과세유형전환통지 및 사업자등록을 받지 않은 경우 일반과세자로 볼 수 있는지 여부

【환송판결】 대법원 1989. 11. 14. 선고 88누3482 판결 【주 문】

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송총비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

1. 각 성립에 다툼이 없는 갑제1호증의 1내지 4(각 영수증서), 갑제4호증(등기부등본), 갑제5호증(건축물관리대장), 갑제6호증(사업자등록증), 갑제7호증(증명원), 갑제8호증(영수증), 을제1 및 2호증(각 경정결의서), 을제3호증(세적관리카드), 을제4, 6, 8, 10, 12호증(각 예정신고서), 을제5, 9, 11, 13호증(각 확정신고서), 을제7호증의 1(확정신고서), 2(명세서), 3(임대계약서), 을제16호증의 1(조기환급신고서), 2(명세서)의 각 기재에 변론의 전취지를 모아보면, 원고는 1981년경 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지. 지상에 건물의 신축에 착공한 후 1982. 12. 8. 부동산임대사업에 관한 일반과세자로서의 사업자등록을 마치고 1983. 12. 31. 지하 2층 지상10층, 연건평 8278.56평방미터의 건물을 완공, 그곳을 사업장으로 하여 1984년 1기 확정분 과세기간부터 부동산임대사업을 영위하여 온 자인바, 1984년 1기 예정분까지는 공급가액 및 매출세액이 0인 반면에 위 건물신축에 관련된 매입세액이 1983년 1기분 금38,303,963원, 1983년 2기분 금88,173,472원을 비롯하여 모두 금128,338,986원이나 되어서 위매입세액상당액을 환급받는 한편 일반과세자로서 위 부동산 임대사업에 따른 부가가치세를 신고하여 왔는데, 1985년에는 매출세액은 0인 반면 매입세액은 1기 예정분 금964,184원, 1기 확정분 금762,161원, 2기 예정분 금752,282원, 2기 확정분 금730,376원이어서 위 각 금원을 환급받은 사실, 그런데 신규사업개시후 최초의 과세기간인 1984년 1기분 부가가치세과세표준이 금3,600,000원에 불과하자 피고는 위 1984년 1기분 부가가치세과세표준을 12월로 환산한 금액이 금24,000,000원에 미달된다하여 부가가치세법 제25조 제2항, 제1항, 같은법시행령 제74조의2 제1항 단서, 제3항의 규정에 의하여 1985년 1기 과세기간부터는 과세특례자로 유형전환된 것이라고 인정하여 1986년에 이르러 1985년 1, 2기분 부가가치세의 경정결정을 함에 있어서, 각 과세표준이 0이어서 매출세액은 그대로 0으로 계산하고 1기분은 원고가 이미 환급받았던 위 건물신축에 관련된 매입세액을 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 에 의하여 과세특례자로서의 납부세액에 가산하여 납부하여야한다는 이유로 같은법시행규칙 제23조의3 제3항 제3호 에 규정된 산식에 따라 가산납부하여야할 매입세액(재고납부세액)을 금60,961,018원으로 산출하고 그 밖의 매입세액 공제를 부인하는 등으로 2기분은 매입세액 공제만을 부인하는 등으로 별표세액산출표 기재와 같이 산출된 부가가치세 1기분 금72,100,560원, 2기분 금1,706,140원의 각 부과처분을 1986. 4. 21. 원고에 대하여 한 사실(실제로는 같은해 3. 17.에 1기분 금70,374,220원, 2기분 금223,490원의 각 부과처분을 한 후 같은해 4. 21.에 1기분 금1,726,340원, 2기분 금1,482,650원을 각 추가로 부과하였다)을 각 인정할 수 있고 반증없다.

2. 피고는 위 각 처분사유와 적용법조 등을 들어 이사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 첫째로, 그가 신규사업개시당시 일반과세자로서의 사업자등록을 한 이래 현재까지 일반과세자로서 부가가치세예정 및 확정신고를 하여왔고 피고도 아무런 이의없이 위 각 신고를 수리하여 부가가치세를 징수, 수납하여 왔으며 원고는 피고로부터 부가가치세법시행령 제74조의2 제2항 에 의한 과세유형전환통지 및 과세특례자로 정정된 사업자등록을 받은 바 없으니 아직 일반과세자로 남아있다할 것임에도, 과세특례자로 유형전환되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 둘째로 설사 과세특례자로 유형전환되었다 하더라도, 그 경우 일반과세자일 당시 적법하게 이미 공제받았던 매입세액(재고납부세액)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 의 규정은 모법의 위임이 없는 무효의 규정임에도 이에 근거하여서 한 피고의 1985년 1기분 부과처분은 위법하다고 다투고 있다.

3. 그러므로 먼저 원고의 첫째 주장에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제5조 제1항, 제4항은, 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일내에 사업자등록을 하여야 하는 한편 그 등록후 등록사항에 변동이 발생한 때에는 지체없이 신고하여야한다고 규정하고 같은법 제25조 제1, 2, 3항 제30조 제1, 2항, 같은법 시행령 제74조 제1항 제1호(1988. 6. 9. 대통령령 제12459호로 개정되기 전의 것) 는 직전 1역년의 재화와 용역의 공급대가가 금24,000,000원에 미달하는 개인사업자는 과세특례자로 하여 부가가치세를 징수하되 직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 과세특례자규정(같은법 제25조 제1항)을 적용하는 한편 위 과세특례자라도 과세기간 개시 10일전에 과세특례의 포기신고를 하면 위 과세특례자 규정의 적용을 받지 아니하고 일반과세자규정을 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의2, 제1, 2, 3항, 제78조 제1항 은 같은법 제25조 의 규정이 적용되는 기간은 위의 1역년이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 하되 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산하는 한편 소관세무서장은 법제25조 의 규정이 적용되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하나 위와같이하여 과세기간에 법제25조 의 규정이 적용되는 사업자에 대하여 위 통지에 관계없이 그 과세기간에 법 제25조 의 규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정내용을 종합하여 보면 신규로 사업을 개시하는 사업자는 그 사업개시를 함에 있어 일반과세자로서 사업자등록을 하였다하더라도 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 금 24,000,000원에 미달하여 과세특례자에 해당하는 경우에는 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간 이전에만 과세특례자규정(같은법 제25조 제1항 이하)의 적용을 받지 아니하는 것이고(다만 같은법 제30조 제3항, 같은법 시행령 제78조 제2항 에 의하면, 사업개시일로부터 1역년의 공급대가가 금24,000,000원에 미달할 것이 예상되어 위 최초과세기간에도 과세특례자 규정의 적용을 받고자 하는 신규개인사업자는 그 사업자등록과 함께 연간 공급대가예상액을 기재하여 과세특례적용신고를 하여야 한다), 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간과 그 다음의 과세기간에 대하여는 그 사업자가 그 과세기간개시 10일전에 과세특례의 포기신고를 하지 않는 한 위의 통지에 관계없이 과세특례자 규정이 적용된다할 것이고 (같은법시행령 제74조의2 제3항 은 같은법 제25조 제1항 의 적용시기에 관한 규정이어서 그에 위반하는 것이라고 할 수 없다), 이 경우 피고가 위 시행령 제74조의2 제2항 규정에 의한 통지를 하지 아니한채 같은법 제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하였다고하여 그것을 위법이라고 할 수 없으며(대법원 1988. 11. 8. 선고 87누829 판결 참조), 다만 같은법 제30조 제3항 단서는 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 사업자등록시에 위 과세특례적용신고를 하지 아니한 때에는 과세특례자규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나 이를 위 각 규정과 종합하여 보면 그 취지는 위에서 본 바와같이 그 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간 이전에만 위 과세특례자 규정을 적용하지 아니한다는 것이라고 할 것이며, 한편 부가가치세법상 사업자등록은 과세관청으로서는 과세자료를 정확히 파악하기 위하여 사업장, 사업의 종류, 사업개시연월일, 거래처명세 등의 과세자료를 과세관청의 대장에 수록하는 것이고, 사업자로서는 사업자등록증을 근거로 세금계산서를 발행하여 그 거래상대방으로 하여금 매입세액 공제를 받게하여 그와의 거래를 원활하게 하려는 것에 불과하여 부가가치세법규상 과세특례자로서의 정정된 사업자등록증의 교부여부에 의하여 위와같은 과세특례자 규정의 적용여부가 좌우되는 것은 아니라고 할 것이니, 원고가 1985년 1기 과세기간에 과세특례자로 유형전환된 것으로 보고서 한 피고의 이사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유없다. 다음 원고의 둘째주장에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야할 부가가치세법(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있는데, 그 취지는 일반과세자의 납부세액은 그가 일반과세자의 지위에서 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다는 것으로 보아야할 것이어서 위 조항에 의하여 매입세액을 공제할 수 있는 것은 일반과세자로서 재화 또는 용역을 공급한 경우에 한하는 것이고 일반 과세자로서 재화를 매입하였다하더라도 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 공급하지 아니하였거나 과세특례자로 변경된 후에 이를 공급한 경우에는 위조항의 매입세액을 공제할 수 없는 것이라할 것이므로, 일반과세자가 특정과세기간내에 매입하고 아직 다른 사람에게 공급하지 아니하고 있는 재화에 대하여 과세관청이 미리 그 매입세액을 공제하여 주었으나 그가 과세특례자로 변경될 때까지 이를 다른 사람에 공급하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제17조 제1항 의 해석상 미리 공제하여 준 매입세액 상당을 추징할 수 있는 것이라고 할 것이니, 부가가치세법시행령 제74조의3 제3항 이 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 당해변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다고 규정한 것은 부가가치세법 제36조 의 위임에 의하여 같은법 제17조 제1항 의 취지에 따라 공제받을 수 없는 매입세액을 미리 공제하여 준 경우의 매입세액 상당액을 징수한다는 것을 규정한 것에 불과하고 모법의 위임근거 없이 새로운 과세요건을 정한 것은 아니라할 것이므로 같은법 시행령 제74조의3 제3항 의 규정이 같은법 제36조 의 "이법 시행에 관하여 필요한 사항"의 범위를 넘어서 새로운 법률사항을 규정함으로서 조세법률주의에 위배된 것이라고 할 수 없을 것이다(대법원 1989. 10. 24. 선고 88누2045판결 및 이사건 환송판결참조). 따라서 원고의 둘째 주장도 이유없다.

4. 그렇다면 이사건 부과처분이 위법함을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없으므로 이를 기각하고 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1990. 6. 20.