과세표준 귀속시기 조정을 위한 자전거래에 따라 수수한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지

사 건 2025누6815 부가가치세등부과처분취소 원고, 항소인 주식회사 A 피고, 피항소인 B세무서장 제 1 심 판 결 서울행정법원 2025. 4. 10. 선고 2024구합50643 판결 변 론 종 결 2026. 3. 13. 판 결 선 고 2026. 4. 10.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 1. 7. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 xx,xxx,090원, 2019년 제1기 부가가치세 xxx,xxx,590원, 2019년 제2기 부가가치세 xx,xxx,480원, 2020년 제1기 부가가치세 xx,xxx,820원, 2020년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,590원의 각 부과처분(각 가산세 포함), 2022. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 xx,xxx,800원1), 2020 사업연도 법인세 xx,xxx,980원의 각 부과처분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들과 원고가 당심에서 추가로 제출한 증거들을 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원의 판결 이유 중 결론을 제외한 부분은 제1심판결 이유를 아래와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하고 제2항에서 추가로 판단하는 것 외에는 제1심판결 이유의 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 별지 및 약어를 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제2면 제10행부터 같은 면 제11행까지의 “QQ지방국세청장은 원고의 매입처인 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)의 부가가치세 경정청구에 관하여 검토한 결과,”를 “주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)은 2020. 2.경 경영진이 교체된 이후 2016년부터 2019년까지의 사업연도에 재화를 공급하지 않고 매출세금계산서를 발행한 사실을 자체적으로 확인하여 부가가치세 경정청구를 하였다. QQ지방국세청장은 위와 같은 경정청구를 검토하여 C의 매입처 중 하나였던”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제5면 아래에서 제5행부터 제6면 제1행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『4) 원고의 조세범칙혐의에 대한 피고의 조사과정에서 원고의 실제 운영자인 D는 ‘원고의 사실과 다른 세금계산서 발행 및 수취행위를 한 사람은 본인이다. 원고의 C과의 의약품 매입거래는 가공거래로서 사실과 다른 세금계산서이다. 원고의 E과의 의약품 매입거래는 과세표준 조정을 위한 자전거래 내지 사실과 다른 세금계산서이다. F, G, H과의 의약품 매출거래, F, I, J과의 의약품 매입거래는 모두 과세표준 조정을 위한 자전거래이다. 원고의 K, L와의 용역 공급거래에 관하여 거래처명은 없는 단순 일자별 약품 판매대행 자료 외에 제출할 수 있는 구체적인 소명자료는 없다’라는 취지로 진술하였다.』

○ 제1심판결 제6면 제12행부터 제7면 제8행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다. 『가) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성ㆍ교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정하여서는 아니 된다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조). 그런데 원고의 실제 운영자인 D는 피고의 조사 과정에서 앞서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건에서 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하고 있는 의약품 거래와 관련하여 발행된 세금계산서에 대하여 실제로는 사실과 다른 세금계산서라거나 ‘과세표준 조정을 위한 자전거래’라고 인정하는 진술을 구체적으로 하였고, 그러한 내용이 담긴 심문조서(을 제5호증)도 작성되었다. 원고처럼 사무실을 같이하거나 일정한 관계를 가진 의약품 판매업체들 사이에서 행해지는 ‘자전거래’란 일반적으로 세금 포탈이나 실적 부풀리기 등 일정한 목적을 위하여 특정 당사자 사이에서 내부적으로 가공의 순환거래를 하는 것을 의미하고, D가 인정한 허위 세금계산서 관련 거래들 중 대부분은 금융거래내역 없이 매출거래 또는 매입거래를 한 후 물품의 전량 또는 대부분을 반품하고 음의 수정세금계산서를 발행하는 형식의 거래였던 점에 비추어 보면, D의 위 진술 중 ‘과세표준을 위한 자전거래’라는 진술은 과세표준을 조정하기 위하여 원고와 관련 업체들 사이에 가공의 순환거래를 하였다는 취지라고 봄이 상당하다. 이에 대하여 원고는, D가 심문 당시 조사관으로부터 ‘먼저 발행된 매출세금계산서 그 자체만 보면 문제가 아니지만, 그 이후에 마이너스 세금계산서를 발행한 것까지 묶어서 보면 결국 과세표준 조정을 위한 자전거래인 것으로 보이는데 맞느냐? 이러한 세금계산서는 허위 세금계산서가 아니므로 별 문제가 되지 않는다’라는 취지로 묻기에, 실제 거래과정에서 물품의 공급과 반품이 있었지만 별 문제가 없다고 생각하고 조사관의 질문에 맞추어 실제와는 달리 ‘과세표준 조정을 위한 자전거래가 맞다’고 답변한 것일 뿐이라고 주장한다. 그러나 당시 조사관이 ‘위와 같은 세금계산서는 허위세금계산서가 아니므로 별 문제가 되지 않는다’라고 이야기했다고 볼 만한 증거가 없고, 당시의 조사는 원고가 허위 세금계산서를 발행하고 수취하였다는 혐의에 관한 조사였으며, 위 진술은 D가 허위 세금계산서들을 발행한 사실을 전체적으로 시인한 후에 조사관으로부터 받은 문제된 세금계산서를 발행하거나 수취한 이유 또는 목적에 관한 개별적 질문에 답변하면서 이루어진 것이었다는 점에서 원고의 위 주장은 그대로 믿기 어렵다. 그밖에 원고가 제출한 증거들만으로는 D의 위 진술을 기재한 심문 조서의 증거가치를 부정할만한 특별한 사정이 엿보이지 않는다.

• 나) 원고는 이 사건 세금계산서에 따라 매입처 및 매출처와 사이에 실제 의약품의 공급거래 또는 용역거래가 있었다고 확인할 수 있는 공급계약서, 대금지급내역 등 객관적 증빙자료를 제대로 제출하지 못하고 있다.
• 다) 별지 1의 <표 1>, <표 2>에 기재된 거래들의 대부분은 거래가 이루어진 직후에 반품을 이유로 당해 거래의 전부 또는 대부분을 취소하는 의미의 음(-)의 수정세금계산서가 발행되었다. 그런데 위와 같은 거래에 부합하는 대금지급내역은 존재하지 않는다. 위와 같이 물품의 공급과 반품이 즉각적으로 이루어질 만한 합리적인 이유가 보이지도 않는다.
• 라) 원고를 실제 운영한 D, E의 대표 M, L의 대표이자 E의 전 대표 및 J의 전 감사 N 사이, F의 대표 O과 H의 대표 P 사이에 각각 밀접한 인적관계가 있다. 이는 이 사건 세금계산서에 따른 거래가 정상적으로 이루어지지 않았을 가능성을 뒷받침해준다.
• 마) 원고는, 자전거래의 일반적 동기로 알려진 비자금 조성이나 금융이익을 위한 매출 부풀리기를 할 이유가 원고에게 없었으므로, 피고로서는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점은 물론 그 동기에 대하여도 구체적이고 개별적으로 증명하여야 한다고 주장한다. 그러나 원고의 실질적 운영자인 D의 허위 세금계산서 발행 및 자전거래 등에 관한 시인 진술, 원고의 자금거래내역, 세금계산서상 대상 거래들이 이루어졌다는 시기와 그 인접성, 원고와 거래 상대방 회사들의 대표자들 사이의 밀접한 인적관계 등에 의하여 이 사건 세금계산서가 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명된 이 사건에서는, 앞서 본 법리에 따라, 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 원고가 이 사건 세금계산서가 허위로 작성된 것이 아니라는 점을 증명하여야 한다고 할 것이고, 피고가 그 동기까지 증명하여야 하는 것은 아니므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
• 바) 원고는 다시, 원고와 D가 이 사건 세금계산서와 관련하여 조세범처벌법위반의 점으로 고발당했으나, 검찰은 별지 1의 <표 1>, <표 2>에 기재된 거래 전부와 <표 3>, <표 4>에 기재된 음(-)의 수정세금계산서 부분 등의 일부 거래 부분을 불기소하였고, <표 4>에 기재된 거래 중 기소된 일부 거래도 이 사건 처분사유처럼 ‘재화 및 용역을 공급받지 않고 세금계산서를 수취(가공)’한 것을 이유로 한 것이 아니라 ‘공급가액을 부풀린 거짓 세금계산서를 수취’한 것으로 기소한 것에 비추어, 이 사건 처분사유는 인정하기 어렵다고 주장한다. 그러나 형사재판에서 범죄사실의 인정은 법관으로 하여금 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도의 확신을 가지게 하는 증명력을 가진 엄격한 증거에 의하여야 하므로, 검사로서는 기소 여부를 결정할 때에 자신의 증명이 그만한 확신을 가지게 하는 정도에 이르지 못한 경우에는 설령 유죄의 의심이 가는 사정이 있더라도 피고인의 이익으로 판단됨을 고려하여야 하는 반면(대법원 2023. 1. 12. 선고 2022도11245, 2022보도52 판결 참조), 조세부과처분의 취소를 구하는 행정소송에서는 과세관청이 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히면 납세자가 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못한다는 사정을 입증하지 못하는 한 일응 당해 과세처분이 정당하다고 보거나(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 참조), 납세의무자가 신고한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명된 경우에는 그 거래가 실제임을 납세의무자가 증명하여야 하는 등(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439판결 등 참조), 형사재판과 조세부과처분의 취소를 구하는 행정소송에서는 증명책임의 소재와 증명의 정도가 서로 다르다. 게다가 검찰의 불기소처분의 내용이나 공소사실이 법원을 기속하는 것도 아니다. 나아가 원고에 대한 불기소결정서(갑 제24호증)에 따르면, ➀ 별지 1의 <표 1>, <표 2> 기재의 각 거래 중 허위 세금계산서 발급 또는 수취 부분의 경우, 담당 조사관이 검사의 질문에 ‘실제 공급한 물품 가액이 특정되지 않는다’고 진술하는 바람에 유죄를 인정할 만한 증거가 부족하다는 이유로 불기소된 것이고, ➁ <표 3>, <표 4> 기재 음의 수정세금계산서 관련 부분의 경우, 그러한 세금계산서는 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급·수취한 행위를 바로잡기 위한 방편에서 발행된 것이어서 조세범처벌법 제10조 제3항 제1호 에서 정한 형사범죄에 해당하지 않는다는 대법원 판례(대법원 2020. 10. 15. 선고 2020도118 판결)에 따라 불기소된 것이며, ➂ <표3> 기재 중 Q 관련 부분의 경우, 이와 관련하여 실행행위자가 기소되었고 원고는 종전에 기소유예된 바 있었기 때문이고, ➃ <표4> 기재 일부 C 관련 부분의 경우, 기소 사유가 ‘재화 및 용역을 공급받지 않고 세금계산서를 수취(가공)’한 것이 아니라 ‘공급가액을 부풀린 거짓 세금계산서를 수취’한 것이지만, 어느 경우나 허위 세금계산서 수취라는 면에서 차이가 없고, 가공금액도 동일하며, C 측에서도 해당 세금계산서가 재화의 공급 없이 발행된 세금계산서임을 인정하고 있는 점(을 제2호증)에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같이 검찰의 불기소결정이 있었다는 사정이나 기소된 내용이 이 사건 과세처분의 내용과 다소 다르다는 이유만으로 이 사건 과세처분의 사유가 인정되지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.』

○ 제1심판결 제8면 마지막 부분에 다음과 같은 내용을 추가한다. 『원고는 당심에 이르러, 원고가 실제로 E을 경유하여 지방업체들로부터 의약품을 매입한 후 이를 거래처에 미판매분 반품조건부로 판매해왔고, 별지 1 <표4> 기재 허위 세금계산서 부분은 이에 따른 실재하는 매입과 반품 관련 부분이라고 주장하며, 이에 대한 증거로 갑 제26 내지 35호증을 추가로 제출하였다. 그러나 ➀ 위 각 증거들은 이 사건에서 문제된 원고의 E로부터의 매입거래 또는 이에 대한 반품과 직접 관련된 증거가 아니라 원고와 E 또는 그들과 거래관계에 있는 다른 업체들 사이의 거래관계에 관한 자료에 불과하고, 그 거래 날짜도 이 사건 매입세금계산서 수취일이나 음(-)의 수정세금계산서 발행일과 다른 점, ➁ E의 대표 M은 피고의 조사과정에서 이 부분 세금계산서 관련 거래도 과표 조정을 위한 자전거래이자 사실과 다른 세금계산서라고 진술한 점, ➂ 원고와 E과 사이의 세금계산서상 원고가 E로부터 2020년 제2기에 매입한 금액은 약 26억 8,200만 원인데 그때로부터 2021년 제1기까지 반품한 금액은 약 26억 6,500만 원으로 매입금액과 반품금액의 차이가 고작 1,700만 원가량에 불과한 점, ➃ 원고가 거래한 의약품의 경우 유통기한이 매우 중요하므로 판매량을 고려하여 적정한 규모의매입을 하는 것이 상식적이라고 할 것인데, 원고와 E 사이의 위 거래는 매입된 의약품의 99% 이상이 반품되는 구조의 거래이어서, 그러한 거래가 실제 이루어졌다고 선뜻 믿기 어려운 점, ➄ 해당 거래가 있던 날을 전후하여 세금계산서에 기재된 금액과 같은 금전거래내역이 확인되지 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 원고와 E 사이의 거래가 실물거래라는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.』

○ 제1심판결 제15면 제3행의 “부가가치세법”을 “구 부가가치세법(2025. 12. 23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것)”으로 고쳐 쓴다.

2. 당심에서 추가된 주장에 대한 판단

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분 중 가산세 부분의 경우, 가산세의 대상금액과 산출근거를 알 수 없으므로 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 판단

1. 관련 법리 국세징수법 제9조 제1항 은 “세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 따라서 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았다면 특별한 사정이 없는 한 그 징수처분은 위법하다. 그러나 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재 된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면, 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다는 사정만으로 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 것은 아니다(대법원 2019. 7. 4. 선고 2017두38645 판결 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정, 즉 ① 이 사건 처분 중 법인세 고지서에는 가산세의 종류, 부과대상금액, 가산세의 산출근거로서의 세율 등이 누락 없이 모두 기재되어 있는 점, ② 이 사건 처분 중 부가가치세 고지서에도 가산세가 ‘부당과소신고가산세’, ‘납부불성실가산세’, ‘세금계산서지연발급가산세’, ‘세금계산서미발급등가산세’, ‘기타가산세’로 구분․기재되어 있고, ‘기타가산세’를 제외하고는 가산세별로 부과대상금액, 산출근거로서의 세율 등이 모두 기재되어 있는 점, ➂ 위 ‘기타가산세’의 경우 비록 그 종류가 구체적으로 명시되어 있지 않고 세율의 기재도 누락되어 있지만, 바로 위의 ‘세금계산서미발급등가산세’의 세율란에 ‘세금계산서미발급등가산세’의 통상적인 세율인 2%가 “미발급등: 2%”라는 내용이 기재되어 있으면서도 그 기재 바로 앞에 위 가산세와는 무관한 “가공발급: 3%”라는 세율기재가 추가로 되어 있고, ‘세금계산서미발급등가산세’와 ‘기타가산세’의 대상금액, 세율, 세액을 비교하여 보면 ‘세금계산서미발급등가산세’의 세율은 2%, ‘기타가산세’의 세율은 3%임이 계산상 명백하므로, ‘세금계산서미발급등가산세’ 부분의 세율란에 기재된 “가공발급: 3%, 미발급등: 2%” 중 “가공발급: 3%” 부분은 ‘기타가산세’의 종류와 세율을 기재한 것이고, 해당 가산세액은 기재되어 있는 대상금액에 “가공발급: 3%”의 세율을 곱한 금액임을 쉽게 알 수 있다고 여겨지는 점, ➃ 이 사건 처분의 대상이 된 허위 세금계산서 발행 내지 수취는 ‘재화의 공급 또는 수취는 있었으나 거짓으로 기재한 세금계산서의 발급 또는 수취’와 ‘재화 및 용역을 공급하지 않고 세금계산서의 발급 및 수취’로 나누어지고, ‘세금계산서미발급등가산세’의 대상금액은 전자의 경우를, ‘기타가산세’는 후자의 경우를 각각 대상금액으로 하여 부과되는 가산세로 보이는데, 원고의 실제 운영자인 D는 세무조사 과정에서 위와 같은 가산세 부과처분의 대상이 되는 세금계산서 발급 및 수취 내역에 관하여 충분히 확인한 바 있는 점, ➄ 원고는 이 사건 처분이 이루어진 후 조세심판절차를 통해 이 사건 처분의 적법 여부에 관하여 다투었던 사정에 비추어, 위와 같은 ‘기타가산세’의 종류와 세율에 관한 일부 불충분한 기재에도 불구하고, 원고가 대상 가산세의 종류나 대상금액, 산출근거를 몰라 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받았다고 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분 중 가산세 부분이 대상금액, 산출근거를 알 수 없어 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하다. 따라서 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.