이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

사 건 2025누6920 법인세경정청구 거부처분 취소 청구의 소 원 고 AA은행 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 8. 20. 판 결 선 고

2025. 10. 15.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2019. 7. 1. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 O 원, 2014 사업연도 법인세 O 원, 2015 사업연도 법인세 O 원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등 원고 항소이유는 제1심에서 한 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료[항소심에 추가로 제출된 증거인 갑 제16 내지 22호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 포함]를 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단[이 사건 전산시스템 위탁개발이 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)에서 정한 ‘과학기술활동’에 해당하지 않으므로, 위 위탁개발 비용이 구 조특법 제10조 제1항에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용대상에 해당하지 않는다는 판단]은 정당한 것으로 인정된다. 이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장 등에 관하여 제1심 판결 이유 중 해당 부분을 아래 제2항 기재와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다[다만, 제1심 약어 ‘BB’은 ‘㈜BB’로 고친다].

2. 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심 판결문 제2면 아래에서 제2행 “2019. 7. 1.”과 “위 경정청구를” 사이에 “‘쟁 점 비용이 쟁점 세액공제 적용대상에 해당하지 않는다’는 이유로”를 추가한다.

○ 제1심 판결문 제3면 제18행부터 제4면 제11행까지 부분 {“나. 구체적 판단 … 없 다.” }을 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『나. 이 사건 전산시스템 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활 동에 해당하는지 여부

1. 근거 규정 및 법리

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
• 나) 구 조특법 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용‘으로 정의하고 있다. 그 위임에 따른 구 조특법 시행령 제8조 제1항 본문은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6(이하 ’이 사건 별표‘라 한다)의 비용을 말한다”라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 ’연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다‘고 규정하고 있다.
• 다) (1) 이 사건 별표 제1호는 구 조특법 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 쟁점 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비(이하 ’적격 연구개발비‘라 한다)의 범위를 ’자체연구개발‘과 ’위탁 및 공동연구개발‘로 나누어 규정하고 있는데, ① 자체연구개발의 경우에는 (가)목에서 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ’전담부서 등‘이라 한다)에서 근무하는 직원 등의 인건비 등을 적격 연구개발비로 규정하고, ② 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 전담부서 등을 비롯하여 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ’위탁적격기관‘이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 적격 연구개발비로 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조특법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호는 이 사건 별표 제1호 (가)목에 따른 전담부서 등의 하나로 ‘ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서’를 들고 있다. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라 한다) 제16조는, 제1항 및 제2항에서 기업부설연구소와 연구개발전담부서의 인정기준으로 일정한 요건을 갖춘 ‘연구전담요원’ 및 ‘연구시설’을 갖출 것을 규정하고 있고, 제7항에서연구전담요원의 자격기준은 미래창조과학부령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 기초연구법 시행령 제2조 제6호 에서는 ‘연구시설’이란 ‘연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설’을 말한다고 규정하고 있고, 구 기초연구법 시행령 제16조 제7항 의 위임에 따른 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항에서는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 연구전담요원은 ‘대학에서 기업의 연구개발활동과 관련된 자연계분야를 전공하였거나 해당 연구 분야에서 1년 이상 근무한 사람’ 등 일정한 자격기준을 갖추어야 한다고 규정하고 있다. 이렇듯 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 기업부설연구소 및 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 ’연구개발활동‘을 위한 연구시설과 연구전담요원을 갖추어야 하는데, 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 는 ’연구개발활동‘의 의미를 ‘과학기술 분야 등의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 정의하고 있다. 이러한 쟁점 세액공제 관련 규정의 문언과 체계, 즉 구 조특법은 위탁연구개발의 경우 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 전담부서 등 위탁적격기관에 위탁한 때에 한하여 그 연구개발에 따른 비용을 쟁점 세액공제의 적용대상인 적격 연구개발비로 인정하는데, 연구개발을 위한 전담부서 등의 인정기준은 구 기초연구법 시행령에서 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘연구개발’의미는 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다. 종래 조특법은 쟁점 세액공제에 관하여 규정하면서도 연구개발의 의미에 관하여 별도의 정의규정을 두지 않다가, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 쟁점 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)1)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미한다고 보아야 한다.

(2) 구 조특법이나 구 기초연구법 시행령은 ‘과학기술’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않으므로, 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미를 존중하여야 한다. ‘과학’ 및 ‘기술’의 사전적 의미와 앞서 본 관련 규정의 내용 등을 종합하면, 구 조특법 제9조 제5항 및 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호 에서 정한 ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다고 보아야 한다.

(3) 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 구 조특법에서 쟁점세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그 중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수 있다.

(4) 위와 같이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 위와 같이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술 활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술 활동에 해당하는지는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하고, 쟁점비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에게 있다고 할 것이다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).
• 나) 그런데 앞서 든 증거들 및 갑 제6 내지 15호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 또는 사정들을 위 법리에 따라 판단하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 이 사건 전산시스템은 IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 기존의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 이미 개발되어 있는 정보기술 등을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발된 것으로 보인다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 원고와 ㈜BB은 이 사건 전산시스템 개발 이전에 이미 전산시스템을 개발하여 사용하고 있었다. 그러나 스마트폰의 보급 등 IT 환경 변화로 새로운 시스템의 필요성이 제기되자, 원고와 ㈜BB은 2011년경 ‘IT기반 서비스 차별화’, ‘사용자 편의성 강화’, ‘시스템 유연성 확보’ 등을 목표로 이 사건전산시스템 구축을 계획하였다(갑 제6, 10호증). 이러한 이 사건 전산시스템 구축 배경, 목표 등을 고려하면, 이 사건 전산시스템은 기존 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술을 활용하여 개발된 것으로 보인다.

(2) 수탁업체인 CC이 ㈜BB에 제출한 차세대시스템 구축 제안서에는 이 사건 전산시스템 개발 사업의 핵심 성공요소로 ‘고성능, 확장성, 안정성 및 신뢰성 확보된 아키텍처 제공’, ‘다수의 검증된 오픈 아키텍쳐 및 금융업무 구현 경험 활용’, ‘금융권 및 대규모 패키지 기반 프로젝트 수행 경험 활용’ 등이 기재되어 있다(갑 제14호증). 원고와 한국DD 사이에 작성된 계약서 부록 D.에는 이 사건 전산프로그램 개발에 사용될 ‘비(非) DD 프로그램 목록’이 정리되어 있으며, DD 프로그램을 활용하는 경우의 유지보수 기간 및 범위가 규정되어 있다(갑 제16호증). 이러한 내용을 종합하면, 수탁업체가 이 사건 전산시스템을 개발하는 과정에서 오픈 아키텍처나 기존에 개발된 프로그램을 주로 활용하였음을 인정할 수 있다. 결국 이 사건 전산 프로그램은 그에 필요한 소프트웨어나 솔루션의 독자적인 개발을 통하여 만들어진 것이 아니라, 일반적으로 사용되는 상용 소프트웨어 또는 이미 개발되어 있는 개별 솔루션들을 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통하여 개발된 것으로 보인다[이와 관련하여 원고는 항소심인 이 법원에 이르러 이 사건 전산시스템이 독자적으로 개발된 시스템이라는 취지로 갑 제17 내지 19호증(이 사건 전산시스템 구동 화면)을 제출하였으나, 위 각 영상만으로는 이 사건 전산시스템이 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 그 기능을 일부 개선하거나 변경하는 범위를 넘어 독자적으로 개발된 것이며 조세법령 규정 과학기술 활동의 결과물임을 인정하기에 부족하다].

(3) 원고와 ㈜BB이 수탁업체와 작성한 계약서에 각 수탁업체가 수행할 업무 영역, 수탁업체가 원고 또는 ㈜BB에 인도할 품목, 인수 조건, 완료 조건, 변경관리 절차, 예상 일정 등이 구체적으로 규정되어 있는 점(갑 제16, 17호증), 수탁업체인 CC, 한국DD, EE 모두 이 사건 전산시스템과 유사한 시스템 개발 경험을 보유하고 있는 점(갑 제15호증의 2,을 제1호증의 1 내지 4) 등을 고려하면, 원고나 수탁업체 입장에서 이 사건 전산시스템 개발이 결과에 대한 불확실성이나 실패 가능성이 내재된 활동이라고 보기 어렵다.

(4) 원고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ‘신규성’과 ‘진보성’까지 갖추어야 하는 것은 아니라고 하더라도, 프라스카티 매뉴얼에 제시된 은행과 보험 분야의 연구개발 사례들[① 재무위험도 분석과 관련된 수학적 연구,② 신용정책을 위한 리스크 모델 개발, ③ 홈뱅킹을 위한 신규 소프트웨어의 개발연구,④ 신규 유형의 계좌 및 은행 서비스 창출을 목적으로 한 소비자 행위 조사기법 개발,⑤ 보험계약에서 고려되어야 하는 신규 위험이나 위험의 새로운 특징을 파악하기 위한 연구, ⑥ 새로운 유형의 보험(건강, 연금 등)에 영향을 미치는 사회현상 연구, ⑦ 전자뱅킹, 보험, 인터넷 서비스 및 전자상거래 응용에 대한 연구개발(예를 들어 비흡연자에 대한 보장내역에 영향을 미치는 사회현상 탐구), ⑧ 새로운 혹은 근본적으로 개선된 금융서비스와 관련된 연구개발(예를 들어 계좌, 대출, 보험, 저축상품의 새로운 개념 등)]은 모두 기존의 기술과 차별화되는 독창성과 신규성을 주된 특징으로 하고 있다. 또한, 위 매뉴얼에 따르면 이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용한 기업용응용소프트웨어나 정보시스템의 개발 등과 같이 과학적 혹은 기술적 진보나 기술적 불확실성의 해결을 포함하지 않는 통상적 성격의 소프트웨어 관련 활동은 연구개발에 포함되지 않는다. 이 사건 전산시스템은 이미 개발된 솔루션과 기존 소프트웨어 도구를 이용하여 개발되었고, 그와 유사한 시기에 다수의 금융기관 및 보험사들이 위탁개발방식으로 개발한 차세대 시스템들과 크게 다르지 않은 역할을 수행하였다. 이러한 사정들을 프라스카티 매뉴얼에 따라 판단하면, 이 사건 전산시스템 개발은 과학적 혹은 기술적 진보나 기술적 불확실성의 해결을 포함하지 않는 통상적 성격의 소프트웨어 관련활동에 불과하여 조세법령 규정 연구개발에 해당한다고 보기 어렵다.

(5) 원고가 들고 있는 대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결은 해당 사건 원고와 그로부터 ‘매매체결 시스템’ 개발을 위탁받은 개발업체가 매매체결 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발한 사안이다. 반면 이 사건 전산시스템은 일반적으로 사용되는 상용 소프트웨어 또는 이미 개발되어 있는 개별 솔루션들을 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통하여 개발되었다. 따라서 위 대법원 판결은 이 사건과 사안을 달리하여 그대로 원용하기에 적절하지 아니하다.

(6) 설령 이 사건 전산시스템의 위탁개발로 인하여 기존에 수립된 원고의 업무 절차, 시스템 및 서비스의 주요한 개선이 이루어졌다고 하더라도, 이는 원고가 영위하는 은행업 분야에서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당할 여지가 있을 뿐인데, 서비스 활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용대상이 된다고 보기도 어렵다(구 조특법 제9조 제2항 제1호).

• 다. ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하는지 여부(가정적 판단)

1. 근거 규정 및 법리 구 조특법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고있다. 따라서 구 조특법 제9조 제5항이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 구 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 그런데 위 [별표 6] 1. 나. 1) 중 괄호규정(이하 ‘이 사건 예외규정’이라 한다) 에서 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁 비용’은 연구·인력개발비세액공제 대상에서 제외한다고 정하고 있으므로, 전사적 기업자원 관리설비(이하 ‘ERP’라 한다) 자체는 물론 그와 유사한 시스템 또한 이 사건 예외규정에 의하여 세액공제대상에서 제외되는데, 구 조특법 제5조의2 제1호는 ERP를 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비’라고 정의하고 있다.

2. 구체적 판단 이 사건 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지를 비롯하여 앞서 든 증거의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위 법리에 따라 판단하면, 이 사건 전산시스템은 원고의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하여 원고의 업무수행을 효율화하기 위하여 사용되는 소프트웨어의 일종으로서 이 사건 예외규정에 의하여 세액공제 대상에서 제외되는 ERP 또는 그와 유사한 시스템에 해당한다. 따라서 설령 이 사건 전산시스템의 개발이 조세법령 규정 과학기술 활동에 해당한다고 하더라도 쟁점 금전은 이 사건 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외되어야 한다.

• 가) 이 사건 예외규정이 도입되기 이전에는 금융․보험업을 영위하는 법인의 ERP에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융․보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 이 사건 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 기획재정부가 발간한 개정세법 설명 자료(갑 제5호증)에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다.
• 나) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)2)를, 2002.12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)3)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ERP(전사적기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 재고하기 위함이었다. 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조 는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매․주문관리․수송․생산․창고운영․재고관리․유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정취지는 전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융․유통․제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단하기 위함이었다.
• 다) 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 이전의 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호 는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 사항을 정하면서 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’는 괄호규정을 두고 있었는데, 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호 에서는 위 괄호 규정이 ‘전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’로 개정되었고, 같은 법 제5조의2 제1호의 정의 규정에 같은 법 시행령의 위와 같은 개정 연혁까지 고려하면, ‘ERP 등 시스템’이란 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 등에 필요한 각종 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리할 수 있는 유형·무형의 설비를 폭넓게 지칭하는 것이라 할 것이고, 이와 같은 시스템을 위탁 및 공동연구개발한 경우에는 그에 관한 연구 및 인력개발비를 세액공제의 대상에서 배제하겠다는 것이 입법자의 의사라고 보아야 한다.
• 라) 한편, 개정세법 설명 자료(갑 제5호증)에 나타난 이 사건 예외규정의 개정이유 중 ‘ERP 위탁 도입비용은 Software 구입비용의 일종인 단순 자산취득행위로서 R&D 비용으로 보기 곤란하다’는 기재는 이 사건과 같이 ERP 등 시스템을 스스로 개발하지 아니하고 수탁업체에 비용을 지급하고 그 개발을 위탁하는 것은 단순한 자산취득행위와 마찬가지이고 그 과정에서 지출한 ERP 위탁 도입비용은 Software 구입비용의 일종이므로 이를 조세법령 규정 연구개발비로 볼 수 없다는 취지로서, 이미 완성된 시스템을 구입한 것이 아니라 각 기업의 구체적인 요구사항과 실정을 반영한 맞춤형 시스템을 새로 개발한 경우에도 그 개발을 수탁업체에 위탁한 경우에는 모두 이 사건 예외규정이 적용된다고 할 것이다.
• 마) 이 사건 전산시스템의 구축배경, 구축목표, 기대효과, 주요 기능, 구 시스템과 대비한 이 사건 전산시스템의 개선사항 등을 고려하면, 이 사건 전산시스템은 IT기술을 도입하여 원고가 관리하는 자원(정보)을 통합․연계하여 원고 직원들의 업무수행을 효율화하고 고객들에게 더 나은 맞춤형 서비스를 제공할 수 있도록 한 것이지, 원고가 종래에 전혀 수행하지 못하던 업무를 수행할 수 있게 하거나 원고가 은행업 업무를 처리하는 메커니즘에 근본적인 변화를 가져온 것으로 보기는 어렵다.
• 라. 소결 이 사건 전산시스템 개발은 조세법령 규정 과학기술 활동에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 이 사건 예외규정으로 인해 쟁점 세액공제의 대상에서 제외되어야 한다. 따라서 원고 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.