이월된 임시투자세액공제의 당부

【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제3호증의 2, 을제1호증의 1 내지 3, 을제2호증의 1 내지 11, 을제3호증의 1 내지 3, 을제4호증, 을제5호증, 을제6호증, 을제7호증의 1 내지 8의 각 기재와 변론의 전취지에 의하여 인정할 수 있다.

(1) 원고는 서울에 본점을 두고 제관 및 인쇄업 등을 영위하고 있는 법인으로서, 1990. 7. 1. 구(舊) 농어촌소득원개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 소재 ㅇㅇ농공지구 안에 공장을 설치하고 입주하여 그 무렵부터 농어촌소득원개발사업을 영위하고 있으며, 위 농공지구 안의 공장을 새로이 설치하기 위하여 1990과세연도에 금 2,583,409,456원 상당의 시설(공관제조 및 금속인쇄의 기계장치)투자를 하였다.

(2) 그런데 원고는 1990과세연도에 위 ㅇㅇ농공지구 안의 공장에서 발생한 소득이 없어서 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조의4에 의한 농공지구 입주기업에 대한 당해 공장의 법인세감면신청을 하지 않았고, 또한 같은 과세연도에는 회사 전체의 소득이 결손인 관계로 법인세산출세액이 없어서 같은 법 제72조 제1항에 의하여 위 시설투자에 대하여 인정되는 금 189,079,350원의 임시투자세액공제도 받을 수 없었다.

(3) 원고는 1992과세연도에는 위 농공지구 안의 공장에서 금 1,385,011,919원의 소득이 발생하여 구 조세감면규제법 제40조의4의 규정에 의한 농공지구 입주기업의 법인세감면신청을 하고, 같은 과세연도의 과세표준(법인전체소득금액) 2,492,798,960원에 대한 법인세산출세액 금 833,551,646원에서, 위 규정에 의한 법인세 감면액 금 463,125,580원(법인세산출세액 833,551,646원 X 위 농공지구 입주공장의 소득금 1,385,011,919원 / 법인 전체소득금 2,492,798,960원)과 1990과세연도에서 공제받지 못하여 이월된 위 임시투자세액공제 금 189,079,350원 중 금 71,290,191원을 합한 금 534,415,771원[위 법인세산출세액에서 같은 법 제88조(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)에 규정된 최저한세 적용금액 299,135,875원을 공제한 나머지 금액]을 공제한 금 299,135,875원과 추가납부세액 금 7,671,000원을 합한 총부담세액에서, 자진예납·원천징수 등의 기한내납부세액 금 194,079,500원을 공제하면, 원고가 납부할 법인세액은 금 112,727,375원이라는 내용의 1992과세연도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하고, 위 법인세액을 자진납부하였다.

(4) 그런데, 피고는 구 조세감면규제법 제40조의4의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 같은 법 제72조의 규정에 의한 세액공제를 중복하여 적용할 수 없다는 같은 법 제87조 제6항을 근거로 하여 원고가 위 과세표준 및 세액신고시 중복공제한 임시투자세액 금 71,290,191원의 공제를 부인하고, 원고 회사의 1992과세연도 과세표준 금 2,492,798,960원에 대한 법인세산출세액 금 833,551,646원에서, 농공지구입주기업에 대한 법인세 감면액 463,125,580원을 공제하고 가산세액 금 12,604,105원을 가산하여 금 383,030,171원을 산출하고, 여기에 추가납부세액 금 7,671,000원을 더하는 한편 원고의 자진예납·원천징수·자진납부 등의 기한내납부세액 금 306,806,875원(194,079,500원 + 112,727,375원)을 공제한 결과, 1994. 6. 16. 원고가 1992과세연도의 법인세로서 납부할 세액을 금 83,894,290원으로 경정하여, 그 경정결정을 원고에게 고지하였다(이하 이 사건 과세처분이라고 한다).

피고는, 구 조세감면규제법 제87조의 입법취지에 비추어 볼 때 같은 조 제6항에서 말하는 "법인세가 감면되는 경우"라고 함은 농공지구 안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 법인에 대하여 "같은 법 제40조의4의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 기간 동안"을 의미한다고 해석하여야 하고, 그렇지 않다 하더라도 위 법인이 같은 법 제40조의4의 규정에 의하여 법인세를 감면받은 과세연도에는 같은 법 제72조에 의한 임시투자세액공제나 같은 법 제89조에 의한 위 임시투자세액의 이월공제가 배제된다고 해석하여야 하므로, 피고가 위와 같은 해석에 따라 원고가 같은 법 제40조의4의 규정에 의하여 법인세 감면혜택을 받은 1992과세연도에 원고에게 법인세를 부과함에 있어서 1990과세연도에서 이월된 임시투자세액을 공제하지 않은 것은 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는, 조세감면 및 세액공제의 특례 등을 규정한 구 조세감면규제법의 입법취지 및 같은 법 제40조의4 제3항에서 같은 조 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 같은 법 제87조 제6항 소정의 "법인세가 감면되는 경우"라고 함은 농공지구 입주기업이 '법인세 감면신청을 하여 실제로 감면되는 경우'라고 해석하여야 하고, 따라서 농공지구 입주기업은, 농공지구에 입주한 당해공장에서 소득이 발생한 과세연도에는 선택적으로 같은 법 제40조의4 제3항 소정의 감면신청을 하여 법인세를 감면받거나 같은 법 제72조소정의 임시투자세액공제를 받을 수 있고 이 경우에는 같은 법 제87조 제6항이 적용되며, 당해 공장에서 소득이 발생하지 않은 과세연도에는 당해 공장의 소득에 대한 법인세 산출세액이 없어 같은 법 제40조의4 제3항 소정의 감면신청을 할 필요가 없고 이 경우에는 같은 법 제87조 제6항도 적용받지 아니하므로 같은 법 제72조의 규정이 적용될 수 있다고 할 것인데, 원고의 경우 1990과세연도에 같은 법 제72조 소정의 임시투자세액공제액이 당시 시행되던 같은 법 제88조 제3항의 규정에 의한 한도액을 초과하였으므로 같은 법 제89조 제1항에 의거 이를 1994과세연도까지 이월하여 공제받을 수 있으므로, 원고의 1992과세연도의 법인세액을 산정함에 있어서는 1990과세연도에서 이월된 임시투자세액을 공제하여야 한다고 주장한다.

구 조세감면규제법 제40조의4 제1항은 농어촌소득원개발촉진법에 의한 농공지구(1990. 12. 31. 법률 제4282호에 의하여 농공단지로 개정되었다)안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 같은 법 제15조 제1항의 규정을 준용하여 감면하되 이 경우 창업일은 대통령령이 정하는 입주일로 하도록 규정하고, 같은 조 제3항은 위 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 감면신청을 하여야 한다고 규정하고, 같은 법시행령 제33조의3 제1항에 의하면 위 "대통령령이 정하는 입주일"이라 함은 농공지구 안에서 공장을 새로이 설치하여 사업을 영위하는 날을 의미하며, 같은 법 제15조 제1항은 중소기업창업지원법 제25조 제1항 의 규정에 해당하는 "농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자"에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 3년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. 그리고, 같은 법 제72조 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고, 같은 법시행령 제57조의2 제1항은 내국인이 제조업 또는 광업에 직접 사용되는 사업용기계장치를 새로이 취득하기 위하여 1989년 7월 1일부터 "1990년 6월 30일(1990. 5. 1. 대통령령 제12996호에 의하여 '1990년 12월 31일'로 개정되었다)"까지 투자한 금액에 대하여는 같은 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 당해 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(국산기자재를 사용하여 투자한 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 그 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하며, 같은 법 제88조(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3항은 제18조, 제40조의5 제3항, 제43조, 제43조의2, 제46조의3, 제71조, 제72조, 제72조의2 및 제72조의5의 규정에 의하여 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 금액의 합계액은 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세 산출세액의 100분의 30을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 공제한다고 규정하며, 같은 법 제89조 제1항은 제18조 제40조의5 제3항, 제43조, 제43조의2, 제46조의3, 제71조, 제72조, 제72조의2 또는 제72조의5의 규정에 의하여 공제할 세액이 "제88조 제3항의 규정에 의한 한도액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에(1990. 12. 31. 법률 제4285호에 의하여, '제88조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에'로 개정되었다)" 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 4년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도에 소득세 또는 법인세에서 이를 공제한다고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제87조 제6항에 의하면, 제15조(창업중소기업에 대한 조세감면), 제40조의4(농공지구입주기업에 대한 조세감면), 제40조의7(위탁영농회사에 대한 조세감면), 제43조의4(수도권 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 조세감면), 제44조 제5항(창업중소기업·농공지구입주기업이 통합시 감면세액의 승계), 제45조의3(사업전환중소기업에 대한 조세감면) 등의 조세감면특례규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제18조(신기술기업화사업에 대한 투자세액공제), 제43조(지방전환사업에 대한 투자세액공제), 제43조의2(법인본사 지방이전에 대한 투자세액공제), 제46조의3(산업합리화에 따른 사업전환 또는 주력업종시설에 대한 투자세액공제), 제71조(특정설비투자에 대한 투자세액공제), 제72조(임시투자세액공제), 제72조의2(사원용 임대주택에 대한 투자세액공제), 제72조의5(기숙사투자에 대한 투자세액공제) 등의 투자세액공제규정은 이를 적용하지 아니하도록 되어 있다.

• 가. 구 조세감면규제법 제40조의4(농공지구입주기업에 대한 조세감면)는 농어촌소득원개발투자를 촉진함으로써 지역간 균형성장을 도모할 목적으로 농공지구에 입주하기 위하여 투자한 기업에 대하여 입주일로부터 일정한 기간동안 법인세 등 감면의 지원을 하도록 규정하고, 같은 법 제72조(임시투자세액공제)는 기업의 설비투자를 촉진함으로써 구조조정을 통한 지속적인 안정성장을 이룩할 수 있는 기반을 마련할 목적으로 일정한 설비투자를 한 기업에 대하여 그 투자금액의 일정부분을 법인세 등에서 공제하는 지원을 하도록 규정하고 있는바, 위 조세감면특례규정과 위 세액공제규정에 의하여 기업에게 조세지원을 부여함으로써 달성하고자 하는 입법목적은 일응 구별된다고 할 것이다. 한편, 같은 법 제87조 제6항은 기업이 '같은 법 제40조의4의 규정 등에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 같은 법 제72조 등의 규정은 이를 적용하지 아니한다'고 함으로써 어느 한 기업에 대한 조세감면특례규정과 투자세액공제규정의 중복적용을 배제하고 있는바, 이와 같은 중복적용 배제의 입법취지는 기업에 대한 지나친 조세지원을 억제함으로써 기업 간의 조세부담의 불공평을 방지함과 아울러 국가의 조세수입을 확보하기 위함에 있다 할 것이다.
• 나. 그런데, 같은 법 제87조 제6항은 분명히 제40조의4 등의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 제72조 등의 규정을 적용하지 아니한다고 하고 있으므로, 기업이 어느 과세연도에 같은 법 제40조의4의 규정에 의하여 법인세를 실제로 감면받는 경우에 한하여 당해 과세연도에는 같은 법 제72조의 규정에 의한 세액공제가 배제된다고 할 것인바, 이 사건에서 원고는 1990과세연도에 농공지구에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하였으므로 같은 법 제40조의4, 제15조, 같은 법시행령 제33조의3 제1항의 규정에 의하여 1990과세연도부터 1995과세연도까지 농공지구 안의 당해공장에서 발생하는 소득에 대한 법인세를 감면받을 수 있는 요건은 갖추었으나, 1990과세연도에 당해공장에서 소득이 발생하지 않음으로써 실제로는 1990과세연도에 같은 법 제40조의4의 규정에 의한 법인세의 감면을 받지 못하였고, 한편 같은 과세연도에 같은 법 제72조에 규정된 임시투자를 한 것이므로, 원고에 대하여 같은 과세연도에는 임시투자세액공제의 배제에 관한 같은 법 제87조 제6항이 적용될 수 없다. 따라서 원고로서는 같은 과세연도의 법인세액에서 같은 법 제72조에 의한 임시투자세액공제를 받을 수는 있었는데 같은 과세연도에 법인전체에 결손이 발생한 관계로 임시투자세액을 공제할 법인세액이 없어서 같은 법 제89조 제1항, 제88조 제3항에 의하여 특별한 사정이 없는 한 그 임시투자세액공제액 상당액을 1994과세연도까지 이월하여 공제받는 것이 가능하게 되었다 할 것이다. 그러나, 원고는 1990과세연도에 농공지구에 공장을 설치하기 위하여 그 공장에 시설(원고의 사업인 제조업에 직접 사용되는 기계장치를 새로이 취득하기 위하여 한)투자를 하고 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하였던 것이므로, 원고가 같은 과세연도에 한 위 시설투자는 농공지구에 입주하여 위 사업을 영위하기 위한 투자에 포함되는 것으로서 결국 위 각 투자는 실질적으로 동일한 투자라고 할 것인바, 어느 한 기업의 동일한 투자에 대하여 위 조세감면의 지원과 위 세액공제의 지원이 중복된다면 앞서 본 바와 같이 기업 간의 조세부담의 불공평을 방지함과 아울러 국가의 조세수입을 확보하고자 하는 같은 법 제87조 제6항의 입법취지에 크게 반하게 되는 것이 명백한 반면에, 동일한 투자에 대하여 중복된 조세지원을 하여야만 할 합리적인 이유가 있다고 볼 수 없으므로, 적어도 기업의 시설투자가 농공지구에 입주하여 사업을 영위하기 위한 투자와 실질적으로 동일한 투자인 경우에, 그 기업이 같은 법 제40조의4의 규정에 의하여 농공지구 입주기업에 대한 법인세감면이 가능한 기간 중 어느 과세연도에 농공지구 입주공장에서 소득이 발생하여 위 규정에 의하여 법인세 감면을 실제로 받은 과세연도에 법인세액을 산출함에 있어서는, 그 기업이 행한 위 시설투자, 즉 임시투자에 대한 같은 법 제72조의 세액공제는 물론 같은 법 제89조 제1항, 제88조 제3항에 의한 위 임시투자세액의 이월공제도 배제된다고 해석함이 상당하다. 그런데, 원고는 1992과세연도에는 원고가 1990과세연도에 입주한 농공지구 내의 공장에서 소득이 발생함으로써 같은 법 제40조의4의 규정에 의한 법인세감면을 신청하여 실제로 위 규정에 의한 법인세의 감면을 받았으므로, 같은 법 제87조 제6항의 적용에 의하여, 1990과세연도에 위 농공지구에 입주하여 사업을 영위하기 위하여 한 위 임시투자에 대한 세액공제액의 1992과세연도 이월공제도 배제된다 할 것이다. 따라서, 원고의 1992과세연도의 법인세액을 산출함에서 있어서 위 임시투자세액공제액 상당액의 이월공제를 부인하여 이루어진 이 사건 과세처분은 적법하다고 할 것이다. 5. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하고 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제89조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.