1. 과세처분의 경위
갑제1호증, 갑제3,12호증의 각 1,2, 갑제5,6호증의 각 1 내지 4, 갑제13호증의 2, 갑제16호증, 을제1호증의 1,2, 을제5 내지 9호증, 을제13호증의 1 내지 9의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 보면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
- 가. 원고는 1987. 2. 13. 소외 유○기, 소외 김○상 및 김○종과 공동으로 ○○시 ○○동 산 ○○번지 임야 11,802㎡와 같은 곳 산 79의 3 임야 15,471㎡를 균분하여 1/4씩 취득하여 보유하고 있다가, 1989. 7. 18. 위 산 79의 1 토지를 같은 동 79의 1 및 79의 6 각 2,951㎡, 79의 7 및 79의 8 각 2,950㎡로, 위 산 79의 3 토지를 같은 곳 79의 3 2,313㎡, 79의 9 및 79의 10 각 3,868㎡, 79의 11 3,867㎡, 79의 12 1,554㎡(이하, 분할된 위 9필지의 토지를 이 사건 각 토지라 한다)로 각 분할한 다음, 같은해 8. 23.부터 9. 20.까지 사이에 위 79의 1은 소외 이○택외 2인에게, 위 79의 6은 소외 김○원외 1인에게, 위 79의 7은 소외 이○태외 2인에게, 위 79의 8은 소외 하○성외 3인에게, 위 79의 3은 소외 임○영에게, 위 79의 9는 소외 장○준외 3인에게, 위 79의 10은 소외 임○준외 3인에게, 위 79의 11은 소외 이○해외 3인에게, 위 79의 12는 소외 최칠성에게 각 매도하여 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.
- 나. 그 후 원고를 비롯한 위 공동매도인들은 1989. 9.경 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 기준시가에 따라 양도차익 예정신고를 하면서 양도소득세 금24,589,104원 및 동 방위세 금4,917,820원을 납부하자, 이에 피고는 1990. 7. 6.경 원고에 대하여 추가로 납부하여야 할 양도소득세로 금2,563,337원 및 방위세로 금559,274원을 각 결정·부과하였고, 그 무렵 원고는 위와 같은 추가양도소득세 및 방위세도 납부하였다.
- 다. 그러나 피고는 1993. 7. 1. 원고가 이 사건 각 토지의 지분을 양도한 것은 부동산매매업을 영위한 것에 해당되어 종합소득세 과세대상이라는 이유로, 구 소득세법 제82조 에 의하여 원고가 같은 해에 목재가구 제조업자로서 얻은 별도의 사업소득과 이 사건 각 토지의 매도에 따른 소득을 합산하여 종합소득세를 부과하기로 하면서, 구 소득세법 제92조 및 제94조 에 의하여 실지거래가액을 조사하여, 이 사건 각 토지의 매수가액을 원고 및 위 유○기에 의하여 확인된 평당 금35,000원으로 하여 매수총가액을 금288,750,000원으로 계산하고, 매도가액에 관하여는 위 79의 1은 위 이○택에게 확인한 평당 금177,130원(총 금158,000,000원), 위 79의 6은 위 김○원에게 확인한 평당 금180,000원, 위 79의 7은 위 이○태에게 확인한 평당 금210,000원, 위 79의 8은 위 하○성에게 확인한 평당 금185,000원, 위 79의 3은 위 임○영에게 확인한 평당 금220,000원, 위 79의 9는 위 장○준에게 확인한 평당 금200,000원, 위 79의 10은 위 임○준에게 확인한 평당 금223,000원, 위 79의 11은 위 이○해에게 확인한 평당 금180,000원, 위 79의 12는 위 최○칠에게 확인한 평당 금200,000원으로 하여 매도총가액을 금1,623,595,00원으로 계산한 다음, 위 매도총가액에서 위 매수총가액과 기타 필요경비를 공제하여 양도차익을 금1,334,497,542원으로 산정하고 그중 원고의 지분 4분의 1에 해당하는 금333,624,386원을 원고의 매매차익으로 한 후, 법 제82조 제2항 에 따라 ① 그 제1호에 의한 산출세액으로 1989년도의 다른 사업소득 금5,081,216원과 위 매매차익을 합산하여 그 소득에 대하여 법 제70조 에 의하여 산출한 금158,837,801원과 ② 그 제2호에 의한 산출세액으로 위 매매차익에 대하여 법 제92조 제2항 에 의하여 산출한 금171,389,084원과 위 다른 사업소득에 대하여 기본세율에 따라 산출한 금185,121원을 합산한 금171,572,205원 중, 세액이 더 많은 후자의 세액을 1989년도 귀속종합소득세로 한 뒤, 여기에 신고불성실가산세 금16,890,177원 및 납부불성실가산세 금14,679,798원을 가산하여 총결정세액 금203,148,180원을 산출한 다음, 당시까지 원고가 이미 납부한 종합소득세 및 양도소득세 상당 금원을 공제한 나머지 금175,810,618원 및 동 방위세의 총결정세액 금40,190,062원에서 당시까지 원고가 이미 납부한 방위세 상당 금원을 공제한 나머지 금34,694,450원을 원고에게 부과 고지하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.