경험칙상 필요경비를 영(0)으로 보는 경우에 해당하는지 여부

사 건 2025누6904 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AA랜드기업 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 12. 11. 판 결 선 고

2026. 2. 26.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2022. 7. 20. 원고에게 한 2020 사업연도 법인세 O 원의 경정처분을 취소한다.

제1심판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 통신기기 판매업, 전자상거래업 등을 영위할 목적으로 2017. 1. 18. 설립된 회사로 2020년 1월부터 12월까지 중고 휴대폰을 국내에 판매하거나 해외로 수출하였다.
• 나. 00지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 9. 25.부터 2022. 5. 10.까지 원고에 대하여 2020 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 2020년 제2기(2020. 7. 1.부터 2020. 12. 31.까지)에 주식회사 AAA 외 23개 매입처로부터 실물거래 없이 공급가액 O 원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 사실을 적발하여 관련 자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 2022. 7. 20. 원고에게 원고가 이 사건 세금계산서의 매입액을 법인세법상 매출원가로 손금처리한 부분을 부인하여 법인세 과세표준을 O 원 증가시킨 후 이에 대해 2020 사업연도 법인세 O 원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고의 2020 사업연도 상품매출원가는 O 원으로, 해당 사업연도의 이 사건 세금계산서에 의한 가공매입금액 비율은 약 26%이다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1, 4, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

피고는 가공거래로 의심되는 이 사건 세금계산서 수취분에 대해, 그와 관련하여 원고가 신고한 매출은 수출신고필증, 국내거래명세서 등에 근거하여 정상적인 수입금액으로 인정하였으면서도 이에 대응하는 중고 핸드폰 구매비용을 필요경비로 인정하지 않았다. 그러나 중고 핸드폰 매출에서 중고 핸드폰 구매비용이 발생하는 것은 경험칙상 명백하고, 법인세법 제66조 제3항, 같은 법 시행령 제104조는 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우 추계과세 등 대체적인 방법에 의하여 이를 계산하도록 규정하고 있으므로, 피고가 수출신고자료에 의해 휴대폰 매출액을 인정하는 이상 그에 대응하는 매출원가는 증빙이 없는 경우 추계조사의 방법에 의하여서라도 산정이 가능한 범위에서 이를 산정하여 소득금액을 계산하여야 한다.

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 관련 법리 과세처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두9421 판결, 대법원 2009. 3. 26. 선고 2007두22955 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결, 대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조). 다만, 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 오히려 경험칙에 반하는 것이므로, 과세관청이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 피고가 그 금액을 입증하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 1993. 10.

8. 선고 93누14400 판결 참조).

• 다. 구체적 판단

1. 위 처분의 경위, 을 제4 내지 7, 11, 13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 알 수 있는 다음 사실 내지 사정을 종합하면, 원고가 신고한 매출원가 중의 일부 금액에 관한 이 사건 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 원고가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다고 볼 수 있다.

• 가) 조사청은, ① 이 사건 세금계산서를 발급한 24개 업체 중 17개 업체가 거래처 세무조사 결과 자료상으로 확정되고, 그 외 거래처도 자료상 피고발인이 운영하거나 해당 업체의 매입이 가공매입으로 확인된 점, ② 이 사건 세금계산서 발급업체의 사업장 소재지가 서울, 김포, 인천 등임에도 같은 LAN카드 고유번호 및 CPU 고유번호를 사용하는 전산매체를 통해 세금계산서가 발행된 점, ③ 이 사건 세금계산서와 관련된 금융거래 분석결과 자금거래일마다 ‘주식회사 BBB, 주식회사 CCC(이하 최초 상호 외에는 ’주식회사‘ 기재를 생략한다) → 원고의 실질 대표자 김00 → 매입처 → 다수계좌 → BBB, CCC’ 형태로 자금의 회전거래가 확인되고, BBB는 2019. 7. 21. 개업 후 2019. 10. 24. 폐업한 업체, CCC는 2018. 9. 4. 개업하여 2020. 2. 28. 폐업한 업체로 각각 법인명의 계좌개설을 목적으로 설립된 것으로 추정되는 점, ④ 원고가 실물거래를 하였다고 볼 만한 아무런 객관적․구체적 증빙을 제시하지 않는 점 등을 이유로, 원고가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 판단하였다. 이러한 조사 결과에 오류가 있다거나 이를 뒤집을 만한 자료나 정황을 찾을 수 없다.
• 나) 원고는 조사청 조사 시부터 이 법원에 이르기까지 ‘강00으로부터 소개받은 업체들로부터 실제로 중고 휴대폰을 매입하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로, 위 업체들이 자료상인 것을 몰랐다’고 주장한다. 그러나 ① 원고의 실질 대표자 김00이 조사청의 조사과정에서 정상적인 거래방식으로 볼 수 없는 내용, 즉 ‘중고 휴대폰 매입대금은 강00으로부터 BBB, CCC 등 계좌에서 김00 계좌로 투자금, 상여금, 용역비, 회식비 등 명목으로 입금 받는 방식으로 차입하여 지급하고, 중고 휴대폰 수출대금을 현금으로 회수하여 본인 사무실 방안 철제창고를 이용하여 관리․보관하다가 강00에게 현금으로 변제하였다’거나, ‘24개 업체와의 매입거래 상세내역은 컴퓨터가 고장이 나서 관련 자료가 모두 소실되었고, 그 외의 수출대금 또는 영업사원 등을 통해 지급한 자료들은 보관하고 있다’거나, ‘강00의 인적사항은 휴대전화번호를 제외하고 아는 것이 없다’[강00은 2021. 1. 19. 사망한 자로, 조사청 확인 결과 강00의 휴대전화번호는 김00의 진술과 다르고, 강00의 사망 이전 사업내역은 도소매업(의류, 의류임가공, 기타 가공식품), 택배(운수업) 등으로 휴대폰 관련 업종은 확인되지 않는다]고 진술한 점, ② 24개 업체 중 하나인 주식회사 DDD에 대한 조사절차에서 원고가 작성한 사실확인 문답서에는 ‘중수련 카페를 통해 DDD를 알게 되었다’고 기재되어 있을 뿐 강00을 통해 거래를 시작하게 되었다는 내용은 없는 점, ③ 원고는 심판청구 단계에서 실물거래를 뒷받침하는 자료라면서 거래처 상호와 휴대폰 IMEI 내역을 정리한 표를 제출하였는데, 그중 DDD와의 거래내용을 비교하여 보면, DDD로부터 수취한 전자세금계산서와 원고가 심판청구 단계에서 제출한 IMEI 내역의 ‘품목’, ‘수량’, ‘금액’ 등 그 어느 것도 일치하지 않는 점 등을 종합하면, 원고의 위 주장은 믿을 수 없다.

2. 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명된 이상, 그 매출원가 상당의 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 원고가 이를 입증할 필요가 있다. 그런데 이와 관련하여 원고가 제출한 갑 제6 내지 9호증의 각 기재는 원고의 2020년 9월부터 12월까지의 수출신고 내역, 이미 매입원가로 인정된 원고의 직원들이 중고 휴대폰을 매입하고 원고에게 요청한 비용 내역, 동종업체의 중고 휴대폰 매입가격표, 원고가 산정한 위 기간 원고의 추정수익으로서, 위 증거들은 원고가 주장하는 비용이 실제로 지출되었다는 점을 증빙하는 자료로 볼 수 없고, 달리 원고 주장과 같은 비용이 실제로 지출되었다고 볼 만한 근거가 없다.

3. 원고는 2020 사업연도에 거래한 중고 휴대폰의 일부를 이 사건 세금계산서상 공급자가 아닌 다른 곳에서 무자료로 매입하였다는 것이 아니라, 오직 이 사건 세금계산서 발급업체에 실제로 대금을 지급하고 구매하였다고 주장하고 있을 뿐이다. 그런데 그 거래대금이 자금의 회전구조상 원고가 비용을 부담한 것으로 볼 수 없음은 앞서 보았고, 달리 원고가 중고 휴대폰 매입거래 방식과 내역을 전혀 밝히지 아니하고 어떠한 관련 자료도 제출하지 않고 있으므로, 원고가 관련 필요경비 지출 주체임이 명백하다거나, 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다는 이유로 필요경비를 영으로 보는 것이 경험칙에 반하는 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.

4. 이 사건 처분의 대상이 되는 2020 사업연도 매출원가 중 26%만이 허위 증빙서류에 해당하여 2020 사업연도의 필요경비를 추계조사방법에 의하여 결정할 수 있는 요건을 갖추었다고 볼 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 등 참조). 그뿐만 아니라, 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결, 대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조), 원고의 주장과 같이 2020 사업연도 중 이 사건 세금계산서를 수취한 2020. 9.부터 2020. 12.까지의 기간은 추계조사방법으로 필요비용을 산정하고, 나머지 기간은 실지조사방법으로 필요비용을 산정하는 방식으로 2020 사업연도 과세표준액을 정할 수도 없다. 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우로서 필요경비를 영(0)으로 보는 것이 오히려 경험칙에 반하여 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서 과세관청이 그 금액을 입증하여야 한다고 판단된 사례들은, 납세의무자의 무자료 매입거래 주장을 수긍할 수 있으나 객관적인 관련 증빙 자료가 부족하고 필요경비를 추계조사방법에 의하여 결정할 수 있는 경우들로서, 이 사안에 원용하기에 적절하지 아니하다.

5. 결국 이 사건 세금계산서의 매입액을 손금처리한 부분을 부인하고 달리 그 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대한 자료가 없음을 이유로 원고가 주장하는 비용을 인정하지 아니한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.