토지수용으로 인한 양도행위가 부동산매매업에 해당

판시사항은 작성하지 않습니다. 【판결요지】 판결요지는 작성하지 않습니다. 【주 문】

1. 피고가 원고에 대하여 1992. 12. 16. 한 1989년도 귀속분 종합소득세 금 41,775,864원, 방위세 금 8,455,699원의 부과처분 중 종합소득세 금 29,422,870원, 방위세 금 5,993,886원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 원고가 나머지 청구를 모두 기각한다. 3. 소송비용은 40등분하여 그 39는 원고의, 나머지는 피고의 부담으로 한다. 【이 유】

갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제3, 5호증, 갑 제6호증의 2내지 5, 갑 제8호증의 2, 갑 제10호증의 1,2, 갑 제11호증의 1내지 4, 을 제1, 3호증의 1내지 7, 을 제2호증의 1내지 8, 을 제4, 10호증, 을 제5, 6, 8, 9, 11호증의 각 1, 2, 3, 을 제7, 14, 15호증의 각 1, 2의 각 기재내용을 종합하면, 피고는 원고가 1988. 1. 6. 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 237의 2 대지 105.67㎡, 건물 38,35㎡를 매수한 것을 비롯하여 별지 부동산 양도내역과 같이 1989. 6. 12. 까지 사이에 서울 및 경기도에 걸쳐 17필지 연면적 4,316.6㎡의 토지와 건물 3동 연면적 109.21㎡를 매수하였다가 전국적으로 부동산경기가 고조되자 위 각 부동산 및 기왕에 소유하고 있던 나머지 다른 토지 16필지 3,419.18㎡와 함께 이를 1988. 9. 27.부터 1990. 11. 21. 까지 사이에 전부 매도한 것을 가리켜 원고가 1988년부터 1990년까지 계속적, 반복적으로 부동산을 취득·양도함으로서 부동산 매매업을 영위하였다고 인정하여 기왕의 양도소득세 부과결정을 모두 취소하고, 소득금액을 실지조사 결정할 수 있는 장부 및 증빙서류가 없으므로 확인된 실지양도가액에 소득표준을 34.4%를 적용, 소득금액을 추계조사하여 1992. 12. 16. 각 부동산의 양도연도를 기준으로 하여 원고에 대한 연도별 종합소득과 부동산 매매차익과의 합계액수를 과세표준으로 하여 종합소득세를 산출하고 이에 신고 및 납부불성실 가산세를 가산하여 1988년도 귀속분 종합소득세로 금 23,018,530원, 방위세로 금 4,674,140원, 1989년도 귀속분 종합소득세로 금 46,101,970원, 방위세로 금 9,322,720원, 1990년도 귀속분 종합소득세로 금 400,380,200원, 방위세 금 80,244,780원을 부과, 고지하였다가, 원고의 1989년도 양도가액은 금 17,503,000원 과다계산되고 1990년도 양도가액은 일부 누락되어 금 47,785,332원 과소계산된것을 발견하고 1995. 2. 16. 위 부과처분 중 1989년도 귀속분 종합소득세 및 방위세 부과처분을 일부취소, 감액하여 1989년도 귀속분 종합소득세를 금 41,775,864원, 방위세 금 8,455,699원으로 증액, 경정하여 부과, 고지한 사실을 인정할 수 있다.

원고는 첫째, 원고가 사업목적을 나타내거나 사업상의 목적으로 여러 부동산을 취득한 것이 아닐뿐더러, 소득세법 시행령 제39조 는 소득세법 제20조 에 규정하는 사업의 범위에 관하여는 경제기획원장관이 고시한 한국표준산업분류표상의 부동산분양공급업의 범주에도 해당하지아니하므로 원고의 위와같은 부동산의 양도는 단지 양도소득세의 부과대상일 뿐 부동산매매업에는 해당하지 아니함에도 불구하고 부동산매매업자로 보아 종합소득세를 과세한 피고의 처분은 위법하고, 둘째, 별지목록 기재의 부동산 중 경기 ㅇㅇ시 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ의 2 도로 107.5㎡, ㅇㅇㅇ의 3전 34.5㎡, ㅇㅇㅇ의 4 전 11.5㎡, ㅇㅇㅇ의 2 임야 77.5㎡는 ㅇㅇ신도시개발로 인하여 한국토지개발공사에, 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 13 전 1,240㎡, ㅇㅇㅇ의 15 전 255㎡, ㅇㅇㅇ의 23 전 38.08㎡, ㅇㅇㅇ의 24 전 61.59㎡, ㅇㅇㅇ의 12 대 113㎡, ㅇㅇㅇ의 5 대 267㎡는 ㅇㅇ지구 택지개발사업으로 인하여 서울특별시에 각 협의매수형식으로 강제수용된 것이고 부동산매매업을 영위할 목적으로 매매한 것이 아니며, 그중 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 5 대 267㎡는 소외 이ㅇ창, 김ㅇ정에게 매도하고 잔대금 수령전에 미리 소유권이전등기를 경료하여 주었는데 그후 동인들이 잔대금비급을 해태함으로서 원고가 매매계약을 해제하고 동인들을 상대로 제기한 소유권이전등기말소청구 소송에서 동인들이 원고의 청구를 인락하였으나 원고가 미처 동인들 명의의 동기를 말소하기 전에 서울특별시에 수용됨으로서 원고가 수용보상금을 동인들 명의로 수령한 것일뿐 원고가 사실상의 소유자이므로 원고가 위 대지를 소외 이ㅇ창, 김ㅇ정에게 양도하였다고 인정한 것은 위법하고, 셋째, 원고는 각 부동산을 양도한 직후 법정기한내에 모두 양도차익 예정신고를 하고 양도소득세를 감면받거나 자진납부하였으므로 원고의 납세의무는 양도한 해의 다음 해 7.31. 까지 확정된 것임에도 피고가 뒤늦게 양도소득세 부과결정 또는 감면결정을 모두 취소하고 원고에 대하여 부동산매매업자로서의 종합소득세를 부과함은 납세의무의 성립, 확정 및 과세표준의 계산에 관한 법리를 오해한 위법을 범한것이며, 넷째, 피고 등 과세관청은 원고에게 자산양도에 따른 양도차익 예정신고 안내만을 하였고, 부동산매매업자로서의 종합소득세에 대하여는 납세지도 및 안내통지를 하지 아니하여, 피고의 공적인 견해를 표명하였고 원고는 이를 신뢰하여 이에 따라 자산양도차익 예정신고 및 확정신고납부, 결정고지세액의 납부 등의 행위를 한 것이고 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 아무런 귀책사유가 없으므로 피고의 이 사건 부과처분은 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하고, 다섯째, 원고는 양도소득세에 대하여 자산양도차익 예정신고 및 확정신고를 하여 납세의무자로서의 자료제출 협력의무를 모두 이행하였으므로 종합소득세에 대하여 신고불성실 가산세를 부과하는 것은 위법하며, 여섯째, 조세감면규제법에 의하여 이미 감면된 양도소득세에 대하여 동법에 의한 추징사유없이 다시 종합소득세를 부과함은 기왕의 감면혜택을 박탈하는 것이 되어 위법·부당하고, 또 소득세법 시행령 제134조 제1항 이 신설되기 이전에도 종합소득세액에서 감면되는 양도소득세액을 차감, 공제함이 상당하므로 이를 공제하여야 하고, 일곱째, ㅇㅇ동 3006의 13 전 1,240㎡, ㅇㅇㅇ의 15 전 255㎡, ㅇㅇㅇ의 23 전 38.08㎡, ㅇㅇㅇ의 24 전 61.59㎡는 원고가 1958. 10. 3. 농지분배받아 또는 1975. 12. 6. 취득한 후 서울특별시에 수용될 때까지 원고의 계산과 책임하에 8년 이상 경작한 자경농지로서 비과세소득에 해당함에도 이를 과세표준에 포함시킨 것은 위법하고, 여덟째, 피고는 실지거래가액을 확인하여 매매차익(소득금액)을 산정하여야 함에도 원고에게 실지취득가액을 확인하지 아니한 채 소득세법 시행령 제142조 제1항 제2호, 제2항에 의하여 매매가액에 소득표준율을 곱하여 소득금액을 추계조사하여 과세표준을 결정하였는 바, 이는 법률상의 위임근거가 없을뿐더러 실지거래가액을 적용할 수 있는 경우를 구체적으로 규정함이 없이 양도, 취득가액을 기준시가에 의할 것 인가 실지거래가액에 의할 것 인가를 결정함에 있어서 과세관청의 자의적인 재량을 허용하고, 반면 납세의무자로서는 종합소득세의 부과처분 이전에는 자기에게 부과될 과세액을 전혀 예측할 수 없게 한 규정으로서 조세법률주의에 위반되어 위 시행령의 규정은 무효이며, 부동산매매업자의 토지 등 매매차익 예정신고 및 자진납부는 그 신고, 납부, 세액의 계산, 세액공제, 매매차익의 결정, 신고서양식 등의 절차는 부동산 등 자산양도자의 양도차익 예정신고 및 자진납부와 동일하고, 부동산매매업자에 대한 과세표준과 세액의 결정(소득세법 제116조) 등과 자산양도자에 대한 과세표준과 세액의 통지(동법 제128조) 등은 동일한 내용의 법규정이 적용되며, 위 령 제142조 제1항 제1호 에 의하여 원고가 기왕에 신고한 자산양도차익 예정신고 및 과세표준 확정신고시 신고한 양도가액 및 취득가액에 의하여 실지거래가액을 확인할 수 있으므로 이에 따라 종합소득을 계산하여야 함에도 이를 무시하고 이에 따라 계산하지 아니한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

• 가. 원고의 첫째 주장에 대하여 본다.

(1) 소득세법(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호 에서 종합소득은 당해 연도에 발생하는 부동산소득, 사업소득 등을 합산한 것이며, 제3호에서 양도소득은 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이고, 제20조 제1항 제8호 는 당해 년도에 부동산업에서 발생하는 소득을 사업소득으로 규정하고, 제3항은 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 동법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13194호로 개정되기 전의 것) 제36조 제3호 는 부동산 매매업에서 발생하는 소득은 사업소득이라 규정하며, 제39조 는 법 제20조 에 규정하는 사업의 범위에 관하여는 이 령에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 경제기획원장관이 고시하는 한국표준산업분류표를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 한편 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것) 제1조 제5항 은 재화와 용역의 범위는 대통령령으로 정하며, 제3조 는 사업자에게 대한 부가가치세의 과세기간은 제1기는 1. 1.부터 6.30.까지, 제2기는 7.1.부터 12.31.까지로 하며, 동법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13199호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제5호 는 부동산업은 부가가치세 과세거래인 용역에 해당하나, 부동산매매업은 재화를 공급하는 사업으로 보며, 동법 시행규칙(1991. 3. 5. 재무부령 제1846호로 개정되기 전의 것)제1조 제1항 및 소득세법 기본통칙 2-4-8 … (20) 제1항 제1호는 부동산의 매매를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하거나 2회 이상 판매하는 경우에는 부동산매매업을 영위하는 것으로 본다고 규정하고 있다. 어느 부동산의 매매로 인한 소득이 사업활동의 일환으로 이루어진 것으로서 그로인한 소득이 소득세법 제20조 제1항 제8호 소정의 부동산매매업으로 인한 사업소득에 속하는 것인가 또는 양도소득세의 과세대상이 될 뿐인가의 여부는 그 매매가 수익을 목적으로 하고 있는 지와 그 매매의 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성, 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 가려야 하고, 부가가치세법 시행규칙 제1조 제1항 과 소득세법 기본통칙 2-4-8…(20) 제1항 제1호는 소득세법 제20조 제1항 제8호, 같은법 시행령 제36조 제3호 소정의 부동산매매업으로 불 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하며, 부동산매매업자로 등록된 여부나 매매의 동기 등은 이를 판단함에 있어 하나의 참고자료에 지나지 아니하고(대법원 1994. 9. 23.선고 94누6352 판결 참조), 반드시 부동산 매매를 사업목적으로 표방하거나 부가가치세법상의 1과세기간 내에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하여야만 하는 것은 아니라 할 것이며, 소득세법 시행령 제36조 제3호 에서 부동산매매업을 특별히 규정하고 있는 이상 그 범위를 한국표준산업분류표에 의하여 정할 것도 아니라 할 것이다.

(2) 그런데 위 인용증거에 갑 제8호증의 5, 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재내용과 증인 유ㅇ관의 일부증언, 증인 지ㅇ남의 증언 및 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1976. 2. 4.부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 3에서 철강제조업체인 ㅇㅇ철강공업사를 경영하면서 별지 부동산 양도내역과 같이 1988. 1. 6.부터 1989. 6.12.까지 사이에 계속하여 토지가격의 상승이 예상되는 서울 및 경기도 지역의 17필지 연면적 4,316.16㎡의 토지 및 건물 3동 109.21㎡를 7회에 걸쳐 매수하였다가 이를 용도에 따라 사용하지 아니하거나 타인에게 소작주어 경작하여 관리하다가 토지가격이 상승하자 이를 기왕에 소유, 경작하고 있던 나머지 다른 토지 16필지 3,419.18㎡와 함께 모두 1988. 9.27.부터 1990. 11. 21.까지 사이에 13회에 걸쳐 전부 매도하였는데 그 보유기간은 최단 7월, 최장 32년 1월이며 매도한 토지는 모두 33필지 7,735.34㎡, 건물 3동 109.21㎡인 사실, 피고가 원고로부터 부동산을 매수한 거래상대방으로부터 받은 실지거래가액의 조회회보에 의하여 확인한 양도가액은 별지 부동산 양도내역과 같은 사실을 인정할 수 있다. 원고가 매매한 부동산의 회수, 규모, 보유기간, 수익성, 이용실태, 태양, ㅇㅇ철강공업사에의 필요여부, 1990년에는 수용된 것 이외에도 2회 매도한 사실 등에 비추어 보면, 원고는 전체적으로 보아 수익을 목적으로 부동산 매매업을 사업목적으로 하여 이를 일련의 계속적, 반복적으로 매수하였다가 매도한 것이고 매도하는 기회에 기왕에 보유하던 나머지 토지도 매도함으로서 소득세법 시행령 제36조 제3호 소정의 부동산 매매업을 영위하였다가 할 것이고, 따라서 그로 인한 소득은 사업소득으로 보아야 할 것이므로 원고의 첫째 주장은 이유 없다.

• 나. 원고의 둘째 및 여섯째 주장에 대하여 본다.

(1) 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 은 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지나 건물을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이나 토지수용법 기타 법류에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하고, 제62조 는 내국인이 토지를 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(국민주택)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조 의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하는 바, 원고 주장과 같이 위 토지들을 소외 한국토지개발공사나 서울 특별시에 협의 양도, 수용당하였다 하더라도 앞서 본바와 같이 그 협의양도 및 수용시기를 전후한 계속되고 반복된 부동산매매의 횟수, 규모, 수익성, 거래의 태양 등에 비추어 보면 부동산매매업자로서의 사업성이 인정된다고 할 것이고, 원고 주장의 감면되는 세목은 양도소득세 또는 특별부가세임이 조문상 명백하고 이 사건과 같은 사업소득으로 인한 종합소득세가 아니므로 이 사건 세목이 감면대상에 포함됨을 전제로 하는 원고의 주장은 이유없고, 소득세법 제82조 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 세액 중 조세감면규제법에 의하여 양도소득세로 감면되는 세액이 있는 경우에는 동법에 의한 감면세액을 소득세법 제82조 제1항 각호 또는 제2항 각호의 세액에서 각각 차감한다는 소득세법 시행령 제134조 제1항 이 1993. 12. 31. 신설되었으나 동 조항은 1994. 1. 1.부터 시행되었으므로 원고의 이 사건 양도 당시 시행되던 소득세법 또는 조세감면규제법에 부동산매매업자의 사업소득에 대한 감면규정이 없는 이상, 양도소득세액 상당의 감면을 배제한 피고의 처분은 적법하다.

(2) 한편 소득세법 제4조 제3항 은 양도소득세의 발생원인이 되는 자산의 양도라 함은 자산에 대한 등기·등록에 관계없이 매도·교환 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이라 규정하고, 소득세법 기본통칙 1 - 1 - 14 …(4) 제2항은 매매원인 무효의 소에 의하여 그 매매사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다고 규정하고 있는데 이는 부동산 매매업에서의 부동산 매도의 경우에도 같이 보아야 할 것인 바, 갑 제6호증의 7내지 18, 갑 제8호증의 7, 을 제2호증의 4, 5의 각 기재내용에 증인 이ㅇ창의 일부증언을 종합하면, 원고는 1989. 4. 1. ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 5대 267㎡를 소외 이ㅇ창, 김ㅇ정에게 금 72, 000,000원에 매도하고 잔대금 수령전인 같은 해 5. 17. 및 6. 5. 미리 동인들 앞으로 각 2분의 1 지분씩 소외인들 앞으로 소유권지분이전등기를 공동으로 경료여 주었는데 그후 동인들이 중도금, 잔금지급을 해태함으로서 원고가 매매계약을 해제하고 동인들을 상대로 제기한 서울지방법원 남부지원 90가단3755호 소유권이전등기말소청구소송에서 동인들이 1990. 5. 9. 원고의 청구를 인락하였으나 원고가 미처 동인들 명의의 등기를 말소하기 전에 같은 해 11. 9. 서울특별시에 수용됨으로서 원고가 같은 해 11. 24. 수용보상금 221,610,000원(110,805,000 × 2)을 동인들 명의로 수령한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 비추어 보면, ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 5대 267㎡에 관한 원고와 소외 이ㅇ창, 김ㅇ정과 매매계약은 해제로 인하여 소급하여 소멸하였으므로 그들 명의의 소유권지분이전등기는 당연 무효라 할 것이고 원고가 이를 매도한 것으로 볼 수는 없는데, 피고가 위 토지를 1989. 5. 17. 동 소외인들에게 양도하였음을 전제로 위 양도 가액을 1989년도 과세표준에 포함시켜 과세한 1989년도 귀속분 종합소득세 등 과세처분은 위법하다고 할 것이다. 피고는 원고가 위 토지잔대금을 수령, 청산하기 이전에 이미 소외 이ㅇ창, 김ㅇ정에게 소유권지분이전등기를 경료하여 주었으므로 소득세법 제27조 및 동법 시행령 제53조 제1항 단서 제2호 에 의하여 등기접수일자인 1989. 5. 17. 및 6. 5.에 양도한 것으로 간주하여야 한다고 주장하나, 위 규정은 적법한 자산의 양도가 이루어진 경우에 그 양도차익의 계산에 있어서 취득·양도시기를 예외적으로 의제하는 규정일 뿐, 대금이 전혀 지급되지 않았거나 그 후 자산의 양도·매매 계약이 취소, 해제되어 소멸됨으로서 적법한 원인이 없는 경우에까지 적용하여 양도가 있는 것으로 의제하는 규정은 아니므로(대법원 1989. 7. 11.선고 88누8609 판결 참조) 피고의 위 주장은 이유 없다고 할 것이다.

• 다. 원고의 셋째 주장에 대하여 본다. 국세기본법(1990. 12. 31. 법률 제4277호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제1호 는 소득세를 납부할 의무는 과세기간(1. 1.부터 12. 31.까지)이 종료하는 때에 성립하며, 제2항 제2호는 예정신고 납부하는 소득세에 있어서는 위 규정에 불구하고 그 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일이라 규정하며, 제26조의2 제1항 제1호 는 소득세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간의 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하며, 제22조 제1항 은 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액의 확정되는데, 이를 받은 동법 시행령 제10조의2 제3호 는 소득세에 있어서는 당해 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때라 규정하고, 소득세법 제116조 제1항 은 정부는 제100조 의 규정에 의하여 과세표준 확정신고를 하여야 할 자에 대하여는 당해 연도의 과세표준과 세액을 다음 연도 7.31.까지 결정하며, 제125조 는 정부는 조세를 포탈할 우려가 있다고 인정되는 상당한 이유가 있는 거주자에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 제116조 의 규정에 불구하고 수시로 과세표준을 결정할 수 있다고 규정한다. 그리고 종합소득세는 양도소득세와 별도의 세목으로서 그 의무자와 성립시기, 확정시기, 과세표준의 결정방법이 전혀 달라 중복되지 아니한다고 할 것이고 부과제척기간내에 부과된 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 볼 아무런 근거가 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다고 할 것이다.
• 라. 원고의 넷째 주장에 대하여 본다. 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙은 자기의 언동을 신뢰하여 행동한 상대방의 이익을 침해하여서는 아니된다는 것을 의미하는 것으로서 이 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는 바, 원고가 부동산들을 양도한 뒤 당해 양도자산만에 대한 양도소득세를 자진 신고 하여옴에 따라 과세관청인 피고가 이를 양도소득세 과세대상으로 보고 양도소득세로 결정하는 처분을 하였다고 하더라도, 그 당시 피고가 위 거래행위들이 원고의 부동산매매사업활동의 일환으로 계속적 반복적으로 행하여진 것임을 알면서 양도소득세만의 과세처분을 하였던 것이 아닌 이상, 그로써 종합소득세를 부과하지 아니하겠다는 견해를 공적으로 표명한 것이라고 할 수 없으므로 피고가 그 후 원고의 그 전후의 모든 거래를 침작하여 이를 부동산 매매업으로 인한 소득으로 인정하여 종합소득세를 과세한 것이 신의 성실의 원칙을 위배한 것이라고 할 수 없고 과세관행이나 형평과세의 원칙에 어긋난다고 할 수도 없으며(대법원 1994. 10. 28.선고 94누4523 판결 참조), 피고가 원고에게 부동산매매업자로서 종합소득세의 과세표준을 신고하도록 납세지도, 권고를 하여야 할 의무가 있음을 규정한 아무런 법적 근거가 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다.
• 마. 원고의 다섯째 주장에 대하여 본다. 국세기본법 제47조 제1항 은 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있으며, 소득세법 제70조 제1항 내지 제3항은 종합소득금액과 양도소득금액에 각각 다른 체계의 세율을 적용하여 계산한 금액을 당해 소득금액별 산출세액을 하며, 제82조 는 부동산 매매업을 영위하는 거주자로서 종합소득금액에 토지 등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득 이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는, ㉮ 제70조 의 규정에 의한 종합소득 산출세액과, ㉯ 제92조 제2항 의 규정에 의한 산출세액의 당해 연도분 합계액과 종합소득 과세표준에서 제92조 제1항 의 규정에 의한 토지 등 매매차익의 당해 년도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액 중 많은 금액을 종합소득 산출세액으로 하며(제2항), 제2항의 부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하고(제3항), 제83조 는 종합소득이 있는 거주자는 매년 1. 1.부터 4. 30.까지 및 5. 1.부터 8. 31. 까지를 중간예납기간으로 하여 전년도에 종합소득에 대한 소득세로서 납부할 세액(중간예납 기준액)의 3분의 1에 해당하는 금액을 중간예납세액으로서 제1기분은 9. 30.까지, 제2기분은 12. 31.까지 납부하여야 하고, 제90조 는 부동산매매업자는 제92조 제1항 의 규정에 의하여 계산한 토지 등 매매차익을 그 매매일이 속하는 다음 달 말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고(토지등매매차익예정신고)하여야 하며(제1항), 토지 등 매매차익이 없거나 매매차손이 발생한 때에도 같고(제3항), 제91조 는 부동산매매업자는 제92조 제2항 의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 제93조 에 의한 공제를 한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부(토지등매매차익예정신고자진납부)하여야 하며, 제92조 는 부동산매매업자의 토지 등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조 에 의한 취득가액 등 필요경비를 공제한 금액으로 하고(제1항), 위 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매차익에 제70조 제3항 각호 의 세율을 곱하여 계산한 금액으로 하며(제2항), 제94조 는 부동산매매업자가 토지 등 매매차익 예정신고 자진납부를 하지 아니 하였거나 그 신고한 매매차익이나 납부한 세액에 탈루 또는 오류가 있을 때에는 정부는 즉시 그 매매차익 또는 세액을 결정하거나 경정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 부동산매매업자에게 통지하여야 하고(제1항), 제95조 제1항 은 제23조 제1항 각호 에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 동조 제2항에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고(자산양도차익예정신고)하여야 하고, 제96조 제1항 은 거주자가 자산양도차익예정신고를 하는 때에는 제97조 의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 제98조 에 따라 산출세액의 100분의 10을 공제한 나머지 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부(자산양도차익 예정신고 자진납부)하여야 하며, 제97조 는 자산양도차익 예정신고 자진납부에 있어서 납부할 세액은 그 양도차익에서 양도소득 특별공제, 장기보유특별공제, 양도소득공제와 기초공제를 한 금액(다만 자산의 보유기간이 2년 미만인 경우와 미등기양도자산에 대하여는 위 각 공제를 하지 아니한 금액)에 제70조 제3항 의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 산출세액으로 하고, 제99조 는 자산양도차익의 결정 또는 경정에 관하여는 제94조 를 준용하며, 제114조 는 거주자 중 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 연도의 총수입금액을 과세기간 종료 후 25일 이내에 정부에 신고하여야 하고, 제121조 제1항 은 거주자가 과세표준 확정신고를 하지 아니하거나 신고하여야 할 소득금액(결정소득금액)에 미달하게 신고한 때에는 종합소득금액 또는 양도소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액(과소신고 소득금액)이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산하며, 제3항은 거주자가 제107조 의 규정에 의한 소득세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산하고, 제131조 제1항 제4호 는 정부는 제117조 내지 제120조의 규정에 의하여 당해 년도의 과세표준과 세액을 결정한 경우에 제16조 제4호 의 규정에 의한 종합소득 총결정세액, 양도소득 총결정세액의 합계액이 제96조 의 규정에 의한 자산양도차익 예정신고 자진납부세액의 합계액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액(추가납부세액)을 과세표준 확정 신고일이 속하는 년도의 8. 17.부터 8. 31까지 징수하며, 제3항은 정부는 제127조 의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 경정한 후 추가납부세액이 있는 때 또는 수시부과를 한 때에는 당해 거주자에게 통지한 날로부터 15일 내에 징수한다고 규정하고 있다. 위에서 본 바와같이 종합소득세와 양도소득세는 확정신고 기간만 같을 뿐 과세요건, 당해 소득금액별로 세율, 예정신고 납부기한, 산출세액 계산시 공제항목, 소득금액 결정방법, 총수입금액의 신고의무 등이 전혀 다른 별개의 세목이고, 종합소득금액 또는 양도소득금액에 대하여 각각 다른 체계의 세율을 적용하여 계산한 금액을 당해 소득금액별 산출세액으로 규정하고 있어 소득금액이 동일한 경우라도 그 산출세액이 달라지고 그 신고서 양식도 다르므로, 거주자가 과세표준 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에 종합소득금액, 양도소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10을 신고납부불성실가산세로서 산출세액에 가산하여야 할 것인 바, 원고가 자기가 영위한 사업이 부동산매매업에 해당함에도 양도소득세만의 부과대상이 될 뿐이라고 잘못 생각하고 자산양도차익 예정신고 및 양도소득세 과세표준 확정신고를 하였을 뿐 종합소득세 과세 표준 신고를 하지 아니한 이상 종합소득세 과세표준 신고납부의무를 게을리 하였음은 명백하므로 종합소득세에 대한 가산세를 부과한 처분은 적법하고 달리 원고주장과 같이 세목간 신고의무 면제규정을 유용할 근거가 없는데다 그밖에 달리 위법사유가 있음을 인정할만한 아무런 증거 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다고 할 것이다.
• 바. 원고의 일곱째 주장에 대하여 본다. 소득세법 제5조 는 다음 각 호의 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다면서 제3호 사업소득에서는 대통령령이 정하는 농가부업소득을, 제6호 양도소득에서는 양도할 때까지 8년 이상 계속하여 자기가 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득(라목)을 규정하고 있다. 위에서 8년 이상 자경농지라는 사유로 비과세되는 세목은 양도소득세뿐이며 이 사건 부동산 매매업으로 인한 사업소득세는 8년 이상 자경농지라도 비과세되는 세목이 아님이 조문상 명백하므로 자경농지도 사업소득세 비과세 대상임을 전제를 하는 원고의 위 주장도 나아가 살펴볼 필요없이 이유 없음에 돌아간다.
• 사. 원고의 여덟째 주장에 대하여 본다. 소득세법 제120조 및 동법 시행령 제169조 제1항 제1호 에 의하면, 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 그로 인하여 법 제117조 내지 제119조의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정 할 수 없는 경우에는 추계방법에 의하여 과세표준과 세액을 조사 결정할 수 있으며, 시행령 제134조 제2항 은 법 제82조 에 규정하는 부동산매매업자의 종합소득 산출세액의 계산은 재무부령이 정하는 바에 의하고, 제141조 는 토지 등 매매차익은 그 매매가액에서 취득에 소요된 실지거래가액 등을 공제한 것으로 하며(제1항), 제142조 제1항 은 법 제94조 의 규정에 의한 토지 등 매매차익과 세액은 부동산매매업자가 매매차익 예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치, 기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조 의 규정에 의한 토지 등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사·결정하되(제1호), 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부과 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위일 때 등 령 제169조 제1항 각호 에 해당하는 사유가 있을 때에는 토지 등 매매차익은 제141조 의 규정에 불구하고 매매가액에 소득표준율을 곱하여 계산한 금액으로 하며(제2호), 제1항 제2호에서 매도한 토지 등의 실지거리가액을 확인할 수 있는 경우에는 제115조 에 규정한 기준시가를 매매가액으로 하며(제2항), 제144조 제2항 은 종합소득이 있는 자가 법 제97조 에 의한 자산양도차익 예정신고 산출세액을 계산함에 있어서는 법 제68조 제2항 에 의하여 종합소득에서 공제할 기초공제액을 이를 양도차익에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 과세표준과 세액의 조사결정 방법에 관한 소득세법 제117조 내지 제120조, 시행령 제165조 내지 169조의 규정은 법 제114조의2 제2항, 시행령 제159조 제6항 에 의하여 총수입금액의 조사결정에 관하여 준용되고 있다. 위 규정과 취지를 종합하면, 과세표준 및 세액과 총수입금액을 어떠한 방법으로 조사결정 할 것인가 하는 것은 각각 그 조사결정방법에 관한 법적사유 중 어느 것에 해당하는 가에 따라 각각 결정하여야 하는 것으로서 그 두 가지가 반드시 같은 방법에 의하여 조사 결정되어야 하는 것은 아니라 할 것인데, 원고는 이 사건 변론 종결시까지 매매차익의 결정을 위한 실지취득가액에 대한 아무런 증빙서류를 제출하지 아니하였음은 물론 피고에게 부동산매매업자로서 토지 등 매매차익에 대한 신고나 종합소득세 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니하여 매매차익을 계산함에 필요한 장부나 증빙이 없고, 한편 원고가 매도가 토지 등의 실지거래가액은 이를 확인할 수 있었으므로 피고가 그 소득금액을 소득세법 시행령 제142조 제1항 제2호 에 의하여 확인된 양도가액(피고가 확인한 금액가 다른 양도가액임을 입증하는 갑 제6호증의 6은 믿지 아니한다)에 소득표준율을 곱한 가액으로 추계조사, 산정하였음은 적법하고, 소득세법 시행령 제142조 제1항 제2호, 제2항이 위임근거(소득세법 제92조 제3항, 1988. 12. 26. 개정이후에는 제92조 제4항)가 없다거나 자의적인 재량을 허용하여 당연 무효라고 볼 수도 없다. 따라서 원고가 기히 자산양도차익 예정신고나 양도소득세 확정신고시 신고한 양도금액 및 취득금액 기준으로 하여 토지 등 매매소득을 산정할 수 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다고 할 것이다.
• 아. 세액산정의 적정여부 소득세법 시행규칙(1993. 3. 3. 재무부령 제1913호로 개정되기 전의 것) 제67조 는 령 제134조 제2항 의 규정에 의한 부동산매매업자의 종합소득 산출세액의 계산은 토지 등의 매매로 인하여 발생한 소득 이외의 종합소득이 있는 경우에는, ㉮(매매차익 - 기타필요경비 + 다른 종합소득금액 - 소득공제) × 기본세율에 의하여 산출한 종합소득산출세액과, ㉯ (매매 차익 - 양도소득공제 - 법 제68조 제2항 의 소득공제액) × 법 제70조 제3호 각호 규정의 세율에 의하여 산출한 세액 + (다른 종합소득금액 - 소득공제액) × 기본세율을 곱한 세액 = 종합소득 산출세액 중 많은 금액을 그 종합소득 산출세액으로 한다고 규정하고 있다. 그런데 원고는 이 사건 부동산들의 매매소득 이외에도 다른 사업소득이 있는데, 소득세 법 시행규칙 제67조 중 위 ㉮ 방식은 취득가액 등 필요경비를 알 수 없어 그 에 따라 종합 소득 산출세액을 산출할 수 없으므로 토지 등 매매차익에 대한 연도별 사업소득에 대한 종 합소득세 산출세액은 ㉯ 방식에 따라 산출할 것인 바, 피고가 이에 따라 산출한 종합소득 산출세액을 종합소득세액으로 계산하여 부과한 것은 적법하다고 할 것이다. 다만 1989년도 귀속분 종합소득세액은 과세표준에서 앞서 본 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ의 5대 267㎡에 관한 양도가액 72,000,000원의 소득표준율 34.4% 상당의 소득 금액 24,768,000원을 공제하여야 할 것인 바, 이에 따라 다시 정당한 세액을 계산하면 별지 연도별세액산출 내역 과 같이 종합소득세 금 29,422,870원, 방위세 금5,993,886원이 된다.

그렇다면, 피고의 이 사건 종합소득세 부과처분은 1989년도 귀속분에 대하여 종합소득세 금29,422,870원, 방위세 금5,993,886원을 초과하는 부분에 한하여 위법하므로 원고의 청구는 1989년도 귀속분에 한하여 일부 이유 있으므로 인용하고, 1989년도 귀속분의 나머지 부분 및 1988. 1990.년도 각 귀속분에 대하여는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1995. 6. 7.