1. 이 사건 처분의 경위
갑제4호증의 1내지22, 갑제6호증의 1내지6(각 분양계약서), 갑제7호증(제적등본), 갑제8호증의 1,2(각 등기부등본), 갑제9호증(건축물대장등본), 갑제10호증(사업자등록증), 을제1호증의 1내지3(각 재경정결의서), 5내지7(각 경정결의서), 을제3호증의 1,2(파생자료통보 및 분양내역서), 을제4호증의 1내지3(각 2차경정결의서), 을제5호증(경정감통보), 을제6,7호증의 각 1,2(각 고지서송달부 및 수령증)의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 다음의 각 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
- 가. 소외 망 신ㅇㅇ는 1990.경 그 소유인 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 418.2㎡와 같은동 ㅇㅇ번지 대 330.5㎡의 양지상에 ㅇㅇ빌딩을 신축하여 분양할 것을 계획하고 건축전인 1990. 9. 1.부터 1991. 12. 31.까지 사이에 사업자등록도 하지 아니한 채 소외 김ㅇㅇ 외 26인에게 위 건물의 일부씩 및 각 그에 해당하는 위 양토지의 지분을 사전분양하면서 그 대금을 계약금, 중도금 및 잔금 등으로 수회에 결쳐 분할지급받기로 약정한 다음 그 약정대로 위 수분양자들로부터 계약금 및 중도금조로 1990. 9. 1.부터 같은해 9. 30.까지 사이에 금 300,000,000원, 같은해 10. 1.부터 같은해 12. 31.까지 사이에 금 357,000,000원, 1991. 1. 1.부터 같은해 3.31.까지 사이에 금 3,039,456,500원, 같은해 4. 1.부터 같은해 6. 30.까지 사이에 금 851,621,800원, 같은해 7. 1.부터 같은해 9. 30.까지 사이에 금 680,000,000원, 같은해 10. 1.부터 같은해 12. 31.까지 사이에 금 1,232,100,000원 등 합계 금 6,460,178,300원(단 부가가치세는 별도임. 위 건물 1104-1105호, 1201-1203호, 1204-1205호에 대한 분양대금은 제외)을 수령한 후 위 건물을 건축중이던 1992. 4. 9. 사망하였고, 그에 따라 위 신ㅇㅇ의 아들인 원고 및 딸인 소외 신ㅇㅇ, 신ㅇㅇ(이하 위 3인을 지칭할 경우에는 원고등 3인이라 한다)가 공동으로 위 신ㅇㅇ의 재산을 상속하는 한편 공동으로 위 신ㅇㅇ의 위 건축분양사업을 승계하기로 하여 1993. 4. 15. 신규로 원고등 3인 명의의 사업자등록을 마쳤다.
- 나. 피고는, 위 신ㅇㅇ의 위 건축분양이 부가가치세법상의 중간지급조건부 재화의 공급에 해당하는데 위 신ㅇㅇ가 사업자등록도 하지 아니하고 각 예정신고기간 및 과세기간의 과세표준 및 납부세액을 신고하지 아니하였다는 이유로 1993. 6. 16. 원고에 대하여 1990. 2기분의 과세표준을 금 470,197,570원(예정신고누락금액 214,701,440원, 확정신고누락금액 255,496,130원), 1991. 1기분의 과세표준을 금 2,837,836,044원(예정신고누락금액 2,056,067,586원, 확정신고누락금액 781,768,458원), 1991. 2기분의 과세표준을 금 1,304,541,298원(예정신고누락금액 461,244,776원, 확정신고누락금액 843,296,522원)으로 보고 위 1990. 2기분의 부가가치세로 본세 금 47,019,757원(=470,197,570원×10/100), 미등록가산세 금 4,701,975원(=470,197,570원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 4,294,028원(=214,701,440원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 2,554,961원(=255,496,130원×10/100×10/100) 등 합계 금 58,570,721원을, 위 1991. 1기분의 부가가치세로 본세 금 283,783,604원(=2,837,836,044원×10/100), 미등록가산세 금 28,378,360원(=2,837,836,044원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 41,121,350원(=2,056,067,586원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 7,817,684원(=781,768,458원×10/100×10/100) 등 합계 금 361,100,998원을, 위 1991. 2기분의 부가가치세로 본세 금 130,454,129원(=1,304,541,298원×10/100), 미등록가산세 금 13,045,412원(=1,304,541,298원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 9,224,894원(=461,244,776원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 8,432,965원(=843,296,522원×10/100×10/100) 등 합계 금 161,157,400원을 각 부과하는 처분을 하였다가, 위의 각 부과처분을 함에 있어 각 분양가액을 부가가치세가 포함된 가격으로 보았으나 실은 부가가치세가 포함되어 있지 아니하고 위의 1991. 1기분 예정신고대상 과세표준의 집계에 있어 금 50,000,000원만큼이 누락되었다는 이유로 같은해 9. 16. 위 1991. 1기분 예정신고대상 과세표준을 금 50,000,000원만큼 증액한 다음 각 기별 과세표준을 10%만큼 증액하여 1990. 2기분의 과세표준을 금 517,217,326원, 1991. 1기분의 과세표준을 금 3,176,619,631원, 1991. 2기분의 과세표준을 금 1,434,995,533원으로 보아 앞의 각 부과처분금액을 1990. 2기분의 경우 금 5,857,070원만큼, 1991. 1.기분의 경우 금 43,260,090원만큼, 1991. 2기분의 경우 금 16,115,750원만큼 각 증액경정하였으며, 그후 위 각 증액경정결정에 있어 위 건물의 지하 101-103호의 1991. 3. 11.자 중도금이 310,300,000원인데 이를 310,000,000원으로 잘못집계하고 404-405호의 1991. 5. 10.자 중도금이 32,000,000원인데 이를 320,000,000원으로 잘못집계하여 위의 세액을 산출하였을 뿐 아니라 과세표준금액의 산출방식에도 잘못이 있었다는 이유로 1995. 9. 5. 위 1990. 2기분의 과세표준을 금 506,442,312원(예정신고누락금액 231,251,448원, 확정신고누락금액 275,190,865원), 1991. 1기분의 과세표준을 금 2,892,937,686원(예정신고누락금액 2,263,237,052원, 확정신고누락금액 629,700,633원), 1991. 2기분의 과세표준을 금 1,400,092,345원(예정신고누락금액 494,807,641원, 확정신고누락금액 905,284,704원)으로 보고 위 1990. 2기분의 부가가치세를 본세 금 50,644,231원(=506,442,312원×10/100), 미등록가산세 금 5,064,423원(=506,442,312원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 4,625,028원(=231,251,448원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 2,751,908원(=275,190,865원×10/100×10/100) 등 합계 금 63,085,590원으로, 위 1991. 1기분의 부가가치세를 본세 금 289,293,768원(=2,892,937,686원×10/100), 미등록가산세 금 28,929,376원(=2,892,937,686원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 45,264,741원(=2,263,237,052원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 6,297,006원(=629,700,633원×10/100×10/100) 등 합계 금 369,784,891원으로, 위 1991. 2기분의 부가가치세로 본세 금 140,009,234원(=1,400,092,345원×10/100), 미등록가산세 금 14,000,923원(=1,400,092,345원×1/100), 위 예정신고누락금액에 대한 예정신고납부 및 확정신고납부 불성실가산세 금 9,896,152원(=494,807,641원×10/100×10/100×2) 및 위 확정신고누락금액에 대한 확정신고납부 불성실가산세 금 9,052,847원(=905,284,704원×10/100×10/100) 등 합계 금 161,157,400원으로 각 감액경정결정고지하였다(이하 위의 감액경정된 앞의 1993. 9. 16.자 증액경정처분을 가리켜 이 사건 처분이라 한다).