하지 아니한다는 이유로 원고에 대하여 특별부가세를 추징하기로하여 1991. 4. 20. 가산세 금521,749,169원이 가산된 금1,666,254,780원의 이 사건 특별부가세 부과처분을 하였다(당시 피고는 원고의 1989 사업년도에 대한 법인세를 갱정하면서 위 특별부가세가 포함된 법인세 금2,192,933,120원 및 그 방위세 금102,849,000원의 부가처분을 하였다).

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 전체 부동산 중 이 사건 대지는 공공용지의취득및손실보상에 관한특례법에 근거하여 국가(체신부)가 설치하는 청사에 관한 사업에 제공된 것으로서 이를 나라에 양도한 것이므로 구·조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 제1호 소정의 특별부가세면제대상에 해당함은 물론, 이 사건 대지는 원고가 고정자산으로 사용할 통합국사와 교환하기 위하여 취득한 것으로서 양도 전에 이미 체신부 산하의 서울국제우체국청사부지로 제공되고 있었던 이상 원고의 업무에 사용된 것이 아니라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 투기를 방지하려는 특별부가세제도의 입법취지에 비추어볼 때 이 사건 대지의 양도는 구·법인세법 제59조의3 제2항 제2호 소정의 특별부가세면제대상에 해당한다.

(2) 가사 이 사건 대지가 원고의 업무에 직접 사용되지 아니한 부동산이라고 하여도 원고는 당초 이 사건 대지를 체신부장관의 지시에 의하여 취득하여 그 보유기간중 사용할 수 없었고 또 앞서본 체신부장관과의 1984. 12. 28.자 협약에 의하여 이를 나라에 양도한 이상, 이 사건대지의 양도는 구·조세감면규제법 시행규칙(1990. 4. 10. 재무부령 제1822호로 개정되기 전의 것) 제20조의 2 제2항 제4호, 구·법인세법 시행규칙(1990. 10. 22 재무부령 제1835호로 개정되기 전의 것) 제18조 제4항 제1호 소정의 『법령에 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지』에 해당되어 비업무용부동산에서 제외되므로 특별부가세 면제면대상에 해당하고, 또한 이사건 토지는 토지구획정리사업지구내의 토지로서 그 일대가 1980년경부터 토지구획정리사업이 진행되어 지번 및 지적 등이 정리되지 않다가 1988. 8. 18.에 가서야 비로소 동 대지가 등기부에 등재되는 등 토지구획정리사업이 구획단위로 사실상 완료되어 비로소 건축이 가능하게 되었으므로, 이 사건 대지는 위 구·조세감면규제법 시행규칙 제20조의 2 제2항 제4호, 위 구·법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제5호 소정의 특별부가세면제대상에 해당된다.

• 나. 피고의 주장 원고는 이 사건 대지를 체신부장관이 관리하는 부동산과 교환할 목적으로 취득하여 원고의 업무에 직접 사용하지 아니하였기 때문에 이 사건 대지는 구·법인세법 또는 구·조세감면법 소정의 특별부가세 면제대상에 해당되지 아니하고, 더우기 원고는 구·조세감면법 제57조 제4항 에 의한 세액면제신청서를 제출하지 아니하였기 때문에 원고의 주장은 이유 없다.
• 다. 법령의 규정

(1) 구·조세감면규제법에 의한 특별부가세의 면제 구·조세감면규제법 제57조 제1항 은 그 본문에서 "다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다."고 하면서, 그 제1호에서 『공공용지취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업용토지 등을 국가·지방자치단체에 양도하는 경우』를 규정하되, 그 제4항에서는 위와같은 세액의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 구·법인세법에 의한 특별부가세의 면제 위 구·법인세법 제59조 3 제2항 은 그 본문에서 "다음 각호의 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다."고 하면서 그 제2호에서 『양도일까지 2년이상 계속 당해 법인의 업무용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득』을 규정하는 한편, 그 시행령(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것) 제124조의 6 제1항 은 그 본문에서 " 법 제59조의3 제2항 제2호 에서『대통령령이 정하는 토지등』이라 함은 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 것을 말한다."라고 규정하면서 제5호에서 『기타 당해법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 토지등으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 토지』라고 규정하고, 같은법 시행규칙 제59조의 6 제4항 은 그 본문에서 "재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 토지 등이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다."라고 규정하면서 제1호에서 『당해 법인의 업무에 직접 사용되지 아니하는 토지등』으로 명시하고 있다.

(3) 특별부가세감면규정의 배제규정 구·조세감면규제법 제66조 는 "법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다."고 규정하고, 위 구·조세감면규제법시행령 제54조 는 " 법 제66조 에서 『대통령령이 정하는 것』이라 함은 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것을 말한다."고 규정하며, 위 구·조세감면규제법 시행규칙 제20조의2 제1 항에는 " 령 제54조 에서 『재무부령의 정하는 법인의 업무에 관련이 없는 부동산』이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다."라고 규정하면서 제1호에서 『양도일까지 1년이상 계속하여 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)』이라고 명시하는 일방, 위 시행규칙의 같은 규정 제2항은 "다음 각호의 1에 규정하는 부동산은 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다."고 규정하면서 그 제4호에서 『 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제4호 내지 제10호 에 해당하는 것』을 들고 있고, 위 구·법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 는 『당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것』을 규정하고 있다.

• 라. 이 사건 대지의 양도가 특별부가세면제대상인지 여부 성립에 다툼이 없는 갑 제4호증, 갑 제5호증, 갑 제6호증, 갑 제7호증, 갑 제11호증, 갑 제32호증 내지 갑 제37호증의 각 기재와 증인 석정광의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 아래의 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

(1) 체신부장관은 1985. 5월경 당시 이 사건 대지 일대에 토지구획정리사업을 시행하고 있던 ㅇㅇ시로부터 이 사건 대지를 서울국제우체국부지로 사 용하기로 양해를 받은 다음, 그무렵 원고와의 사이에 원고가 이 사건 대지를 ㅇㅇ시로부터 취득하여 체신부장관이 관리하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재 사원 아파트 및 연수원부지와 서로 교환하기로 협의를 하였다(교환방법은 위 통합국사협약에 따르되 1985년중 교환대상재산을 재평가하여 정산하기로 하였다.)

(2) 이 사건 대지는 위 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 그 지번 및 지적이 확정되지 아니하였음에도 1985. 6. 27.경에 이르러 건물신축공사가 가능하게되었고, 이에 따라 체신부 조달사무소는 1986. 8월경 ㅇㅇ건설종합건설주식회사와 도급계약을 체결하여 위 서울국제우체국건물의 신축공사에 착공하여

1989. 4. 19. 완공하였다.

(3) 한편 원고는 위 청사신축공사가 진행중이던 1987. 2. 28. ㅇㅇ시와의 사이에 이 사건 대지에 관하여 매매계약을 체결하였다가(다만 1989. 4. 26. 및 같은해 5. 16. 그 지번을 확정 표시하거나 매수인표시를 일부 정정하였다), 1988. 5. 18. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 다음 같은해 7. 15. 앞서 살펴본 바와 같이 체신부장관과의 사이에 교환계약을 체결하여 같은해 9. 29. 나라 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 대지의 양도가 특별부가세비과세대상인지 여 부는 다음과 같이 보아야 할 것이다.

(1) 원고는 대용청사와 교환할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 것으로서 그 지상에 체신부 산하의 서울국제우체국청사건물이 건축되고 있었던 이상 이 사건 대지는 원고의 업무에 직접 사용된 것이라고는 할 수 없고, 따라서 위 토지의 양도는 구·법인세법 제59조 의 3 제2항 제2호, 같은법 시행령 제124조의 6 제1항, 같은법 시행규칙 제59조의 6 제4항 제1호 소정의 특별부가세면제대상에 해당하지 아니한다.

(2) 또한 이 사건 대지가 체신부 산하의 서울국제우체국청사 부지로 제공되어 나라에 양도되는 이상 위 토지의 양도는 구·조세감면규칙법 제57조 제1항 제1호 소정의 특별부가세 비과세대상에 해당된다 하겠으나, 그것이 원고의 업무에 직접 사용되지 아니한 이상 구·조세감면규제법 제66조, 같은법 시행령 제54조, 같은법 시행규칙 제20조의 2 제1항 의 규정에 의하여 위 구·조세감면규제법상의 특별부가세감면규정의 적용이 배제된다 할 것이고, 비록 원고가 체신부장관과의 통합국사협약에 따라 이 사건 대지를 취득하였다 하여도 그것이 구·조세감면규제법 시행규칙 제20조의 2 제2항 제4호, 구·법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 소정의 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 비업무용부동산에서 제외되는 토지라고 할 수 없음은 물론, 위 토지에 토지구획정리사업이 시행되고 있어 그 지번이나 지적 등이 확정되어 있지 않았다 하여도 1985. 6. 27.경에 이르러서 사실상 토지구획정리사업이 완료되어 건축이 가능하였고 또 실제로 체신부가 1986. 8월경 서울국제우체국청사건물의 건축공사를 착공하여 1988. 4. 19. 그 공사를 마쳤던 이상 위 토지는 구·조세감면규제법 시행규칙 제20조의 2 제2항 제4호, 구·법인세법 시행규칙 제4항 제5호 소정의 비업무용부동산에서 제외되는 토지에 해당한다고 볼 수는 없다.

그렇다면, 이 사건 특별부가세부과처분은 적법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.