1. 기초사실
다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증, 갑제2호증(을제2호증의 1과 같다), 갑제5호증의 1 내지 5, 갑제6호증의 1, 2, 갑제8호증의 1, 2, 3, 을제1호증의 1, 2, 3, 을제2호증의 2, 3, 4의 각 기재와 변론의 전취지를 모아보면 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.
- 가. 원고는 1977. 9. 13. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 155의 14 대 360m2(이하 이 사건 제1토지라 한다)의 9/15지분을 취득하여 소유하고 있었고, 그 나머지 6/15지분은 소외 고ㅇㅇ가 소유하고 있었으며, 이 사건 제1토지와 연접한 같은 동 155의 13 대 347m2(이하 이 사건 제2토지라 한다)는 소외 박ㅇㅇ, 고ㅇㅇ, 윤ㅇㅇ가 각 4/12지분씩을 소유하고 있었는데, 위 각 토지상에는 시멘트와즙 주택1동 43.64m2와 목조초가지붕 주택 1동 33.06m2가 경계가 불분명한 상태로 축조되어 있었다.
- 나. 원고를 포함한 이 사건 각 토지의 소유자들(이하 원고 등이라 한다)은 1993. 4. 24. 위 구 주택들을 헐어내고 새로운 주택을 건축하기 위하여 이 사건 각 토지를 합병하여 그 합병된 토지를 원래의 소유 지분에 따라 분할, 소유하기로 합의하였는데, 당시 지적법이 합병하고자 하는 토지의 소유자가 서로 다른 경우에는 합병을 허용하지 않도록 규정되어 있었으므로(1995. 12. 6. 법률 제5000호로 개정되기 전의 지적법 제18조 제3항 참조) 이 사건 각 토지의 원고 등의 소유 지분을 균등하게 하기 위하여, 각자의 지분 일부씩을 서로 교환하기로 약정하였다.
- 다. 위 합의에 따라서 원고는 1993. 5. 11. 이 사건 제1토지의 공유지분 중 각 3/15지분에 관하여 위 고ㅇㅇ와 윤ㅇㅇ에게 같은 달 10. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었고, 한편 위 고ㅇㅇ는 이 사건 제1토지의 공유지분 중 15분의 3에 관하여 위 박ㅇㅇ에게, 위 박ㅇㅇ와 고ㅇㅇ는 이 사건 제2토지의 각 공유지분 중 각 1.6/12지분씩을 위 고ㅇㅇ와 원고에게, 위 윤ㅇㅇ는 이 사건 제2토지의 공유지분 중 각 0.8/12지분씩을 원고와 위 고ㅇㅇ에게 1993. 5. 11. 각 같은 달 10. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하여 줌으로써 결국 원고 등은 이 사건 제1토지는 각 15분의 3지분씩을, 이 사건 제2토지는 각 12분의 2.4지분씩을 공유하는 것으로 등기되었다.
- 라. 위 각 교환등기가 마쳐진 후 같은해 5. 27.에 이르러 이 사건 제2토지는 이 사건 제1토지에 합병되어 같은 동 155의 14 대 707m2로 되었다가, 같은해 5. 31. 그 중 287m2가 같은 동 155의 86 대지로, 70m2가 같은 동 155의 87 도로로 각 분할되고, 위 분할된 후의 같은 동 155의 86 대지와 155의 87도로는 원고가 각 9/15지분을, 위 고ㅇㅇ가 각 15분의 6 지분을, 같은 동 155의 14 대 350m2는 위 박ㅇㅇ, 고ㅇㅇ, 윤ㅇㅇ가 각 4/12지분씩을 각 소유하는 것으로 지분등기를 경료함으로써 원고 등이 위 합병분할전에 소유하던 것과 근사한 면적에 상당하는 지분을 소유하게 되었다.
- 마. 원고는 이 사건 각 토지의 합병을 위한 교환과정에서 이 사건 제1토지의 공유지분 중 각 3/15지분을 위 고ㅇㅇ와 윤ㅇㅇ에게 양도한 것에 대하여 1994. 5. 30. 과세표준확정신고를 하면서 양도소득세 금 43,089,110원을 자진납부하였다.
- 바. 피고는 1994. 12. 31. 원고의 과세표준확정신고와 같은 내용의 과세표준과 세액을 결정하기는 하였으나 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제128조 및 같은법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제183조에 따른 통지를 서면으로 하지 않고 있다.