법인의 비업무용 부동산으로 보아 특별부가세 감면을 부인한 처분의 당부

【주 문】 1.피고가 1991. 4. 16.자로 원고에게 한 1991년 수시분 법인세 금149,697,590원의 부과처분 중 금57,275,770원을 초과하는 부분을 취소한다. 2.원고의 나머지 청구를 기각한다. 3.소송비용은 이를 3분하여 그 2는 피고의, 그 나머지는 원고의 각 부담으로 한다. 【이 유】

원고회사는 가방제조업을 하는 법인으로서 1982. 3. 22.경 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ의 1 대지 4,775.40평방미터 및 지상건물 1,690,91평방미터를 취득하여 가방제조공장으로 사용하다가 1987. 11. 1. 위 공장을 ㅇㅇ으로 이전하면서 1989. 6. 7.경 위 대지 및 건물을 매각한 것에 대하여, 피고는 이를 전부 업무용으로 인정하여 특별부가세를 면제하였다가 1991. 3. 서울지방국세청의 감사에서 지적을 받고 1991. 4. 16.자로 위 대지 4,775.40평방미터 중 공장기준면적율 50퍼센트를 초과하는 부분에 해당하는 토지 1,393.58평방미터를 비업무용부동산으로 보고, 이에 대하여 조세감면규제법 제66조의 규정에 의한 특별부가세 감면을 배제하고 특별부가세 금154,429,340원을 법인세 추가분으로 부과하였다가 기준초과면적을 계산함에 있어 철도접도구역 면적 42.7평방미터는 기준초과면적에서 제외되어야 한다는1991. 11. 15.자 국세심판소의 결정에 따라 1991. 12. 4. 법인세를 금149,697,590원으로 변경하여 부과처분한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

원고는, 원고회사의 공장면적은 실제로는 건축물대장에 기재된 1,690.91평방미터 보다 417.01평방미터가 더 많은 2,107.92평방미터이고, 공장면적에 추가로 업무상 불가피하게 축조된 가건축물 154.30평방미터를 합하면 공장 전체의 면적은 2,262.22평방미터이며, 또한 원고가 1982. 3. 22. 위 공장 대지 및 건물을 취득할 당시에는 기준공장 면적율이 40퍼센트이고 공장배치법에 의하면 지준면적의 10퍼센트까지는 업무용으로 간주하였으므로 위 공장건물면적 2,262.22평방미터에 따른 업무용 토지는 5,655.55평방미터로서 이 사건 공장대지 면적 4,775.40평방미터(철도접도구역 면적 42.7평방미터를 빼면 실제로는 4,732.70평방미터)를 훨씬 초과하므로 위 공장 대지는 전부 업무용에 해당되어 특별부가세를 부과할 여지가 없으므로 이를 비업무용 부동산으로 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

• 가. 그러므로 먼저 이 사건 공장의 실제면적이 얼마인지에 대하여 살펴본다. 갑 제4호증, 갑 제호증의1,2,3의 각 기재 및 증인 김ㅇ석, 김ㅇ흥, 김ㅇ기의 각 증언에 변론의 전취지를 보태어 보면, 이 사건 공장건축물의 면적이 공부인 건축물관리대장상에는 별지 면적표 기재와 같이 1,690.91평방미터로 등재되어 있으나, 실제로는 별지 면적표와 같이 2,107.92평방미터인 사실을 인정할 수 있고, 갑 제12호증의1,2, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제5호증의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니하며 그 밖에 반증이 없는바, 이에 의하면 이 사건 공장의 실제 면적은 2,107.92평방미터가 된다.
• 나. 원고가 추가로 축조한 가설건축물 154.3평방미터도 공장건축면적에 해당되는지에 대하여 본다. 원고는 이 사건 공장부지는 풍치지구이어서 건폐율 30퍼센트 이상의 건축이 불가능한 상태인데 그 당시 건폐율이 29.7퍼센트로서 기존건물을 헐고 재건축하지 않는 한 기준 공장면적율을 충족할 수 없었을 뿐만 아니라, 재건축의 경우에도 용도제한을 받아 공장 창고 등을 신축할 수가 없게 되어 있었으므로 결국 더 이상의 기준공장면적을 확보할 수가 없어서 공장건물의 부족분을 메꾸기 위하여 이 사건 공장건물의 한쪽에 154.3평방미터의 가설건축물을 지어 공장건물의 일부로 사용하지 않을 수 없었으므로 이는 정당한 사유에 해당되므로 결국 이도 업무용으로 보아야 한다고 주장하나, 건축법시행령 제98조 제2항 에 의하면, 시장 군수는 법 제47조의 규정에 의하여 가설건축물의 건축을 허가하는 경우에는 그 건축물의 존속기간 기타 필요한 조건을 붙여야 한다.라고 규정하고 있고, 갑 제9호증, 갑 제15호증의 각 기재에 변론의 전취지를 보태어 보면, 원고회사는 1985. 6.경 공장 내에 적재창고로 사용하기 위하여 건축면적 154.3평방미터의 가설건축물을 축조하고 이를 관할구청장에게 신고하자, 관할구청장은 이에 대하여 존치기간을 1985. 6. 23.부터 1986. 6. 22.까지로 하는 조건을 붙인 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위 인정사실을 위 규정에 비추어 보면, 위 가설건축물의 존치기간은 1986. 6. 22.까지이므로 그 이후에 원고가 관할관청으로부터 그 존치기간을 연장받거나 혹은 적법한 허가를 얻어 다시 건축하였다면, 위 가설건축물은 적법한 건축물로서 공장건축면적에 포함시킬 수 있다 할 것이나, 그렇지 않는 한 위 가설건축물은 불법 건축물로서 공장건축면적에 포함시킬 수 없다 할 것인데, 원고가 위와 같은 별도의 존치기간 연장이나 건축허가를 받았음을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로 1986. 6. 23.이후의 위 가설건축물은 불법 건축물로서 공장건축면적을 계산함에 있어서 이를 포함시킬 수 없다 할 것이고, 또한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 에 의하면, 당해 부동산 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것에 대하여는 비업무용 부동산으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 갑 제6호증의 기재 및 증인 김ㅇ석 증언에 의하면, 원고회사 공장부지 및 공장건물에 대하여 1979. 11. 30.자로 건설부고시 제497호로서 풍치지구로 지정되었으나, 원고회사는 이 사건 공장부지 등을 1982. 3. 22.에 취득한 사실을 인정할 수 있으므로 이 사건 공장부지에 대하여는 위 법 조항에 해당되지도 아니하여 이 부분에 대한 원고의 주장은 이유 없다 할 것이다.
• 다. 따라서 원고회사 공장대지면적 중 비업무용토지(기준초과용지)가 얼마나 되는지에 대하여 살펴본다. 조세감면규제법 제66조(특별부가세의 비과세 및 감면의 배제)에 의하면, 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률 중 특별부과세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제54조(1989. 7. 4. 대통령령 제12570호로서 개정되기 전의 것)에 의하면, 법 제66조에서 "대통령령이 정하는 것"이라함은 1981. 1. 1. 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것을 말한다.라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제20조의 2(1989. 12. 30. 재무부령 제1806호로 개정되기 전의 것) 제1항에 의하면, 영 제54조에서 "재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.라고 하면서, 2. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제13호에 해당하는 것을 그 일례로 규정하고 있고, 법인세법시행규칙(1990. 1. 4. 재무부령 제12878호로서 개정되기 전의 것) 제18조 제3항에 의하면, 영 제43조의 2 제5항에서 비업무용 부동산이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.라고 하면서, 2.건축물(시설물을 포함한다)에 직접 사용되는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지. 가.공장건축용건물의 부속토지 공업배치법 제6조 의 규정에 의한 기준면적을 그 일례로 규정하고 있으며, 공업배치법(1990. 1. 13 법률 제4212호로서 공업배치및공장설립에관한법으로 대치됨) 제6조(공업입지의 기준고시)에 의하면, 상공부장관은 관계부처의 장과 협의하여 다음 각 호의 사항에 관한 공장입지의 기준을 정하여 이를 고시하여야 한다.라고 하면서, 1.제조업종별 공장건축면적에 대한 대지면적의 비율(기준공장 면적율)을 규정하고 있는데, 이에 따른 상공부장관 고시 87-14호(1987. 5. 29. 개정)에 의하면, 한국표준산업분류번호 32332 가방제조업에 대한 기준공장면적율은 50퍼센트로 규정하고 있고, 공업배치법시행령 제12조 제1항 은"법 제11 제2항의 규정에 의한 기준초과용지는 다음 식에 의하여 산출한다. 공장 대지면적 - (공장건축면적 * 1/기준공장면적율)"라고 규정하고 있는바, 위 각 규정들에 따라 이 사건 공장부속토지 중 비업무용토지를 계산하면 별지 계산서 기재와 같이 516.86평방미터가 됨이 계산상 명백하다. 원고는 이에 대하여 1982. 3. 22. 이 사건 공장부지 및 건물을 매수할 당시의 기준공장면적율은 공업배치법 제6조 에 의한 상공부장관 고시 제87-14호에 의하면 40퍼센트이고, 나아가 기준면적의 10퍼센트까지 업무용으로 간주하고 있었으므로 이를 기준으로 하여 비업무용토지를 산정하여야 한다고 주장하나, 이 사건 공장의 양도일은 1989. 6. 7.로서 양도 당시 적용되던 공장입지기준고시(상공부고시 제86-20호 1986. 6. 4.)의 부칙 제1항에 "이 고시는 1986. 7. 1.부터 시행한다."라고 규정되어 있는바, 기존에 보유하고 있던 업무용 토지가 공장입지 기준면적율이 개정됨에 따라 새로이 비업무용 부동산에 해당하게 될 경우에는 개정고시의 시행일로부터 법인세법시행규칙 제18조 제3항 의 비업무용 부동산으로 보아야 할 것이므로 이 사건 공장에 대한 기준공장 면적율은 기존의 취득 당시 기준공장 면적율에 의할 것이 아니라 1986. 7. 1.부터 변경된 기준공장면적율에 의하여야 할 것이고, 나아가 공업배치법시행령 제12조 제2항 은 "제1항의 규정에 의하여 산출한 기준초과용지의 면적이 공장대지면적의 10퍼센트 미만이고 3,000평방미터를 초과하지 아니하는 경우에는 이를 기준초과용지로 보지 아니한다."라고 규정하고 있는바, 이 사건 기준초과용지의 면적이 516.86평방미터임은 위에서 본 바와 같고, 이는 이 사건 공장대지면적(4,775.4평방미터)의 10퍼센트를 초과함이 명백하니 위 기준초과용지 전부가 비업무용토지로 간주되므로 원고의 위 주장 역시 이유 없다. 이에 따라 원고에게 부과될 1981년도 수시분 법인세액에 관하여 보면, 이는 별지 법인세액표 기재의 금액이 되므로 피고의 이 사건 부과처분은 법인세 금52,275,770원의 부분에 대하여는 적법하다 할 것이나 이를 초과한 부분은 위법하여 취소를 면할 수 없다 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 정당하므로 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 부당하므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.