종복과세 여부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

아래사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제2호증의 1, 2, 갑제3호증의 1 내지 5, 갑제4호증의 1 내지 4, 을제1호증의 1, 2, 을제2호증의 1 내지 3, 을제3호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증없다.

(1) 원고는 그 소유의 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지와 ㅇㅇ번지 지상에 ㅇㅇ빌딩(지상 20층 및 지상 2층의 건물 2동)을 신축하여 1990년경부터 이를 분양하고 일부는 임대하였다.

(2) 원고는 1995. 5. 31. 구 소득세법 제100조 (1994. 12. 22. 전문개정 법률 제4803호로 개정되기 이전의 것, 이하 법이라고 한다)에 의하여 1994년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서, 위 빌딩 중 1994년도에 분양한 부동산매매로 인한 사업소득을, 법 제120조 와 구 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것, 이하 영이라고 한다) 제169조의2 소정 의 추계조사결정방법의 하나인 국세청장이 정한 표준소득률에 의한 방법에 따라, 총수입금액 27,703,841,677원에 국세청장이 정한 1994년도 부동산매매업의 표준소득률 25%(이하 기본율이라고 한다)를 곱한 금6,924,460,419원으로 신고하고 그 밖에 부동산임대로 인한 부동산 소득을 위 표준소득률에 의한 방법으로 계산한 금 702,806,643원과 근로소득 2,310,000원을 신고하여 합계 금 7,629,577,062원을 소득으로 신고하고 이에 대하여 법 제82조 제2항 제2호 에 의하여 산출한 세액에 법 제121조 제4항 소정의 기장불성실가산세를 합한 금 4,821,524,667원을 자진납부하였다.

(3) 그런데 피고는, 원고가 당해 연도 수입금액이 모두 금300,000,000원을 초과하는 사업자로서 법 제184조 제3항 소정 의 복식부기의무자이면서도 기장불비로 소득금액을 추계로 신고하였으니 국세청장이 정한 표준소득률상 위 기본율의 20%를 가산하는 무기장 가산율의 적용대상이 된다는 이유로 원고의 위 부동산매매로 인한 사업소득금액 및 부동산임대로 인한 부동산 소득금액을 위 무기장 가산율을 적용한 금 8,311,152,503원｛(6,924,460,419원 × (1 ＋ 0.2)｝ 및 금 843,367,971원｛702,806,643원 × × (1 + 0.2)}으로 각 산정하여 과세표준을 결정함과 아울러 이를 기초로 하여 법 제82조 제2항 제2호 에 의하여 산출한 세액에 법 제121조 제3, 4항 에 의한 기장불성실가산세 및 납부불성실가산세를 가산한 후 총결정세액에서 원고의 기납부세액을 차감한 금 1,121,593,470원의 종합소득세를 1996. 6. 17.자로 원고에게 부과하였다.(이하 당초처분이라 한다)

(4) 원고는 국세청장에 대한 심사청구를 거쳐 1996. 9. 20. 국세심판소장에게 심판청구를 하였는바, 국세심판소장은 이에 대하여 1997. 10. 27. 당초처분 중 부동산임대로 인한 부동산소득을 원고가 비치ㆍ기장한 장부와 증빙에 의하여 실지조사결정하고, 부동산매매로 인한 사업소득을 추계조사결정함에 있어 적용할 표준소득율은 1994. 1. 1.부터 1994. 8. 31.까지의 기간분은 기본율로 하고, 법 시행령 제225조 재2항 에 의하여 원고에게 기장의무가 발생하는 1994. 9. 1.부터의 나머지 기간분만을 기본율에 무기장가산율을 가산한 율로 하고, 무기장가산세도 1994. 9. 1.부터 1994. 12. 31.까지 기간의 부동산매매업에서 발생한 소득에 대하여만 적용하라는 심판결정을 하였고 위 심판결정에 따라 피고는 1998. 1. 7. 부동산매매로 인한 사업소득을 금 8,239,413,929원, 부동산임대로 인한 부동산소득을 금 90,702,242원으로 각 감액하여 기장 및 납부불성실가산세를 포함한 총결정세액을 금 5,463,581,196원으로 감액경정, 고지함으로써 피고의 당초처분은 위 총결정세액 5,463,581,196원에서 자진납부한 금 4,821,287,060원을 공제한 금 642,294,136원으로 감액되어 남게 되었다.(당초처분 중 위 감액경정처분 후 남게 된 금 642,294,130원 부분을 이 사건 과세처분이라 한다)

• 가. 원고의 주장 피고는 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(1) 원고는 법 제82조 제1항, 제2항 이 비교과세제도를 취하고 있는 이상, 부동산매매업자의 종합소득세액의 계산은 순수한 종합소득세 계산방식과 순수한 양도소득세 계산방식에 의하여 각각 계산된 세액 중 큰 것으로 하게 되어 있으므로 이 사건 원고의 경우 부동산 매매로 인한 세액만을 계산해 보면 종합소득세방식에 의할 경우에는 별표의 '원고 주장 종합소득세방식에 의한 총결정세액'과 같이 금 4,066,097,494원이 되고 양도소득세방식에 의할 경우에는 양도소득세는 비사업자를 전제로 하는 것임에 비추어 매매차익의 계산은 표준소득률의 기본률만 적용하여야 하고 사업자를 전제로 한 무기장 가산률을 적용할 수 없는 것이므로 별표의 '원고 주장 양도소득세방식에 의한 총결정세액'과 같이 금 4,120,176,251원이 되므로 결국 세액이 더 큰 양도소득세 방식으로 산정한 금액을 세액으로 결정하면 되는 것인데도 피고는 매매차익을 구하는데 있어 별표의 '피고주장'과 같이 표준소득률상의 기본률에 무기장가산률을 가산하여 매매차익을 구하는 종합소득세방식을 적용하면서도(법 시행규칙 제67조1호 가목), 세율을 적용하는데 있어서는 양도소득세방식에서나 적용하는 양도소득세율을 적용함으로써(법 시행규칙 제67조 제2호 나목) 결국 종합소득세 산정방식과 양도소득세 산정방식을 혼용하는 오류를 범하고 있으므로 피고의 이 사건 과세처분은 법에 의한 비교과세제도의 명문규정에 반하고 그 제도의 근본 취지에도 반하여 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(2) 다음으로 원고는 이 사건 빌딩의 분양에 즈음한 1990년부터는 복식부기로 기장을 하여왔으므로 기장의무불이행을 이유로 무기장 가산률을 적용할 수 없고, 1980년에 취득한 이 사건 빌딩부지의 취득가액을 입증할 관련자료를 보관하고 있지 않다고 하여 1980년부터 기장의무를 이행하지 않은 것으로 보아 무기장 가산률을 적용한다면 국세기본법이 금하는 소급과세를 하는 결과로 되므로 무기장 가산률을 적용하여 한 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다.

(3) 원고는 또한, 원고의 무기장에 대하여 무기장 가산률을 적용하는 이상 다시 무기장 가산세를 부과하는 것은 중복 과세로서 위법하다고 주장한다.

• 나. 관계법령 법 제82조 제2항 은 부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지 또는 건물(이하 토지 등이라 한다)의 매매로 인하여 발생하는 사업소득 이외에 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는 다음 각호의 세액 중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다고 하면서 제1호에 제70조 의 규정에 의한 종합소득산출세액, 제2호에 제92조 제2항 의 규정에 의한 산출세액의 당해연도분 합계액과 종합소득과세표준에서 제92조 제1항 의 규정에 의한 토지 등 매매차익의 당해연도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액이라고 규정하고, 법 제82조 제3항 은 제2항의 부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령으로 정한다고 규정하며 영 제134조 제2항 은 법 제82조 에 규정하는 종합소득산출세액의 계산은 재무부령이 정하는 바에 의한다고 규정하고 법 시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문개정되기 이전의 것) 제67조는 영 제134조 제2항 의 규정에 의한 종합소득산출세액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다고 하면서 그 제2호에서 토지 등의 매매로 인하여 발생한 소득 이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음 (가) 및 (나)에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다고 하고 다음과 같이 규정하고 있다. (가) (매매차익 － 기타 필요경비 ＋ 다른 종합소득금액) － 소득공제액 = 종합소득과세표준, 종합소득과세표준 × 기본세율 = 종합소득산출세액 (나)｛ (매매차익 － 양도소득공제 －법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) ×법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 세율｝＋｛ (다른 종합소득금액 － 소득공제액) × 기본세율｝= 종합소득산출세액 법 제70조 는 제1항은 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 당해연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(종합소득산출세액)이라고 하면서 종합소득과세표준금액에 따른 세율을 열거하고 종합소득과세표준이 금 64,000,000원이 초과하는 경우의 세액은 17,740,000원에 64,000,000원을 초과하는 금액의 100분의 45을 합산한 액으로 규정하고 제3항에서 거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(양도소득산출세액)을 세액으로 한다고 하고 제1호에서 제2호 내지 제5호에 기재된 자산을 제외한 자산에 대에 대하여 양도소득과세표준금액에 따른 세율을 정하면서 금 500,000,000원을 초과하는 경우의 세액을 금 265,500,000원에 500,000,000원을 초과하는 금액의 100분의 60을 합산한 액으로 규정하고 있다. 법 제92조 제1항 은 부동산매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조 의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다고 하고 제2항은 제1항의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매차익에 제70조 제3항 각호 에 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 하며 제4항은 제1항의 토지등 매매차익의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 하며. 영 141조 는 법 제92조 제1항 에 규정하는 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다고 하고 제1호에서 제94조 에 규정하는 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액을 들고 있고 영 제94조 는 양도자산의 필요경비로서 제86조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당한 가액을 들고 있다. 법 제94조 제1항 은 부동산 매매업자가 토지 등 매매차익예정신고 또는 토지 등 매매차익 예정신고자진납부를 하지 아니하였거나 그 신고한 매매차익이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 정부는 즉시 그 매매차익 또는 세액을 결정하거나 시정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 부동산매매업자에게 통지하여야 한다고 하고 영 제142조 제1항 은 법 제94조 의 규정에 의한 토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다고 하면서 제1호에서 부동산매매업자가 토지등 매매차익예정신고시에 제출한 증빙서류 또는 비치ㆍ기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조 의 규정에 의한 토지 등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사 결정한다고 하고 제2호에서 제169조 제1항 각호 에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조 의 규정에 불구하고 매매가액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 영 제169조 제1항 은 법 제120조 제1항 에서 "대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유"라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다고 하고 제1호에서 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우를 들고 있으며 영 제169조의2 는 그 제2항에서 국세청장이 정하는 표준소득률이란 규모와 업황에 있어 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 표준적인 비율을 참작하여 결정한 소득률을 말하는 것으로 규정한 후, 그 제3항에서 국세청장이 표준소득률을 정함에 있어 차등률을 정할 수 있도록 규정하면서 그 제1호에서 그 사유로서 자료보고ㆍ거래양성화등의 성실도 및 수입금액의 규모 등을 들고 있다. 법 제121조 제4항 은 복식부기의무자 또는 간이장부의무자가 당해장부를 비치ㆍ기장하지 아니하였거나 비치ㆍ기장한 장부에 의한 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달한 때에는 종합소득금액에 대하여 그 기장하지 아니한 당해소득금액 또는 기장하여야 할 금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다고 규정하고 있다.
• 다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대하여 살피건대 법 제82조, 제92조, 제94조, 영 제141조, 제142조 의 각 규정에 의하면 법 제82조 제2항 제2호 에 의하여 세액을 산출함에 있어 부동산매매업자의 매매차익은 매매가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 하되 부동산매매업자가 매매차익예정신고, 자진납부를 하지 아니 하거나 그 신고, 납부에 탈루, 오류가 있는 때에는, 장부나 증빙서류에 의하여 매매차익을 계산할 수 있는 경우 실지조사결정하고 과세표준을 계산함에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 미비한 경우 매매가액에 소득표준율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있고 갑제3호증의 4의 기재 및 변론의 전취지에 의하면 원고는 1980. 5.경 취득한 이 사건 빌딩부지의 취득원가를 증빙할 자료가 없는 사실이 인정되므로 법 제82조 제2항 제2호 에 의하여 원고의 이 사건 부동산매매로 인한 세액을 산출함에 있어 매매차익은 매매가액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 할 것이고 을제4호증의 1, 2의 각 기재 및 변론의 전취지에 의하면 국세청장은 94년도 귀속표준소득율을 정함에 있어, 자료보고ㆍ거래양성화 등의 성실도 및 수입금액의 규모에 따라 차등률을 정할 수 있다는 영 제169조의 2 의 규정에 따라 당해연도 사업장별 수입금액이 3억원 이상인 개인, 법인이 무기장하였거나 기장불비로 소득금액을 추계로 신고 또는 결정한 사업자인 경우에는 당해 업종별 표준소득율의 20%를 가산하도록 정하고 있는 사실이 인정되고 앞서 본 바와 같이 원고는 위 토지의 취득원가를 증빙할 자료가 없어 추계로 소득금액을 신고 또는 결정한 사업자로서 위 무기장가산률의 적용대상자에 해당된다 할 것이며 법 제82조 제2항 제2호 의 세액산출방식에 의하는 경우에는 무기장가산률의 적용을 배제하여야 할 근거가 없으므로(위 법조항에서 인용하는 법 제92조 소정 의 매매차익의 산출방식은 법 제95조 소정 의 양도차익의 산출방식과 다르다.) 피고가 이 사건 과세처분에 있어 법 제82조 제2항 제2호 에 의하여 세액을 산출하면서 무기장가산률을 적용하여 매매차익을 계산한 것은 위 법규정에 따른 것으로서 타당하다 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유없다.

(2) 원고의 두번째 주장에 관하여 살피건대 원고가 1990년 경부터 기장을 하여 왔다 하더라도 원고가 1980년경 취득한 위 부지의 취득원가를 증빙할 자료가 없는 이상 앞서 본 바와 같이 국세청장이 정한 94년 귀속 표준소득률에서 정하고 있는 무기장가산률 적용 대상자인 '기장불비로 소득금액을 추계로 신고 또는 결정한 사업자'에 해당한다 할 것이고 또한 위와 같이 원고가 1980년도에 매입한 위 부지의 취득원가를 증빙할 수 없어 무기장가산률을 적용하는 것이 1980년부터 원고에게 기장의무를 부과하는 것은 아니므로 소급과세라고 볼 수도 없다 할 것이어서 원고의 위 주장 또한 이유없다.

(3) 원고의 세번째 주장에 관하여 살피건대 무기장 가산률은 비록 그 적용에 의하여 기장을 유도하는 정책적인 효과가 사실상 수반될 수 있다고 하더라도 무기장 가산률 자체는 어디까지나 수입규모에 따른 소득상의 차등을 되도록이면 정확하게 반영함으로써 소득의 추계가 그 실액에 근접하도록 이루어지게 하기 위하여 정하여진 과세표준의 추계조사방법의 하나인 반면, 법 제121조 제4항 소정 의 무기장 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 이유없이 법에 규정된 신고의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재여서 서로 제도의 취지와 성질을 달리하는 것이므로, 과세표준의 결정에 있어서의 무기장 가산률의 적용은 무기장 가산세의 부과에 법률상 아무런 장애가 될 수 없다 할 것이어서, 이에 반하는 원고의 위 주장 역시 그 이유가 없다.

그렇다면, 이 사건 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 10. 1.